data_5EKE # _model_server_result.job_id 6C9iqFWxHOPyLmVzKKeNhA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-29 02:48:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5eke # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":401}' # _entry.id 5EKE # _exptl.entry_id 5EKE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 404.161 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.16 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5EKE _cell.length_a 154.135 _cell.length_b 142.243 _cell.length_c 102.01 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5EKE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 G N N ? 2 I N N ? 2 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 119 A ASP 96 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 A ASP 96 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc3 E O1A UDP . A UDP 401 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc4 E O1B UDP . A UDP 401 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 119 B ASP 96 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLN 121 B GLN 98 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc7 G O5' UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc8 G O1A UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc9 G O1B UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc10 C OD1 ASP 119 C ASP 95 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc11 C OD2 ASP 119 C ASP 95 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc12 C OE1 GLN 121 C GLN 97 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc13 I O1A UDP . C UDP 401 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc14 I O1B UDP . C UDP 401 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc15 D OD1 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc16 D OD2 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc17 K O1A UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc18 K O1B UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? # _chem_comp.formula 'C9 H14 N2 O12 P2' _chem_comp.formula_weight 404.161 _chem_comp.id UDP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 UDP sing 356 n n N1 C6 UDP sing 357 n n N1 C1' UDP sing 358 n n C2 N3 UDP sing 359 n n C2 O2 UDP doub 360 n n N3 C4 UDP sing 361 n n N3 HN3 UDP sing 362 n n C4 C5 UDP sing 363 n n C4 O4 UDP doub 364 n n C5 C6 UDP doub 365 n n C5 H5 UDP sing 366 n n C6 H6 UDP sing 367 n n C1' C2' UDP sing 368 n n C1' O4' UDP sing 369 n n C1' H1' UDP sing 370 n n C2' O2' UDP sing 371 n n C2' C3' UDP sing 372 n n C2' H2' UDP sing 373 n n O2' HO2' UDP sing 374 n n C3' C4' UDP sing 375 n n C3' O3' UDP sing 376 n n C3' H3' UDP sing 377 n n C4' O4' UDP sing 378 n n C4' C5' UDP sing 379 n n C4' H4' UDP sing 380 n n O3' HO3' UDP sing 381 n n C5' O5' UDP sing 382 n n C5' "H5'1" UDP sing 383 n n C5' "H5'2" UDP sing 384 n n O5' PA UDP sing 385 n n PA O1A UDP doub 386 n n PA O2A UDP sing 387 n n PA O3A UDP sing 388 n n O2A HOA2 UDP sing 389 n n O3A PB UDP sing 390 n n PB O1B UDP doub 391 n n PB O2B UDP sing 392 n n PB O3B UDP sing 393 n n O2B HOB2 UDP sing 394 n n O3B HOB3 UDP sing 395 n n # _atom_sites.entry_id 5EKE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006488 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000815 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00703 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00988 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 UDP A 1 401 4 UDP UDP . F 3 MG A 1 402 1 MG MG . G 2 UDP B 1 401 3 UDP UDP . H 3 MG B 1 402 4 MG MG . I 2 UDP C 1 401 1 UDP UDP . J 3 MG C 1 402 2 MG MG . K 2 UDP D 1 401 2 UDP UDP . L 3 MG D 1 402 3 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 UDP . . . E 2 -69.786 3.788 33.475 1 105.92 ? N1 UDP 401 A 1 HETATM 2 C C2 UDP . . . E 2 -69.412 3.678 32.151 1 108.75 ? C2 UDP 401 A 1 HETATM 3 N N3 UDP . . . E 2 -68.123 3.303 31.83 1 109.78 ? N3 UDP 401 A 1 HETATM 4 C C4 UDP . . . E 2 -67.216 3.04 32.836 1 90.17 ? C4 UDP 401 A 1 HETATM 5 C C5 UDP . . . E 2 -67.613 3.159 34.162 1 100.07 ? C5 UDP 401 A 1 HETATM 6 C C6 UDP . . . E 2 -68.822 3.783 34.439 1 102.22 ? C6 UDP 401 A 1 HETATM 7 O O2 UDP . . . E 2 -70.226 3.914 31.258 1 96.04 ? O2 UDP 401 A 1 HETATM 8 O O4 UDP . . . E 2 -66.065 2.707 32.56 1 105.08 ? O4 UDP 401 A 1 HETATM 9 C C1' UDP . . . E 2 -71.164 4.189 33.811 1 102.83 ? C1' UDP 401 A 1 HETATM 10 C C2' UDP . . . E 2 -71.87 3.076 34.567 1 85.51 ? C2' UDP 401 A 1 HETATM 11 O O2' UDP . . . E 2 -72.712 2.332 33.721 1 73.92 ? O2' UDP 401 A 1 HETATM 12 C C3' UDP . . . E 2 -72.681 3.793 35.623 1 87.05 ? C3' UDP 401 A 1 HETATM 13 C C4' UDP . . . E 2 -72.057 5.174 35.728 1 86.99 ? C4' UDP 401 A 1 HETATM 14 O O4' UDP . . . E 2 -71.156 5.327 34.649 1 95.2 ? O4' UDP 401 A 1 HETATM 15 O O3' UDP . . . E 2 -74.02 3.909 35.201 1 74.41 ? O3' UDP 401 A 1 HETATM 16 C C5' UDP . . . E 2 -71.298 5.335 37.037 1 88.99 ? C5' UDP 401 A 1 HETATM 17 O O5' UDP . . . E 2 -71.326 4.117 37.746 1 93.6 ? O5' UDP 401 A 1 HETATM 18 P PA UDP . . . E 2 -70.237 3.805 38.887 1 115.26 ? PA UDP 401 A 1 HETATM 19 O O1A UDP . . . E 2 -70.917 3.164 40.036 1 134.61 ? O1A UDP 401 A 1 HETATM 20 O O2A UDP . . . E 2 -69.137 2.958 38.374 1 119.61 ? O2A UDP 401 A 1 HETATM 21 O O3A UDP . . . E 2 -69.695 5.254 39.33 1 128.23 ? O3A UDP 401 A 1 HETATM 22 P PB UDP . . . E 2 -69.773 5.715 40.87 1 122.24 ? PB UDP 401 A 1 HETATM 23 O O1B UDP . . . E 2 -70.96 5.081 41.487 1 100.66 ? O1B UDP 401 A 1 HETATM 24 O O2B UDP . . . E 2 -68.549 5.268 41.572 1 114.89 ? O2B UDP 401 A 1 HETATM 25 O O3B UDP . . . E 2 -69.885 7.188 40.954 1 123.62 ? O3B UDP 401 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 272 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 25 #