data_5ER8 # _model_server_result.job_id cztTc-zUt067_o8UyaHy8A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 01:32:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5er8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":704}' # _entry.id 5ER8 # _exptl.entry_id 5ER8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 277.149 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '(6-azanyl-1-oxidanyl-1-phosphono-hexyl)phosphonic acid' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5ER8 _cell.length_a 142.601 _cell.length_b 142.601 _cell.length_c 117.632 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5ER8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,P 1 1 B,I,J,K,L,M,N,O,Q 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 111 A ASP 92 1_555 C MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 111 A ASP 92 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 115 A ASP 96 1_555 C MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 115 A ASP 96 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? metalc ? metalc5 A NH2 ARG 207 A ARG 188 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? covale ? covale1 A NH2 ARG 207 A ARG 188 1_555 F OAO NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 251 A ASN 232 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc7 A OG SER 255 A SER 236 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 259 A GLU 240 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 259 A GLU 240 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 111 B ASP 92 1_555 I MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 111 B ASP 92 1_555 J MN MN . B MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 115 B ASP 96 1_555 I MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 115 B ASP 96 1_555 J MN MN . B MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASN 251 B ASN 232 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc15 B ND2 ASN 251 B ASN 232 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc16 B OG SER 255 B SER 236 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 259 B GLU 240 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? metalc ? metalc18 B O SER 316 B SER 297 1_555 O MN MN . B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc19 C MN MN . A MN 701 1_555 F OAN NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.778 ? metalc ? metalc20 C MN MN . A MN 701 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? metalc ? metalc21 C MN MN . A MN 701 1_555 F OAK NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.734 ? metalc ? metalc22 C MN MN . A MN 701 1_555 P O HOH . A HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? metalc ? metalc23 C MN MN . A MN 701 1_555 P O HOH . A HOH 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc24 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc25 D MN MN . A MN 702 1_555 F OAN NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc26 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc27 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.836 ? metalc ? metalc28 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? metalc ? metalc29 E MN MN . A MN 703 1_555 F OAL NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? metalc ? metalc30 E MN MN . A MN 703 1_555 F OAO NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc31 E MN MN . A MN 703 1_555 P O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc32 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 830 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc33 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc34 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc35 I MN MN . B MN 701 1_555 Q O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc36 I MN MN . B MN 701 1_555 Q O HOH . B HOH 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc37 I MN MN . B MN 701 1_555 L OAL NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc38 I MN MN . B MN 701 1_555 L OAO NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.795 ? metalc ? metalc39 J MN MN . B MN 702 1_555 L OAO NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc40 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc41 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc42 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc43 K MN MN . B MN 703 1_555 Q O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc44 K MN MN . B MN 703 1_555 L OAP NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.802 ? metalc ? metalc45 K MN MN . B MN 703 1_555 L OAK NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.865 ? metalc ? metalc46 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? metalc ? metalc47 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc48 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 833 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc49 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc50 H MN MN . A MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 838 4_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc51 N MN MN . B MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 829 4_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? # _chem_comp.formula 'C6 H17 N O7 P2' _chem_comp.formula_weight 277.149 _chem_comp.id NRD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '(6-azanyl-1-oxidanyl-1-phosphono-hexyl)phosphonic acid' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5ER8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007013 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004049 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008097 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008501 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 MN A 1 701 701 MN MN . D 2 MN A 1 702 702 MN MN . E 2 MN A 1 703 703 MN MN . F 3 NRD A 1 704 704 NRD NRD . G 4 CL A 1 705 705 CL CL . H 2 MN A 1 706 706 MN MN . I 2 MN B 1 701 701 MN MN . J 2 MN B 1 702 702 MN MN . K 2 MN B 1 703 703 MN MN . L 3 NRD B 1 704 704 NRD NRD . M 4 CL B 1 705 705 CL CL . N 2 MN B 1 706 706 MN MN . O 2 MN B 1 707 1 MN MN . P 5 HOH A 1 801 84 HOH HOH . P 5 HOH A 2 802 4 HOH HOH . P 5 HOH A 3 803 38 HOH HOH . P 5 HOH A 4 804 37 HOH HOH . P 5 HOH A 5 805 69 HOH HOH . P 5 HOH A 6 806 22 HOH HOH . P 5 HOH A 7 807 35 HOH HOH . P 5 HOH A 8 808 42 HOH HOH . P 5 HOH A 9 809 8 HOH HOH . P 5 HOH A 10 810 66 HOH HOH . P 5 HOH A 11 811 83 HOH HOH . P 5 HOH A 12 812 74 HOH HOH . P 5 HOH A 13 813 27 HOH HOH . P 5 HOH A 14 814 76 HOH HOH . P 5 HOH A 15 815 75 HOH HOH . P 5 HOH A 16 816 82 HOH HOH . P 5 HOH A 17 817 47 HOH HOH . P 5 HOH A 18 818 7 HOH HOH . P 5 HOH A 19 819 68 HOH HOH . P 5 HOH A 20 820 39 HOH HOH . P 5 HOH A 21 821 45 HOH HOH . P 5 HOH A 22 822 48 HOH HOH . P 5 HOH A 23 823 43 HOH HOH . P 5 HOH A 24 824 10 HOH HOH . P 5 HOH A 25 825 64 HOH HOH . P 5 HOH A 26 826 9 HOH HOH . P 5 HOH A 27 827 67 HOH HOH . P 5 HOH A 28 828 5 HOH HOH . P 5 HOH A 29 829 65 HOH HOH . P 5 HOH A 30 830 41 HOH HOH . P 5 HOH A 31 831 40 HOH HOH . P 5 HOH A 32 832 46 HOH HOH . P 5 HOH A 33 833 6 HOH HOH . Q 5 HOH B 1 801 78 HOH HOH . Q 5 HOH B 2 802 3 HOH HOH . Q 5 HOH B 3 803 34 HOH HOH . Q 5 HOH B 4 804 80 HOH HOH . Q 5 HOH B 5 805 1 HOH HOH . Q 5 HOH B 6 806 81 HOH HOH . Q 5 HOH B 7 807 17 HOH HOH . Q 5 HOH B 8 808 73 HOH HOH . Q 5 HOH B 9 809 30 HOH HOH . Q 5 HOH B 10 810 2 HOH HOH . Q 5 HOH B 11 811 52 HOH HOH . Q 5 HOH B 12 812 56 HOH HOH . Q 5 HOH B 13 813 77 HOH HOH . Q 5 HOH B 14 814 58 HOH HOH . Q 5 HOH B 15 815 62 HOH HOH . Q 5 HOH B 16 816 14 HOH HOH . Q 5 HOH B 17 817 61 HOH HOH . Q 5 HOH B 18 818 29 HOH HOH . Q 5 HOH B 19 819 63 HOH HOH . Q 5 HOH B 20 820 49 HOH HOH . Q 5 HOH B 21 821 33 HOH HOH . Q 5 HOH B 22 822 50 HOH HOH . Q 5 HOH B 23 823 70 HOH HOH . Q 5 HOH B 24 824 12 HOH HOH . Q 5 HOH B 25 825 72 HOH HOH . Q 5 HOH B 26 826 55 HOH HOH . Q 5 HOH B 27 827 60 HOH HOH . Q 5 HOH B 28 828 71 HOH HOH . Q 5 HOH B 29 829 53 HOH HOH . Q 5 HOH B 30 830 21 HOH HOH . Q 5 HOH B 31 831 18 HOH HOH . Q 5 HOH B 32 832 16 HOH HOH . Q 5 HOH B 33 833 57 HOH HOH . Q 5 HOH B 34 834 11 HOH HOH . Q 5 HOH B 35 835 79 HOH HOH . Q 5 HOH B 36 836 13 HOH HOH . Q 5 HOH B 37 837 19 HOH HOH . Q 5 HOH B 38 838 44 HOH HOH . Q 5 HOH B 39 839 15 HOH HOH . Q 5 HOH B 40 840 54 HOH HOH . Q 5 HOH B 41 841 20 HOH HOH . Q 5 HOH B 42 842 59 HOH HOH . Q 5 HOH B 43 843 51 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O OAK NRD . . . L 3 -73.513 -34.661 1.494 0.9 57.44 ? OAK NRD 704 B 1 HETATM 2 P PAI NRD . . . L 3 -72.211 -34.277 0.822 0.9 62.46 ? PAI NRD 704 B 1 HETATM 3 O OAL NRD . . . L 3 -71.74 -35.192 -0.284 0.9 63.89 ? OAL NRD 704 B 1 HETATM 4 O OAJ NRD . . . L 3 -72.028 -32.812 0.579 0.9 59.08 ? OAJ NRD 704 B 1 HETATM 5 C CAG NRD . . . L 3 -71.027 -34.618 2.095 0.9 61.98 ? CAG NRD 704 B 1 HETATM 6 P PAM NRD . . . L 3 -71.238 -36.366 2.366 0.9 58.82 ? PAM NRD 704 B 1 HETATM 7 O OAO NRD . . . L 3 -70.785 -36.96 1.054 0.9 69.69 ? OAO NRD 704 B 1 HETATM 8 O OAP NRD . . . L 3 -72.725 -36.48 2.617 0.9 68.93 ? OAP NRD 704 B 1 HETATM 9 O OAN NRD . . . L 3 -70.355 -36.708 3.533 0.9 67.96 ? OAN NRD 704 B 1 HETATM 10 O OAH NRD . . . L 3 -69.703 -34.317 1.675 0.9 60.91 ? OAH NRD 704 B 1 HETATM 11 C CAF NRD . . . L 3 -71.431 -33.83 3.305 0.9 65.04 ? CAF NRD 704 B 1 HETATM 12 C CAE NRD . . . L 3 -70.182 -33.18 3.877 0.9 71.06 ? CAE NRD 704 B 1 HETATM 13 C CAC NRD . . . L 3 -70.582 -32.068 4.827 0.9 70.94 ? CAC NRD 704 B 1 HETATM 14 C CAB NRD . . . L 3 -69.389 -31.737 5.696 0.9 78.95 ? CAB NRD 704 B 1 HETATM 15 C CAA NRD . . . L 3 -69.878 -31.011 6.941 0.9 77.51 ? CAA NRD 704 B 1 HETATM 16 N NAD NRD . . . L 3 -68.818 -31.044 7.971 0.9 87.98 ? NAD NRD 704 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 292 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 16 #