data_5EQX # _model_server_result.job_id I4O8aQYQYvVa0e0_WHnkeg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:59:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5eqx # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":611}' # _entry.id 5EQX # _exptl.entry_id 5EQX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.92 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5EQX _cell.length_a 81.909 _cell.length_b 44.862 _cell.length_c 106.699 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5EQX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 3 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n B NAG 1 B 1 NAG A 601 NAG 2 n B NAG 2 B 2 NAG A 602 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A ND2 ASN 61 A ASN 61 1_555 B C1 NAG . B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 131 A ASN 131 1_555 C C1 NAG . A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale ? covale3 A OG1 THR 427 A THR 427 1_555 N C1 MAN . A MAN 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale4 A OG1 THR 429 A THR 429 1_555 L C1 MAN . A MAN 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale5 A OG1 THR 431 A THR 431 1_555 M C1 MAN . A MAN 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale6 B O4 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 NAG . B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 11 A GLU 11 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 11 A GLU 11 1_555 F CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 67 A ASP 67 1_555 F CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 67 A ASP 67 1_555 F CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.159 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 69 A GLU 69 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 F CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 100 A ASP 100 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc9 A O ILE 101 A ILE 101 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 102 A ASN 102 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 103 A ASP 103 1_555 F CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc13 A O ASN 104 A ASN 104 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 119 A GLU 119 1_555 H CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc15 A OE1 GLU 119 A GLU 119 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 134 A ASP 134 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 134 A ASP 134 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 136 A ASP 136 1_555 D CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 136 A ASP 136 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc20 A O ASN 142 A ASN 142 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 177 A ASP 177 1_555 H CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc22 A OE2 GLU 179 A GLU 179 1_555 H CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? metalc ? metalc23 A OE1 GLU 179 A GLU 179 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc24 A OE2 GLU 179 A GLU 179 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc25 A OD2 ASP 192 A ASP 192 1_555 G CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc26 A OD1 ASP 210 A ASP 210 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc27 A O VAL 211 A VAL 211 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc28 A OD1 ASN 212 A ASN 212 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc29 A OD2 ASP 213 A ASP 213 1_555 H CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc30 A OD1 ASP 213 A ASP 213 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc31 A O ASN 214 A ASN 214 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc32 A OE1 GLU 229 A GLU 229 1_555 J CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc33 A OE2 GLU 229 A GLU 229 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc34 A OD1 ASP 243 A ASP 243 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc35 A OD2 ASP 243 A ASP 243 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc36 A OD2 ASP 245 A ASP 245 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc37 A OD1 ASP 245 A ASP 245 1_555 I CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc38 A O ASN 251 A ASN 251 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc39 A OD1 ASP 287 A ASP 287 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc40 A OD2 ASP 287 A ASP 287 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc41 A OE2 GLU 289 A GLU 289 1_555 J CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc42 A OE1 GLU 289 A GLU 289 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc43 A OD1 ASN 302 A ASN 302 1_555 E CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc44 A OD1 ASN 327 A ASN 327 1_555 J CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc45 A O VAL 328 A VAL 328 1_555 J CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc46 A OE1 GLU 330 A GLU 330 1_555 J CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc47 A OE1 GLU 330 A GLU 330 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc48 A OE2 GLU 330 A GLU 330 1_555 K CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc49 F CA CA . A CA 606 1_555 O O HOH . A HOH 746 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5EQX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012209 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.0028 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.022291 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009615 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 NAG A 1 603 603 NAG NAG . D 4 CA A 1 604 604 CA CA . E 4 CA A 1 605 605 CA CA . F 4 CA A 1 606 606 CA CA . G 4 CA A 1 607 607 CA CA . H 4 CA A 1 608 608 CA CA . I 4 CA A 1 609 609 CA CA . J 4 CA A 1 610 610 CA CA . K 4 CA A 1 611 611 CA CA . L 5 MAN A 1 612 612 MAN MAN . M 5 MAN A 1 613 613 MAN MAN . N 5 MAN A 1 614 614 MAN MAN . O 6 HOH A 1 701 701 HOH HOH . O 6 HOH A 2 702 702 HOH HOH . O 6 HOH A 3 703 703 HOH HOH . O 6 HOH A 4 704 704 HOH HOH . O 6 HOH A 5 705 706 HOH HOH . O 6 HOH A 6 706 705 HOH HOH . O 6 HOH A 7 707 707 HOH HOH . O 6 HOH A 8 708 708 HOH HOH . O 6 HOH A 9 709 709 HOH HOH . O 6 HOH A 10 710 710 HOH HOH . O 6 HOH A 11 711 711 HOH HOH . O 6 HOH A 12 712 713 HOH HOH . O 6 HOH A 13 713 712 HOH HOH . O 6 HOH A 14 714 714 HOH HOH . O 6 HOH A 15 715 715 HOH HOH . O 6 HOH A 16 716 716 HOH HOH . O 6 HOH A 17 717 717 HOH HOH . O 6 HOH A 18 718 719 HOH HOH . O 6 HOH A 19 719 718 HOH HOH . O 6 HOH A 20 720 720 HOH HOH . O 6 HOH A 21 721 722 HOH HOH . O 6 HOH A 22 722 723 HOH HOH . O 6 HOH A 23 723 721 HOH HOH . O 6 HOH A 24 724 725 HOH HOH . O 6 HOH A 25 725 726 HOH HOH . O 6 HOH A 26 726 724 HOH HOH . O 6 HOH A 27 727 727 HOH HOH . O 6 HOH A 28 728 729 HOH HOH . O 6 HOH A 29 729 728 HOH HOH . O 6 HOH A 30 730 730 HOH HOH . O 6 HOH A 31 731 731 HOH HOH . O 6 HOH A 32 732 732 HOH HOH . O 6 HOH A 33 733 733 HOH HOH . O 6 HOH A 34 734 734 HOH HOH . O 6 HOH A 35 735 736 HOH HOH . O 6 HOH A 36 736 737 HOH HOH . O 6 HOH A 37 737 735 HOH HOH . O 6 HOH A 38 738 738 HOH HOH . O 6 HOH A 39 739 739 HOH HOH . O 6 HOH A 40 740 740 HOH HOH . O 6 HOH A 41 741 741 HOH HOH . O 6 HOH A 42 742 742 HOH HOH . O 6 HOH A 43 743 743 HOH HOH . O 6 HOH A 44 744 744 HOH HOH . O 6 HOH A 45 745 747 HOH HOH . O 6 HOH A 46 746 746 HOH HOH . O 6 HOH A 47 747 745 HOH HOH . O 6 HOH A 48 748 749 HOH HOH . O 6 HOH A 49 749 748 HOH HOH . O 6 HOH A 50 750 751 HOH HOH . O 6 HOH A 51 751 752 HOH HOH . O 6 HOH A 52 752 750 HOH HOH . O 6 HOH A 53 753 753 HOH HOH . O 6 HOH A 54 754 754 HOH HOH . O 6 HOH A 55 755 756 HOH HOH . O 6 HOH A 56 756 757 HOH HOH . O 6 HOH A 57 757 760 HOH HOH . O 6 HOH A 58 758 755 HOH HOH . O 6 HOH A 59 759 758 HOH HOH . O 6 HOH A 60 760 759 HOH HOH . O 6 HOH A 61 761 761 HOH HOH . O 6 HOH A 62 762 762 HOH HOH . O 6 HOH A 63 763 763 HOH HOH . O 6 HOH A 64 764 764 HOH HOH . O 6 HOH A 65 765 766 HOH HOH . O 6 HOH A 66 766 765 HOH HOH . O 6 HOH A 67 767 767 HOH HOH . O 6 HOH A 68 768 768 HOH HOH . O 6 HOH A 69 769 769 HOH HOH . O 6 HOH A 70 770 770 HOH HOH . O 6 HOH A 71 771 771 HOH HOH . O 6 HOH A 72 772 772 HOH HOH . O 6 HOH A 73 773 773 HOH HOH . O 6 HOH A 74 774 774 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 89.115 _atom_site.Cartn_y -145.591 _atom_site.Cartn_z 134.715 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.2 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 611 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #