data_5D6S
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_model_server_result.job_id            EH219NXO68k6Yq_zsdn8oA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 03:04:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5d6s 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    5D6S 
#
_exptl.entry_id    5D6S 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    10 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            5D6S 
_cell.length_a            106.12 
_cell.length_b            106.12 
_cell.length_c            332.28 
_cell.Z_PDB               30 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5D6S 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
? monomeric 1 author_defined_assembly 5 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,F,G,H,U 1 1 
B,I,J,K,V 2 1 
C,L,M,N,W 3 1 
D,O,P,Q,X 4 1 
E,R,S,T,Y 5 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 211 A CYS 184 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 214 A CYS 187 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 217 A CYS 190 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 221 A CYS 194 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 237 A CYS 210 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 263 A CYS 236 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 266 A CYS 239 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 270 A CYS 243 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc9 H CO B12 . A B12 403 1_555 U O HOH . A HOH 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 211 B CYS 184 1_555 I FE4 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 214 B CYS 187 1_555 I FE2 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 217 B CYS 190 1_555 I FE1 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 221 B CYS 194 1_555 J FE4 SF4 . B SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 237 B CYS 210 1_555 J FE1 SF4 . B SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 263 B CYS 236 1_555 J FE2 SF4 . B SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 266 B CYS 239 1_555 J FE3 SF4 . B SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 270 B CYS 243 1_555 I FE3 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 211 C CYS 184 1_555 L FE4 SF4 . C SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 214 C CYS 187 1_555 L FE2 SF4 . C SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 217 C CYS 190 1_555 L FE1 SF4 . C SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 221 C CYS 194 1_555 M FE4 SF4 . C SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 237 C CYS 210 1_555 M FE1 SF4 . C SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 263 C CYS 236 1_555 M FE2 SF4 . C SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 266 C CYS 239 1_555 M FE3 SF4 . C SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc25 C SG CYS 270 C CYS 243 1_555 L FE3 SF4 . C SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc26 D SG CYS 211 D CYS 184 1_555 O FE4 SF4 . D SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc27 D SG CYS 214 D CYS 187 1_555 O FE2 SF4 . D SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc28 D SG CYS 217 D CYS 190 1_555 O FE1 SF4 . D SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc29 D SG CYS 221 D CYS 194 1_555 P FE4 SF4 . D SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc30 D SG CYS 237 D CYS 210 1_555 P FE1 SF4 . D SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc31 D SG CYS 263 D CYS 236 1_555 P FE2 SF4 . D SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc32 D SG CYS 266 D CYS 239 1_555 P FE3 SF4 . D SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc33 D SG CYS 270 D CYS 243 1_555 O FE3 SF4 . D SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc34 E SG CYS 211 E CYS 184 1_555 R FE4 SF4 . E SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc35 E SG CYS 214 E CYS 187 1_555 R FE2 SF4 . E SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc36 E SG CYS 217 E CYS 190 1_555 R FE1 SF4 . E SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? 
metalc ? metalc37 E SG CYS 221 E CYS 194 1_555 S FE4 SF4 . E SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc38 E SG CYS 237 E CYS 210 1_555 S FE1 SF4 . E SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc39 E SG CYS 263 E CYS 236 1_555 S FE2 SF4 . E SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc40 E SG CYS 266 E CYS 239 1_555 S FE3 SF4 . E SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc41 E SG CYS 270 E CYS 243 1_555 R FE3 SF4 . E SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc42 T CO B12 . E B12 403 1_555 Y O HOH . E HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.844 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 480 n n 
FE1 S3 SF4 sing 481 n n 
FE1 S4 SF4 sing 482 n n 
FE2 S1 SF4 sing 483 n n 
FE2 S3 SF4 sing 484 n n 
FE2 S4 SF4 sing 485 n n 
FE3 S1 SF4 sing 486 n n 
FE3 S2 SF4 sing 487 n n 
FE3 S4 SF4 sing 488 n n 
FE4 S1 SF4 sing 489 n n 
FE4 S2 SF4 sing 490 n n 
FE4 S3 SF4 sing 491 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5D6S 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009423 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005441 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010881 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00301 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 SF4 A 1 401 771 SF4 FS4 . 
G 2 SF4 A 1 402 772 SF4 FS4 . 
H 3 B12 A 1 403 999 B12 B12 . 
I 2 SF4 B 1 401 771 SF4 FS4 . 
J 2 SF4 B 1 402 772 SF4 FS4 . 
