data_5ETL
#
_model_server_result.job_id            zGMLPAfFDvHZbvCiUs7wBA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 00:36:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5etl 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":204}' 
#
_entry.id    5ETL 
#
_exptl.entry_id    5ETL 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              298.323 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-[(2-azanyl-6-oxidanylidene-3,9-dihydropurin-8-yl)sulfanylmethyl]benzenecarbonitrile 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.32 
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_cell.entry_id            5ETL 
_cell.length_a            69.447 
_cell.length_b            36.179 
_cell.length_c            121.33 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5ETL 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,I,J,X 1 1 
B,K,L,M,N,Y 2 1 
C,O,P,Q,R,S,Z 3 1 
D,T,U,V,W,AA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 N N N 
? 4 S N N 
? 4 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 99 A ASP 95 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 99 A ASP 95 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 101 A ASP 97 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 101 A ASP 97 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc5 E CA CA . A CA 201 1_555 I O1B ATP . A ATP 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc6 E CA CA . A CA 201 1_555 I O2A ATP . A ATP 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc7 E CA CA . A CA 201 1_555 X O HOH . A HOH 324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc8 E CA CA . A CA 201 1_555 X O HOH . A HOH 368 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc9 F CA CA . A CA 202 1_555 I O2G ATP . A ATP 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc10 F CA CA . A CA 202 1_555 I O1B ATP . A ATP 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc11 F CA CA . A CA 202 1_555 X O HOH . A HOH 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 202 1_555 X O HOH . A HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 203 1_555 X O HOH . A HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc14 G CA CA . A CA 203 1_555 X O HOH . A HOH 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc15 G CA CA . A CA 203 1_555 X O HOH . A HOH 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc16 G CA CA . A CA 203 1_555 Y O HOH . B HOH 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc17 G CA CA . A CA 203 1_555 Y O HOH . B HOH 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc18 G CA CA . A CA 203 1_555 Y O HOH . B HOH 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc19 H CA CA . A CA 204 1_555 X O HOH . A HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc20 H CA CA . A CA 204 1_555 X O HOH . A HOH 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 99 B ASP 95 1_555 K CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc22 B OD2 ASP 99 B ASP 95 1_555 L CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc23 B OD1 ASP 101 B ASP 97 1_555 K CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc24 B OD2 ASP 101 B ASP 97 1_555 L CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc25 K CA CA . B CA 201 1_555 M O2B ATP . B ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc26 K CA CA . B CA 201 1_555 M O1A ATP . B ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc27 K CA CA . B CA 201 1_555 Y O HOH . B HOH 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc28 K CA CA . B CA 201 1_555 Y O HOH . B HOH 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc29 L CA CA . B CA 202 1_555 M O2B ATP . B ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc30 L CA CA . B CA 202 1_555 M O1G ATP . B ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc31 L CA CA . B CA 202 1_555 Y O HOH . B HOH 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc32 L CA CA . B CA 202 1_555 Y O HOH . B HOH 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASP 99 C ASP 95 1_555 O CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc34 C OD2 ASP 99 C ASP 95 1_555 P CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc35 C OD1 ASP 101 C ASP 97 1_555 O CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc36 C OD1 ASP 101 C ASP 97 1_555 P CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.187 ? 
metalc ? metalc37 C OD2 ASP 101 C ASP 97 1_555 P CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc38 O CA CA . C CA 201 1_555 R O2B ATP . C ATP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc39 O CA CA . C CA 201 1_555 R O1A ATP . C ATP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc40 O CA CA . C CA 201 1_555 Z O HOH . C HOH 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc41 O CA CA . C CA 201 1_555 Z O HOH . C HOH 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? 
metalc ? metalc42 P CA CA . C CA 202 1_555 R O1G ATP . C ATP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc43 P CA CA . C CA 202 1_555 R O2B ATP . C ATP 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc44 P CA CA . C CA 202 1_555 Z O HOH . C HOH 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc45 P CA CA . C CA 202 1_555 Z O HOH . C HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? 
metalc ? metalc46 Q CA CA . C CA 203 1_555 Z O HOH . C HOH 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc47 Q CA CA . C CA 203 1_555 Z O HOH . C HOH 375 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc48 Q CA CA . C CA 203 1_555 Z O HOH . C HOH 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc49 Q CA CA . C CA 203 1_555 Z O HOH . C HOH 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc50 Q CA CA . C CA 203 1_555 AA O HOH . D HOH 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc51 Q CA CA . C CA 203 1_555 AA O HOH . D HOH 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc52 Q CA CA . C CA 203 1_555 AA O HOH . D HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc53 D OD1 ASP 99 D ASP 95 1_555 T CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc54 D OD2 ASP 99 D ASP 95 1_555 U CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc55 D OD1 ASP 101 D ASP 97 1_555 T CA CA . D CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc56 D OD2 ASP 101 D ASP 97 1_555 U CA CA . D CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc57 T CA CA . D CA 201 1_555 V O1B ATP . D ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? 
metalc ? metalc58 T CA CA . D CA 201 1_555 V O2A ATP . D ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc59 T CA CA . D CA 201 1_555 AA O HOH . D HOH 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc60 T CA CA . D CA 201 1_555 AA O HOH . D HOH 378 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc61 U CA CA . D CA 202 1_555 V O2G ATP . D ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc62 U CA CA . D CA 202 1_555 V O1B ATP . D ATP 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? 
metalc ? metalc63 U CA CA . D CA 202 1_555 AA O HOH . D HOH 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc64 U CA CA . D CA 202 1_555 AA O HOH . D HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? 
#
_chem_comp.formula           'C13 H10 N6 O S' 
_chem_comp.formula_weight    298.323 
_chem_comp.id                5RV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-[(2-azanyl-6-oxidanylidene-3,9-dihydropurin-8-yl)sulfanylmethyl]benzenecarbonitrile 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N19 C11 5RV sing 1 n n 
C11 N17 5RV doub 2 n n 
C11 N15 5RV sing 3 n n 
N17 C10 5RV sing 4 n n 
N15 C9 5RV sing 5 n n 
C10 O20 5RV doub 6 n n 
C10 C8 5RV sing 7 n n 
C9 C8 5RV doub 8 n y 
C9 N16 5RV sing 9 n y 
C8 N18 5RV sing 10 n y 
N16 C12 5RV sing 11 n y 
N18 C12 5RV doub 12 n y 
C12 S21 5RV sing 13 n n 
S21 C13 5RV sing 14 n n 
N14 C1 5RV trip 15 n n 
C13 C7 5RV sing 16 n n 
C1 C6 5RV sing 17 n n 
C7 C6 5RV doub 18 n y 
C7 C5 5RV sing 19 n y 
C6 C4 5RV sing 20 n y 
C5 C3 5RV doub 21 n y 
C4 C2 5RV doub 22 n y 
C3 C2 5RV sing 23 n y 
C2 H1 5RV sing 24 n n 
C3 H2 5RV sing 25 n n 
C4 H3 5RV sing 26 n n 
C5 H4 5RV sing 27 n n 
C13 H5 5RV sing 28 n n 
C13 H6 5RV sing 29 n n 
N15 H7 5RV sing 30 n n 
N16 H8 5RV sing 31 n n 
N19 H10 5RV sing 32 n n 
N19 H11 5RV sing 33 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5ETL 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014399 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00008 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.02764 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008242 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 CA A 1 201 5 CA CA . 
F 2 CA A 1 202 8 CA CA . 
G 2 CA A 1 203 10 CA CA . 
H 2 CA A 1 204 11 CA CA . 
I 3 ATP A 1 205 2 ATP ATP . 
J 4 5RV A 1 206 2 5RV UNL . 
K 2 CA B 1 201 2 CA CA . 
L 2 CA B 1 202 7 CA CA . 
M 3 ATP B 1 203 4 ATP ATP . 
N 4 5RV B 1 204 1 5RV UNL . 
O 2 CA C 1 201 1 CA CA . 
P 2 CA C 1 202 6 CA CA . 
Q 2 CA C 1 203 9 CA CA . 
R 3 ATP C 1 204 1 ATP ATP . 
S 4 5RV C 1 205 3 5RV UNL . 
T 2 CA D 1 201 3 CA CA . 
U 2 CA D 1 202 4 CA CA . 
V 3 ATP D 1 203 3 ATP ATP . 
W 4 5RV D 1 204 4 5RV UNL . 
X 5 HOH A 1 301 393 HOH HOH . 
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X 5 HOH A 132 432 352 HOH HOH . 
Y 5 HOH B 1 301 379 HOH HOH . 
Y 5 HOH B 2 302 305 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 1 301 277 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 2 302 171 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 3 303 178 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 7 307 289 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 8 308 333 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 10 310 366 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 12 312 292 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 13 313 443 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 14 314 81 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 15 315 341 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 16 316 146 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 17 317 109 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 20 320 500 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 21 321 412 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 50 350 145 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 51 351 274 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 52 352 129 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 53 353 59 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 55 355 71 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 58 358 150 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 59 359 327 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 60 360 101 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 61 361 6 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 65 365 477 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 66 366 57 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 70 370 18 HOH HOH . 
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Z 5 HOH C 75 375 47 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 76 376 263 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 77 377 283 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 78 378 489 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 79 379 158 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 80 380 46 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 81 381 467 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 82 382 370 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 83 383 343 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 84 384 51 HOH HOH . 
Z 5 HOH C 85 385 32 HOH HOH . 
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