data_5B1X # _model_server_result.job_id akxeqahRHnSp8bADRdDL7Q _model_server_result.datetime_utc '2025-07-31 21:59:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5b1x # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":303}' # _entry.id 5B1X # _exptl.entry_id 5B1X _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5B1X _cell.length_a 102.669 _cell.length_b 104.845 _cell.length_c 65.354 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5B1X _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,I,J,Q 1 1 B,F,K,L,R 2 1 C,G,M,N,S 3 1 D,H,O,P,T 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 MAN _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n E MAN 1 E 1 MAN A 1002 MAN 2 n E NAG 2 E 2 NAG A 1003 NAG 2 n F MAN 1 F 1 MAN B 1002 MAN 2 n F NAG 2 F 2 NAG B 1003 NAG 2 n G MAN 1 G 1 MAN C 1002 MAN 2 n G NAG 2 G 2 NAG C 1003 NAG 2 n H MAN 1 H 1 MAN D 1002 MAN 2 n H NAG 2 H 2 NAG D 1003 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 3 A CYS 106 1_555 A SG CYS 14 A CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 31 A CYS 134 1_555 A SG CYS 127 A CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 100 A CYS 203 1_555 A SG CYS 119 A CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 3 B CYS 106 1_555 B SG CYS 14 B CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 31 B CYS 134 1_555 B SG CYS 127 B CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 100 B CYS 203 1_555 B SG CYS 119 B CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 3 C CYS 106 1_555 C SG CYS 14 C CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 31 C CYS 134 1_555 C SG CYS 127 C CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 100 C CYS 203 1_555 C SG CYS 119 C CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 3 D CYS 106 1_555 D SG CYS 14 D CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 31 D CYS 134 1_555 D SG CYS 127 D CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 100 D CYS 203 1_555 D SG CYS 119 D CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 E O2 MAN . E MAN 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 sing covale ? covale2 F O2 MAN . F MAN 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.386 sing covale ? covale3 G O2 MAN . G MAN 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 sing covale ? covale4 H O2 MAN . H MAN 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.39 sing metalc ? metalc1 A O VAL 40 A VAL 143 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 42 A ASN 145 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 46 A GLU 149 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 46 A GLU 149 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 92 A GLU 195 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc6 A OG SER 94 A SER 197 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 98 A GLU 201 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 115 A ASN 218 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc9 A O ASP 116 A ASP 219 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 116 A ASP 219 1_555 J CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 128 A GLU 231 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 128 A GLU 231 1_555 I CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc13 J CA CA . A CA 304 1_555 E O3 MAN . E MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? metalc ? metalc14 J CA CA . A CA 304 1_555 E O4 MAN . E MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc15 B O VAL 40 B VAL 143 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASN 42 B ASN 145 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 46 B GLU 149 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc18 B OE2 GLU 46 B GLU 149 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 92 B GLU 195 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc20 B OG SER 94 B SER 197 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc21 B OE2 GLU 98 B GLU 201 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASN 115 B ASN 218 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc23 B O ASP 116 B ASP 219 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 116 B ASP 219 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 128 B GLU 231 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc26 B OE2 GLU 128 B GLU 231 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc27 L CA CA . B CA 304 1_555 F O3 MAN . F MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc28 L CA CA . B CA 304 1_555 F O4 MAN . F MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc29 C O VAL 40 C VAL 143 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASN 42 C ASN 145 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 46 C GLU 149 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 46 C GLU 149 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc33 C OE1 GLU 92 C GLU 195 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc34 C OG SER 94 C SER 197 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc35 C OE1 GLU 98 C GLU 201 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASN 115 C ASN 218 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc37 C O ASP 116 C ASP 219 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc38 C OD1 ASP 116 C ASP 219 1_555 N CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc39 C OE1 GLU 128 C GLU 231 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc40 C OE2 GLU 128 C GLU 231 1_555 M CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc41 N CA CA . C CA 304 1_555 G O3 MAN . G MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc42 N CA CA . C CA 304 1_555 G O4 MAN . G MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc43 D O VAL 40 D VAL 143 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc44 D OD1 ASN 42 D ASN 145 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc45 D OE1 GLU 46 D GLU 149 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc46 D OE2 GLU 46 D GLU 149 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc47 D OE1 GLU 92 D GLU 195 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc48 D OG SER 94 D SER 197 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc49 D OE2 GLU 98 D GLU 201 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc50 D OD1 ASN 115 D ASN 218 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc51 D O ASP 116 D ASP 219 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc52 D OD1 ASP 116 D ASP 219 1_555 P CA CA . D CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc53 D OE1 GLU 128 D GLU 231 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc54 D OE2 GLU 128 D GLU 231 1_555 O CA CA . D CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc55 P CA CA . D CA 304 1_555 H O3 MAN . H MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc56 P CA CA . D CA 304 1_555 H O4 MAN . H MAN 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5B1X _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00974 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009538 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015301 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 CA A 1 303 2001 CA CA . J 3 CA A 1 304 2002 CA CA . K 3 CA B 1 303 2001 CA CA . L 3 CA B 1 304 2002 CA CA . M 3 CA C 1 303 2001 CA CA . N 3 CA C 1 304 2002 CA CA . O 3 CA D 1 303 2001 CA CA . P 3 CA D 1 304 2002 CA CA . Q 4 HOH A 1 401 4 HOH HOH . Q 4 HOH A 2 402 12 HOH HOH . Q 4 HOH A 3 403 3 HOH HOH . Q 4 HOH A 4 404 13 HOH HOH . R 4 HOH B 1 401 14 HOH HOH . R 4 HOH B 2 402 15 HOH HOH . R 4 HOH B 3 403 1 HOH HOH . S 4 HOH C 1 401 16 HOH HOH . S 4 HOH C 2 402 5 HOH HOH . S 4 HOH C 3 403 19 HOH HOH . S 4 HOH C 4 404 2 HOH HOH . S 4 HOH C 5 405 6 HOH HOH . S 4 HOH C 6 406 17 HOH HOH . T 4 HOH D 1 401 9 HOH HOH . T 4 HOH D 2 402 10 HOH HOH . T 4 HOH D 3 403 20 HOH HOH . T 4 HOH D 4 404 8 HOH HOH . T 4 HOH D 5 405 7 HOH HOH . T 4 HOH D 6 406 18 HOH HOH . T 4 HOH D 7 407 11 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 28.106 _atom_site.Cartn_y -19.893 _atom_site.Cartn_z 1.558 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 11.72 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 303 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 340 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #