data_5EKE # _model_server_result.job_id NrIn_EWN50BhDPov2M0BWA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:29:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5eke # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":402}' # _entry.id 5EKE # _exptl.entry_id 5EKE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.16 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5EKE _cell.length_a 154.135 _cell.length_b 142.243 _cell.length_c 102.01 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5EKE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 H N N ? 3 J N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 119 A ASP 96 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 A ASP 96 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc3 E O1A UDP . A UDP 401 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc4 E O1B UDP . A UDP 401 1_555 F MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 119 B ASP 96 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLN 121 B GLN 98 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc7 G O5' UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc8 G O1A UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc9 G O1B UDP . B UDP 401 1_555 H MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc10 C OD1 ASP 119 C ASP 95 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc11 C OD2 ASP 119 C ASP 95 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc12 C OE1 GLN 121 C GLN 97 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc13 I O1A UDP . C UDP 401 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc14 I O1B UDP . C UDP 401 1_555 J MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc15 D OD1 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc16 D OD2 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc17 K O1A UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc18 K O1B UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5EKE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006488 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000815 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00703 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00988 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 UDP A 1 401 4 UDP UDP . F 3 MG A 1 402 1 MG MG . G 2 UDP B 1 401 3 UDP UDP . H 3 MG B 1 402 4 MG MG . I 2 UDP C 1 401 1 UDP UDP . J 3 MG C 1 402 2 MG MG . K 2 UDP D 1 401 2 UDP UDP . L 3 MG D 1 402 3 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -72.838 _atom_site.Cartn_y 4.421 _atom_site.Cartn_z 40.534 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 91.23 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #