data_5CW4 # _model_server_result.job_id r26TeoKxwUWTsu-2abeTVw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 16:57:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5cw4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":301}' # _entry.id 5CW4 # _exptl.entry_id 5CW4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5CW4 _cell.length_a 50.106 _cell.length_b 116.287 _cell.length_c 231.538 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5CW4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C TYR 18 A TYR 16 1_555 A N MSE 19 A MSE 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale2 A C MSE 19 A MSE 17 1_555 A N VAL 20 A VAL 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale3 A C VAL 33 A VAL 31 1_555 A N MSE 34 A MSE 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 A C MSE 34 A MSE 32 1_555 A N GLY 35 A GLY 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 A C PRO 88 A PRO 86 1_555 A N MSE 89 A MSE 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale6 A C MSE 89 A MSE 87 1_555 A N ARG 90 A ARG 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C THR 118 A THR 116 1_555 A N MSE 119 A MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 119 A MSE 117 1_555 A N ASP 120 A ASP 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 A C THR 174 A THR 172 1_555 A N MSE 175 A MSE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale10 A C MSE 175 A MSE 173 1_555 A N THR 176 A THR 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale11 A C ASP 188 A ASP 186 1_555 A N MSE 189 A MSE 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale12 A C MSE 189 A MSE 187 1_555 A N ALA 190 A ALA 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale13 A C LYS 251 A LYS 249 1_555 A N MSE 252 A MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale14 B C GLN 29 B GLN 29 1_555 B N MSE 30 B MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale15 B C MSE 30 B MSE 30 1_555 B N GLY 31 B GLY 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale16 B C GLY 166 B GLY 166 1_555 B N MSE 167 B MSE 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale17 B C MSE 167 B MSE 167 1_555 B N PHE 168 B PHE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale18 B C ALA 225 B ALA 225 1_555 B N MSE 226 B MSE 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale19 B C MSE 226 B MSE 226 1_555 B N LEU 227 B LEU 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale20 B C LEU 236 B LEU 236 1_555 B N MSE 237 B MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale21 B C MSE 237 B MSE 237 1_555 B N SER 238 B SER 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale22 C C TYR 18 C TYR 16 1_555 C N MSE 19 C MSE 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale23 C C MSE 19 C MSE 17 1_555 C N VAL 20 C VAL 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale24 C C VAL 33 C VAL 31 1_555 C N MSE 34 C MSE 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale25 C C MSE 34 C MSE 32 1_555 C N GLY 35 C GLY 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale26 C C PRO 88 C PRO 86 1_555 C N MSE 89 C MSE 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale27 C C MSE 89 C MSE 87 1_555 C N ARG 90 C ARG 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale28 C C THR 118 C THR 116 1_555 C N MSE 119 C MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale29 C C MSE 119 C MSE 117 1_555 C N ASP 120 C ASP 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 C C THR 174 C THR 172 1_555 C N MSE 175 C MSE 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale31 C C MSE 175 C MSE 173 1_555 C N THR 176 C THR 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale32 C C ASP 188 C ASP 186 1_555 C N MSE 189 C MSE 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale33 C C MSE 189 C MSE 187 1_555 C N ALA 190 C ALA 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale34 C C LYS 251 C LYS 249 1_555 C N MSE 252 C MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale35 C C MSE 252 C MSE 250 1_555 C N CYS 253 C CYS 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale36 D C GLN 29 D GLN 29 1_555 D N MSE 30 D MSE 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale37 D C MSE 30 D MSE 30 1_555 D N GLY 31 D GLY 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale38 D C GLY 166 D GLY 166 1_555 D N MSE 167 D MSE 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale39 D C MSE 167 D MSE 167 1_555 D N PHE 168 D PHE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale40 D C ALA 225 D ALA 225 1_555 D N MSE 226 D MSE 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale41 D C MSE 226 D MSE 226 1_555 D N LEU 227 D LEU 227 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale42 D C LEU 236 D LEU 236 1_555 D N MSE 237 D MSE 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale43 D C MSE 237 D MSE 237 1_555 D N SER 238 D SER 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? metalc ? metalc1 A NE2 HIS 96 A HIS 94 1_555 E ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 98 A HIS 96 1_555 E ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 109 A ASP 107 1_555 E ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 109 A ASP 107 1_555 E ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 5CW4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019958 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008599 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004319 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 ZN A 1 301 1 ZN ZN . F 4 GOL A 1 302 1 GOL GOL . G 4 GOL B 1 301 1 GOL GOL . H 5 HOH A 1 401 30 HOH HOH . H 5 HOH A 2 402 6 HOH HOH . I 5 HOH C 1 301 43 HOH HOH . I 5 HOH C 2 302 24 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . G 4 47.117 111.721 -31.08 1 93.88 ? C1 GOL 301 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . G 4 46.581 110.75 -30.202 1 91.38 ? O1 GOL 301 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . G 4 48.475 112.212 -30.572 1 96.88 ? C2 GOL 301 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . G 4 49.422 112.184 -31.618 1 99.67 ? O2 GOL 301 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . G 4 48.403 113.631 -30.014 1 90.74 ? C3 GOL 301 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . G 4 48.061 113.603 -28.647 1 89.27 ? O3 GOL 301 B 1 HETATM 7 H H11 GOL . . . G 4 47.233 111.289 -32.074 1 112.66 ? H11 GOL 301 B 1 HETATM 8 H H12 GOL . . . G 4 46.429 112.563 -31.157 1 112.66 ? H12 GOL 301 B 1 HETATM 9 H HO1 GOL . . . G 4 45.685 110.495 -30.505 1 109.65 ? HO1 GOL 301 B 1 HETATM 10 H H2 GOL . . . G 4 48.801 111.547 -29.772 1 116.26 ? H2 GOL 301 B 1 HETATM 11 H HO2 GOL . . . G 4 49.153 112.814 -32.319 1 119.6 ? HO2 GOL 301 B 1 HETATM 12 H H31 GOL . . . G 4 49.368 114.123 -30.14 1 108.89 ? H31 GOL 301 B 1 HETATM 13 H H32 GOL . . . G 4 47.658 114.204 -30.566 1 108.89 ? H32 GOL 301 B 1 HETATM 14 H HO3 GOL . . . G 4 48.819 113.92 -28.114 1 107.13 ? HO3 GOL 301 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 14 #