data_5ER8
#
_model_server_result.job_id            whB1Luh5y_T50ozaQfnuwA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-06 01:41:36' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5er8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":706}' 
#
_entry.id    5ER8 
#
_exptl.entry_id    5ER8 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            5ER8 
_cell.length_a            142.601 
_cell.length_b            142.601 
_cell.length_c            117.632 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ER8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,P 1 1 
B,I,J,K,L,M,N,O,Q 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 111 A ASP 92 1_555 C MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 111 A ASP 92 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 115 A ASP 96 1_555 C MN MN . A MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 115 A ASP 96 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? 
metalc ? metalc5 A NH2 ARG 207 A ARG 188 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
covale ? covale1 A NH2 ARG 207 A ARG 188 1_555 F OAO NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASN 251 A ASN 232 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? 
metalc ? metalc7 A OG SER 255 A SER 236 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 259 A GLU 240 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 259 A GLU 240 1_555 E MN MN . A MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 111 B ASP 92 1_555 I MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc11 B OD2 ASP 111 B ASP 92 1_555 J MN MN . B MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 115 B ASP 96 1_555 I MN MN . B MN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 115 B ASP 96 1_555 J MN MN . B MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASN 251 B ASN 232 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc15 B ND2 ASN 251 B ASN 232 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc16 B OG SER 255 B SER 236 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 259 B GLU 240 1_555 K MN MN . B MN 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? 
metalc ? metalc18 B O SER 316 B SER 297 1_555 O MN MN . B MN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc19 C MN MN . A MN 701 1_555 F OAN NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.778 ? 
metalc ? metalc20 C MN MN . A MN 701 1_555 D MN MN . A MN 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc21 C MN MN . A MN 701 1_555 F OAK NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.734 ? 
metalc ? metalc22 C MN MN . A MN 701 1_555 P O HOH . A HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.835 ? 
metalc ? metalc23 C MN MN . A MN 701 1_555 P O HOH . A HOH 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc24 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc25 D MN MN . A MN 702 1_555 F OAN NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc26 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc27 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.836 ? 
metalc ? metalc28 D MN MN . A MN 702 1_555 P O HOH . A HOH 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? 
metalc ? metalc29 E MN MN . A MN 703 1_555 F OAL NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? 
metalc ? metalc30 E MN MN . A MN 703 1_555 F OAO NRD . A NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc31 E MN MN . A MN 703 1_555 P O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc32 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 830 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc33 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc34 H MN MN . A MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc35 I MN MN . B MN 701 1_555 Q O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? 
metalc ? metalc36 I MN MN . B MN 701 1_555 Q O HOH . B HOH 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? 
metalc ? metalc37 I MN MN . B MN 701 1_555 L OAL NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
metalc ? metalc38 I MN MN . B MN 701 1_555 L OAO NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.795 ? 
metalc ? metalc39 J MN MN . B MN 702 1_555 L OAO NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc40 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc41 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc42 J MN MN . B MN 702 1_555 Q O HOH . B HOH 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc43 K MN MN . B MN 703 1_555 Q O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc44 K MN MN . B MN 703 1_555 L OAP NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.802 ? 
metalc ? metalc45 K MN MN . B MN 703 1_555 L OAK NRD . B NRD 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.865 ? 
metalc ? metalc46 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc47 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc48 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 833 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc49 N MN MN . B MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 842 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc50 H MN MN . A MN 706 1_555 Q O HOH . B HOH 838 4_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc51 N MN MN . B MN 706 1_555 P O HOH . A HOH 829 4_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5ER8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007013 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004049 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008097 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008501 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MN A 1 701 701 MN MN . 
D 2 MN A 1 702 702 MN MN . 
E 2 MN A 1 703 703 MN MN . 
F 3 NRD A 1 704 704 NRD NRD . 
G 4 CL A 1 705 705 CL CL . 
H 2 MN A 1 706 706 MN MN . 
I 2 MN B 1 701 701 MN MN . 
J 2 MN B 1 702 702 MN MN . 
K 2 MN B 1 703 703 MN MN . 
L 3 NRD B 1 704 704 NRD NRD . 
M 4 CL B 1 705 705 CL CL . 
N 2 MN B 1 706 706 MN MN . 
O 2 MN B 1 707 1 MN MN . 
P 5 HOH A 1 801 84 HOH HOH . 
P 5 HOH A 2 802 4 HOH HOH . 
P 5 HOH A 3 803 38 HOH HOH . 
P 5 HOH A 4 804 37 HOH HOH . 
P 5 HOH A 5 805 69 HOH HOH . 
P 5 HOH A 6 806 22 HOH HOH . 
P 5 HOH A 7 807 35 HOH HOH . 
P 5 HOH A 8 808 42 HOH HOH . 
P 5 HOH A 9 809 8 HOH HOH . 
P 5 HOH A 10 810 66 HOH HOH . 
P 5 HOH A 11 811 83 HOH HOH . 
P 5 HOH A 12 812 74 HOH HOH . 
P 5 HOH A 13 813 27 HOH HOH . 
P 5 HOH A 14 814 76 HOH HOH . 
P 5 HOH A 15 815 75 HOH HOH . 
P 5 HOH A 16 816 82 HOH HOH . 
P 5 HOH A 17 817 47 HOH HOH . 
P 5 HOH A 18 818 7 HOH HOH . 
P 5 HOH A 19 819 68 HOH HOH . 
P 5 HOH A 20 820 39 HOH HOH . 
P 5 HOH A 21 821 45 HOH HOH . 
P 5 HOH A 22 822 48 HOH HOH . 
P 5 HOH A 23 823 43 HOH HOH . 
P 5 HOH A 24 824 10 HOH HOH . 
P 5 HOH A 25 825 64 HOH HOH . 
P 5 HOH A 26 826 9 HOH HOH . 
P 5 HOH A 27 827 67 HOH HOH . 
P 5 HOH A 28 828 5 HOH HOH . 
P 5 HOH A 29 829 65 HOH HOH . 
P 5 HOH A 30 830 41 HOH HOH . 
P 5 HOH A 31 831 40 HOH HOH . 
P 5 HOH A 32 832 46 HOH HOH . 
P 5 HOH A 33 833 6 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 1 801 78 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 2 802 3 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 3 803 34 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 4 804 80 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 5 805 1 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 6 806 81 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 7 807 17 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 8 808 73 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 9 809 30 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 10 810 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 11 811 52 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 12 812 56 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 13 813 77 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 14 814 58 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 15 815 62 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 16 816 14 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 17 817 61 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 18 818 29 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 19 819 63 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 20 820 49 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 21 821 33 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 22 822 50 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 23 823 70 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 24 824 12 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 25 825 72 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 26 826 55 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 27 827 60 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 28 828 71 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 29 829 53 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 30 830 21 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 31 831 18 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 32 832 16 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 33 833 57 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 34 834 11 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 35 835 79 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 36 836 13 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 37 837 19 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 38 838 44 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 39 839 15 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 40 840 54 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 41 841 20 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 42 842 59 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 43 843 51 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         H 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -64.961 
_atom_site.Cartn_y               16.472 
_atom_site.Cartn_z               -11.732 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        122.06 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           706 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    14 
_model_server_stats.query_time_ms           259 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#