data_5CFY # _model_server_result.job_id 60u9j0mkXdh8p68Q5YsyMQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-16 07:50:40' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5cfy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":501}' # _entry.id 5CFY # _exptl.entry_id 5CFY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 133.103 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ASPARTIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5CFY _cell.length_a 116.958 _cell.length_b 116.958 _cell.length_c 313.517 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CFY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 J N N ? 2 M N N ? 2 P N N ? 2 S N N ? 2 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O GLY 306 A GLY 306 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc2 A O THR 308 A THR 308 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc3 A O ASN 310 A ASN 310 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc4 A O SER 349 A SER 349 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc5 A O THR 352 A THR 352 1_555 H NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 405 A ASP 405 1_555 I NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? metalc ? metalc7 B O GLY 306 B GLY 306 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc8 B O THR 308 B THR 308 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc9 B O ASN 310 B ASN 310 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc10 B O SER 349 B SER 349 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc11 B O THR 352 B THR 352 1_555 K NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc12 B O ASN 401 B ASN 401 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 405 B ASP 405 1_555 L NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc14 C OG SER 278 C SER 278 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? metalc ? metalc15 C O GLY 306 C GLY 306 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc16 C O THR 308 C THR 308 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc17 C O ASN 310 C ASN 310 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? metalc ? metalc18 C O SER 349 C SER 349 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc19 C O THR 352 C THR 352 1_555 N NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc20 C O ASN 401 C ASN 401 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.064 ? metalc ? metalc21 C OD2 ASP 405 C ASP 405 1_555 O NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc22 D OG SER 278 D SER 278 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.09 ? metalc ? metalc23 D O GLY 306 D GLY 306 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc24 D O THR 308 D THR 308 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc25 D O ASN 310 D ASN 310 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc26 D O SER 349 D SER 349 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc27 D O THR 352 D THR 352 1_555 Q NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? metalc ? metalc28 D O ASN 401 D ASN 401 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 405 D ASP 405 1_555 R NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? metalc ? metalc30 E O GLY 306 E GLY 306 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc31 E O THR 308 E THR 308 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc32 E O ASN 310 E ASN 310 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc33 E O SER 349 E SER 349 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc34 E O THR 352 E THR 352 1_555 T NA NA . E NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc35 E OD2 ASP 405 E ASP 405 1_555 U NA NA . E NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc36 F O GLY 306 F GLY 306 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc37 F O THR 308 F THR 308 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc38 F O ASN 310 F ASN 310 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc39 F O SER 349 F SER 349 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc40 F O THR 352 F THR 352 1_555 W NA NA . F NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc41 F O ASN 401 F ASN 401 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc42 F OD1 ASP 405 F ASP 405 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc43 F OD2 ASP 405 F ASP 405 1_555 X NA NA . F NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? # _chem_comp.formula 'C4 H7 N O4' _chem_comp.formula_weight 133.103 _chem_comp.id ASP _chem_comp.mon_nstd_flag y _chem_comp.name 'ASPARTIC ACID' _chem_comp.type 'l-peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA ASP sing 55 n n N H ASP sing 56 n n N H2 ASP sing 57 n n CA C ASP sing 58 n n CA CB ASP sing 59 n n CA HA ASP sing 60 n n C O ASP doub 61 n n C OXT ASP sing 62 n n CB CG ASP sing 63 n n CB HB2 ASP sing 64 n n CB HB3 ASP sing 65 n n CG OD1 ASP doub 66 n n CG OD2 ASP sing 67 n n OD2 HD2 ASP sing 68 n n OXT HXT ASP sing 69 n n # _atom_sites.entry_id 5CFY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00855 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004936 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009873 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00319 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 ASP A 1 501 501 ASP ASP . H 3 NA A 1 502 502 NA NA . I 3 NA A 1 503 503 NA NA . J 2 ASP B 1 501 501 ASP ASP . K 3 NA B 1 502 502 NA NA . L 3 NA B 1 503 503 NA NA . M 2 ASP C 1 501 501 ASP ASP . N 3 NA C 1 502 502 NA NA . O 3 NA C 1 503 503 NA NA . P 2 ASP D 1 501 501 ASP ASP . Q 3 NA D 1 502 502 NA NA . R 3 NA D 1 503 503 NA NA . S 2 ASP E 1 501 501 ASP ASP . T 3 NA E 1 502 502 NA NA . U 3 NA E 1 503 503 NA NA . V 2 ASP F 1 501 501 ASP ASP . W 3 NA F 1 502 502 NA NA . X 3 NA F 1 503 503 NA NA . Y 4 HOH A 1 601 601 HOH HOH . Z 4 HOH B 1 601 601 HOH HOH . AA 4 HOH C 1 601 601 HOH HOH . BA 4 HOH D 1 601 601 HOH HOH . CA 4 HOH E 1 601 601 HOH HOH . DA 4 HOH F 1 601 601 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N ASP . . . M 2 -16.641 42.162 0.801 1 128.08 ? N ASP 501 C 1 HETATM 2 C CA ASP . . . M 2 -15.267 42.185 1.395 1 130.53 ? CA ASP 501 C 1 HETATM 3 C C ASP . . . M 2 -15.133 42.381 2.953 1 129.79 ? C ASP 501 C 1 HETATM 4 O O ASP . . . M 2 -16.098 42.622 3.716 1 130.68 ? O ASP 501 C 1 HETATM 5 C CB ASP . . . M 2 -14.379 43.17 0.613 1 126.81 ? CB ASP 501 C 1 HETATM 6 C CG ASP . . . M 2 -13.698 42.501 -0.56 1 127.73 ? CG ASP 501 C 1 HETATM 7 O OD1 ASP . . . M 2 -14.228 42.605 -1.709 1 136.46 ? OD1 ASP 501 C 1 HETATM 8 O OD2 ASP . . . M 2 -12.67 41.818 -0.312 1 122.78 ? OD2 ASP 501 C 1 HETATM 9 O OXT ASP . . . M 2 -14.03 42.256 3.516 1 123.68 ? OXT ASP 501 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 61 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 9 #