data_5BY3
#
_model_server_result.job_id            ZxknTjnVYda8TGA3c95SqQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 10:44:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5by3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":801}' 
#
_entry.id    5BY3 
#
_exptl.entry_id    5BY3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              96.063 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SULFATE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5BY3 
_cell.length_a            67.77 
_cell.length_b            102.3 
_cell.length_c            122.4 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5BY3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             B 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C PHE 96 A PHE 96 1_555 A N MSE 97 A MSE 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale2 A C MSE 97 A MSE 97 1_555 A N LEU 98 A LEU 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 A C LEU 174 A LEU 174 1_555 A N MSE 175 A MSE 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale4 A C MSE 175 A MSE 175 1_555 A N PRO 176 A PRO 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? 
covale ? covale5 A C ALA 214 A ALA 214 1_555 A N MSE 215 A MSE 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale6 A C MSE 215 A MSE 215 1_555 A N HIS 216 A HIS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale7 A C PHE 238 A PHE 238 1_555 A N MSE 239 A MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale8 A C MSE 239 A MSE 239 1_555 A N GLY 240 A GLY 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale9 A C PRO 246 A PRO 246 1_555 A N MSE 247 A MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale10 A C MSE 247 A MSE 247 1_555 A N ALA 248 A ALA 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale11 A C GLY 293 A GLY 293 1_555 A N MSE 294 A MSE 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale12 A C MSE 294 A MSE 294 1_555 A N ARG 295 A ARG 295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale13 A C LYS 301 A LYS 301 1_555 A N MSE 302 A MSE 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale14 A C MSE 302 A MSE 302 1_555 A N GLN 303 A GLN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale15 A C LEU 363 A LEU 363 1_555 A N MSE 364 A MSE 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 A C MSE 364 A MSE 364 1_555 A N TRP 365 A TRP 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale17 A C THR 408 A THR 408 1_555 A N MSE 409 A MSE 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale18 A C MSE 409 A MSE 409 1_555 A N SER 410 A SER 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale19 A C GLN 417 A GLN 417 1_555 A N MSE 418 A MSE 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale20 A C MSE 418 A MSE 418 1_555 A N LYS 419 A LYS 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale21 A C LYS 428 A LYS 428 1_555 A N MSE 429 A MSE 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale22 A C MSE 429 A MSE 429 1_555 A N TRP 430 A TRP 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale23 A C PHE 447 A PHE 447 1_555 A N MSE 448 A MSE 448 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale24 A C MSE 448 A MSE 448 1_555 A N ASP 449 A ASP 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? 
covale ? covale25 A C ASP 449 A ASP 449 1_555 A N MSE 450 A MSE 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale26 A C MSE 450 A MSE 450 1_555 A N ALA 451 A ALA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale27 A C VAL 485 A VAL 485 1_555 A N MSE 486 A MSE 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale28 A C MSE 486 A MSE 486 1_555 A N GLN 487 A GLN 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale29 A C PHE 500 A PHE 500 1_555 A N MSE 501 A MSE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale30 A C MSE 501 A MSE 501 1_555 A N GLY 502 A GLY 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale31 A C GLN 568 A GLN 568 1_555 A N MSE 569 A MSE 569 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale32 A C MSE 569 A MSE 569 1_555 A N ASN 570 A ASN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale33 A C ARG 613 A ARG 613 1_555 A N MSE 614 A MSE 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale34 A C MSE 614 A MSE 614 1_555 A N MSE 615 A MSE 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale35 A C MSE 615 A MSE 615 1_555 A N ASP 616 A ASP 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale36 A C PRO 636 A PRO 636 1_555 A N MSE 637 A MSE 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale37 A C MSE 637 A MSE 637 1_555 A N THR 638 A THR 638 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale38 A C VAL 771 A VAL 771 1_555 A N MSE 772 A MSE 772 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale39 A C MSE 772 A MSE 772 1_555 A N LEU 773 A LEU 773 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
metalc ? metalc1 A O LEU 404 A LEU 404 1_555 C NI NI . A NI 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 436 A ASP 436 1_555 C NI NI . A NI 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc3 C NI NI . A NI 802 1_555 D O HOH . A HOH 905 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc4 C NI NI . A NI 802 1_555 D O HOH . A HOH 952 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? 
metalc ? metalc5 C NI NI . A NI 802 1_555 D O HOH . A HOH 959 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
metalc ? metalc6 C NI NI . A NI 802 1_555 D O HOH . A HOH 973 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
#
_chem_comp.formula           'O4 S -2' 
_chem_comp.formula_weight    96.063 
_chem_comp.id                SO4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SULFATE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
S O1 SO4 doub 290 n n 
S O2 SO4 doub 291 n n 
S O3 SO4 sing 292 n n 
S O4 SO4 sing 293 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5BY3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014756 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009775 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00817 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 SO4 A 1 801 1 SO4 SO4 . 
