data_5DFI
#
_model_server_result.job_id            95OMfAUW1cXvTxMi1XZnRQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-16 15:32:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5dfi 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":402}' 
#
_entry.id    5DFI 
#
_exptl.entry_id    5DFI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         83 
_cell.angle_beta          80.53 
_cell.angle_gamma         89.12 
_cell.entry_id            5DFI 
_cell.length_a            44.418 
_cell.length_b            60.828 
_cell.length_c            73.212 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5DFI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,L,M,O,P 1 1 
B,I,J,K,N 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 E N N 
? 4 F N N 
? 4 G N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 C O3' DG 9 P DG 9 1_555 C P OMC 10 P OMC 10 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? 
covale ? covale2 C O3' DG 9 P DG 9 1_555 C P OMC 10 P OMC 10 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? 
covale ? covale3 C O3' OMC 10 P OMC 10 1_555 C P 48Z 11 P 48Z 11 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? 
covale ? covale4 C O3' OMC 10 P OMC 10 1_555 C P 48Z 11 P 48Z 11 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.628 ? 
covale ? covale5 C O3 48Z 11 P 48Z 11 1_555 C P DC 12 P DC 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? 
covale ? covale6 C O3 48Z 11 P 48Z 11 1_555 C P DC 12 P DC 12 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.624 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 1 P DG 1 1_555 D N3 DC 21 V DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 1 P DG 1 1_555 D O2 DC 21 V DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 1 P DG 1 1_555 D N4 DC 21 V DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DC 2 P DC 2 1_555 D N1 DG 20 V DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N4 DC 2 P DC 2 1_555 D O6 DG 20 V DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C O2 DC 2 P DC 2 1_555 D N2 DG 20 V DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N3 DT 3 P DT 3 1_555 D N1 DA 19 V DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O4 DT 3 P DT 3 1_555 D N6 DA 19 V DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N1 DG 4 P DG 4 1_555 D N3 DC 18 V DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N2 DG 4 P DG 4 1_555 D O2 DC 18 V DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O6 DG 4 P DG 4 1_555 D N4 DC 18 V DC 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N1 DA 5 P DA 5 1_555 D N3 DT 17 V DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N6 DA 5 P DA 5 1_555 D O4 DT 17 V DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N3 DT 6 P DT 6 1_555 D N1 DA 16 V DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C O4 DT 6 P DT 6 1_555 D N6 DA 16 V DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N1 DG 7 P DG 7 1_555 D N3 DC 15 V DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N2 DG 7 P DG 7 1_555 D O2 DC 15 V DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C O6 DG 7 P DG 7 1_555 D N4 DC 15 V DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N3 DC 8 P DC 8 1_555 D N1 DG 14 V DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N4 DC 8 P DC 8 1_555 D O6 DG 14 V DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O2 DC 8 P DC 8 1_555 D N2 DG 14 V DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N1 DG 9 P DG 9 1_555 D N3 DC 13 V DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N2 DG 9 P DG 9 1_555 D O2 DC 13 V DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C O6 DG 9 P DG 9 1_555 D N4 DC 13 V DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N3 OMC 10 P OMC 10 1_555 D N1 DG 12 V DG 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N4 OMC 10 P OMC 10 1_555 D O6 DG 12 V DG 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C O2 OMC 10 P OMC 10 1_555 D N2 DG 12 V DG 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N3 DC 12 P DC 12 1_555 D N1 DG 10 V DG 10 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N4 DC 12 P DC 12 1_555 D O6 DG 10 V DG 10 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C O2 DC 12 P DC 12 1_555 D N2 DG 10 V DG 10 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N1 DG 13 P DG 13 1_555 D N3 DC 9 V DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N2 DG 13 P DG 13 1_555 D O2 DC 9 V DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C O6 DG 13 P DG 13 1_555 D N4 DC 9 V DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N1 DA 14 P DA 14 1_555 D N3 DT 8 V DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N6 DA 14 P DA 14 1_555 D O4 DT 8 V DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N3 DC 15 P DC 15 1_555 D N1 DG 7 V DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N4 DC 15 P DC 15 1_555 D O6 DG 7 V DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O2 DC 15 P DC 15 1_555 D N2 DG 7 V DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 DG 16 P DG 16 1_555 D N3 DC 6 V DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N2 DG 16 P DG 16 1_555 D O2 DC 6 V DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O6 DG 16 P DG 16 1_555 D N4 DC 6 V DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C N1 DG 17 P DG 17 1_555 D N3 DC 5 V DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 C N2 DG 17 P DG 17 1_555 D O2 DC 5 V DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C O6 DG 17 P DG 17 1_555 D N4 DC 5 V DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N1 DA 18 P DA 18 1_555 D N3 DT 4 V DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C N6 DA 18 P DA 18 1_555 D O4 DT 4 V DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C N3 DT 19 P DT 19 1_555 D N1 DA 3 V DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C O4 DT 19 P DT 19 1_555 D N6 DA 3 V DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N3 DC 20 P DC 20 1_555 D N1 DG 2 V DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C N4 DC 20 P DC 20 1_555 D O6 DG 2 V DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog51 C O2 DC 20 P DC 20 1_555 D N2 DG 2 V DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog52 C N3 DC 21 P DC 21 1_555 D N1 DG 1 V DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 C N4 DC 21 P DC 21 1_555 D O6 DG 1 V DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 C O2 DC 21 P DC 21 1_555 D N2 DG 1 V DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 256 n n 
C1 C2 EDO sing 257 n n 
C1 H11 EDO sing 258 n n 
C1 H12 EDO sing 259 n n 
O1 HO1 EDO sing 260 n n 
C2 O2 EDO sing 261 n n 
C2 H21 EDO sing 262 n n 
C2 H22 EDO sing 263 n n 
O2 HO2 EDO sing 264 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5DFI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022513 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.000346 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.003742 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.016442 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.002003 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.01395 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 4 EDO A 1 401 401 EDO EDO . 
F 4 EDO A 1 402 402 EDO EDO . 
G 4 EDO A 1 403 403 EDO EDO . 
H 5 CL A 1 404 404 CL CL . 
I 4 EDO B 1 401 401 EDO EDO . 
J 4 EDO B 1 402 402 EDO EDO . 
K 5 CL B 1 403 403 CL CL . 
L 4 EDO V 1 101 101 EDO EDO . 
M 6 HOH A 1 501 501 HOH HOH . 
M 6 HOH A 2 502 502 HOH HOH . 
M 6 HOH A 3 503 503 HOH HOH . 
M 6 HOH A 4 504 504 HOH HOH . 
M 6 HOH A 5 505 505 HOH HOH . 
M 6 HOH A 6 506 506 HOH HOH . 
M 6 HOH A 7 507 507 HOH HOH . 
M 6 HOH A 8 508 508 HOH HOH . 
M 6 HOH A 9 509 509 HOH HOH . 
M 6 HOH A 10 510 510 HOH HOH . 
M 6 HOH A 11 511 511 HOH HOH . 
M 6 HOH A 12 512 512 HOH HOH . 
M 6 HOH A 13 513 513 HOH HOH . 
M 6 HOH A 14 514 514 HOH HOH . 
M 6 HOH A 15 515 515 HOH HOH . 
M 6 HOH A 16 516 516 HOH HOH . 
M 6 HOH A 17 517 517 HOH HOH . 
M 6 HOH A 18 518 519 HOH HOH . 
M 6 HOH A 19 519 520 HOH HOH . 
M 6 HOH A 20 520 521 HOH HOH . 
M 6 HOH A 21 521 522 HOH HOH . 
M 6 HOH A 22 522 523 HOH HOH . 
M 6 HOH A 23 523 524 HOH HOH . 
M 6 HOH A 24 524 525 HOH HOH . 
M 6 HOH A 25 525 526 HOH HOH . 
M 6 HOH A 26 526 527 HOH HOH . 
M 6 HOH A 27 527 528 HOH HOH . 
M 6 HOH A 28 528 529 HOH HOH . 
M 6 HOH A 29 529 530 HOH HOH . 
M 6 HOH A 30 530 531 HOH HOH . 
M 6 HOH A 31 531 532 HOH HOH . 
M 6 HOH A 32 532 533 HOH HOH . 
M 6 HOH A 33 533 534 HOH HOH . 
M 6 HOH A 34 534 535 HOH HOH . 
M 6 HOH A 35 535 536 HOH HOH . 
M 6 HOH A 36 536 537 HOH HOH . 
M 6 HOH A 37 537 538 HOH HOH . 
M 6 HOH A 38 538 539 HOH HOH . 
M 6 HOH A 39 539 540 HOH HOH . 
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M 6 HOH A 41 541 542 HOH HOH . 
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HETATM 2 O O1 EDO . . . F 4 -0.973 -24.849 -2.906 1 20.08 ? O1 EDO 402 A 1 
HETATM 3 C C2 EDO . . . F 4 -0.309 -26.668 -4.396 1 30.76 ? C2 EDO 402 A 1 
HETATM 4 O O2 EDO . . . F 4 -0.682 -25.942 -5.584 1 26.13 ? O2 EDO 402 A 1 
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