data_5EXR
#
_model_server_result.job_id            OPsl2VuFSP2bxPGR39nXKA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 17:41:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5exr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    5EXR 
#
_exptl.entry_id    5EXR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          93.56 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5EXR 
_cell.length_a            113.096 
_cell.length_b            210.164 
_cell.length_c            172.565 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5EXR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
? tetrameric 4 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L 1 1 
E,F,G,H,M,N,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 J N N 
? 6 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 C SG CYS 1014 C CYS 1348 1_555 C SG CYS 1019 C CYS 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? 
disulf ? disulf2 E SG CYS 122 E CYS 122 1_555 E SG CYS 131 E CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
disulf ? disulf3 G SG CYS 1014 G CYS 1348 1_555 G SG CYS 1019 G CYS 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 121 A CYS 121 1_555 I ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 122 A CYS 122 1_555 I ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 I ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 131 A CYS 131 1_555 I ZN ZN . A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 287 B CYS 287 1_555 J FE4 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 367 B CYS 367 1_555 J FE1 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc7 C SG CYS 949 C CYS 1283 1_555 K ZN ZN . C ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 952 C CYS 1286 1_555 K ZN ZN . C ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 976 C CYS 1310 1_555 K ZN ZN . C ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 981 C CYS 1315 1_555 K ZN ZN . C ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 1014 C CYS 1348 1_555 L ZN ZN . C ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 1019 C CYS 1353 1_555 L ZN ZN . C ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 1037 C CYS 1371 1_555 L ZN ZN . C ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc14 E SG CYS 121 E CYS 121 1_555 M ZN ZN . E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc15 E SG CYS 122 E CYS 122 1_555 M ZN ZN . E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc16 E SG CYS 128 E CYS 128 1_555 M ZN ZN . E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc17 E SG CYS 131 E CYS 131 1_555 M ZN ZN . E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc18 F SG CYS 287 F CYS 287 1_555 N FE4 SF4 . F SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc19 F SG CYS 367 F CYS 367 1_555 N FE1 SF4 . F SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 952 G CYS 1286 1_555 O ZN ZN . G ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 976 G CYS 1310 1_555 O ZN ZN . G ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 981 G CYS 1315 1_555 O ZN ZN . G ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 1014 G CYS 1348 1_555 P ZN ZN . G ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 1019 G CYS 1353 1_555 P ZN ZN . G ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc25 G SG CYS 1037 G CYS 1371 1_555 P ZN ZN . G ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 288 n n 
FE1 S3 SF4 sing 289 n n 
FE1 S4 SF4 sing 290 n n 
FE2 S1 SF4 sing 291 n n 
FE2 S3 SF4 sing 292 n n 
FE2 S4 SF4 sing 293 n n 
FE3 S1 SF4 sing 294 n n 
FE3 S2 SF4 sing 295 n n 
FE3 S4 SF4 sing 296 n n 
FE4 S1 SF4 sing 297 n n 
FE4 S2 SF4 sing 298 n n 
FE4 S3 SF4 sing 299 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5EXR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008842 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000551 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004758 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005806 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 5 ZN A 1 501 1 ZN ZN2 . 
J 6 SF4 B 1 601 1 SF4 SF4 . 
K 5 ZN C 1 1501 1 ZN ZN2 . 
L 5 ZN C 1 1502 2 ZN ZN2 . 
M 5 ZN E 1 501 2 ZN ZN2 . 
N 6 SF4 F 1 601 1 SF4 SF4 . 
O 5 ZN G 1 1501 1 ZN ZN2 . 
P 5 ZN G 1 1502 2 ZN ZN2 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . J 6 137.773 120.241 36.965 1 1.1 ? FE1 SF4 601 B 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . J 6 136.856 121.015 34.439 1 1.1 ? FE2 SF4 601 B 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . J 6 139.596 120.304 34.714 1 1.1 ? FE3 SF4 601 B 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . J 6 138.515 123.102 35.913 1 9.16 ? FE4 SF4 601 B 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . J 6 138.653 122.162 34.032 1 1.1 ? S1 SF4 601 B 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . J 6 139.528 121.354 36.581 1 2.39 ? S2 SF4 601 B 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . J 6 136.767 122.044 36.305 1 1.1 ? S3 SF4 601 B 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . J 6 137.909 119.271 35.098 1 1.1 ? S4 SF4 601 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              23 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    338 
_model_server_stats.query_time_ms           328 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           8 
#