data_5CDO # _model_server_result.job_id vGsoge57LL3ihuUu6XLIOA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 03:15:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5cdo # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":2101}' # _entry.id 5CDO # _exptl.entry_id 5CDO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 374.348 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "(2R,4S,4aS,5S)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.75 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5CDO _cell.length_a 90.472 _cell.length_b 170.211 _cell.length_c 124.579 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CDO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? hexameric 6 author_defined_assembly 1 ? hexameric 6 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,HA,IA,JA,KA,LA,MA 1 1 G,H,I,J,K,L,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,NA,OA,PA,QA,RA,SA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 9 _struct_asym.id W _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C ARG 114 A ARG 122 1_555 A N PTR 115 A PTR 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 A C PTR 115 A PTR 123 1_555 A N THR 116 A THR 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale3 A O3P PTR 115 A PTR 123 1_555 F C5' DG 9 F DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? covale ? covale4 C C ARG 114 C ARG 122 1_555 C N PTR 115 C PTR 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 C C PTR 115 C PTR 123 1_555 C N THR 116 C THR 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale6 C O1P PTR 115 C PTR 123 1_555 E C5' DG 9 E DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? covale ? covale7 G C ARG 114 R ARG 122 1_555 G N PTR 115 R PTR 123 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale8 G C ARG 114 R ARG 122 1_555 G N PTR 115 R PTR 123 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale9 G C PTR 115 R PTR 123 1_555 G N THR 116 R THR 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale10 G O3P PTR 115 R PTR 123 1_555 K C5' DG 9 V DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale11 I C ARG 114 T ARG 122 1_555 I N PTR 115 T PTR 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale12 I C PTR 115 T PTR 123 1_555 I N THR 116 T THR 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale13 I O3P PTR 115 T PTR 123 1_555 L C5' DG 9 W DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc1 A O TYR 314 A TYR 322 1_555 N NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? metalc ? metalc2 A O THR 317 A THR 325 1_555 N NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.989 ? metalc ? metalc3 A O GLN 320 A GLN 328 1_555 N NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? metalc ? metalc4 B OD2 ASP 92 B ASP 508 1_555 P MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 94 B ASP 510 1_555 P MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc6 P MN MN . B MN 701 1_555 IA O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc7 P MN MN . B MN 701 1_555 IA O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc8 P MN MN . B MN 701 1_555 IA O HOH . B HOH 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc9 P MN MN . B MN 701 1_555 LA O HOH . E HOH 2202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc10 C O ASN 145 C ASN 153 1_555 Q NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? metalc ? metalc11 C O TYR 314 C TYR 322 1_555 R NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc12 C O LYS 315 C LYS 323 1_555 R NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc13 C O THR 317 C THR 325 1_555 R NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc14 C O GLN 320 C GLN 328 1_555 R NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? metalc ? metalc15 D OD2 ASP 92 D ASP 508 1_555 S MN MN . D MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc16 D OD2 ASP 94 D ASP 510 1_555 S MN MN . D MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? metalc ? metalc17 S MN MN . D MN 1001 1_555 KA O HOH . D HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc18 S MN MN . D MN 1001 1_555 KA O HOH . D HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc19 S MN MN . D MN 1001 1_555 KA O HOH . D HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc20 S MN MN . D MN 1001 1_555 KA O HOH . D HOH 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc21 G O TYR 314 R TYR 322 1_555 X NA NA . R NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc22 G O GLN 320 R GLN 328 1_555 X NA NA . R NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc23 H OD2 ASP 92 S ASP 508 1_555 Y MN MN . S MN 6001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc24 H OD2 ASP 94 S ASP 510 1_555 Y MN MN . S MN 6001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc25 Y MN MN . S MN 6001 1_555 OA O HOH . S HOH 6103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.81 ? metalc ? metalc26 Y MN MN . S MN 6001 1_555 OA O HOH . S HOH 6104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc27 Y MN MN . S MN 6001 1_555 OA O HOH . S HOH 6106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc28 Y MN MN . S MN 6001 1_555 OA O HOH . S HOH 6107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc29 I O TYR 314 T TYR 322 1_555 CA NA NA . T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc ? metalc30 I O THR 317 T THR 325 1_555 CA NA NA . T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc31 I O GLN 320 T GLN 328 1_555 CA NA NA . T NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? metalc ? metalc32 CA NA NA . T NA 503 1_555 PA O HOH . T HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc33 J OD2 ASP 92 U ASP 508 1_555 DA MN MN . U MN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc34 J OD2 ASP 94 U ASP 510 1_555 DA MN MN . U MN 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc35 DA MN MN . U MN 5001 1_555 QA O HOH . U HOH 5101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.779 ? metalc ? metalc36 DA MN MN . U MN 5001 1_555 QA O HOH . U HOH 5102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc37 DA MN MN . U MN 5001 1_555 QA O HOH . U HOH 5107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc38 DA MN MN . U MN 5001 1_555 RA O HOH . V HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 E N1 DG 3 E DG 3 1_555 F N3 DC 18 F DC 2018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N3 DC 4 E DC 4 1_555 F N1 DG 17 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E N4 DC 4 E DC 4 1_555 F O6 DG 17 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E O2 DC 4 E DC 4 1_555 F N2 DG 17 F DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N1 DG 5 E DG 5 1_555 F N3 DC 16 F DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E N2 DG 5 E DG 5 1_555 F O2 DC 16 F DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E O6 DG 5 E DG 5 1_555 F N4 DC 16 F DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N3 DT 6 E DT 6 1_555 F N1 DA 15 F DA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E O4 DT 6 E DT 6 1_555 F N6 DA 15 F DA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog10 E N1 DA 7 E DA 7 1_555 F N3 DT 14 F DT 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N3 DC 8 E DC 8 1_555 F N1 DG 13 F DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N4 DC 8 E DC 8 1_555 F O6 DG 13 F DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E O2 DC 8 E DC 8 1_555 F N2 DG 13 F DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N1 