data_5C4J # _model_server_result.job_id gvCoqVl-495Opm6bEh9THA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 20:15:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5c4j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":401}' # _entry.id 5C4J # _exptl.entry_id 5C4J _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 14 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 98.14 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5C4J _cell.length_a 280.711 _cell.length_b 223.384 _cell.length_c 156.422 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5C4J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tridecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 13 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 14 N N N ? 14 O N N ? 14 P N N ? 14 Q N N ? 14 R N N ? 14 S N N ? 14 T N N ? 14 U N N ? 14 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 O ZN ZN . A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 N ZN ZN . A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 110 A CYS 110 1_555 N ZN ZN . A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 1163 B CYS 1163 1_555 P ZN ZN . B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 86 C CYS 86 1_555 R ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 88 C CYS 88 1_555 R ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 95 C CYS 95 1_555 R ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc8 G SG CYS 7 I CYS 7 1_555 S ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? metalc ? metalc9 G SG CYS 10 I CYS 10 1_555 S ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? metalc ? metalc10 G SG CYS 29 I CYS 29 1_555 S ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc11 G SG CYS 32 I CYS 32 1_555 S ZN ZN . I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc12 G SG CYS 106 I CYS 106 1_555 T ZN ZN . I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc13 H SG CYS 7 J CYS 7 1_555 U ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? metalc ? metalc14 H SG CYS 10 J CYS 10 1_555 U ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc15 H SG CYS 45 J CYS 45 1_555 U ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc16 J SG CYS 48 L CYS 48 1_555 V ZN ZN . L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc17 K O2' A 9 R A 10 1_555 W MG MG . R MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog1 K N1 G 3 R G 4 1_555 M N3 DC 26 U DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-DT PAIR' hydrog2 K N6 A 4 R A 5 1_555 M O4 DT 25 U DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog3 K N1 G 5 R G 6 1_555 M N3 DC 24 U DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog4 K N1 G 7 R G 8 1_555 M O2 DC 22 U DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 K N1 G 8 R G 9 1_555 M N3 DC 21 U DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 K N2 G 8 R G 9 1_555 M O2 DC 21 U DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 K O6 G 8 R G 9 1_555 M N4 DC 21 U DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 K N1 A 9 R A 10 1_555 M N3 DT 20 U DT 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 K N6 A 9 R A 10 1_555 M O4 DT 20 U DT 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog10 L N2 DG 15 S DG 2 1_555 M O2 DC 39 U DC 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog11 L N1 DA 16 S DA 3 1_555 M N3 DT 38 U DT 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog12 L N1 DG 17 S DG 4 1_555 M O2 DC 37 U DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog13 L N3 DT 18 S DT 5 1_555 M N1 DA 36 U DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog14 L O2 DC 19 S DC 6 1_555 M N1 DG 35 U DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DC MISPAIR' hydrog15 L N3 DC 20 S DC 7 1_555 M N4 DC 33 U DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog16 L N1 DG 21 S DG 8 1_555 M N1 DA 32 U DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog17 L O6 DG 21 S DG 8 1_555 M N6 DA 32 U DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog18 L N1 DG 23 S DG 10 1_555 M N3 DC 31 U DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog19 L N1 DG 24 S DG 11 1_555 M O2 DC 30 U DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DA MISPAIR' hydrog20 L O2 DC 33 S DC 20 1_555 L N6 DA 35 S DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DG MISPAIR' hydrog21 L N1 DA 38 S DA 25 1_555 M N1 DG 15 U DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DA MISPAIR' hydrog22 L N6 DA 38 S DA 25 1_555 M N1 DA 16 U DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog23 L N1 DG 39 S DG 26 1_555 M N1 DA 14 U DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog24 L O6 DG 39 S DG 26 1_555 M N6 DA 14 U DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog25 L N1 DG 39 S DG 26 1_555 M O6 DG 15 U DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog26 L O2 DC 42 S DC 29 1_555 M N1 DG 12 U DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog27 L N3 DT 43 S DT 30 1_555 M N1 DA 11 U DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 L N3 DT 44 S DT 31 1_555 M N1 DA 10 U DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 L O4 DT 44 S DT 31 1_555 M N6 DA 10 U DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 L N3 DT 46 S DT 33 1_555 M N1 DA 8 U DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 L O4 DT 46 S DT 33 1_555 M N6 DA 8 U DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog32 L O2 DC 47 S DC 34 1_555 M N2 DG 7 U DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 L N1 DG 48 S DG 35 1_555 M N3 DC 6 U DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 L N2 DG 48 S DG 35 1_555 M O2 DC 6 U DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 L O6 DG 48 S DG 35 1_555 M N4 DC 6 U DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 L N1 DG 49 S DG 36 1_555 M N3 DC 5 U DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 L N2 DG 49 S DG 36 1_555 M O2 DC 5 U DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 L O6 DG 49 S DG 36 1_555 M N4 DC 5 U DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DC MISPAIR' hydrog39 L N6 DA 51 S DA 38 1_555 M N3 DC 2 U DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog40 L N1 DA 51 S DA 38 1_555 M N3 DT 3 U DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5C4J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003562 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00051 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004477 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006458 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code N 14 ZN A 1 1801 1 ZN ZN . O 14 ZN A 1 1802 2 ZN ZN . P 14 ZN B 1 1301 4 ZN ZN . Q 14 ZN C 1 401 270 ZN ZN . R 14 ZN C 1 402 5 ZN ZN . S 14 ZN I 1 201 6 ZN ZN . T 14 ZN I 1 202 8 ZN ZN . U 14 ZN J 1 101 67 ZN ZN . V 14 ZN L 1 101 71 ZN ZN . W 15 MG R 1 101 3 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 14 _atom_site.Cartn_x 121.801 _atom_site.Cartn_y 6.028 _atom_site.Cartn_z 97.069 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 226.95 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 305 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #