data_5E9S
#
_model_server_result.job_id            h-2BfH_W7eCq5NDDjrwSCQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 14:59:00' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5e9s 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"SA","auth_seq_id":520}' 
#
_entry.id    5E9S 
#
_exptl.entry_id    5E9S 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              106.12 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            DI(HYDROXYETHYL)ETHER 
_entity.pdbx_number_of_molecules    33 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            5E9S 
_cell.length_a            117.52 
_cell.length_b            117.52 
_cell.length_c            310.59 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5E9S 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 K N N 
? 6 L N N 
? 6 M N N 
? 6 N N N 
? 6 O N N 
? 6 P N N 
? 6 Q N N 
? 6 R N N 
? 6 S N N 
? 6 T N N 
? 6 HA N N 
? 6 IA N N 
? 6 JA N N 
? 6 KA N N 
? 6 LA N N 
? 6 MA N N 
? 6 NA N N 
? 6 OA N N 
? 6 PA N N 
? 6 QA N N 
? 6 RA N N 
? 6 SA N N 
? 6 TA N N 
? 6 UA N N 
? 6 FB N N 
? 6 GB N N 
? 6 HB N N 
? 6 IB N N 
? 6 JB N N 
? 6 KB N N 
? 6 LB N N 
? 6 MB N N 
? 6 NB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 G NA NA . A NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 409 A ASP 409 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? 
metalc ? metalc14 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc15 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc16 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc17 B OG SER 95 B SER 95 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? 
metalc ? metalc18 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc19 B O THR 311 B THR 311 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc20 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc22 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 CA NA NA . B NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc23 B O SER 352 B SER 352 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc24 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc25 B O THR 355 B THR 355 1_555 AA NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc26 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc27 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 BA NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? 
metalc ? metalc28 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc29 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc30 C OG SER 95 C SER 95 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc31 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? 
metalc ? metalc32 C O THR 311 C THR 311 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc33 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc34 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc35 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 BB NA NA . C NA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc36 C O SER 352 C SER 352 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc37 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc38 C O THR 355 C THR 355 1_555 AB NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc39 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? 
metalc ? metalc40 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? 
metalc ? metalc41 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 ZA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H10 O3' 
_chem_comp.formula_weight    106.12 
_chem_comp.id                PEG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              DI(HYDROXYETHYL)ETHER 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 PEG sing 379 n n 
C1 C2 PEG sing 380 n n 
C1 H11 PEG sing 381 n n 
C1 H12 PEG sing 382 n n 
O1 HO1 PEG sing 383 n n 
C2 O2 PEG sing 384 n n 
C2 H21 PEG sing 385 n n 
C2 H22 PEG sing 386 n n 
O2 C3 PEG sing 387 n n 
C3 C4 PEG sing 388 n n 
C3 H31 PEG sing 389 n n 
C3 H32 PEG sing 390 n n 
C4 O4 PEG sing 391 n n 
C4 H41 PEG sing 392 n n 
C4 H42 PEG sing 393 n n 
O4 HO4 PEG sing 394 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5E9S 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008509 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004913 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009826 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00322 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 ASP A 1 501 500 ASP ASP . 
E 3 NA A 1 502 1 NA NA . 
F 3 NA A 1 503 2 NA NA . 
G 3 NA A 1 504 3 NA NA . 
H 4 DMU A 1 505 1 DMU DMU . 
I 5 1PE A 1 506 1 1PE 1PE . 
J 5 1PE A 1 507 11 1PE 1PE . 
K 6 PEG A 1 508 5 PEG PEG . 
L 6 PEG A 1 509 6 PEG PEG . 
M 6 PEG A 1 510 8 PEG PEG . 
N 6 PEG A 1 511 9 PEG PEG . 
O 6 PEG A 1 512 26 PEG PEG . 
P 6 PEG A 1 513 28 PEG PEG . 
Q 6 PEG A 1 514 29 PEG PEG . 
R 6 PEG A 1 515 38 PEG PEG . 
S 6 PEG A 1 516 41 PEG PEG . 
T 6 PEG A 1 517 42 PEG PEG . 
U 7 PGE A 1 518 1 PGE PGE . 
V 7 PGE A 1 519 5 PGE PGE . 
W 7 PGE A 1 520 6 PGE PGE . 
X 7 PGE A 1 521 8 PGE PGE . 
Y 8 P6G A 1 522 3 P6G P6G . 
Z 2 ASP B 1 501 500 ASP ASP . 
AA 3 NA B 1 502 4 NA NA . 
BA 3 NA B 1 503 5 NA NA . 
CA 3 NA B 1 504 6 NA NA . 
DA 4 DMU B 1 505 6 DMU DMU . 
EA 5 1PE B 1 506 2 1PE 1PE . 
FA 5 1PE B 1 507 4 1PE 1PE . 
GA 5 1PE B 1 508 13 1PE 1PE . 
HA 6 PEG B 1 509 12 PEG PEG . 
IA 6 PEG B 1 510 14 PEG PEG . 
JA 6 PEG B 1 511 15 PEG PEG . 
KA 6 PEG B 1 512 16 PEG PEG . 
LA 6 PEG B 1 513 17 PEG PEG . 
MA 6 PEG B 1 514 21 PEG PEG . 
NA 6 PEG B 1 515 23 PEG PEG . 
OA 6 PEG B 1 516 25 PEG PEG . 
PA 6 PEG B 1 517 30 PEG PEG . 
QA 6 PEG B 1 518 31 PEG PEG . 
RA 6 PEG B 1 519 32 PEG PEG . 
SA 6 PEG B 1 520 33 PEG PEG . 
TA 6 PEG B 1 521 34 PEG PEG . 
UA 6 PEG B 1 522 39 PEG PEG . 
VA 7 PGE B 1 523 7 PGE PGE . 
WA 8 P6G B 1 524 5 P6G P6G . 
XA 8 P6G B 1 525 6 P6G P6G . 
YA 2 ASP C 1 501 500 ASP ASP . 
ZA 3 NA C 1 502 7 NA NA . 
AB 3 NA C 1 503 8 NA NA . 
BB 3 NA C 1 504 9 NA NA . 
CB 4 DMU C 1 505 5 DMU DMU . 
DB 5 1PE C 1 506 10 1PE 1PE . 
EB 5 1PE C 1 507 12 1PE 1PE . 
FB 6 PEG C 1 508 1 PEG PEG . 
GB 6 PEG C 1 509 2 PEG PEG . 
HB 6 PEG C 1 510 3 PEG PEG . 
IB 6 PEG C 1 511 18 PEG PEG . 
JB 6 PEG C 1 512 19 PEG PEG . 
KB 6 PEG C 1 513 27 PEG PEG . 
LB 6 PEG C 1 514 35 PEG PEG . 
MB 6 PEG C 1 515 37 PEG PEG . 
NB 6 PEG C 1 516 40 PEG PEG . 
OB 7 PGE C 1 517 9 PGE PGE . 
PB 7 PGE C 1 518 10 PGE PGE . 
QB 8 P6G C 1 519 1 P6G P6G . 
RB 8 P6G C 1 520 4 P6G P6G . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 PEG . . . SA 6 -75.702 59.876 123.263 1 126.94 ? C1 PEG 520 B 1 
HETATM 2 O O1 PEG . . . SA 6 -74.98 61.004 123.709 1 120.65 ? O1 PEG 520 B 1 
HETATM 3 C C2 PEG . . . SA 6 -76.793 60.225 122.233 1 133.46 ? C2 PEG 520 B 1 
HETATM 4 O O2 PEG . . . SA 6 -76.307 61.11 121.248 1 138.47 ? O2 PEG 520 B 1 
HETATM 5 C C3 PEG . . . SA 6 -76.782 60.922 119.935 1 132.88 ? C3 PEG 520 B 1 
HETATM 6 C C4 PEG . . . SA 6 -75.835 61.562 118.91 1 125.88 ? C4 PEG 520 B 1 
HETATM 7 O O4 PEG . . . SA 6 -75.729 62.955 119.075 1 122.75 ? O4 PEG 520 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              26 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    25 
_model_server_stats.query_time_ms           352 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           7 
#