DG 9 E DG 2009 1_555 F N3 DC 12 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N2 DG 9 E DG 2009 1_555 F O2 DC 12 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E O6 DG 9 E DG 2009 1_555 F N4 DC 12 F DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E N1 DG 10 E DG 2010 1_555 F N3 DC 11 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N2 DG 10 E DG 2010 1_555 F O2 DC 11 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E O6 DG 10 E DG 2010 1_555 F N4 DC 11 F DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog20 E N4 DC 11 E DC 2011 1_555 F O6 DG 9 F DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog21 E O2 DC 11 E DC 2011 1_555 F N2 DG 10 F DG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog22 E O2 DC 12 E DC 2012 1_555 F N1 DG 9 F DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N1 DG 13 E DG 2013 1_555 F N3 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N2 DG 13 E DG 2013 1_555 F O2 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O6 DG 13 E DG 2013 1_555 F N4 DC 8 F DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N3 DT 14 E DT 2014 1_555 F N1 DA 7 F DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E O4 DT 14 E DT 2014 1_555 F N6 DA 7 F DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E N1 DA 15 E DA 2015 1_555 F N3 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N6 DA 15 E DA 2015 1_555 F O4 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N3 DC 16 E DC 2016 1_555 F N1 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N4 DC 16 E DC 2016 1_555 F O6 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E O2 DC 16 E DC 2016 1_555 F N2 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N1 DG 17 E DG 2017 1_555 F N3 DC 4 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N2 DG 17 E DG 2017 1_555 F O2 DC 4 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E O6 DG 17 E DG 2017 1_555 F N4 DC 4 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N3 DC 18 E DC 2018 1_555 F N1 DG 3 F DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N4 DC 18 E DC 2018 1_555 F O6 DG 3 F DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E O2 DC 18 E DC 2018 1_555 F N2 DG 3 F DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N3 DT 19 E DT 2019 1_555 F N1 DA 2 F DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E O4 DT 19 E DT 2019 1_555 F N6 DA 2 F DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog41 K N1 DA 2 V DA 2 1_555 L N3 DT 19 W DT 2019 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 K N1 DG 3 V DG 3 1_555 L N3 DC 18 W DC 2018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 K N2 DG 3 V DG 3 1_555 L O2 DC 18 W DC 2018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 K O6 DG 3 V DG 3 1_555 L N4 DC 18 W DC 2018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog45 K O2 DC 4 V DC 4 1_555 L N1 DG 17 W DG 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 K N1 DG 5 V DG 5 1_555 L N3 DC 16 W DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 K N2 DG 5 V DG 5 1_555 L O2 DC 16 W DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 K O6 DG 5 V DG 5 1_555 L N4 DC 16 W DC 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 K N3 DT 6 V DT 6 1_555 L N1 DA 15 W DA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 K O4 DT 6 V DT 6 1_555 L N6 DA 15 W DA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog51 K N1 DA 7 V DA 7 1_555 L N3 DT 14 W DT 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 K N3 DC 8 V DC 8 1_555 L N1 DG 13 W DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 K N4 DC 8 V DC 8 1_555 L O6 DG 13 W DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 K O2 DC 8 V DC 8 1_555 