data_5CNV # _model_server_result.job_id NVllQFRWAcJ8WJjhdSIVUw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 16:35:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5cnv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":801}' # _entry.id 5CNV # _exptl.entry_id 5CNV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 443.201 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 119.49 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5CNV _cell.length_a 274.776 _cell.length_b 157.753 _cell.length_c 165.768 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CNV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 O N N ? 3 U N N ? 3 AA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 J O2B DAT . A DAT 802 1_555 K MG MG . A MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc2 J O2A DAT . A DAT 802 1_555 K MG MG . A MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc3 K MG MG . A MG 803 1_555 L O1G TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc4 K MG MG . A MG 803 1_555 L O1A TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc5 K MG MG . A MG 803 1_555 L O1B TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc6 K MG MG . A MG 803 1_555 KA O HOH . A HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc7 M O2A TTP . A TTP 805 1_555 N MG MG . A MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc8 M O2B TTP . A TTP 805 1_555 N MG MG . A MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc9 M O3G TTP . A TTP 805 1_555 N MG MG . A MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc10 N MG MG . A MG 806 1_555 KA O HOH . A HOH 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc11 N MG MG . A MG 806 1_555 KA O HOH . A HOH 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc12 N MG MG . A MG 806 1_555 KA O HOH . A HOH 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc13 P O1B DAT . B DAT 802 1_555 Q MG MG . B MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc14 P O1A DAT . B DAT 802 1_555 Q MG MG . B MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc15 Q MG MG . B MG 803 1_555 R O2A TTP . B TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc16 Q MG MG . B MG 803 1_555 R O2B TTP . B TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc17 Q MG MG . B MG 803 1_555 R O3G TTP . B TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc18 Q MG MG . B MG 803 1_555 LA O HOH . B HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc19 S O1A TTP . B TTP 805 1_555 T MG MG . B MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc20 S O1B TTP . B TTP 805 1_555 T MG MG . B MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc21 S O1G TTP . B TTP 805 1_555 T MG MG . B MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc22 T MG MG . B MG 806 1_555 LA O HOH . B HOH 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc23 T MG MG . B MG 806 1_555 LA O HOH . B HOH 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc24 T MG MG . B MG 806 1_555 LA O HOH . B HOH 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc25 V O1B DAT . C DAT 802 1_555 W MG MG . C MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc26 V O1A DAT . C DAT 802 1_555 W MG MG . C MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc27 W MG MG . C MG 803 1_555 X O3G TTP . C TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc28 W MG MG . C MG 803 1_555 X O2A TTP . C TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc29 W MG MG . C MG 803 1_555 X O2B TTP . C TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc30 W MG MG . C MG 803 1_555 MA O HOH . C HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc31 Y O2A TTP . C TTP 805 1_555 Z MG MG . C MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc32 Y O2B TTP . C TTP 805 1_555 Z MG MG . C MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc33 Y O1G TTP . C TTP 805 1_555 Z MG MG . C MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc34 Z MG MG . C MG 806 1_555 MA O HOH . C HOH 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc35 Z MG MG . C MG 806 1_555 MA O HOH . C HOH 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc36 Z MG MG . C MG 806 1_555 MA O HOH . C HOH 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc37 BA O2B DAT . D DAT 802 1_555 CA MG MG . D MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc38 BA O2A DAT . D DAT 802 1_555 CA MG MG . D MG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc39 CA MG MG . D MG 803 1_555 DA O1A TTP . D TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc40 CA MG MG . D MG 803 1_555 DA O1B TTP . D TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc41 CA MG MG . D MG 803 1_555 DA O1G TTP . D TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc42 CA MG MG . D MG 803 1_555 NA O HOH . D HOH 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc43 EA O1A TTP . D TTP 805 1_555 FA MG MG . D MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc44 EA O2B TTP . D TTP 805 1_555 FA MG MG . D MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc45 EA O2G TTP . D TTP 805 1_555 FA MG MG . D MG 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc46 FA MG MG . D MG 806 1_555 NA O HOH . D HOH 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc47 FA MG MG . D MG 806 1_555 NA O HOH . D HOH 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc48 FA MG MG . D MG 806 1_555 NA O HOH . D HOH 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc49 E OD1 ASP 84 E ASP 84 1_555 GA FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc50 E OD2 ASP 84 E ASP 84 1_555 GA FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc51 E OE1 GLU 115 E GLU 115 1_555 GA FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc52 E OE2 GLU 115 E GLU 115 1_555 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc53 E ND1 HIS 118 E HIS 118 1_555 GA FE1 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc54 E OE1 GLU 204 E GLU 204 1_555 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc55 E OE1 GLU 238 E GLU 238 1_555 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc56 E OE2 GLU 238 E GLU 238 1_555 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc57 E ND1 HIS 241 E HIS 241 1_555 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc58 GA FE1 FEO . E FEO 501 1_555 OA O HOH . E HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc59 GA FE2 FEO . E FEO 501 1_555 OA O HOH . E HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc60 F OD1 ASP 84 F ASP 84 1_555 HA FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc61 F OD2 ASP 84 F ASP 84 1_555 HA FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc62 F OE1 GLU 115 F GLU 115 1_555 HA FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc63 F OE2 GLU 115 F GLU 115 1_555 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc64 F ND1 HIS 118 F HIS 118 1_555 HA FE1 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc65 F OE1 GLU 204 F GLU 204 1_555 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc66 F OE1 GLU 238 F GLU 238 1_555 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc67 F OE2 GLU 238 F GLU 238 1_555 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc68 F ND1 HIS 241 F HIS 241 1_555 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc69 HA FE1 FEO . F FEO 501 1_555 PA O HOH . F HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc70 HA FE2 FEO . F FEO 501 1_555 PA O HOH . F HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc71 G OD1 ASP 84 G ASP 84 1_555 IA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc72 G OD2 ASP 84 G ASP 84 1_555 IA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc73 G OE1 GLU 115 G GLU 115 1_555 IA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc74 G OE2 GLU 115 G GLU 115 1_555 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc75 G ND1 HIS 118 G HIS 118 1_555 IA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc76 G OE1 GLU 204 G GLU 204 1_555 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc77 G OE1 GLU 238 G GLU 238 1_555 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc78 G OE2 GLU 238 G GLU 238 1_555 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc79 G ND1 HIS 241 G HIS 241 1_555 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc80 IA FE1 FEO . G FEO 501 1_555 QA O HOH . G HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc81 IA FE2 FEO . G FEO 501 1_555 QA O HOH . G HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc82 H OD1 ASP 84 H ASP 84 1_555 JA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc83 H OD2 ASP 84 H ASP 84 1_555 JA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc84 H OE1 GLU 115 H GLU 115 1_555 JA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc85 H OE2 GLU 115 H GLU 115 1_555 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? metalc ? metalc86 H ND1 HIS 118 H HIS 118 1_555 JA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc87 H OE1 GLU 204 H GLU 204 1_555 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc88 H OE1 GLU 238 H GLU 238 1_555 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc89 H OE2 GLU 238 H GLU 238 1_555 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? metalc ? metalc90 H ND1 HIS 241 H HIS 241 1_555 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc91 JA FE1 FEO . H FEO 501 1_555 RA O HOH . H HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc92 JA FE2 FEO . H FEO 501 1_555 RA O HOH . H HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O11 P2' _chem_comp.formula_weight 443.201 _chem_comp.id GDP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B GDP doub 128 n n PB O2B GDP sing 129 n n PB O3B GDP sing 130 n n PB O3A GDP sing 131 n n O2B HOB2 GDP sing 132 n n O3B HOB3 GDP sing 133 n n O3A PA GDP sing 134 n n PA O1A GDP doub 135 n n PA O2A GDP sing 136 n n PA O5' GDP sing 137 n n O2A HOA2 GDP sing 138 n n O5' C5' GDP sing 139 n n C5' C4' GDP sing 140 n n C5' H5' GDP sing 141 n n C5' "H5''" GDP sing 142 n n C4' O4' GDP sing 143 n n C4' C3' GDP sing 144 n n C4' H4' GDP sing 145 n n O4' C1' GDP sing 146 n n C3' O3' GDP sing 147 n n C3' C2' GDP sing 148 n n C3' H3' GDP sing 149 n n O3' HO3' GDP sing 150 n n C2' O2' GDP sing 151 n n C2' C1' GDP sing 152 n n C2' H2' GDP sing 153 n n O2' HO2' GDP sing 154 n n C1' N9 GDP sing 155 n n C1' H1' GDP sing 156 n n N9 C8 GDP sing 157 n y N9 C4 GDP sing 158 n y C8 N7 GDP doub 159 n y C8 H8 GDP sing 160 n n N7 C5 GDP sing 161 n y C5 C6 GDP sing 162 n n C5 C4 GDP doub 163 n y C6 O6 GDP doub 164 n n C6 N1 GDP sing 165 n n N1 C2 GDP sing 166 n n N1 HN1 GDP sing 167 n n C2 N2 GDP sing 168 n n C2 N3 GDP doub 169 n n N2 HN21 GDP sing 170 n n N2 HN22 GDP sing 171 n n N3 C4 GDP sing 172 n n # _atom_sites.entry_id 5CNV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003639 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002058 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006339 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00693 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 GDP A 1 801 750 GDP GDP . J 4 DAT A 1 802 800 DAT DAT . K 5 MG A 1 803 825 MG MG . L 6 TTP A 1 804 850 TTP TTP . M 6 TTP A 1 805 900 TTP TTP . N 5 MG A 1 806 901 MG MG . O 3 GDP B 1 801 750 GDP GDP . P 4 DAT B 1 802 800 DAT DAT . Q 5 MG B 1 803 825 MG MG . R 6 TTP B 1 804 850 TTP TTP . S 6 TTP B 1 805 900 TTP TTP . T 5 MG B 1 806 901 MG MG . U 3 GDP C 1 801 750 GDP GDP . V 4 DAT C 1 802 800 DAT DAT . W 5 MG C 1 803 825 MG MG . X 6 TTP C 1 804 850 TTP TTP . Y 6 TTP C 1 805 900 TTP TTP . Z 5 MG C 1 806 901 MG MG . AA 3 GDP D 1 801 750 GDP GDP . BA 4 DAT D 1 802 800 DAT DAT . CA 5 MG D 1 803 825 MG MG . DA 6 TTP D 1 804 850 TTP TTP . EA 6 TTP D 1 805 900 TTP TTP . FA 5 MG D 1 806 901 MG MG . GA 7 FEO E 1 501 501 FEO FEO . HA 7 FEO F 1 501 501 FEO FEO . IA 7 FEO G 1 501 501 FEO FEO . JA 7 FEO H 1 501 501 FEO FEO . KA 8 HOH A 1 901 826 HOH HOH . KA 8 HOH A 2 902 42 HOH HOH . KA 8 HOH A 3 903 17 HOH HOH . KA 8 HOH A 4 904 14 HOH HOH . KA 8 HOH A 5 905 903 HOH HOH . KA 8 HOH A 6 906 904 HOH HOH . KA 8 HOH A 7 907 902 HOH HOH . KA 8 HOH A 8 908 15 HOH HOH . KA 8 HOH A 9 909 13 HOH HOH . LA 8 HOH B 1 901 826 HOH HOH . LA 8 HOH B 2 902 12 HOH HOH . LA 8 HOH B 3 903 904 HOH HOH . LA 8 HOH B 4 904 903 HOH HOH . LA 8 HOH B 5 905 902 HOH HOH . MA 8 HOH C 1 901 826 HOH HOH . MA 8 HOH C 2 902 33 HOH HOH . MA 8 HOH C 3 903 35 HOH HOH . MA 8 HOH C 4 904 6 HOH HOH . MA 8 HOH C 5 905 3 HOH HOH . MA 8 HOH C 6 906 30 HOH HOH . MA 8 HOH C 7 907 18 HOH HOH . MA 8 HOH C 8 908 9 HOH HOH . MA 8 HOH C 9 909 902 HOH HOH . MA 8 HOH C 10 910 904 HOH HOH . MA 8 HOH C 11 911 903 HOH HOH . MA 8 HOH C 12 912 4 HOH HOH . MA 8 HOH C 13 913 23 HOH HOH . NA 8 HOH D 1 901 826 HOH HOH . NA 8 HOH D 2 902 29 HOH HOH . NA 8 HOH D 3 903 38 HOH HOH . NA 8 HOH D 4 904 34 HOH HOH . NA 8 HOH D 5 905 22 HOH HOH . NA 8 HOH D 6 906 1 HOH HOH . NA 8 HOH D 7 907 19 HOH HOH . NA 8 HOH D 8 908 46 HOH HOH . NA 8 HOH D 9 909 24 HOH HOH . NA 8 HOH D 10 910 903 HOH HOH . NA 8 HOH D 11 911 902 HOH HOH . NA 8 HOH D 12 912 904 HOH HOH . OA 8 HOH E 1 601 601 HOH HOH . OA 8 HOH E 2 602 31 HOH HOH . OA 8 HOH E 3 603 602 HOH HOH . OA 8 HOH E 4 604 44 HOH HOH . PA 8 HOH F 1 601 601 HOH HOH . PA 8 HOH F 2 602 602 HOH HOH . PA 8 HOH F 3 603 43 HOH HOH . PA 8 HOH F 4 604 45 HOH HOH . PA 8 HOH F 5 605 36 HOH HOH . PA 8 HOH F 6 606 41 HOH HOH . PA 8 HOH F 7 607 2 HOH HOH . QA 8 HOH G 1 601 601 HOH HOH . QA 8 HOH G 2 602 28 HOH HOH . QA 8 HOH G 3 603 602 HOH HOH . QA 8 HOH G 4 604 32 HOH HOH . QA 8 HOH G 5 605 16 HOH HOH . RA 8 HOH H 1 601 39 HOH HOH . RA 8 HOH H 2 602 5 HOH HOH . RA 8 HOH H 3 603 601 HOH HOH . RA 8 HOH H 4 604 8 HOH HOH . RA 8 HOH H 5 605 37 HOH HOH . RA 8 HOH H 6 606 602 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB GDP . . . I 3 56.099 42.053 14.958 1 67.53 ? PB GDP 801 A 1 HETATM 2 O O1B GDP . . . I 3 56.539 41.432 13.658 1 67.61 ? O1B GDP 801 A 1 HETATM 3 O O2B GDP . . . I 3 56.397 43.531 15.041 1 68.08 ? O2B GDP 801 A 1 HETATM 4 O O3B GDP . . . I 3 56.465 41.268 16.192 1 68.85 ? O3B GDP 801 A 1 HETATM 5 O O3A GDP . . . I 3 54.497 41.908 14.884 1 67.61 ? O3A GDP 801 A 1 HETATM 6 P PA GDP . . . I 3 53.43 42.924 15.54 1 67.8 ? PA GDP 801 A 1 HETATM 7 O O1A GDP . . . I 3 54.087 44.159 16.112 1 66.71 ? O1A GDP 801 A 1 HETATM 8 O O2A GDP . . . I 3 52.531 42.092 16.416 1 68.62 ? O2A GDP 801 A 1 HETATM 9 O O5' GDP . . . I 3 52.573 43.312 14.238 1 68.44 ? O5' GDP 801 A 1 HETATM 10 C C5' GDP . . . I 3 52.434 44.669 13.838 1 68.76 ? C5' GDP 801 A 1 HETATM 11 C C4' GDP . . . I 3 52.387 44.701 12.319 1 69.11 ? C4' GDP 801 A 1 HETATM 12 O O4' GDP . . . I 3 53.216 43.67 11.768 1 70.08 ? O4' GDP 801 A 1 HETATM 13 C C3' GDP . . . I 3 50.987 44.412 11.819 1 68.88 ? C3' GDP 801 A 1 HETATM 14 O O3' GDP . . . I 3 50.253 45.62 11.615 1 69.17 ? O3' GDP 801 A 1 HETATM 15 C C2' GDP . . . I 3 51.192 43.657 10.523 1 70.76 ? C2' GDP 801 A 1 HETATM 16 O O2' GDP . . . I 3 51.117 44.559 9.413 1 72 ? O2' GDP 801 A 1 HETATM 17 C C1' GDP . . . I 3 52.586 43.057 10.637 1 70.65 ? C1' GDP 801 A 1 HETATM 18 N N9 GDP . . . I 3 52.432 41.592 10.847 1 70.95 ? N9 GDP 801 A 1 HETATM 19 C C8 GDP . . . I 3 52.154 41.002 12.025 1 70.12 ? C8 GDP 801 A 1 HETATM 20 N N7 GDP . . . I 3 52.061 39.654 11.895 1 69.38 ? N7 GDP 801 A 1 HETATM 21 C C5 GDP . . . I 3 52.273 39.361 10.599 1 71.06 ? C5 GDP 801 A 1 HETATM 22 C C6 GDP . . . I 3 52.315 38.128 9.776 1 72.84 ? C6 GDP 801 A 1 HETATM 23 O O6 GDP . . . I 3 52.119 37.004 10.289 1 73.3 ? O6 GDP 801 A 1 HETATM 24 N N1 GDP . . . I 3 52.57 38.254 8.467 1 72.67 ? N1 GDP 801 A 1 HETATM 25 C C2 GDP . . . I 3 52.784 39.448 7.885 1 71.51 ? C2 GDP 801 A 1 HETATM 26 N N2 GDP . . . I 3 53.036 39.481 6.553 1 73.35 ? N2 GDP 801 A 1 HETATM 27 N N3 GDP . . . I 3 52.76 40.617 8.576 1 70.75 ? N3 GDP 801 A 1 HETATM 28 C C4 GDP . . . I 3 52.514 40.639 9.909 1 71.21 ? C4 GDP 801 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 86 _model_server_stats.query_time_ms 234 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 28 #