data_5EKP
#
_model_server_result.job_id            EMtj1BwtK35xwBtWFqG40g 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-03 07:22:36' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5ekp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    5EKP 
#
_exptl.entry_id    5EKP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              404.161 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          98.5 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5EKP 
_cell.length_a            157.331 
_cell.length_b            137.518 
_cell.length_c            101.448 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5EKP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 119 C ASP 96 1_555 F MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 C ASP 96 1_555 F MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLN 121 C GLN 98 1_555 F MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc4 E O1A UDP . C UDP 401 1_555 F MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? 
metalc ? metalc5 E O1B UDP . C UDP 401 1_555 F MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 119 A ASP 96 1_555 H MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 119 A ASP 96 1_555 H MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc8 G O5' UDP . A UDP 401 1_555 H MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc9 G O1A UDP . A UDP 401 1_555 H MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc10 G O1B UDP . A UDP 401 1_555 H MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc11 C OD2 ASP 119 B ASP 96 1_555 J MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc12 C OE1 GLN 121 B GLN 98 1_555 J MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc13 I O5' UDP . B UDP 401 1_555 J MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? 
metalc ? metalc14 I O1A UDP . B UDP 401 1_555 J MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? 
metalc ? metalc15 I O1B UDP . B UDP 401 1_555 J MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc16 D OD1 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc17 D OD2 ASP 119 D ASP 96 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc18 K O1A UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc19 K O1B UDP . D UDP 401 1_555 L MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H14 N2 O12 P2' 
_chem_comp.formula_weight    404.161 
_chem_comp.id                UDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 UDP sing 356 n n 
N1 C6 UDP sing 357 n n 
N1 C1' UDP sing 358 n n 
C2 N3 UDP sing 359 n n 
C2 O2 UDP doub 360 n n 
N3 C4 UDP sing 361 n n 
N3 HN3 UDP sing 362 n n 
C4 C5 UDP sing 363 n n 
C4 O4 UDP doub 364 n n 
C5 C6 UDP doub 365 n n 
C5 H5 UDP sing 366 n n 
C6 H6 UDP sing 367 n n 
C1' C2' UDP sing 368 n n 
C1' O4' UDP sing 369 n n 
C1' H1' UDP sing 370 n n 
C2' O2' UDP sing 371 n n 
C2' C3' UDP sing 372 n n 
C2' H2' UDP sing 373 n n 
O2' HO2' UDP sing 374 n n 
C3' C4' UDP sing 375 n n 
C3' O3' UDP sing 376 n n 
C3' H3' UDP sing 377 n n 
C4' O4' UDP sing 378 n n 
C4' C5' UDP sing 379 n n 
C4' H4' UDP sing 380 n n 
O3' HO3' UDP sing 381 n n 
C5' O5' UDP sing 382 n n 
C5' "H5'1" UDP sing 383 n n 
C5' "H5'2" UDP sing 384 n n 
O5' PA UDP sing 385 n n 
PA O1A UDP doub 386 n n 
PA O2A UDP sing 387 n n 
PA O3A UDP sing 388 n n 
O2A HOA2 UDP sing 389 n n 
O3A PB UDP sing 390 n n 
PB O1B UDP doub 391 n n 
PB O2B UDP sing 392 n n 
PB O3B UDP sing 393 n n 
O2B HOB2 UDP sing 394 n n 
O3B HOB3 UDP sing 395 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5EKP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006356 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00095 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007272 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009967 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 UDP C 1 401 1 UDP UDP . 
F 3 MG C 1 402 2 MG MG . 
G 2 UDP A 1 401 4 UDP UDP . 
H 3 MG A 1 402 1 MG MG . 
I 2 UDP B 1 401 3 UDP UDP . 
J 3 MG B 1 402 4 MG MG . 
K 2 UDP D 1 401 2 UDP UDP . 
L 3 MG D 1 402 3 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 UDP . . . E 2 -44.458 45.354 -4.029 1 146.82 ? N1 UDP 401 C 1 
HETATM 2 C C2 UDP . . . E 2 -45.564 45.571 -3.233 1 157.04 ? C2 UDP 401 C 1 
HETATM 3 N N3 UDP . . . E 2 -45.403 45.944 -1.914 1 159.94 ? N3 UDP 401 C 1 
HETATM 4 C C4 UDP . . . E 2 -44.133 46.096 -1.395 1 161.14 ? C4 UDP 401 C 1 
HETATM 5 C C5 UDP . . . E 2 -43.031 45.868 -2.21 1 153.78 ? C5 UDP 401 C 1 
HETATM 6 C C6 UDP . . . E 2 -43.227 45.266 -3.447 1 146.15 ? C6 UDP 401 C 1 
HETATM 7 O O2 UDP . . . E 2 -46.693 45.435 -3.703 1 178.61 ? O2 UDP 401 C 1 
HETATM 8 O O4 UDP . . . E 2 -43.978 46.426 -0.221 1 168.01 ? O4 UDP 401 C 1 
HETATM 9 C C1' UDP . . . E 2 -44.649 44.953 -5.434 1 137.42 ? C1' UDP 401 C 1 
HETATM 10 C C2' UDP . . . E 2 -44.253 46.088 -6.366 1 128.63 ? C2' UDP 401 C 1 
HETATM 11 O O2' UDP . . . E 2 -45.372 46.629 -7.019 1 127.61 ? O2' UDP 401 C 1 
HETATM 12 C C3' UDP . . . E 2 -43.321 45.466 -7.383 1 123.96 ? C3' UDP 401 C 1 
HETATM 13 C C4' UDP . . . E 2 -42.993 44.084 -6.845 1 139.59 ? C4' UDP 401 C 1 
HETATM 14 O O4' UDP . . . E 2 -43.826 43.842 -5.732 1 146.75 ? O4' UDP 401 C 1 
HETATM 15 O O3' UDP . . . E 2 -43.979 45.351 -8.623 1 111.17 ? O3' UDP 401 C 1 
HETATM 16 C C5' UDP . . . E 2 -41.542 44.023 -6.396 1 152.65 ? C5' UDP 401 C 1 
HETATM 17 O O5' UDP . . . E 2 -40.867 45.13 -6.945 1 165.17 ? O5' UDP 401 C 1 
HETATM 18 P PA UDP . . . E 2 -39.394 45.529 -6.445 1 180.89 ? PA UDP 401 C 1 
HETATM 19 O O1A UDP . . . E 2 -38.597 45.952 -7.619 1 178.51 ? O1A UDP 401 C 1 
HETATM 20 O O2A UDP . . . E 2 -39.441 46.577 -5.4 1 177.3 ? O2A UDP 401 C 1 
HETATM 21 O O3A UDP . . . E 2 -38.804 44.149 -5.866 1 201.3 ? O3A UDP 401 C 1 
HETATM 22 P PB UDP . . . E 2 -37.711 43.321 -6.702 1 212.27 ? PB UDP 401 C 1 
HETATM 23 O O1B UDP . . . E 2 -37.797 43.739 -8.12 1 165.61 ? O1B UDP 401 C 1 
HETATM 24 O O2B UDP . . . E 2 -36.359 43.614 -6.173 1 219.05 ? O2B UDP 401 C 1 
HETATM 25 O O3B UDP . . . E 2 -37.989 41.871 -6.59 1 215.59 ? O3B UDP 401 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              24 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           346 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           25 
#