data_5E9S # _model_server_result.job_id pSo18gInJj89J345tkjPkw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 14:42:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5e9s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":508}' # _entry.id 5E9S # _exptl.entry_id 5E9S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 238.278 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5E9S _cell.length_a 117.52 _cell.length_b 117.52 _cell.length_c 310.59 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5E9S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N ? 5 EA N N ? 5 FA N N ? 5 GA N N ? 5 DB N N ? 5 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 409 A ASP 409 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc15 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc16 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc17 B OG SER 95 B SER 95 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc18 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? metalc ? metalc19 B O THR 311 B THR 311 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc20 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc23 B O SER 352 B SER 352 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc24 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc25 B O THR 355 B THR 355 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc26 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc28 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc29 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc30 C OG SER 95 C SER 95 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc31 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? metalc ? metalc32 C O THR 311 C THR 311 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc33 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc35 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc36 C O SER 352 C SER 352 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc37 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc38 C O THR 355 C THR 355 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc39 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? metalc ? metalc40 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? metalc ? metalc41 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? # _chem_comp.formula 'C10 H22 O6' _chem_comp.formula_weight 238.278 _chem_comp.id 1PE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms PEG400 # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag OH2 C12 1PE sing 1 n n OH2 HO2 1PE sing 2 n n C12 C22 1PE sing 3 n n C12 H121 1PE sing 4 n n C12 H122 1PE sing 5 n n C22 OH3 1PE sing 6 n n C22 H221 1PE sing 7 n n C22 H222 1PE sing 8 n n OH3 C23 1PE sing 9 n n C13 C23 1PE sing 10 n n C13 OH4 1PE sing 11 n n C13 H131 1PE sing 12 n n C13 H132 1PE sing 13 n n C23 H231 1PE sing 14 n n C23 H232 1PE sing 15 n n OH4 C24 1PE sing 16 n n C14 C24 1PE sing 17 n n C14 OH5 1PE sing 18 n n C14 H141 1PE sing 19 n n C14 H142 1PE sing 20 n n C24 H241 1PE sing 21 n n C24 H242 1PE sing 22 n n OH5 C25 1PE sing 23 n n C15 C25 1PE sing 24 n n C15 OH6 1PE sing 25 n n C15 H151 1PE sing 26 n n C15 H152 1PE sing 27 n n C25 H251 1PE sing 28 n n C25 H252 1PE sing 29 n n OH6 C26 1PE sing 30 n n C16 C26 1PE sing 31 n n C16 OH7 1PE sing 32 n n C16 H161 1PE sing 33 n n C16 H162 1PE sing 34 n n C26 H261 1PE sing 35 n n C26 H262 1PE sing 36 n n OH7 HO7 1PE sing 37 n n # _atom_sites.entry_id 5E9S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008509 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004913 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009826 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00322 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 ASP A 1 501 500 ASP ASP . E 3 NA A 1 502 1 NA NA . F 3 NA A 1 503 2 NA NA . G 3 NA A 1 504 3 NA NA . H 4 DMU A 1 505 1 DMU DMU . I 5 1PE A 1 506 1 1PE 1PE . J 5 1PE A 1 507 11 1PE 1PE . K 6 PEG A 1 508 5 PEG PEG . L 6 PEG A 1 509 6 PEG PEG . M 6 PEG A 1 510 8 PEG PEG . N 6 PEG A 1 511 9 PEG PEG . O 6 PEG A 1 512 26 PEG PEG . P 6 PEG A 1 513 28 PEG PEG . Q 6 PEG A 1 514 29 PEG PEG . R 6 PEG A 1 515 38 PEG PEG . S 6 PEG A 1 516 41 PEG PEG . T 6 PEG A 1 517 42 PEG PEG . U 7 PGE A 1 518 1 PGE PGE . V 7 PGE A 1 519 5 PGE PGE . W 7 PGE A 1 520 6 PGE PGE . X 7 PGE A 1 521 8 PGE PGE . Y 8 P6G A 1 522 3 P6G P6G . Z 2 ASP B 1 501 500 ASP ASP . AA 3 NA B 1 502 4 NA NA . BA 3 NA B 1 503 5 NA NA . CA 3 NA B 1 504 6 NA NA . DA 4 DMU B 1 505 6 DMU DMU . EA 5 1PE B 1 506 2 1PE 1PE . FA 5 1PE B 1 507 4 1PE 1PE . GA 5 1PE B 1 508 13 1PE 1PE . HA 6 PEG B 1 509 12 PEG PEG . IA 6 PEG B 1 510 14 PEG PEG . JA 6 PEG B 1 511 15 PEG PEG . KA 6 PEG B 1 512 16 PEG PEG . LA 6 PEG B 1 513 17 PEG PEG . MA 6 PEG B 1 514 21 PEG PEG . NA 6 PEG B 1 515 23 PEG PEG . OA 6 PEG B 1 516 25 PEG PEG . PA 6 PEG B 1 517 30 PEG PEG . QA 6 PEG B 1 518 31 PEG PEG . RA 6 PEG B 1 519 32 PEG PEG . SA 6 PEG B 1 520 33 PEG PEG . TA 6 PEG B 1 521 34 PEG PEG . UA 6 PEG B 1 522 39 PEG PEG . VA 7 PGE B 1 523 7 PGE PGE . WA 8 P6G B 1 524 5 P6G P6G . XA 8 P6G B 1 525 6 P6G P6G . YA 2 ASP C 1 501 500 ASP ASP . ZA 3 NA C 1 502 7 NA NA . AB 3 NA C 1 503 8 NA NA . BB 3 NA C 1 504 9 NA NA . CB 4 DMU C 1 505 5 DMU DMU . DB 5 1PE C 1 506 10 1PE 1PE . EB 5 1PE C 1 507 12 1PE 1PE . FB 6 PEG C 1 508 1 PEG PEG . GB 6 PEG C 1 509 2 PEG PEG . HB 6 PEG C 1 510 3 PEG PEG . IB 6 PEG C 1 511 18 PEG PEG . JB 6 PEG C 1 512 19 PEG PEG . KB 6 PEG C 1 513 27 PEG PEG . LB 6 PEG C 1 514 35 PEG PEG . MB 6 PEG C 1 515 37 PEG PEG . NB 6 PEG C 1 516 40 PEG PEG . OB 7 PGE C 1 517 9 PGE PGE . PB 7 PGE C 1 518 10 PGE PGE . QB 8 P6G C 1 519 1 P6G P6G . RB 8 P6G C 1 520 4 P6G P6G . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O OH2 1PE . . . GA 5 -68.472 42.2 154.465 1 137.05 ? OH2 1PE 508 B 1 HETATM 2 C C12 1PE . . . GA 5 -68.618 43.439 155.109 1 140.69 ? C12 1PE 508 B 1 HETATM 3 C C22 1PE . . . GA 5 -67.407 43.731 155.997 1 143.58 ? C22 1PE 508 B 1 HETATM 4 O OH3 1PE . . . GA 5 -67.486 45.035 156.512 1 147.41 ? OH3 1PE 508 B 1 HETATM 5 C C13 1PE . . . GA 5 -65.386 45.28 157.691 1 151.78 ? C13 1PE 508 B 1 HETATM 6 C C23 1PE . . . GA 5 -66.913 45.201 157.783 1 151.02 ? C23 1PE 508 B 1 HETATM 7 O OH4 1PE . . . GA 5 -64.799 44.145 158.274 1 149.66 ? OH4 1PE 508 B 1 HETATM 8 C C14 1PE . . . GA 5 -62.8 42.879 158.642 1 140.82 ? C14 1PE 508 B 1 HETATM 9 C C24 1PE . . . GA 5 -63.425 44.267 158.509 1 143.95 ? C24 1PE 508 B 1 HETATM 10 O OH5 1PE . . . GA 5 -62.416 42.455 157.371 1 139.94 ? OH5 1PE 508 B 1 HETATM 11 C C15 1PE . . . GA 5 -62.804 40.326 156.351 1 133.81 ? C15 1PE 508 B 1 HETATM 12 C C25 1PE . . . GA 5 -61.928 41.144 157.303 1 138.11 ? C25 1PE 508 B 1 HETATM 13 O OH6 1PE . . . GA 5 -62.088 39.985 155.191 1 128.54 ? OH6 1PE 508 B 1 HETATM 14 C C16 1PE . . . GA 5 -62.451 38.893 153.101 1 123.81 ? C16 1PE 508 B 1 HETATM 15 C C26 1PE . . . GA 5 -62.857 40.042 154.024 1 125.03 ? C26 1PE 508 B 1 HETATM 16 O OH7 1PE . . . GA 5 -61.28 38.264 153.554 1 121.73 ? OH7 1PE 508 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 25 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 16 #