data_5DX3 # _model_server_result.job_id wyfEtHgFzP6Ft8xu3pimNg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 04:26:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5dx3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":601}' # _entry.id 5DX3 # _exptl.entry_id 5DX3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 272.382 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description ESTRADIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 109.09 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5DX3 _cell.length_a 56.162 _cell.length_b 85.851 _cell.length_c 58.764 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5DX3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C C ACE 1 C ACE 1 1_555 C N HIS 2 C HIS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? covale ? covale2 C C LYS 3 C LYS 3 1_555 C N 5GM 4 C 5GM 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? covale ? covale3 C C 5GM 4 C 5GM 4 1_555 C N LEU 5 C LEU 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? covale ? covale4 C CE 5GM 4 C 5GM 4 1_555 C CE MK8 8 C MK8 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.363 doub covale ? covale5 C C ARG 7 C ARG 7 1_555 C N MK8 8 C MK8 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.365 ? covale ? covale6 C C MK8 8 C MK8 8 1_555 C N LEU 9 C LEU 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale7 C C SER 12 C SER 12 1_555 C N NH2 13 C NH2 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? covale ? covale8 D C ACE 1 D ACE 1 1_555 D N HIS 2 D HIS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale9 D C LYS 3 D LYS 3 1_555 D N 5GM 4 D 5GM 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.282 ? covale ? covale10 D C 5GM 4 D 5GM 4 1_555 D N LEU 5 D LEU 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.393 ? covale ? covale11 D CE 5GM 4 D 5GM 4 1_555 D CE MK8 8 D MK8 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.371 ? covale ? covale12 D C ARG 7 D ARG 7 1_555 D N MK8 8 D MK8 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.387 ? covale ? covale13 D C MK8 8 D MK8 8 1_555 D N LEU 9 D LEU 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale14 D C SER 12 D SER 12 1_555 D N NH2 13 D NH2 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? # _chem_comp.formula 'C18 H24 O2' _chem_comp.formula_weight 272.382 _chem_comp.id EST _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name ESTRADIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 EST doub 116 n y C1 C10 EST sing 117 n y C1 H1 EST sing 118 n n C2 C3 EST sing 119 n y C2 H2 EST sing 120 n n C3 O3 EST sing 121 n n C3 C4 EST doub 122 n y O3 HO3 EST sing 123 n n C4 C5 EST sing 124 n y C4 H4 EST sing 125 n n C5 C6 EST sing 126 n n C5 C10 EST doub 127 n y C6 C7 EST sing 128 n n C6 H61 EST sing 129 n n C6 H62 EST sing 130 n n C7 C8 EST sing 131 n n C7 H71 EST sing 132 n n C7 H72 EST sing 133 n n C8 C9 EST sing 134 n n C8 C14 EST sing 135 n n C8 H8 EST sing 136 n n C9 C10 EST sing 137 n n C9 C11 EST sing 138 n n C9 H9 EST sing 139 n n C11 C12 EST sing 140 n n C11 H111 EST sing 141 n n C11 H112 EST sing 142 n n C12 C13 EST sing 143 n n C12 H121 EST sing 144 n n C12 H122 EST sing 145 n n C13 C14 EST sing 146 n n C13 C17 EST sing 147 n n C13 C18 EST sing 148 n n C14 C15 EST sing 149 n n C14 H14 EST sing 150 n n C15 C16 EST sing 151 n n C15 