data_5D92
#
_model_server_result.job_id            ClNjd3Tn-QkU55Ec5hpgTg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 22:51:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          5d92 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":309}' 
#
_entry.id    5D92 
#
_exptl.entry_id    5D92 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              254.494 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            Octadecane 
_entity.pdbx_number_of_molecules    33 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            5D92 
_cell.length_a            89.002 
_cell.length_b            62.489 
_cell.length_c            169.759 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5D92 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 1 1 
C,D,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 JA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
? 2 TA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 204 D ASP 66 1_555 Q MG MG . D MG 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 204 D ASP 66 1_555 Q MG MG . D MG 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc3 A O ASP 204 D ASP 66 1_555 R MG MG . D MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 204 D ASP 66 1_555 R MG MG . D MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 207 D ASP 69 1_555 R MG MG . D MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 225 D ASP 87 1_555 Q MG MG . D MG 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 225 D ASP 87 1_555 Q MG MG . D MG 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 225 D ASP 87 1_555 R MG MG . D MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc9 A OD2 ASP 229 D ASP 91 1_555 Q MG MG . D MG 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc10 Q MG MG . D MG 313 1_555 S OAW 58A . D 58A 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc11 Q MG MG . D MG 313 1_555 S OAX 58A . D 58A 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc12 R MG MG . D MG 314 1_555 S OAT 58A . D 58A 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc13 R MG MG . D MG 314 1_555 S OAW 58A . D 58A 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc14 R MG MG . D MG 314 1_555 S O5' 58A . D 58A 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 204 A ASP 66 1_555 BA MG MG . A MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 204 A ASP 66 1_555 BA MG MG . A MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc17 B O ASP 204 A ASP 66 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc18 B OD1 ASP 204 A ASP 66 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.836 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASP 207 A ASP 69 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc20 B OD2 ASP 207 A ASP 69 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 225 A ASP 87 1_555 BA MG MG . A MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? 
metalc ? metalc22 B OD2 ASP 225 A ASP 87 1_555 BA MG MG . A MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 225 A ASP 87 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 225 A ASP 87 1_555 CA MG MG . A MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc25 B OD2 ASP 229 A ASP 91 1_555 BA MG MG . A MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc26 BA MG MG . A MG 309 1_555 DA OAW 58A . A 58A 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc27 BA MG MG . A MG 309 1_555 DA OAX 58A . A 58A 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc28 CA MG MG . A MG 310 1_555 DA OAT 58A . A 58A 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? 
metalc ? metalc29 CA MG MG . A MG 310 1_555 DA OAW 58A . A 58A 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? 
metalc ? metalc30 C OD1 ASP 204 B ASP 66 1_555 KA MG MG . B MG 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc31 C OD2 ASP 204 B ASP 66 1_555 KA MG MG . B MG 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc32 C O ASP 204 B ASP 66 1_555 LA MG MG . B MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASP 204 B ASP 66 1_555 LA MG MG . B MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc34 C OD1 ASP 207 B ASP 69 1_555 LA MG MG . B MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc35 C OD1 ASP 225 B ASP 87 1_555 KA MG MG . B MG 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc36 C OD2 ASP 225 B ASP 87 1_555 KA MG MG . B MG 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc37 C OD2 ASP 225 B ASP 87 1_555 LA MG MG . B MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc38 C OD2 ASP 229 B ASP 91 1_555 KA MG MG . B MG 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc39 KA MG MG . B MG 307 1_555 MA OAW 58A . B 58A 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc40 KA MG MG . B MG 307 1_555 MA OAX 58A . B 58A 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
metalc ? metalc41 LA MG MG . B MG 308 1_555 MA O5' 58A . B 58A 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc42 LA MG MG . B MG 308 1_555 MA OAT 58A . B 58A 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? 
metalc ? metalc43 D OD1 ASP 204 C ASP 66 1_555 UA MG MG . C MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc44 D OD2 ASP 204 C ASP 66 1_555 UA MG MG . C MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? 
metalc ? metalc45 D O ASP 204 C ASP 66 1_555 VA MG MG . C MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc46 D OD1 ASP 204 C ASP 66 1_555 VA MG MG . C MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc47 D OD1 ASP 207 C ASP 69 1_555 VA MG MG . C MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc48 D OD1 ASP 225 C ASP 87 1_555 UA MG MG . C MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? 
metalc ? metalc49 D OD2 ASP 225 C ASP 87 1_555 UA MG MG . C MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc50 D OD2 ASP 225 C ASP 87 1_555 VA MG MG . C MG 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc51 D OD2 ASP 229 C ASP 91 1_555 UA MG MG . C MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc52 UA MG MG . C MG 308 1_555 WA OAX 58A . C 58A 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc53 UA MG MG . C MG 308 1_555 WA OAW 58A . C 58A 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc54 VA MG MG . C MG 309 1_555 WA O5' 58A . C 58A 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? 
