data_5E7C
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_model_server_result.job_id            5pgi_ica2qgKssaWHwavNg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-08 10:04:47' 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"GD","auth_seq_id":102}' 
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_entry.id    5E7C 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          34 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            5E7C 
_cell.length_a            133.25 
_cell.length_b            226.26 
_cell.length_c            307.09 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
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_symmetry.entry_id                 5E7C 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      38 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 34 GD N N 
? 34 LG N N 
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loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
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_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 M SG CYS 16 O CYS 19 1_555 M SG CYS 41 O CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 FA SG CYS 16 o CYS 19 1_555 FA SG CYS 41 o CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 160 A ASP 170 1_555 MA CA1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.924 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 160 A ASP 170 1_555 MA MN4 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 160 A ASP 170 1_555 MA CA1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.189 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 179 A GLU 189 1_555 MA MN1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc5 A NE2 HIS 205 A HIS 215 1_555 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 262 A HIS 272 1_555 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc7 A NE2 HIS 322 A HIS 332 1_555 MA MN1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 323 A GLU 333 1_555 MA MN3 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 323 A GLU 333 1_555 MA MN4 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 332 A ASP 342 1_555 MA MN2 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc11 A OD2 ASP 332 A ASP 342 1_555 MA MN1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc12 A O ALA 334 A ALA 344 1_555 MA CA1 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc13 A OXT ALA 334 A ALA 344 1_555 MA MN2 OEX . A OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc14 MA MN2 OEX . A OEX 601 1_555 C OE1 GLU 332 C GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc15 MA MN3 OEX . A OEX 601 1_555 C OE2 GLU 332 C GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc16 PA O1 BCT . A BCT 604 1_555 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc17 PA O2 BCT . A BCT 604 1_555 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc18 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 D NE2 HIS 204 D HIS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc19 YA FE FE2 . A FE2 613 1_555 D NE2 HIS 258 D HIS 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASN 17 C ASN 39 1_555 GC MG CLA . C CLA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? 
metalc ? metalc21 E NE2 HIS 20 E HIS 23 1_555 AD FE HEM . E HEM 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc22 AD FE HEM . E HEM 102 1_555 F NE2 HIS 13 F HIS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc23 I O GLY 29 J GLY 31 1_555 GD MG MG . J MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
metalc ? metalc24 I O ALA 32 J ALA 34 1_555 GD MG MG . J MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc25 I O LEU 34 J LEU 36 1_555 GD MG MG . J MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc26 FD O4 LMG . J LMG 101 1_555 GD MG MG . J MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
metalc ? metalc27 M O THR 135 O THR 138 1_555 JD CA CA . O CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc28 M OD1 ASN 197 O ASN 200 1_555 JD CA CA . O CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.189 ? 
metalc ? metalc29 P NE2 HIS 41 V HIS 41 1_555 MD FE HEM . V HEM 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc30 P NE2 HIS 92 V HIS 92 1_555 MD FE HEM . V HEM 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc31 T OD1 ASP 160 a ASP 170 1_555 PD CA1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc32 T OD2 ASP 160 a ASP 170 1_555 PD CA1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? 
metalc ? metalc33 T OD2 ASP 160 a ASP 170 1_555 PD MN4 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc34 T OE2 GLU 179 a GLU 189 1_555 PD MN1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc35 T NE2 HIS 205 a HIS 215 1_555 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc36 T NE2 HIS 262 a HIS 272 1_555 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc37 T NE2 HIS 322 a HIS 332 1_555 PD MN1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc38 T OE1 GLU 323 a GLU 333 1_555 PD MN3 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc39 T OE2 GLU 323 a GLU 333 1_555 PD MN4 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc40 T OD1 ASP 332 a ASP 342 1_555 PD MN2 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc41 T OD2 ASP 332 a ASP 342 1_555 PD MN1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc42 T O ALA 334 a ALA 344 1_555 PD CA1 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? 
metalc ? metalc43 T OXT ALA 334 a ALA 344 1_555 PD MN2 OEX . a OEX 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc44 PD MN2 OEX . a OEX 601 1_555 V OE1 GLU 332 c GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc45 PD MN3 OEX . a OEX 601 1_555 V OE2 GLU 332 c GLU 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc46 RD O1 BCT . a BCT 603 1_555 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? 
metalc ? metalc47 RD O2 BCT . a BCT 603 1_555 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc48 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 W NE2 HIS 204 d HIS 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc49 DE FE FE2 . a FE2 615 1_555 W NE2 HIS 258 d HIS 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc50 V OD1 ASN 17 c ASN 39 1_555 NF MG CLA . c CLA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? 
metalc ? metalc51 X NE2 HIS 20 e HIS 23 1_555 FG FE HEM . e HEM 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc52 FG FE HEM . e HEM 102 1_555 Y NE2 HIS 13 f HIS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc53 Y O ARG 34 f ARG 45 1_555 HG CA CA . f CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.018 ? 
metalc ? metalc54 Y OXT ARG 34 f ARG 45 1_555 HG CA CA . f CA 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc55 HG CA CA . f CA 102 1_555 IA OE1 GLU 23 v GLU 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.099 ? 
metalc ? metalc56 BA O GLY 29 j GLY 31 1_555 LG MG MG . j MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc57 BA O ALA 32 j ALA 34 1_555 LG MG MG . j MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? 
metalc ? metalc58 BA O LEU 34 j LEU 36 1_555 LG MG MG . j MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc59 KG O4 LMG . j LMG 101 1_555 LG MG MG . j MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc60 FA O THR 135 o THR 138 1_555 OG CA CA . o CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc61 FA OD1 ASN 197 o ASN 200 1_555 OG CA CA . o CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc62 FA O VAL 198 o VAL 201 1_555 OG CA CA . o CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc63 IA NE2 HIS 41 v HIS 41 1_555 RG FE HEM . v HEM 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc64 IA NE2 HIS 92 v HIS 92 1_555 RG FE HEM . v HEM 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5E7C 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007505 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00442 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003256 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
MA 20 OEX A 1 601 601 OEX OEX . 
NA 21 CL A 1 602 679 CL CL . 
OA 21 CL A 1 603 680 CL CL . 
PA 22 BCT A 1 604 681 BCT BCT . 
QA 23 CLA A 1 605 604 CLA CLA . 
RA 23 CLA A 1 606 607 CLA CLA . 
SA 24 PHO A 1 607 608 PHO PHO . 
TA 23 CLA A 1 608 610 CLA CLA . 
UA 25 BCR A 1 609 645 BCR BCR . 
VA 26 PL9 A 1 610 713 PL9 PL9 . 
WA 27 SQD A 1 611 659 SQD SQD . 
XA 28 LMG A 1 612 751 LMG LMG . 
YA 29 FE2 A 1 613 603 FE2 FE2 . 
ZA 30 CA B 1 601 803 CA CA . 
AB 23 CLA B 1 602 612 CLA CLA . 
BB 23 CLA B 1 603 613 CLA CLA . 
CB 23 CLA B 1 604 614 CLA CLA . 
DB 23 CLA B 1 605 615 CLA CLA . 
EB 23 CLA B 1 606 616 CLA CLA . 
FB 23 CLA B 1 607 617 CLA CLA . 
GB 23 CLA B 1 608 618 CLA CLA . 
HB 23 CLA B 1 609 619 CLA CLA . 
IB 23 CLA B 1 610 620 CLA CLA . 
JB 23 CLA B 1 611 621 CLA CLA . 
KB 23 CLA B 1 612 622 CLA CLA . 
LB 23 CLA B 1 613 623 CLA CLA . 
MB 23 CLA B 1 614 624 CLA CLA . 
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PB 23 CLA B 1 617 627 CLA CLA . 
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RB 25 BCR B 1 619 648 BCR BCR . 
SB 25 BCR B 1 620 649 BCR BCR . 
TB 28 LMG B 1 621 669 LMG LMG . 
UB 31 LHG B 1 622 664 LHG LHG . 
VB 27 SQD B 1 623 668 SQD SQD . 
WB 23 CLA C 1 501 628 CLA CLA . 
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YB 23 CLA C 1 503 630 CLA CLA . 
ZB 23 CLA C 1 504 631 CLA CLA . 
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DC 23 CLA C 1 508 635 CLA CLA . 
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FC 23 CLA C 1 510 637 CLA CLA . 
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IC 23 CLA C 1 513 640 CLA CLA . 
JC 25 BCR C 1 514 654 BCR BCR . 
KC 25 BCR C 1 515 655 BCR BCR . 
LC 32 DGD C 1 516 657 DGD DGD . 
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OC 28 LMG C 1 519 729 LMG LMG . 
PC 28 LMG C 1 520 776 LMG LMG . 
QC 25 BCR C 1 521 653 BCR BCR . 
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WC 32 DGD D 1 406 755 DGD DGD . 
XC 31 LHG D 1 407 702 LHG LHG . 
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AD 33 HEM E 1 102 641 HEM HEM . 
BD 25 BCR F 1 101 651 BCR BCR . 
CD 30 CA F 1 102 796 CA CA . 
DD 25 BCR H 1 101 650 BCR BCR . 
ED 32 DGD H 1 102 663 DGD DGD . 
FD 28 LMG J 1 101 692 LMG LMG . 
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HD 25 BCR K 1 101 652 BCR BCR . 
ID 31 LHG L 1 101 694 LHG LHG . 
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ND 27 SQD X 1 101 768 SQD SQD . 
OD 28 LMG Z 1 101 784 LMG LMG . 
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SF 32 DGD c 1 517 657 DGD DGD . 
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VF 28 LMG c 1 520 729 LMG LMG . 
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YF 24 PHO d 1 401 609 PHO PHO . 
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