H151 EST sing 152 n n C15 H152 EST sing 153 n n C16 C17 EST sing 154 n n C16 H161 EST sing 155 n n C16 H162 EST sing 156 n n C17 O17 EST sing 157 n n C17 H17 EST sing 158 n n O17 HO7 EST sing 159 n n C18 H181 EST sing 160 n n C18 H182 EST sing 161 n n C18 H183 EST sing 162 n n # _atom_sites.entry_id 5DX3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017806 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.006163 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011648 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018008 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 EST A 1 601 1000 EST EST . F 5 CL A 1 602 4000 CL CL . G 4 EST B 1 1000 1000 EST EST . H 6 HOH A 1 701 199 HOH HOH . H 6 HOH A 2 702 167 HOH HOH . H 6 HOH A 3 703 194 HOH HOH . H 6 HOH A 4 704 188 HOH HOH . H 6 HOH A 5 705 23 HOH HOH . H 6 HOH A 6 706 5 HOH HOH . H 6 HOH A 7 707 159 HOH HOH . H 6 HOH A 8 708 105 HOH HOH . H 6 HOH A 9 709 121 HOH HOH . H 6 HOH A 10 710 117 HOH HOH . H 6 HOH A 11 711 96 HOH HOH . H 6 HOH A 12 712 28 HOH HOH . H 6 HOH A 13 713 114 HOH HOH . H 6 HOH A 14 714 55 HOH HOH . H 6 HOH A 15 715 70 HOH HOH . H 6 HOH A 16 716 56 HOH HOH . H 6 HOH A 17 717 19 HOH HOH . H 6 HOH A 18 718 72 HOH HOH . H 6 HOH A 19 719 11 HOH HOH . H 6 HOH A 20 720 8 HOH HOH . H 6 HOH A 21 721 6 HOH HOH . H 6 HOH A 22 722 36 HOH HOH . H 6 HOH A 23 723 48 HOH HOH . H 6 HOH A 24 724 47 HOH HOH . H 6 HOH A 25 725 61 HOH HOH . H 6 HOH A 26 726 113 HOH HOH . H 6 HOH A 27 727 4 HOH HOH . H 6 HOH A 28 728 13 HOH HOH . H 6 HOH A 29 729 77 HOH HOH . H 6 HOH A 30 730 9 HOH HOH . H 6 HOH A 31 731 133 HOH HOH . H 6 HOH A 32 732 21 HOH HOH . H 6 HOH A 33 733 123 HOH HOH . H 6 HOH A 34 734 160 HOH HOH . H 6 HOH A 35 735 37 HOH HOH . H 6 HOH A 36 736 17 HOH HOH . H 6 HOH A 37 737 15 HOH HOH . H 6 HOH A 38 738 98 HOH HOH . H 6 HOH A 39 739 189 HOH HOH . H 6 HOH A 40 740 42 HOH HOH . H 6 HOH A 41 741 7 HOH HOH . H 6 HOH A 42 742 67 HOH HOH . H 6 HOH A 43 743 128 HOH HOH . H 6 HOH A 44 744 124 HOH HOH . H 6 HOH A 45 745 30 HOH HOH . H 6 HOH A 46 746 68 HOH HOH . H 6 HOH A 47 747 88 HOH HOH . H 6 HOH A 48 748 53 HOH HOH . H 6 HOH A 49 749 154 HOH HOH . H 6 HOH A 50 750 3 HOH HOH . H 6 HOH A 51 751 64 HOH HOH . H 6 HOH A 52 752 40 HOH HOH . H 6 HOH A 53 753 39 HOH HOH . H 6 HOH A 54 754 111 HOH HOH . H 6 HOH A 55 755 54 HOH HOH . H 6 HOH A 56 756 69 HOH HOH . H 6 HOH A 57 757 193 HOH HOH . H 6 HOH A 58 758 14 HOH HOH . H 6 HOH A 59 759 63 HOH HOH . H 6 HOH A 60 760 25 HOH HOH . H 6 HOH A 61 761 24 HOH HOH . H 6 HOH A 62 762 187 HOH HOH . H 6 HOH A 63 763 130 HOH HOH . H 6 HOH A 64 764 27 HOH HOH . H 6 HOH A 65 765 66 HOH HOH . H 6 HOH A 66 766 86 HOH HOH . H 6 HOH A 67 767 155 HOH HOH . H 6 HOH A 68 768 108 HOH HOH . H 6 HOH A 69 769 164 HOH HOH . H 6 HOH A 70 770 60 HOH HOH . H 6 HOH A 71 771 71 HOH HOH . H 6 HOH A 72 772 51 HOH HOH . H 6 HOH A 73 773 198 HOH HOH . H 6 HOH A 74 774 171 HOH HOH . H 6 HOH A 75 775 158 HOH HOH . H 6 HOH A 76 776 195 HOH HOH . H 6 HOH A 77 777 104 HOH HOH . H 6 HOH A 78 778 46 HOH HOH . H 6 HOH A 79 779 44 HOH HOH . H 6 HOH A 80 780 200 HOH HOH . H 6 HOH A 81 781 146 HOH HOH . H 6 HOH A 82 782 191 HOH HOH . H 6 HOH A 83 783 78 HOH HOH . H 6 HOH A 84 784 75 HOH HOH . H 6 HOH A 85 785 156 HOH HOH . H 6 HOH A 86 786 166 HOH HOH . H 6 HOH A 87 787 197 HOH HOH . H 6 HOH A 88 