data_5EW2 # _model_server_result.job_id ojVtfhV6_mmA90-ohG3L0A _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 15:32:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ew2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":302}' # _entry.id 5EW2 # _exptl.entry_id 5EW2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 453.986 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.9 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5EW2 _cell.length_a 117.089 _cell.length_b 41.296 _cell.length_c 104.923 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5EW2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id F _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 9 L CYS 1 1_555 B SG CYS 119 H CYS 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 28 H CYS 42 1_555 B SG CYS 44 H CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 173 H CYS 168 1_555 B SG CYS 187 H CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 201 H CYS 191 1_555 B SG CYS 231 H CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 B NE2 HIS 43 H HIS 57 1_555 F C3 0G6 . H 0G6 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? covale ? covale2 B OG SER 205 H SER 195 1_555 F C2 0G6 . H 0G6 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale3 D O3' DG 11 E DG 11 1_555 D P 3DR 12 E 3DR 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.57 ? covale ? covale4 D O3' 3DR 12 E 3DR 12 1_555 D P DT 13 E DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.617 ? metalc ? metalc1 B O LYS 236 H LYS 224 1_555 G NA NA . H NA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc2 C O6 DG 8 D DG 8 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc3 C O6 DG 11 D DG 11 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc4 C O6 DG 17 D DG 17 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc5 C O6 DG 20 D DG 20 1_555 H NA NA . D NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc6 D O6 DG 1 E DG 1 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc7 D O6 DG 2 E DG 2 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.927 ? metalc ? metalc8 D O6 DG 5 E DG 5 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc9 D O6 DG 6 E DG 6 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc10 D O6 DG 10 E DG 10 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc11 D O6 DG 11 E DG 11 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc12 D O6 DG 14 E DG 14 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc13 D O6 DG 15 E DG 15 1_555 I NA NA . E NA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N3 DC 3 D DC 3 1_555 C N1 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N4 DC 3 D DC 3 1_555 C O6 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O2 DC 3 D DC 3 1_555 C N2 DG 25 D DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog4 C O2 DC 4 D DC 4 1_555 C N1 DG 23 D DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog5 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 C O6 DG 7 D DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog6 C N1 DG 5 D DG 5 1_555 C N7 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog7 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 C O6 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog8 C N3 DT 6 D DT 6 1_555 C N7 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog9 C O2 DT 6 D DT 6 1_555 C N6 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog10 C N7 DG 7 D DG 7 1_555 C N1 DG 12 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog11 C O6 DG 7 D DG 7 1_555 C N2 DG 12 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 C N7 DG 8 D DG 8 1_555 C N2 DG 11 D DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 C O6 DG 8 D DG 8 1_555 C N1 DG 11 D DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 C N1 DG 8 D DG 8 1_555 C O6 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 C N2 DG 8 D DG 8 1_555 C N7 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog16 C N1 DA 10 D DA 10 1_555 C N3 DT 19 D DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog17 C N6 DA 10 D DA 10 1_555 C O2 DT 19 D DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 C N7 DG 11 D DG 11 1_555 C N2 DG 17 D DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 C O6 DG 11 D DG 11 1_555 C N1 DG 17 D DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog20 C N2 DG 12 D DG 12 1_555 C O6 DG 16 D DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 C N7 DG 17 D DG 17 1_555 C N2 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 C O6 DG 17 D DG 17 1_555 C N1 DG 20 D DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 D N1 DG 1 E DG 