metalc ? metalc55 VA MG MG . C MG 309 1_555 WA OAT 58A . C 58A 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc56 VA MG MG . C MG 309 1_555 WA OAW 58A . C 58A 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
#
_chem_comp.formula           'C18 H38' 
_chem_comp.formula_weight    254.494 
_chem_comp.id                8K6 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              Octadecane 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-Octadecane 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 8K6 sing 155 n n 
C2 C3 8K6 sing 156 n n 
C3 C4 8K6 sing 157 n n 
C4 C5 8K6 sing 158 n n 
C5 C6 8K6 sing 159 n n 
C6 C7 8K6 sing 160 n n 
C7 C8 8K6 sing 161 n n 
C8 C9 8K6 sing 162 n n 
C9 C10 8K6 sing 163 n n 
C10 C11 8K6 sing 164 n n 
C11 C12 8K6 sing 165 n n 
C12 C13 8K6 sing 166 n n 
C13 C14 8K6 sing 167 n n 
C14 C15 8K6 sing 168 n n 
C15 C16 8K6 sing 169 n n 
C16 C17 8K6 sing 170 n n 
C17 C18 8K6 sing 171 n n 
C1 H11C 8K6 sing 172 n n 
C1 H12C 8K6 sing 173 n n 
C1 H13C 8K6 sing 174 n n 
C2 H21C 8K6 sing 175 n n 
C2 H22C 8K6 sing 176 n n 
C3 H31C 8K6 sing 177 n n 
C3 H32C 8K6 sing 178 n n 
C4 H41C 8K6 sing 179 n n 
C4 H42C 8K6 sing 180 n n 
C5 H51C 8K6 sing 181 n n 
C5 H52C 8K6 sing 182 n n 
C6 H61C 8K6 sing 183 n n 
C6 H62C 8K6 sing 184 n n 
C7 H71C 8K6 sing 185 n n 
C7 H72C 8K6 sing 186 n n 
C8 H81C 8K6 sing 187 n n 
C8 H82C 8K6 sing 188 n n 
C9 H91C 8K6 sing 189 n n 
C9 H92C 8K6 sing 190 n n 
C10 H101 8K6 sing 191 n n 
C10 H102 8K6 sing 192 n n 
C11 H111 8K6 sing 193 n n 
C11 H112 8K6 sing 194 n n 
C12 H121 8K6 sing 195 n n 
C12 H122 8K6 sing 196 n n 
C13 H131 8K6 sing 197 n n 
C13 H132 8K6 sing 198 n n 
C14 H141 8K6 sing 199 n n 
C14 H142 8K6 sing 200 n n 
C15 H151 8K6 sing 201 n n 
C15 H152 8K6 sing 202 n n 
C16 H161 8K6 sing 203 n n 
C16 H162 8K6 sing 204 n n 
C17 H171 8K6 sing 205 n n 
C17 H172 8K6 sing 206 n n 
C18 H181 8K6 sing 207 n n 
C18 H182 8K6 sing 208 n n 
C18 H183 8K6 sing 209 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5D92 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011236 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001935 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.016003 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005977 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 8K6 D 1 301 4 8K6 HP6 . 
F 2 8K6 D 1 302 5 8K6 HP6 . 
G 2 8K6 D 1 303 11 8K6 HP6 . 
H 2 8K6 D 1 304 13 8K6 HP6 . 
I 2 8K6 D 1 305 14 8K6 HP6 . 
J 2 8K6 D 1 306 15 8K6 HP6 . 
K 2 8K6 D 1 307 16 8K6 HP6 . 
L 2 8K6 D 1 308 24 8K6 HP6 . 
M 2 8K6 D 1 309 26 8K6 HP6 . 
N 2 8K6 D 1 310 27 8K6 HP6 . 
O 2 8K6 D 1 311 30 8K6 HP6 . 
P 2 8K6 D 1 312 31 8K6 HP6 . 
Q 3 MG D 1 313 1 MG MG . 
R 3 MG D 1 314 4 MG MG . 
S 4 58A D 1 315 5 58A DRG . 
T 2 8K6 A 1 301 12 8K6 HP6 . 
U 2 8K6 A 1 302 18 8K6 HP6 . 
V 2 8K6 A 1 303 19 8K6 HP6 . 
W 2 8K6 A 1 304 23 8K6 HP6 . 
X 2 8K6 A 1 305 33 8K6 HP6 . 
Y 2 8K6 A 1 306 34 8K6 HP6 . 
Z 2 8K6 A 1 307 35 8K6 HP6 . 
AA 2 8K6 A 1 308 36 8K6 HP6 . 
BA 3 MG A 1 309 2 MG MG . 
CA 3 MG A 1 310 3 MG MG . 
DA 4 58A A 1 311 3 58A DRG . 
EA 2 8K6 B 1 301 6 8K6 HP6 . 
FA 2 8K6 B 1 302 17 8K6 HP6 . 
GA 2 8K6 B 1 303 20 8K6 HP6 . 
HA 2 8K6 B 1 304 25 8K6 HP6 . 
IA 2 8K6 B 1 305 32 8K6 HP6 . 
JA 2 8K6 B 1 306 39 8K6 HP6 . 
KA 3 MG B 1 307 7 MG MG . 
LA 3 MG B 1 308 8 MG MG . 
MA 4 58A B 1 309 7 58A DRG . 
NA 2 8K6 C 1 301 1 8K6 HP6 . 
OA 2 8K6 C 1 302 2 8K6 HP6 . 
PA 2 8K6 C 1 303 21 8K6 HP6 . 
QA 2 8K6 C 1 304 22 8K6 HP6 . 
RA 2 8K6 C 1 305 28 8K6 HP6 . 
SA 2 8K6 C 1 306 37 8K6 HP6 . 
TA 2 8K6 C 1 307 38 8K6 HP6 . 
UA 3 MG C 1 308 5 MG MG . 
VA 3 MG C 1 309 6 MG MG . 
WA 4 58A C 1 310 6 58A DRG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
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_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
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_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
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#
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