L N2 DG 13 W DG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 K N1 DG 9 V DG 2009 1_555 L N3 DC 12 W DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 K N2 DG 9 V DG 2009 1_555 L O2 DC 12 W DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 K O6 DG 9 V DG 2009 1_555 L N4 DC 12 W DC 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 K N1 DG 10 V DG 2010 1_555 L N3 DC 11 W DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 K N2 DG 10 V DG 2010 1_555 L O2 DC 11 W DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 K O6 DG 10 V DG 2010 1_555 L N4 DC 11 W DC 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog61 K N4 DC 11 V DC 2011 1_555 L O6 DG 9 W DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 K N3 DC 11 V DC 2011 1_555 L N1 DG 10 W DG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 K N4 DC 11 V DC 2011 1_555 L O6 DG 10 W DG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 K O2 DC 11 V DC 2011 1_555 L N2 DG 10 W DG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog65 K N4 DC 12 V DC 2012 1_555 L O6 DG 9 W DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 K N1 DG 13 V DG 2013 1_555 L N3 DC 8 W DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 K N2 DG 13 V DG 2013 1_555 L O2 DC 8 W DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 K O6 DG 13 V DG 2013 1_555 L N4 DC 8 W DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 K N3 DT 14 V DT 2014 1_555 L N1 DA 7 W DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 K O4 DT 14 V DT 2014 1_555 L N6 DA 7 W DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 K N1 DA 15 V DA 2015 1_555 L N3 DT 6 W DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 K N6 DA 15 V DA 2015 1_555 L O4 DT 6 W DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 K N3 DC 16 V DC 2016 1_555 L N1 DG 5 W DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 K N4 DC 16 V DC 2016 1_555 L O6 DG 5 W DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 K O2 DC 16 V DC 2016 1_555 L N2 DG 5 W DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog76 K N1 DG 17 V DG 2017 1_555 L N3 DC 4 W DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 K N3 DC 18 V DC 2018 1_555 L N1 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 K N4 DC 18 V DC 2018 1_555 L O6 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 K O2 DC 18 V DC 2018 1_555 L N2 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C17 H18 N4 O6' _chem_comp.formula_weight 374.348 _chem_comp.id 53L _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "(2R,4S,4aS,5S)-6'-hydroxy-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4'(3'H)-dione" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O24 C23 53L doub 49 n n C23 N25 53L sing 50 n n C23 N22 53L sing 51 n n N25 C26 53L sing 52 n n N22 C20 53L doub 53 n n C26 O27 53L doub 54 n n C26 C19 53L sing 55 n n C20 C19 53L sing 56 n n C20 O21 53L sing 57 n n C19 C18 53L sing 58 n n C19 C2 53L sing 59 n n C18 C17 53L sing 60 n n C5 C3 53L sing 61 n n C2 C3 53L sing 62 n n C2 N11 53L sing 63 n n C16 C17 53L doub 64 n y C16 C15 53L sing 65 n y C17 C12 53L sing 66 n y C3 O6 53L sing 67 n n O30 N28 53L doub 68 n n C15 N28 53L sing 69 n n C15 C14 53L doub 70 n y N28 O29 53L sing 71 n n N11 C12 53L sing 72 n n N11 C10 53L sing 73 n n C12 C13 53L doub 74 n y O6 C7 53L sing 75 n n C14 C13 53L sing 76 n y C7 C10 53L sing 77 n n C7 C9 53L sing 78 n n C2 H2 53L sing 79 n n C3 H3 53L sing 80 n n C5 H51 53L sing 81 n n C5 H52 53L sing 82 n n C5 H53 53L sing 83 n n C7 H7 53L sing 84 n n C9 H91 53L sing 85 n n C9 H92 53L sing 86 n n C9 H93 53L sing 87 n n C10 H102 53L sing 88 n n C10 H103 53L sing 89 n n C13 H13 53L sing 90 n n C14 H14 53L sing 91 n n C16 H16 53L sing 92 n n C18 H182 53L sing 93 n n C18 H183 53L sing 94 n n O21 H21 53L sing 95 n n N25 H25 53L sing 96 n n # _atom_sites.entry_id 5CDO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011053 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002501 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005875 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00823 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 SO4 A 1 501 3 SO4 SO4 . N 5 NA A 1 502 5 NA NA . O 6 GOL A 1 503 10 GOL GOL . P 7 MN B 1 701 1 MN MN . Q 5 NA C 1 501 4 NA NA . R 5 NA C 1 502 8 NA NA . S 7 MN D 1 1001 1001 MN MN . T 6 GOL D 1 1002 11 GOL GOL . U 6 GOL D 1 1003 12 GOL GOL . V 8 53M E 1 2101 1 53M U96 . W 9 53L F 1 2101 21 53L U95 . X 5 NA R 1 501 7 NA NA . Y 7 MN S 1 6001 6001 MN MN . Z 10 50M S 1 6002 201 50M U94 . AA 4 SO4 T 1 501 1 SO4 SO4 . BA 4 SO4 T 1 502 2 SO4 SO4 . CA 5 NA T 1 503 6 NA NA . DA 7 MN U 1 5001 5001 MN MN . EA 6 GOL U 1 5002 9 GOL GOL . FA 6 GOL U 1 5003 13 GOL GOL . GA 8 53M W 1 2101 221 53M U99 . HA 11 HOH A 1 601 39 HOH HOH . HA 11 HOH A 2 602 33 HOH HOH . HA 11 HOH A 3 603 37 HOH HOH . HA 11 HOH A 4 604 34 HOH HOH . HA 11 HOH A 5 605 36 HOH HOH . HA 11 HOH A 6 606 17 HOH HOH . HA 11 HOH A 7 607 38 HOH HOH . HA 11 HOH A 8 608 32 HOH HOH . HA 11 HOH A 9 609 13 HOH HOH . HA 11 HOH A 10 610 35 HOH HOH . IA 11 HOH B 1 801 19 HOH HOH . IA 11 HOH B 2 802 20 HOH HOH . IA 11 HOH B 3 803 12 HOH HOH . IA 11 HOH B 4 804 31 HOH HOH . IA 11 HOH B 5 805 73 HOH HOH . JA 11 HOH C 1 601 58 HOH HOH . JA 11 HOH C 2 602 10 HOH HOH . JA 11 HOH C 3 603 57 HOH HOH . JA 11 HOH C 4 604 16 HOH HOH . KA 11 HOH D 1 1101 72 HOH HOH . KA 11 HOH D 2 1102 69 HOH HOH . KA 11 HOH D 3 1103 71 HOH HOH . KA 11 HOH D 4 1104 70 HOH HOH . LA 11 HOH E 1 2201 11 HOH HOH . LA 11 HOH E 2 2202 74 HOH HOH . MA 11 HOH F 1 2201 56 HOH HOH . MA 11 HOH F 2 2202 18 HOH HOH . MA 11 HOH F 3 2203 4 HOH HOH . NA 11 HOH R 1 601 59 HOH HOH . NA 11 HOH R 2 602 68 HOH HOH . NA 11 HOH R 3 603 21 HOH HOH . NA 11 HOH R 4 604 60 HOH HOH . NA 11 HOH R 5 605 83 HOH HOH . NA 11 HOH R 6 606 63 HOH HOH . NA 11 HOH R 7 607 2 HOH HOH . NA 11 HOH R 8 608 67 HOH HOH . NA 11 HOH R 9 609 65 HOH HOH . NA 11 HOH R 10 610 66 HOH HOH . NA 11 HOH R 11 611 62 HOH HOH . NA 11 HOH R 12 612 64 HOH HOH . NA 11 HOH R 13 613 61 HOH HOH . OA 11 HOH S 1 6101 27 HOH HOH . OA 11 HOH S 2 6102 30 HOH HOH . OA 11 HOH S 3 6103 78 HOH HOH . OA 11 HOH S 4 6104 77 HOH HOH . OA 11 HOH S 5 6105 28 HOH HOH . OA 11 HOH S 6 6106 75 HOH HOH . OA 11 HOH S 7 6107 76 HOH HOH . OA 11 HOH S 8 6108 8 HOH HOH . OA 11 HOH S 9 6109 79 HOH HOH . PA 11 HOH T 1 601 53 HOH HOH . PA 11 HOH T 2 602 48 HOH HOH . PA 11 HOH T 3 603 55 HOH HOH . PA 11 HOH T 4 604 40 HOH HOH . PA 11 HOH T 5 605 9 HOH HOH . PA 11 HOH T 6 606 46 HOH HOH . PA 11 HOH T 7 607 29 HOH HOH . PA 11 HOH T 8 608 42 HOH HOH . PA 11 HOH T 9 609 43 HOH HOH . PA 11 HOH T 10 610 45 HOH HOH . PA 11 HOH T 11 611 54 HOH HOH . PA 11 HOH T 12 612 44 HOH HOH . PA 11 HOH T 13 613 50 HOH HOH . PA 11 HOH T 14 614 47 HOH HOH . PA 11 HOH T 15 615 52 HOH HOH . QA 11 HOH U 1 5101 81 HOH HOH . QA 11 HOH U 2 5102 80 HOH HOH . QA 11 HOH U 3 5103 22 HOH HOH . QA 11 HOH U 4 5104 7 HOH HOH . QA 11 HOH U 5 5105 82 HOH HOH . QA 11 HOH U 6 5106 14 HOH HOH . QA 11 HOH U 7 5107 23 HOH HOH . RA 11 HOH V 1 2101 41 HOH HOH . RA 11 HOH V 2 2102 24 HOH HOH . RA 11 HOH V 3 2103 51 HOH HOH . RA 11 HOH V 4 2104 6 HOH HOH . SA 11 HOH W 1 2201 25 HOH HOH . SA 11 HOH W 2 2202 84 HOH HOH . SA 11 HOH W 3 2203 26 HOH HOH . SA 11 HOH W 4 2204 5 HOH HOH . SA 11 HOH W 5 2205 15 HOH HOH . SA 11 HOH W 6 2206 49 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C2 53L . . . W 9 60.822 -46.512 55.323 1 19.73 ? C2 53L 2101 F 1 HETATM 2 C C3 53L . . . W 9 60.076 -45.208 55.46 1 21.78 ? C3 53L 2101 F 1 HETATM 3 C C5 53L . . . W 9 60.312 -44.249 54.327 1 22.09 ? C5 53L 2101 F 1 HETATM 4 O O6 53L . . . W 9 60.503 -44.482 56.604 1 23.65 ? O6 53L 2101 F 1 HETATM 5 C C7 53L . . . W 9 59.978 -45.093 57.759 1 21.28 ? C7 53L 2101 F 1 HETATM 6 C C9 53L . . . W 9 60.464 -44.326 58.965 1 19.1 ? C9 53L 2101 F 1 HETATM 7 C C10 53L . . . W 9 60.585 -46.471 57.829 1 20.89 ? C10 53L 2101 F 1 HETATM 8 N N11 53L . . . W 9 60.493 -47.2 56.562 1 19.58 ? N11 53L 2101 F 1 HETATM 9 C C12 53L . . . W 9 60.341 -48.612 56.562 1 19.76 ? C12 53L 2101 F 1 HETATM 10 C C13 53L . . . W 9 60.085 -49.306 57.727 1 19.45 ? C13 53L 2101 F 1 HETATM 11 C C14 53L . . . W 9 59.903 -50.663 57.722 1 19.79 ? C14 53L 2101 F 1 HETATM 12 C C15 53L . . . W 9 59.965 -51.324 56.526 1 20.83 ? C15 53L 2101 F 1 HETATM 13 C C16 53L . . . W 9 60.206 -50.683 55.34 1 20.92 ? C16 53L 2101 F 1 HETATM 14 C C17 53L . . . W 9 60.377 -49.32 55.377 1 20.77 ? C17 53L 2101 F 1 HETATM 15 C C18 53L . . . W 9 60.672 -48.652 54.09 1 20.3 ? C18 53L 2101 F 1 HETATM 16 C C19 53L . . . W 9 60.311 -47.212 54.08 1 19.47 ? C19 53L 2101 F 1 HETATM 17 C C20 53L . . . W 9 58.849 -47.286 53.869 1 21.79 ? C20 53L 2101 F 1 HETATM 18 O O21 53L . . . W 9 58.145 -47.499 55.003 1 24.74 ? O21 53L 2101 F 1 HETATM 19 N N22 53L . . . W 9 58.267 -47.256 52.719 1 21.43 ? N22 53L 2101 F 1 HETATM 20 C C23 53L . . . W 9 59.039 -47.051 51.61 1 21.66 ? C23 53L 2101 F 1 HETATM 21 O O24 53L . . . W 9 58.52 -47.108 50.507 1 23.14 ? O24 53L 2101 F 1 HETATM 22 N N25 53L . . . W 9 60.361 -46.689 51.752 1 20.88 ? N25 53L 2101 F 1 HETATM 23 C C26 53L . . . W 9 61.05 -46.639 52.932 1 19.66 ? C26 53L 2101 F 1 HETATM 24 O O27 53L . . . W 9 62.205 -46.263 53.044 1 21.48 ? O27 53L 2101 F 1 HETATM 25 N N28 53L . . . W 9 59.769 -52.74 56.545 1 21.92 ? N28 53L 2101 F 1 HETATM 26 O O29 53L . . . W 9 60.203 -53.325 57.541 1 20.47 ? O29 53L 2101 F 1 HETATM 27 O O30 53L . . . W 9 59.163 -53.236 55.589 1 22.78 ? O30 53L 2101 F 1 HETATM 28 H H2 53L . . . W 9 61.9 -46.342 55.262 1 23.68 ? H2 53L 2101 F 1 HETATM 29 H H3 53L . . . W 9 59.004 -45.405 55.561 1 26.14 ? H3 53L 2101 F 1 HETATM 30 H H51 53L . . . W 9 59.851 -44.624 53.41 1 26.51 ? H51 53L 2101 F 1 HETATM 31 H H52 53L . . . W 9 61.384 -44.123 54.153 1 26.51 ? H52 53L 2101 F 1 HETATM 32 H H53 53L . . . W 9 59.88 -43.272 54.56 1 26.51 ? H53 53L 2101 F 1 HETATM 33 H H7 53L . . . W 9 58.887 -45.128 57.702 1 25.54 ? H7 53L 2101 F 1 HETATM 34 H H91 53L . . . W 9 60.15 -43.281 58.901 1 22.92 ? H91 53L 2101 F 1 HETATM 35 H H92 53L . . . W 9 61.555 -44.359 59.022 1 22.92 ? H92 53L 2101 F 1 HETATM 36 H H93 53L . . . W 9 60.054 -44.758 59.881 1 22.92 ? H93 53L 2101 F 1 HETATM 37 H H102 53L . . . W 9 61.638 -46.389 58.11 1 25.07 ? H102 53L 2101 F 1 HETATM 38 H H103 53L . . . W 9 60.078 -47.051 58.604 1 25.07 ? H103 53L 2101 F 1 HETATM 39 H H13 53L . . . W 9 60.027 -48.766 58.666 1 23.34 ? H13 53L 2101 F 1 HETATM 40 H H14 53L . . . W 9 59.704 -51.2 58.643 1 23.75 ? H14 53L 2101 F 1 HETATM 41 H H16 53L . . . W 9 60.261 -51.232 54.407 1 25.1 ? H16 53L 2101 F 1 HETATM 42 H H182 53L . . . W 9 60.124 -49.17 53.299 1 24.35 ? H182 53L 2101 F 1 HETATM 43 H H183 53L . . . W 9 61.74 -48.761 53.882 1 24.35 ? H183 53L 2101 F 1 HETATM 44 H H21 53L . . . W 9 57.195 -47.603 54.817 1 29.69 ? H21 53L 2101 F 1 HETATM 45 H H25 53L . . . W 9 60.865 -46.431 50.909 1 25.06 ? H25 53L 2101 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 83 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 69 _model_server_stats.query_time_ms 259 _model_server_stats.encode_time_ms 14 _model_server_stats.element_count 45 #