data_5CK3
#
_model_server_result.job_id            j-Auc7Lc-5JWIDjZbSJ_Gg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-09 01:53:20' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5ck3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    5CK3 
#
_exptl.entry_id    5CK3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          105.23 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5CK3 
_cell.length_a            88.277 
_cell.length_b            83.609 
_cell.length_c            90.213 
_cell.Z_PDB               6 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5CK3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J 1 1 
C,D,K,L 2 1 
E,F,M,N 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 L N N 
? 4 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B OG1 THR 24 B THR 64 1_555 G MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc2 B O HIS 65 B HIS 105 1_555 G MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? 
metalc ? metalc3 B OG SER 67 B SER 107 1_555 G MG MG . B MG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc4 G MG MG . B MG 401 1_555 H O1B GTP . B GTP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . B MG 401 1_555 H O1G GTP . B GTP 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc6 D OG1 THR 24 D THR 64 1_555 K MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc7 D OG SER 67 D SER 107 1_555 K MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc8 K MG MG . D MG 400 1_555 L O1G GTP . D GTP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc9 K MG MG . D MG 400 1_555 L O3G GTP . D GTP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . D MG 400 1_555 L O1B GTP . D GTP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc11 F OG1 THR 24 F THR 64 1_555 M MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc12 F OG SER 67 F SER 107 1_555 M MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc13 F OD1 ASP 106 F ASP 146 1_555 M MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? 
metalc ? metalc14 F OD2 ASP 106 F ASP 146 1_555 M MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc15 F O THR 107 F THR 147 1_555 M MG MG . F MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc16 M MG MG . F MG 400 1_555 N O3G GTP . F GTP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
metalc ? metalc17 M MG MG . F MG 400 1_555 N O1B GTP . F GTP 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 142 n n 
PG O2G GTP sing 143 n n 
PG O3G GTP sing 144 n n 
PG O3B GTP sing 145 n n 
O2G HOG2 GTP sing 146 n n 
O3G HOG3 GTP sing 147 n n 
O3B PB GTP sing 148 n n 
PB O1B GTP doub 149 n n 
PB O2B GTP sing 150 n n 
PB O3A GTP sing 151 n n 
O2B HOB2 GTP sing 152 n n 
O3A PA GTP sing 153 n n 
PA O1A GTP doub 154 n n 
PA O2A GTP sing 155 n n 
PA O5' GTP sing 156 n n 
O2A HOA2 GTP sing 157 n n 
O5' C5' GTP sing 158 n n 
C5' C4' GTP sing 159 n n 
C5' H5' GTP sing 160 n n 
C5' "H5''" GTP sing 161 n n 
C4' O4' GTP sing 162 n n 
C4' C3' GTP sing 163 n n 
C4' H4' GTP sing 164 n n 
O4' C1' GTP sing 165 n n 
C3' O3' GTP sing 166 n n 
C3' C2' GTP sing 167 n n 
C3' H3' GTP sing 168 n n 
O3' HO3' GTP sing 169 n n 
C2' O2' GTP sing 170 n n 
C2' C1' GTP sing 171 n n 
C2' H2' GTP sing 172 n n 
O2' HO2' GTP sing 173 n n 
C1' N9 GTP sing 174 n n 
C1' H1' GTP sing 175 n n 
N9 C8 GTP sing 176 n y 
N9 C4 GTP sing 177 n y 
C8 N7 GTP doub 178 n y 
C8 H8 GTP sing 179 n n 
N7 C5 GTP sing 180 n y 
C5 C6 GTP sing 181 n n 
C5 C4 GTP doub 182 n y 
C6 O6 GTP doub 183 n n 
C6 N1 GTP sing 184 n n 
N1 C2 GTP sing 185 n n 
N1 HN1 GTP sing 186 n n 
C2 N2 GTP sing 187 n n 
C2 N3 GTP doub 188 n n 
N2 HN21 GTP sing 189 n n 
N2 HN22 GTP sing 190 n n 
N3 C4 GTP sing 191 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5CK3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011328 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003084 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01196 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011488 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 MG B 1 401 400 MG MG . 
H 4 GTP B 1 402 401 GTP GTP . 
I 5 GOL B 1 403 1 GOL GOL . 
J 6 SO4 B 1 404 1 SO4 SO4 . 
K 3 MG D 1 400 400 MG MG . 
L 4 GTP D 1 401 401 GTP GTP . 
M 3 MG F 1 400 400 MG MG . 
N 4 GTP F 1 401 401 GTP GTP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . L 4 33.243 -11.125 83.072 1 58.34 ? PG GTP 401 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . L 4 32.925 -10.65 81.677 1 64.06 ? O1G GTP 401 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . L 4 33.086 -12.625 83.128 1 65.99 ? O2G GTP 401 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . L 4 34.647 -10.728 83.464 1 59.37 ? O3G GTP 401 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . L 4 32.193 -10.481 84.101 1 56.06 ? O3B GTP 401 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . L 4 32.403 -8.951 84.532 1 65.47 ? PB GTP 401 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . L 4 32.69 -8.117 83.308 1 67.42 ? O1B GTP 401 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . L 4 33.483 -8.813 85.576 1 61.77 ? O2B GTP 401 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . L 4 30.995 -8.493 85.136 1 55.04 ? O3A GTP 401 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . L 4 29.684 -8.431 84.221 1 57.05 ? PA GTP 401 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . L 4 29.653 -9.549 83.209 1 63.41 ? O1A GTP 401 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . L 4 29.619 -7.067 83.575 1 60.84 ? O2A GTP 401 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . L 4 28.53 -8.593 85.322 1 54.19 ? O5' GTP 401 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . L 4 27.904 -9.823 85.556 1 53.76 ? C5' GTP 401 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . L 4 26.523 -9.47 86.062 1 51.52 ? C4' GTP 401 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . L 4 26.67 -8.939 87.357 1 49.87 ? O4' GTP 401 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . L 4 25.879 -8.368 85.237 1 61.82 ? C3' GTP 401 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . L 4 24.886 -8.886 84.385 1 78.61 ? O3' GTP 401 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . L 4 25.213 -7.463 86.248 1 63.46 ? C2' GTP 401 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . L 4 23.812 -7.516 86.12 1 69.99 ? O2' GTP 401 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . L 4 25.619 -8.031 87.591 1 55.03 ? C1' GTP 401 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . L 4 26.021 -6.918 88.454 1 53.87 ? N9 GTP 401 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . L 4 27.113 -6.098 88.359 1 52.43 ? C8 GTP 401 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . L 4 27.052 -5.217 89.386 1 55.68 ? N7 GTP 401 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . L 4 25.947 -5.474 90.122 1 54.11 ? C5 GTP 401 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . L 4 25.405 -4.899 91.257 1 53.58 ? C6 GTP 401 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . L 4 25.977 -3.949 91.779 1 58.37 ? O6 GTP 401 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . L 4 24.23 -5.398 91.787 1 57.8 ? N1 GTP 401 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . L 4 23.599 -6.469 91.183 1 58.26 ? C2 GTP 401 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . L 4 22.464 -6.97 91.675 1 59.7 ? N2 GTP 401 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . L 4 24.147 -7.031 90.055 1 58.15 ? N3 GTP 401 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . L 4 25.294 -6.54 89.54 1 55.1 ? C4 GTP 401 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           235 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           32 
#