data_5EDV
#
_model_server_result.job_id            uXUlyeAi7vVUwHEOs6GkLw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-12 04:47:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5edv 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":2006}' 
#
_entry.id    5EDV 
#
_exptl.entry_id    5EDV 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              65.409 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ZINC ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    16 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          95.56 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5EDV 
_cell.length_a            104.82 
_cell.length_b            75.74 
_cell.length_c            120.96 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5EDV 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
? octameric 8 author_defined_assembly 2 
? tetrameric 4 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,E,G,J,K,L,M,N,O,P,Q 1 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 2 1 
B,D,F,H,R,S,T,U,V,W,X,Y 3 1 
I 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
? 4 Q N N 
? 4 R N N 
? 4 S N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
? 4 V N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Y N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 25 B CYS 717 1_555 B SG CYS 55 B CYS 747 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
covale ? covale1 C NZ LYS 87 C LYS 85 1_555 E C GLY 76 E GLY 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale2 D NZ LYS 87 D LYS 85 1_555 F C GLY 76 F GLY 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale3 G C GLY 76 G GLY 76 1_555 I NZ LYS 87 I LYS 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.359 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 7 A CYS 699 1_555 J ZN ZN . A ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 10 A CYS 702 1_555 J ZN ZN . A ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 25 A CYS 717 1_555 K ZN ZN . A ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 27 A CYS 719 1_555 K ZN ZN . A ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 30 A CYS 722 1_555 J ZN ZN . A ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 33 A CYS 725 1_555 J ZN ZN . A ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 52 A CYS 744 1_555 K ZN ZN . A ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 55 A CYS 747 1_555 K ZN ZN . A ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 107 A CYS 799 1_555 L ZN ZN . A ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 110 A CYS 802 1_555 L ZN ZN . A ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 125 A CYS 817 1_555 L ZN ZN . A ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 128 A CYS 820 1_555 L ZN ZN . A ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc13 A SG CYS 133 A CYS 825 1_555 M ZN ZN . A ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc14 A SG CYS 136 A CYS 828 1_555 M ZN ZN . A ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc15 A NE2 HIS 144 A HIS 836 1_555 M ZN ZN . A ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc16 A SG CYS 149 A CYS 841 1_555 M ZN ZN . A ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc17 A SG CYS 179 A CYS 871 1_555 N ZN ZN . A ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 A SG CYS 182 A CYS 874 1_555 N ZN ZN . A ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc19 A SG CYS 198 A CYS 890 1_555 N ZN ZN . A ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 201 A CYS 893 1_555 N ZN ZN . A ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc21 A SG CYS 206 A CYS 898 1_555 O ZN ZN . A ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc22 A SG CYS 209 A CYS 901 1_555 O ZN ZN . A ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc23 A SG CYS 219 A CYS 911 1_555 P ZN ZN . A ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc24 A SG CYS 224 A CYS 916 1_555 P ZN ZN . A ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc25 A NE2 HIS 231 A HIS 923 1_555 P ZN ZN . A ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc26 A NE2 HIS 233 A HIS 925 1_555 P ZN ZN . A ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc27 A ND1 HIS 234 A HIS 926 1_555 O ZN ZN . A ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc28 A SG CYS 238 A CYS 930 1_555 O ZN ZN . A ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc29 A SG CYS 277 A CYS 969 1_555 Q ZN ZN . A ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc30 A SG CYS 294 A CYS 986 1_555 Q ZN ZN . A ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc31 A SG CYS 306 A CYS 998 1_555 Q ZN ZN . A ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc32 A ND1 HIS 309 A HIS 1001 1_555 Q ZN ZN . A ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc33 B SG CYS 7 B CYS 699 1_555 R ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc34 B SG CYS 10 B CYS 702 1_555 R ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc35 B SG CYS 25 B CYS 717 1_555 S ZN ZN . B ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc36 B SG CYS 27 B CYS 719 1_555 S ZN ZN . B ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc37 B SG CYS 30 B CYS 722 1_555 R ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc38 B SG CYS 33 B CYS 725 1_555 R ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc39 B SG CYS 52 B CYS 744 1_555 S ZN ZN . B ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc40 B SG CYS 55 B CYS 747 1_555 S ZN ZN . B ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 107 B CYS 799 1_555 T ZN ZN . B ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc42 B SG CYS 110 B CYS 802 1_555 T ZN ZN . B ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc43 B SG CYS 125 B CYS 817 1_555 T ZN ZN . B ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc44 B SG CYS 128 B CYS 820 1_555 T ZN ZN . B ZN 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc45 B SG CYS 133 B CYS 825 1_555 U ZN ZN . B ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc46 B SG CYS 136 B CYS 828 1_555 U ZN ZN . B ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc47 B NE2 HIS 144 B HIS 836 1_555 U ZN ZN . B ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc48 B SG CYS 149 B CYS 841 1_555 U ZN ZN . B ZN 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc49 B SG CYS 179 B CYS 871 1_555 V ZN ZN . B ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc50 B SG CYS 182 B CYS 874 1_555 V ZN ZN . B ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc51 B SG CYS 198 B CYS 890 1_555 V ZN ZN . B ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc52 B SG CYS 201 B CYS 893 1_555 V ZN ZN . B ZN 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc53 B SG CYS 206 B CYS 898 1_555 W ZN ZN . B ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc54 B SG CYS 209 B CYS 901 1_555 W ZN ZN . B ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc55 B SG CYS 219 B CYS 911 1_555 X ZN ZN . B ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc56 B SG CYS 224 B CYS 916 1_555 X ZN ZN . B ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc57 B NE2 HIS 231 B HIS 923 1_555 X ZN ZN . B ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? 
metalc ? metalc58 B NE2 HIS 233 B HIS 925 1_555 X ZN ZN . B ZN 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc59 B ND1 HIS 234 B HIS 926 1_555 W ZN ZN . B ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc60 B SG CYS 238 B CYS 930 1_555 W ZN ZN . B ZN 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc61 B SG CYS 277 B CYS 969 1_555 Y ZN ZN . B ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc62 B SG CYS 294 B CYS 986 1_555 Y ZN ZN . B ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc63 B SG CYS 306 B CYS 998 1_555 Y ZN ZN . B ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc64 B ND1 HIS 309 B HIS 1001 1_555 Y ZN ZN . B ZN 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
#
_chem_comp.formula           'Zn 2' 
_chem_comp.formula_weight    65.409 
_chem_comp.id                ZN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ZINC ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5EDV 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00954 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000929 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013203 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008306 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
J 4 ZN A 1 2001 2001 ZN ZN . 
K 4 ZN A 1 2002 2002 ZN ZN . 
L 4 ZN A 1 2003 2003 ZN ZN . 
M 4 ZN A 1 2004 2004 ZN ZN . 
N 4 ZN A 1 2005 2005 ZN ZN . 
O 4 ZN A 1 2006 2006 ZN ZN . 
P 4 ZN A 1 2007 2007 ZN ZN . 
Q 4 ZN A 1 2008 2008 ZN ZN . 
R 4 ZN B 1 2001 2001 ZN ZN . 
S 4 ZN B 1 2002 2002 ZN ZN . 
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