C 3 NI A 1 802 2 NI NI . 
D 4 HOH A 1 901 124 HOH HOH . 
D 4 HOH A 2 902 8 HOH HOH . 
D 4 HOH A 3 903 118 HOH HOH . 
D 4 HOH A 4 904 18 HOH HOH . 
D 4 HOH A 5 905 119 HOH HOH . 
D 4 HOH A 6 906 23 HOH HOH . 
D 4 HOH A 7 907 32 HOH HOH . 
D 4 HOH A 8 908 81 HOH HOH . 
D 4 HOH A 9 909 48 HOH HOH . 
D 4 HOH A 10 910 69 HOH HOH . 
D 4 HOH A 11 911 39 HOH HOH . 
D 4 HOH A 12 912 6 HOH HOH . 
D 4 HOH A 13 913 9 HOH HOH . 
D 4 HOH A 14 914 106 HOH HOH . 
D 4 HOH A 15 915 7 HOH HOH . 
D 4 HOH A 16 916 117 HOH HOH . 
D 4 HOH A 17 917 15 HOH HOH . 
D 4 HOH A 18 918 21 HOH HOH . 
D 4 HOH A 19 919 108 HOH HOH . 
D 4 HOH A 20 920 94 HOH HOH . 
D 4 HOH A 21 921 64 HOH HOH . 
D 4 HOH A 22 922 111 HOH HOH . 
D 4 HOH A 23 923 79 HOH HOH . 
D 4 HOH A 24 924 65 HOH HOH . 
D 4 HOH A 25 925 93 HOH HOH . 
D 4 HOH A 26 926 16 HOH HOH . 
D 4 HOH A 27 927 47 HOH HOH . 
D 4 HOH A 28 928 43 HOH HOH . 
D 4 HOH A 29 929 35 HOH HOH . 
D 4 HOH A 30 930 60 HOH HOH . 
D 4 HOH A 31 931 59 HOH HOH . 
D 4 HOH A 32 932 11 HOH HOH . 
D 4 HOH A 33 933 104 HOH HOH . 
D 4 HOH A 34 934 86 HOH HOH . 
D 4 HOH A 35 935 125 HOH HOH . 
D 4 HOH A 36 936 24 HOH HOH . 
D 4 HOH A 37 937 36 HOH HOH . 
D 4 HOH A 38 938 46 HOH HOH . 
D 4 HOH A 39 939 82 HOH HOH . 
D 4 HOH A 40 940 2 HOH HOH . 
D 4 HOH A 41 941 42 HOH HOH . 
D 4 HOH A 42 942 3 HOH HOH . 
D 4 HOH A 43 943 22 HOH HOH . 
D 4 HOH A 44 944 99 HOH HOH . 
D 4 HOH A 45 945 13 HOH HOH . 
D 4 HOH A 46 946 58 HOH HOH . 
D 4 HOH A 47 947 98 HOH HOH . 
D 4 HOH A 48 948 33 HOH HOH . 
D 4 HOH A 49 949 109 HOH HOH . 
D 4 HOH A 50 950 50 HOH HOH . 
D 4 HOH A 51 951 30 HOH HOH . 
D 4 HOH A 52 952 121 HOH HOH . 
D 4 HOH A 53 953 29 HOH HOH . 
D 4 HOH A 54 954 28 HOH HOH . 
D 4 HOH A 55 955 127 HOH HOH . 
D 4 HOH A 56 956 20 HOH HOH . 
D 4 HOH A 57 957 67 HOH HOH . 
D 4 HOH A 58 958 52 HOH HOH . 
D 4 HOH A 59 959 123 HOH HOH . 
D 4 HOH A 60 960 31 HOH HOH . 
D 4 HOH A 61 961 56 HOH HOH . 
D 4 HOH A 62 962 103 HOH HOH . 
D 4 HOH A 63 963 96 HOH HOH . 
D 4 HOH A 64 964 110 HOH HOH . 
D 4 HOH A 65 965 90 HOH HOH . 
D 4 HOH A 66 966 66 HOH HOH . 
D 4 HOH A 67 967 68 HOH HOH . 
D 4 HOH A 68 968 78 HOH HOH . 
D 4 HOH A 69 969 54 HOH HOH . 
D 4 HOH A 70 970 4 HOH HOH . 
D 4 HOH A 71 971 5 HOH HOH . 
D 4 HOH A 72 972 26 HOH HOH . 
D 4 HOH A 73 973 122 HOH HOH . 
D 4 HOH A 74 974 97 HOH HOH . 
D 4 HOH A 75 975 49 HOH HOH . 
D 4 HOH A 76 976 57 HOH HOH . 
D 4 HOH A 77 977 101 HOH HOH . 
D 4 HOH A 78 978 95 HOH HOH . 
D 4 HOH A 79 979 89 HOH HOH . 
D 4 HOH A 80 980 116 HOH HOH . 
D 4 HOH A 81 981 45 HOH HOH . 
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