K 3 B12 B 1 403 999 B12 B12 . 
L 2 SF4 C 1 401 771 SF4 FS4 . 
M 2 SF4 C 1 402 772 SF4 FS4 . 
N 3 B12 C 1 403 999 B12 B12 . 
O 2 SF4 D 1 401 771 SF4 FS4 . 
P 2 SF4 D 1 402 772 SF4 FS4 . 
Q 3 B12 D 1 403 999 B12 B12 . 
R 2 SF4 E 1 401 771 SF4 FS4 . 
S 2 SF4 E 1 402 772 SF4 FS4 . 
T 3 B12 E 1 403 999 B12 B12 . 
U 4 HOH A 1 501 38 HOH HOH . 
U 4 HOH A 2 502 37 HOH HOH . 
U 4 HOH A 3 503 35 HOH HOH . 
U 4 HOH A 4 504 9 HOH HOH . 
U 4 HOH A 5 505 33 HOH HOH . 
U 4 HOH A 6 506 31 HOH HOH . 
U 4 HOH A 7 507 36 HOH HOH . 
U 4 HOH A 8 508 32 HOH HOH . 
U 4 HOH A 9 509 10 HOH HOH . 
U 4 HOH A 10 510 13 HOH HOH . 
U 4 HOH A 11 511 39 HOH HOH . 
U 4 HOH A 12 512 2 HOH HOH . 
U 4 HOH A 13 513 34 HOH HOH . 
U 4 HOH A 14 514 72 HOH HOH . 
U 4 HOH A 15 515 11 HOH HOH . 
U 4 HOH A 16 516 12 HOH HOH . 
U 4 HOH A 17 517 1 HOH HOH . 
U 4 HOH A 18 518 30 HOH HOH . 
U 4 HOH A 19 519 68 HOH HOH . 
V 4 HOH B 1 501 69 HOH HOH . 
V 4 HOH B 2 502 42 HOH HOH . 
V 4 HOH B 3 503 40 HOH HOH . 
V 4 HOH B 4 504 6 HOH HOH . 
V 4 HOH B 5 505 8 HOH HOH . 
V 4 HOH B 6 506 43 HOH HOH . 
V 4 HOH B 7 507 45 HOH HOH . 
V 4 HOH B 8 508 46 HOH HOH . 
V 4 HOH B 9 509 41 HOH HOH . 
V 4 HOH B 10 510 4 HOH HOH . 
V 4 HOH B 11 511 7 HOH HOH . 
V 4 HOH B 12 512 44 HOH HOH . 
V 4 HOH B 13 513 3 HOH HOH . 
V 4 HOH B 14 514 5 HOH HOH . 
W 4 HOH C 1 501 48 HOH HOH . 
W 4 HOH C 2 502 53 HOH HOH . 
W 4 HOH C 3 503 66 HOH HOH . 
W 4 HOH C 4 504 52 HOH HOH . 
W 4 HOH C 5 505 51 HOH HOH . 
W 4 HOH C 6 506 67 HOH HOH . 
W 4 HOH C 7 507 54 HOH HOH . 
W 4 HOH C 8 508 14 HOH HOH . 
W 4 HOH C 9 509 47 HOH HOH . 
W 4 HOH C 10 510 16 HOH HOH . 
W 4 HOH C 11 511 50 HOH HOH . 
W 4 HOH C 12 512 49 HOH HOH . 
W 4 HOH C 13 513 17 HOH HOH . 
W 4 HOH C 14 514 15 HOH HOH . 
W 4 HOH C 15 515 71 HOH HOH . 
X 4 HOH D 1 501 70 HOH HOH . 
X 4 HOH D 2 502 61 HOH HOH . 
X 4 HOH D 3 503 59 HOH HOH . 
X 4 HOH D 4 504 19 HOH HOH . 
X 4 HOH D 5 505 58 HOH HOH . 
X 4 HOH D 6 506 23 HOH HOH . 
X 4 HOH D 7 507 21 HOH HOH . 
X 4 HOH D 8 508 18 HOH HOH . 
X 4 HOH D 9 509 56 HOH HOH . 
X 4 HOH D 10 510 60 HOH HOH . 
X 4 HOH D 11 511 20 HOH HOH . 
X 4 HOH D 12 512 57 HOH HOH . 
X 4 HOH D 13 513 22 HOH HOH . 
X 4 HOH D 14 514 55 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 1 501 73 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 2 502 65 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 3 503 28 HOH HOH . 
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