1 1_555 D O6 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 D N2 DG 1 E DG 1 1_555 D N7 DG 6 E DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 D N7 DG 1 E DG 1 1_555 D N2 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 D O6 DG 1 E DG 1 1_555 D N1 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog27 D N7 DG 2 E DG 2 1_555 D N2 DG 5 E DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog28 D O6 DG 2 E DG 2 1_555 D N1 DG 5 E DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog29 D N1 DG 2 E DG 2 1_555 D O6 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 D N2 DG 2 E DG 2 1_555 D N7 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 D N7 DG 5 E DG 5 1_555 D N2 DG 11 E DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog32 D O6 DG 5 E DG 5 1_555 D N1 DG 11 E DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog33 D N1 DG 6 E DG 6 1_555 D O6 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog34 D N2 DG 6 E DG 6 1_555 D N7 DG 10 E DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog35 D N1 DG 10 E DG 10 1_555 D O6 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog36 D N2 DG 10 E DG 10 1_555 D N7 DG 15 E DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog37 D N7 DG 11 E DG 11 1_555 D N2 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog38 D O6 DG 11 E DG 11 1_555 D N1 DG 14 E DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C21 H34 Cl N6 O3 1' _chem_comp.formula_weight 453.986 _chem_comp.id 0G6 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide _chem_comp.type peptide-like _chem_comp.pdbx_synonyms PPACK # _atom_sites.entry_id 5EW2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008541 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001956 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024215 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009777 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 NAG H 1 301 301 NAG NAG . F 6 0G6 H 1 302 302 0G6 0G6 . G 7 NA H 1 303 2 NA NA . H 7 NA D 1 101 3 NA NA . I 7 NA E 1 101 1 NA NA . J 8 HOH H 1 401 2 HOH HOH . J 8 HOH H 2 402 7 HOH HOH . J 8 HOH H 3 403 3 HOH HOH . J 8 HOH H 4 404 5 HOH HOH . J 8 HOH H 5 405 4 HOH HOH . J 8 HOH H 6 406 6 HOH HOH . J 8 HOH H 7 407 1 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N 0G6 . . . F 6 -26.557 4.842 12.22 1 35.32 ? N 0G6 302 H 1 HETATM 2 C CA 0G6 . . . F 6 -27.764 5.247 12.907 1 35.89 ? CA 0G6 302 H 1 HETATM 3 C C 0G6 . . . F 6 -27.549 5.932 14.237 1 37.37 ? C 0G6 302 H 1 HETATM 4 O O 0G6 . . . F 6 -26.725 6.821 14.291 1 38.46 ? O 0G6 302 H 1 HETATM 5 C CB 0G6 . . . F 6 -28.479 6.244 12.015 1 35.22 ? CB 0G6 302 H 1 HETATM 6 C CG 0G6 . . . F 6 -29.932 6.384 12.418 1 35.39 ? CG 0G6 302 H 1 HETATM 7 C CD1 0G6 . . . F 6 -30.454 7.655 12.63 1 35.15 ? CD1 0G6 302 H 1 HETATM 8 C CD2 0G6 . . . F 6 -30.794 5.268 12.542 1 35.76 ? CD2 0G6 302 H 1 HETATM 9 C CE1 0G6 . . . F 6 -31.807 7.808 12.972 1 35.36 ? CE1 0G6 302 H 1 HETATM 10 C CE2 0G6 . . . F 6 -32.148 5.409 12.892 1 35.31 ? CE2 0G6 302 H 1 HETATM 11 C CZ 0G6 . . . F 6 -32.657 6.694 13.095 1 35.29 ? CZ 0G6 302 H 1 HETATM 12 N N1 0G6 . . . F 6 -28.274 5.599 15.328 1 38.61 ? N1 0G6 302 H 1 HETATM 13 C CA1 0G6 . . . F 6 -28.247 6.435 16.552 1 38.59 ? CA1 0G6 302 H 1 HETATM 14 C C1 0G6 . . . F 6 -26.938 6.368 17.291 1 38.01 ? C1 0G6 302 H 1 HETATM 15 O O1 0G6 . . . F 6 -26.291 5.296 17.222 1 38.08 ? O1 0G6 302 H 1 HETATM 16 C CB1 0G6 . . . F 6 -29.295 5.866 17.518 1 38.75 ? CB1 0G6 302 H 1 HETATM 17 C CG1 0G6 . . . F 6 -29.789 4.572 16.896 1 38.88 ? CG1 0G6 302 H 1 HETATM 18 C CD 0G6 . . . F 6 -29.133 4.425 15.52 1 39.21 ? CD 0G6 302 H 1 HETATM 19 N N2 0G6 . . . F 6 -26.641 7.481 17.999 1 36.05 ? N2 0G6 302 H 1 HETATM 20 C CA2 0G6 . . . F 6 -25.425 7.582 18.772 1 35.44 ? CA2 0G6 302 H 1 HETATM 21 C C2 0G6 . . . F 6 -25.651 7.762 20.254 1 33.68 ? C2 0G6 302 H 1 HETATM 22 O O2 0G6 . . . F 6 -24.506 7.218 20.905 1 32.62 ? O2 0G6 302 H 1 HETATM 23 C CB2 0G6 . . . F 6 -24.628 8.717 18.177 1 37.89 ? CB2 0G6 302 H 1 HETATM 24 C CG2 0G6 . . . F 6 -24.008 8.24 16.872 1 41.63 ? CG2 0G6 302 H 1 HETATM 25 C CD3 0G6 . . . F 6 -23.207 9.367 16.206 1 43.91 ? CD3 0G6 302 H 1 HETATM 26 N NE 0G6 . . . F 6 -22.426 9.034 15.002 1 43.71 ? NE 0G6 302 H 1 HETATM 27 C CZ1 0G6 . . . F 6 -21.752 9.99 14.35 1 43.67 ? CZ1 0G6 302 H 1 HETATM 28 N NH1 0G6 . . . F 6 -21.044 9.617 13.297 1 45.29 ? NH1 0G6 302 H 1 HETATM 29 N NH2 0G6 . . . F 6 -21.732 11.295 14.712 1 43.07 ? NH2 0G6 302 H 1 HETATM 30 C C3 0G6 . . . F 6 -26.876 6.974 20.757 1 32.76 ? C3 0G6 302 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 30 #