788 190 HOH HOH . H 6 HOH A 89 789 101 HOH HOH . I 6 HOH B 1 1101 80 HOH HOH . I 6 HOH B 2 1102 99 HOH HOH . I 6 HOH B 3 1103 157 HOH HOH . I 6 HOH B 4 1104 93 HOH HOH . I 6 HOH B 5 1105 73 HOH HOH . I 6 HOH B 6 1106 59 HOH HOH . I 6 HOH B 7 1107 20 HOH HOH . I 6 HOH B 8 1108 29 HOH HOH . I 6 HOH B 9 1109 102 HOH HOH . I 6 HOH B 10 1110 41 HOH HOH . I 6 HOH B 11 1111 45 HOH HOH . I 6 HOH B 12 1112 32 HOH HOH . I 6 HOH B 13 1113 85 HOH HOH . I 6 HOH B 14 1114 18 HOH HOH . I 6 HOH B 15 1115 91 HOH HOH . I 6 HOH B 16 1116 33 HOH HOH . I 6 HOH B 17 1117 62 HOH HOH . I 6 HOH B 18 1118 35 HOH HOH . I 6 HOH B 19 1119 202 HOH HOH . I 6 HOH B 20 1120 38 HOH HOH . I 6 HOH B 21 1121 186 HOH HOH . I 6 HOH B 22 1122 148 HOH HOH . I 6 HOH B 23 1123 16 HOH HOH . I 6 HOH B 24 1124 136 HOH HOH . I 6 HOH B 25 1125 50 HOH HOH . I 6 HOH B 26 1126 12 HOH HOH . I 6 HOH B 27 1127 10 HOH HOH . I 6 HOH B 28 1128 201 HOH HOH . I 6 HOH B 29 1129 87 HOH HOH . I 6 HOH B 30 1130 22 HOH HOH . I 6 HOH B 31 1131 65 HOH HOH . I 6 HOH B 32 1132 165 HOH HOH . I 6 HOH B 33 1133 43 HOH HOH . I 6 HOH B 34 1134 184 HOH HOH . I 6 HOH B 35 1135 76 HOH HOH . I 6 HOH B 36 1136 58 HOH HOH . I 6 HOH B 37 1137 90 HOH HOH . I 6 HOH B 38 1138 2 HOH HOH . I 6 HOH B 39 1139 74 HOH HOH . I 6 HOH B 40 1140 110 HOH HOH . I 6 HOH B 41 1141 34 HOH HOH . I 6 HOH B 42 1142 179 HOH HOH . I 6 HOH B 43 1143 203 HOH HOH . I 6 HOH B 44 1144 181 HOH HOH . I 6 HOH B 45 1145 196 HOH HOH . I 6 HOH B 46 1146 52 HOH HOH . I 6 HOH B 47 1147 31 HOH HOH . I 6 HOH B 48 1148 112 HOH HOH . I 6 HOH B 49 1149 106 HOH HOH . J 6 HOH C 1 101 192 HOH HOH . K 6 HOH D 1 101 127 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EST . . . E 4 61.655 -1.868 59.477 1 21.36 ? C1 EST 601 A 1 HETATM 2 C C2 EST . . . E 4 60.952 -1.638 58.325 1 25.15 ? C2 EST 601 A 1 HETATM 3 C C3 EST . . . E 4 59.575 -1.726 58.321 1 27.68 ? C3 EST 601 A 1 HETATM 4 O O3 EST . . . E 4 58.886 -1.513 57.233 1 39.43 ? O3 EST 601 A 1 HETATM 5 C C4 EST . . . E 4 58.894 -2.02 59.462 1 23.04 ? C4 EST 601 A 1 HETATM 6 C C5 EST . . . E 4 59.561 -2.257 60.614 1 19.34 ? C5 EST 601 A 1 HETATM 7 C C6 EST . . . E 4 58.797 -2.604 61.836 1 22.59 ? C6 EST 601 A 1 HETATM 8 C C7 EST . . . E 4 59.647 -3.144 62.94 1 20.2 ? C7 EST 601 A 1 HETATM 9 C C8 EST . . . E 4 60.924 -2.388 63.132 1 17.52 ? C8 EST 601 A 1 HETATM 10 C C9 EST . . . E 4 61.749 -2.424 61.859 1 17.48 ? C9 EST 601 A 1 HETATM 11 C C10 EST . . . E 4 61.017 -2.156 60.635 1 17.59 ? C10 EST 601 A 1 HETATM 12 C C11 EST . . . E 4 62.96 -1.54 61.996 1 15.83 ? C11 EST 601 A 1 HETATM 13 C C12 EST . . . E 4 63.822 -2.045 63.112 1 17.73 ? C12 EST 601 A 1 HETATM 14 C C13 EST . . . E 4 63.052 -2.125 64.402 1 25.12 ? C13 EST 601 A 1 HETATM 15 C C14 EST . . . E 4 61.816 -2.955 64.21 1 23.04 ? C14 EST 601 A 1 HETATM 16 C C15 EST . . . E 4 61.332 -3.169 65.617 1 26.98 ? C15 EST 601 A 1 HETATM 17 C C16 EST . . . E 4 62.588 -3.169 66.465 1 31.32 ? C16 EST 601 A 1 HETATM 18 C C17 EST . . . E 4 63.73 -2.891 65.516 1 31 ? C17 EST 601 A 1 HETATM 19 O O17 EST . . . E 4 64.75 -2.166 66.149 1 27.47 ? O17 EST 601 A 1 HETATM 20 C C18 EST . . . E 4 62.654 -0.755 64.855 1 25.04 ? C18 EST 601 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 72 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 324 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 20 #