data_5CHG # _model_server_result.job_id qJ27TmcLKltbIkgHbDVlLA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 04:05:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5chg # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":603}' # _entry.id 5CHG # _exptl.entry_id 5CHG _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5CHG _cell.length_a 83.893 _cell.length_b 83.893 _cell.length_c 398.646 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CHG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 179 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 65 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id H _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 302 A CYS 543 1_555 B SG CYS 302 B CYS 543 6_664 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc1 A O SER 98 A SER 339 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc2 A O ILE 100 A ILE 341 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc3 A O ALA 103 A ALA 344 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc4 E MG MG . A MG 601 1_555 C OP1 DT 4 P DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc5 B OD1 ASP 186 B ASP 427 1_555 G MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASP 188 B ASP 429 1_555 G MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.903 ? metalc ? metalc7 G MG MG . B MG 602 1_555 H O2G DGT . B DGT 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc8 G MG MG . B MG 602 1_555 H O2B DGT . B DGT 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc9 G MG MG . B MG 602 1_555 H O1A DGT . B DGT 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N3 DC 1 P DC 1 1_555 D N1 DG 6 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N4 DC 1 P DC 1 1_555 D O6 DG 6 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O2 DC 1 P DC 1 1_555 D N2 DG 6 T DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N1 DA 2 P DA 2 1_555 D N3 DT 5 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N6 DA 2 P DA 2 1_555 D O4 DT 5 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N1 DG 3 P DG 3 1_555 D N3 DC 4 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N2 DG 3 P DG 3 1_555 D O2 DC 4 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O6 DG 3 P DG 3 1_555 D N4 DC 4 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N3 DT 4 P DT 4 1_555 D N1 DA 3 T DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C O4 DT 4 P DT 4 1_555 D N6 DA 3 T DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N1 DA 5 P DA 5 1_555 D N3 DT 2 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N6 DA 5 P DA 5 1_555 D O4 DT 2 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N3 DC 6 P DC 6 1_555 D N1 DG 1 T DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N4 DC 6 P DC 6 1_555 D O6 DG 1 T DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C O2 DC 6 P DC 6 1_555 D N2 DG 1 T DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 195 n n PG O2G DGT sing 196 n n O1G HO1G DGT sing 197 n n O2G HO2G DGT sing 198 n n O3G PG DGT doub 199 n n O3B PG DGT sing 200 n n PB O3B DGT sing 201 n n PB O1B DGT sing 202 n n PB O3A DGT sing 203 n n O1B HO1B DGT sing 204 n n O2B PB DGT doub 205 n n PA O3A DGT sing 206 n n PA O1A DGT sing 207 n n O1A HO1A DGT sing 208 n n O2A PA DGT doub 209 n n O5' PA DGT sing 210 n n O5' C5' DGT sing 211 n n C5' H5' DGT sing 212 n n C5' "H5'A" DGT sing 213 n n C4' C5' DGT sing 214 n n C4' H4' DGT sing 215 n n O4' C4' DGT sing 216 n n C3' C4' DGT sing 217 n n C3' O3' DGT sing 218 n n C3' H3' DGT sing 219 n n O3' HO3' DGT sing 220 n n C2' C3' DGT sing 221 n n C2' C1' DGT sing 222 n n C2' H2' DGT sing 223 n n C2' "H2'A" DGT sing 224 n n C1' O4' DGT sing 225 n n C1' H1' DGT sing 226 n n N9 C1' DGT sing 227 n n N9 C4 DGT sing 228 n y C8 N9 DGT sing 229 n y C8 H8 DGT sing 230 n n N7 C8 DGT doub 231 n y N7 C5 DGT sing 232 n y C5 C6 DGT sing 233 n n C5 C4 DGT doub 234 n y C6 N1 DGT sing 235 n n O6 C6 DGT doub 236 n n N1 C2 DGT sing 237 n n C2 N3 DGT doub 238 n n C2 N2 DGT sing 239 n n N2 HN2 DGT sing 240 n n N2 HN2A DGT sing 241 n n C4 N3 DGT sing 242 n n N1 H16 DGT sing 243 n n # _atom_sites.entry_id 5CHG _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01192 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006882 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013764 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002508 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 MG A 1 601 601 MG MG . F 5 SO4 B 1 601 601 SO4 SO4 . G 4 MG B 1 602 602 MG MG . H 6 DGT B 1 603 603 DGT DGT . I 7 HOH A 1 701 1 HOH HOH . I 7 HOH A 2 702 2 HOH HOH . I 7 HOH A 3 703 4 HOH HOH . I 7 HOH A 4 704 3 HOH HOH . I 7 HOH A 5 705 5 HOH HOH . I 7 HOH A 6 706 6 HOH HOH . I 7 HOH A 7 707 8 HOH HOH . I 7 HOH A 8 708 7 HOH HOH . I 7 HOH A 9 709 9 HOH HOH . I 7 HOH A 10 710 10 HOH HOH . J 7 HOH B 1 701 11 HOH HOH . J 7 HOH B 2 702 12 HOH HOH . J 7 HOH B 3 703 15 HOH HOH . J 7 HOH B 4 704 13 HOH HOH . J 7 HOH B 5 705 14 HOH HOH . J 7 HOH B 6 706 16 HOH HOH . J 7 HOH B 7 707 17 HOH HOH . J 7 HOH B 8 708 18 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . H 6 -21.163 42.018 48.407 1 31.89 ? PG DGT 603 B 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . H 6 -21.231 43.508 48.254 1 30.49 1 O1G DGT 603 B 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . H 6 -22.015 41.364 47.366 1 29.79 1 O2G DGT 603 B 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . H 6 -19.719 41.62 48.213 1 36.3 ? O3G DGT 603 B 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . H 6 -21.668 41.586 49.79 1 45.16 ? O3B DGT 603 B 1 HETATM 6 P PB DGT . . . H 6 -23.071 40.888 50.048 1 32.51 ? PB DGT 603 B 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . H 6 -23.671 41.366 51.341 1 36.49 1 O1B DGT 603 B 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . H 6 -24.093 41.143 48.955 1 39.18 ? O2B DGT 603 B 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . H 6 -22.799 39.354 50.161 1 39.5 ? O3A DGT 603 B 1 HETATM 10 P PA DGT . . . H 6 -23.059 38.274 49.015 1 32.15 ? PA DGT 603 B 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . H 6 -23.585 38.831 47.691 1 28.99 1 O1A DGT 603 B 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . H 6 -21.804 37.453 48.782 1 35.16 ? O2A DGT 603 B 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . H 6 -24.163 37.338 49.633 1 39.99 ? O5' DGT 603 B 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . H 6 -25.448 37.793 49.712 1 29.85 ? C5' DGT 603 B 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . H 6 -25.969 37.4 51.055 1 34.17 ? C4' DGT 603 B 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . H 6 -26.155 36.019 51.078 1 43.11 ? O4' DGT 603 B 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . H 6 -24.976 37.699 52.077 1 34.41 ? C3' DGT 603 B 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . H 6 -25.058 39.051 52.575 1 33.2 ? O3' DGT 603 B 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . H 6 -25.277 36.795 53.126 1 30.08 ? C2' DGT 603 B 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . H 6 -25.78 35.597 52.382 1 38.21 ? C1' DGT 603 B 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . H 6 -24.746 34.679 52.287 1 42.79 ? N9 DGT 603 B 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . H 6 -23.968 34.433 51.207 1 47.07 ? C8 DGT 603 B 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . H 6 -23.072 33.504 51.501 1 54.19 ? N7 DGT 603 B 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . H 6 -23.242 33.122 52.775 1 50.92 ? C5 DGT 603 B 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . H 6 -22.577 32.156 53.645 1 55.38 ? C6 DGT 603 B 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . H 6 -21.671 31.511 53.233 1 56.69 ? O6 DGT 603 B 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . H 6 -23.011 32 54.948 1 58.05 ? N1 DGT 603 B 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . H 6 -24.1 32.761 55.472 1 47.34 ? C2 DGT 603 B 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . H 6 -24.519 32.58 56.809 1 56.98 ? N2 DGT 603 B 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . H 6 -24.736 33.667 54.675 1 45.33 ? N3 DGT 603 B 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . H 6 -24.311 33.87 53.292 1 46.61 ? C4 DGT 603 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 43 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #