data_5ED1 # _model_server_result.job_id kfCX2eIgwI1uZPZGTsq_zg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:31:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ed1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":802}' # _entry.id 5ED1 # _exptl.entry_id 5ED1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5ED1 _cell.length_a 82.362 _cell.length_b 107.498 _cell.length_c 121.097 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5ED1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,E,F,I,J 1 1 D,G,H,K 1 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_555 -x,y+1/2,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 53.749 60.5485 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' U 11 B U 11 1_555 B P 8AZ 12 B 8AZ 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? covale ? covale2 B O3' 8AZ 12 B 8AZ 12 1_555 B P G 13 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 394 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 153 A CYS 451 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 218 A CYS 516 1_555 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc4 F ZN ZN . A ZN 802 1_555 B O6 8AZ 12 B 8AZ 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc5 D ND1 HIS 96 D HIS 394 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc6 D SG CYS 153 D CYS 451 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc7 D SG CYS 218 D CYS 516 1_555 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc8 H ZN ZN . D ZN 802 1_555 K O HOH . D HOH 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 U 1 B U 1 1_555 C N1 A 23 C A 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B O4 U 1 B U 1 1_555 C N6 A 23 C A 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B N3 U 2 B U 2 1_555 C N1 A 22 C A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B O4 U 2 B U 2 1_555 C N6 A 22 C A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N3 C 3 B C 3 1_555 C N1 G 21 C G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N4 C 3 B C 3 1_555 C O6 G 21 C G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B O2 C 3 B C 3 1_555 C N2 G 21 C G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N3 C 4 B C 4 1_555 C N1 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N4 C 4 B C 4 1_555 C O6 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B O2 C 4 B C 4 1_555 C N2 G 20 C G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N3 C 5 B C 5 1_555 C N1 G 19 C G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N4 C 5 B C 5 1_555 C O6 G 19 C G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O2 C 5 B C 5 1_555 C N2 G 19 C G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N3 C 6 B C 6 1_555 C N1 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N4 C 6 B C 6 1_555 C O6 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O2 C 6 B C 6 1_555 C N2 G 18 C G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N1 A 7 B A 7 1_555 C N3 U 17 C U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N6 A 7 B A 7 1_555 C O4 U 17 C U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 C 8 B C 8 1_555 C N1 G 16 C G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N4 C 8 B C 8 1_555 C O6 G 16 C G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B O2 C 8 B C 8 1_555 C N2 G 16 C G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N1 A 9 B A 9 1_555 C N3 U 15 C U 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N6 A 9 B A 9 1_555 C O4 U 15 C U 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N3 U 10 B U 10 1_555 C N1 A 14 C A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O4 U 10 B U 10 1_555 C N6 A 14 C A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 U 11 B U 11 1_555 C N1 A 13 C A 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B O4 U 11 B U 11 1_555 C N6 A 13 C A 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N1 G 13 B G 13 1_555 C N3 C 11 C C 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N2 G 13 B G 13 1_555 C O2 C 11 C C 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O6 G 13 B G 13 1_555 C N4 C 11 C C 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog31 B N6 A 14 B A 14 1_555 C N1 A 10 C A 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N3 C 15 B C 15 1_555 C N1 G 9 C G 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N4 C 15 B C 15 1_555 C O6 G 9 C G 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B O2 C 15 B C 15 1_555 C N2 G 9 C G 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog35 B N1 G 16 B G 16 1_555 C O2 C 8 C C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N3 U 17 B U 17 1_555 C N1 A 7 C A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O4 U 17 B U 17 1_555 C N6 A 7 C A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N3 U 18 B U 18 1_555 C N1 A 6 C A 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O4 U 18 B U 18 1_555 C N6 A 6 C A 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N3 C 19 B C 19 1_555 C N1 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N4 C 19 B C 19 1_555 C O6 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B O2 C 19 B C 19 1_555 C N2 G 5 C G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-U PAIR' hydrog43 B N1 A 20 B A 20 1_555 C N3 U 4 C U 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B N1 G 21 B G 21 1_555 C N3 C 3 C C 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B N2 G 21 B G 21 1_555 C O2 C 3 C C 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B O6 G 21 B G 21 1_555 C N4 C 3 C C 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N3 U 22 B U 22 1_555 C N1 A 2 C A 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B O4 U 22 B U 22 1_555 C N6 A 2 C A 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B N3 C 23 B C 23 1_555 C N1 G 1 C G 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B N4 C 23 B C 23 1_555 C O6 G 1 C G 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B O2 C 23 B C 23 1_555 C N2 G 1 C G 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5ED1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012142 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009302 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008258 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 IHP A 1 801 701 IHP IHP . F 5 ZN A 1 802 702 ZN ZN . G 4 IHP D 1 801 701 IHP IHP . H 5 ZN D 1 802 702 ZN ZN . I 6 HOH A 1 901 714 HOH HOH . I 6 HOH A 2 902 715 HOH HOH . I 6 HOH A 3 903 712 HOH HOH . I 6 HOH A 4 904 720 HOH HOH . I 6 HOH A 5 905 711 HOH HOH . I 6 HOH A 6 906 708 HOH HOH . I 6 HOH A 7 907 709 HOH HOH . I 6 HOH A 8 908 713 HOH HOH . I 6 HOH A 9 909 717 HOH HOH . I 6 HOH A 10 910 703 HOH HOH . I 6 HOH A 11 911 710 HOH HOH . I 6 HOH A 12 912 706 HOH HOH . I 6 HOH A 13 913 718 HOH HOH . I 6 HOH A 14 914 716 HOH HOH . I 6 HOH A 15 915 721 HOH HOH . I 6 HOH A 16 916 707 HOH HOH . I 6 HOH A 17 917 704 HOH HOH . I 6 HOH A 18 918 710 HOH HOH . I 6 HOH A 19 919 706 HOH HOH . I 6 HOH A 20 920 705 HOH HOH . I 6 HOH A 21 921 719 HOH HOH . I 6 HOH A 22 922 722 HOH HOH . J 6 HOH B 1 101 24 HOH HOH . J 6 HOH B 2 102 25 HOH HOH . K 6 HOH D 1 901 711 HOH HOH . K 6 HOH D 2 902 708 HOH HOH . K 6 HOH D 3 903 713 HOH HOH . K 6 HOH D 4 904 705 HOH HOH . K 6 HOH D 5 905 703 HOH HOH . K 6 HOH D 6 906 704 HOH HOH . K 6 HOH D 7 907 707 HOH HOH . K 6 HOH D 8 908 709 HOH HOH . K 6 HOH D 9 909 712 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -7.882 _atom_site.Cartn_y -54.144 _atom_site.Cartn_z 6.844 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.06 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 802 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 326 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #