data_5EW2 # _model_server_result.job_id OdMagz7Cxb3UXQVKfhnu7Q _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 15:30:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ew2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":301}' # _entry.id 5EW2 # _exptl.entry_id 5EW2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 5 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.9 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5EW2 _cell.length_a 117.089 _cell.length_b 41.296 _cell.length_c 104.923 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5EW2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 9 L CYS 1 1_555 B SG CYS 119 H CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 28 H CYS 42 1_555 B SG CYS 44 H CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 173 H CYS 168 1_555 B SG CYS 187 H CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 201 H CYS 191 1_555 B SG CYS 231 H CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 B NE2 HIS 43 H HIS 57 1_555 F C3 0G6 . H 0G6 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? covale ? covale2 B OG SER 205 H SER 195 1_555 F C2 0G6 . H 0G6 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale3 D O3' DG 11 E DG 11 1_555 D P 3DR 12 E 3DR 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.57 ? covale ? covale4 D O3' 3DR 12 E 3DR 12 1_555 D P DT 13 E DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.617 ? metalc ? metalc1 B O LYS 236 H LYS 224 1_555 G NA NA . H NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc2 C O6 DG 8 D DG 8 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc3 C O6 DG 11 D DG 11 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc4 C O6 DG 17 D DG 17 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc5 C O6 DG 20 D DG 20 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc6 D O6 DG 1 E DG 1 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc7 D O6 DG 2 E DG 2 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc8 D O6 DG 5 E DG 5 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc9 D O6 DG 6 E DG 6 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc10 D O6 DG 10 E DG 10 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc11 D O6 DG 11 E DG 11 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc12 D O6 DG 14 E DG 14 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc13 D O6 DG 15 E DG 15 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N3 DC 3 D DC 3 1_555 C N1 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N4 DC 3 D DC 3 1_555 C O6 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O2 DC 3 D DC 3 1_555 C N2 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog4 C O2 DC 4 D DC 4 1_555 C N1 DG 23 D DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog5 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 C O6 DG 7 D DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog6 C N1 DG 5 D DG 5 1_555 C N7 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog7 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 C O6 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog8 C N3 DT 6 D DT 6 1_555 C N7 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog9 C O2 DT 6 D DT 6 1_555 C N6 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog10 C N7 DG 7 D DG 7 1_555 C N1 DG 12 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog11 C O6 DG 7 D DG 7 1_555 C N2 DG 12 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 C N7 DG 8 D DG 8 1_555 C N2 DG 11 D DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 C O6 DG 8 D DG 8 1_555 C N1 DG 11 D DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 C N1 DG 8 D DG 8 1_555 C O6 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 C N2 DG 8 D DG 8 1_555 C N7 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog16 C N1 DA 10 D DA 10 1_555 C N3 DT 19 D DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog17 C N6 DA 10 D DA 10 1_555 C O2 DT 19 D DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 C N7 DG 11 D DG 11 1_555 C N2 DG 17 D DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 C O6 DG 11 D DG 11 1_555 C N1 DG 17 D DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog20 C N2 DG 12 D DG 12 1_555 C O6 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 C N7 DG 17 D DG 17 1_555 C N2 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 C O6 DG 17 D DG 17 1_555 C N1 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 D N1 DG 1 E DG 1 1_555 D O6 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 D N2 DG 1 E DG 1 1_555 D N7 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 D N7 DG 1 E DG 1 1_555 D N2 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 D O6 DG 1 E DG 1 1_555 D N1 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog27 D N7 DG 2 E DG 2 1_555 D N2 DG 5 E DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog28 D O6 DG 2 E DG 2 1_555 D N1 DG 5 E DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog29 D N1 DG 2 E DG 2 1_555 D O6 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 D N2 DG 2 E DG 2 1_555 D N7 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 D N7 DG 5 E DG 5 1_555 D N2 DG 11 E DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog32 D O6 DG 5 E DG 5 1_555 D N1 DG 11 E DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog33 D N1 DG 6 E DG 6 1_555 D O6 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog34 D N2 DG 6 E DG 6 1_555 D N7 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog35 D N1 DG 10 E DG 10 1_555 D O6 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog36 D N2 DG 10 E DG 10 1_555 D N7 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog37 D N7 DG 11 E DG 11 1_555 D N2 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog38 D O6 DG 11 E DG 11 1_555 D N1 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5EW2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008541 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001956 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024215 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009777 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 NAG H 1 301 301 NAG NAG . F 6 0G6 H 1 302 302 0G6 0G6 . G 7 NA H 1 303 2 NA NA . H 7 NA D 1 101 3 NA NA . I 7 NA E 1 101 1 NA NA . J 8 HOH H 1 401 2 HOH HOH . J 8 HOH H 2 402 7 HOH HOH . J 8 HOH H 3 403 3 HOH HOH . J 8 HOH H 4 404 5 HOH HOH . J 8 HOH H 5 405 4 HOH HOH . J 8 HOH H 6 406 6 HOH HOH . J 8 HOH H 7 407 1 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . E 5 -41.406 2.031 29.837 1 55.53 ? C1 NAG 301 H 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . E 5 -42.782 2.245 29.258 1 55.8 ? C2 NAG 301 H 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . E 5 -43.774 2.638 30.359 1 57.93 ? C3 NAG 301 H 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . E 5 -43.544 1.892 31.694 1 59.57 ? C4 NAG 301 H 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . E 5 -42.053 2.009 32.047 1 59.05 ? C5 NAG 301 H 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . E 5 -41.672 1.584 33.469 1 59 ? C6 NAG 301 H 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . E 5 -42.37 3.269 27.007 1 52.11 ? C7 NAG 301 H 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . E 5 -42.445 4.562 26.248 1 49.76 ? C8 NAG 301 H 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . E 5 -42.744 3.34 28.291 1 54.36 ? N2 NAG 301 H 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . E 5 -45.085 2.462 29.798 1 58.12 ? O3 NAG 301 H 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . E 5 -44.366 2.424 32.757 1 60.34 ? O4 NAG 301 H 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . E 5 -41.35 1.276 31.031 1 56.53 ? O5 NAG 301 H 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . E 5 -41.14 0.268 33.451 1 59.71 ? O6 NAG 301 H 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . E 5 -41.985 2.252 26.457 1 53.06 ? O7 NAG 301 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 270 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 14 #