data_5F0S # _model_server_result.job_id NpfOvmYNUEHCBfjorYJiQg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 23:22:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5f0s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":101}' # _entry.id 5F0S # _exptl.entry_id 5F0S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5F0S _cell.length_a 122.753 _cell.length_b 125.613 _cell.length_c 83.69 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5F0S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,G,I 1 1 B,E,F,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C O3' GTP 1 C GTP 1 1_555 C P G 2 C G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.601 ? covale ? covale2 E O3' GTP 1 E GTP 1 1_555 E P G 2 E G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 102 A CYS 367 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 119 A CYS 384 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 159 A CYS 424 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 22 B CYS 287 1_555 H FE4 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 102 B CYS 367 1_555 H FE1 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 119 B CYS 384 1_555 H FE2 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 159 B CYS 424 1_555 H FE3 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc8 C O2G GTP 1 C GTP 1 1_555 I MN MN . C MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc9 C O2A GTP 1 C GTP 1 1_555 I MN MN . C MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc10 E O1G GTP 1 E GTP 1 1_555 J MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.858 ? metalc ? metalc11 E O1B GTP 1 E GTP 1 1_555 J MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 GTP 1 C GTP 1 1_555 D N3 DC 6 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 GTP 1 C GTP 1 1_555 D O2 DC 6 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 GTP 1 C GTP 1 1_555 D N4 DC 6 D DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N1 G 2 C G 2 1_555 D N3 DC 5 D DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N2 G 2 C G 2 1_555 D O2 DC 5 D DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C O6 G 2 C G 2 1_555 D N4 DC 5 D DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N3 C 3 C C 3 1_555 D N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N4 C 3 C C 3 1_555 D O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O2 C 3 C C 3 1_555 D N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N1 G 4 C G 4 1_555 D N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N2 G 4 C G 4 1_555 D O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O6 G 4 C G 4 1_555 D N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N1 G 5 C G 5 1_555 D N3 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N2 G 5 C G 5 1_555 D O2 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C O6 G 5 C G 5 1_555 D N4 DC 2 D DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog16 C N1 G 5 C G 5 1_555 D O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N3 C 6 C C 6 1_555 D N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N4 C 6 C C 6 1_555 D O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O2 C 6 C C 6 1_555 D N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E N1 GTP 1 E GTP 1 1_555 F N3 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N2 GTP 1 E GTP 1 1_555 F O2 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E O6 GTP 1 E GTP 1 1_555 F N4 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N1 G 2 E G 2 1_555 F N3 DC 5 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N2 G 2 E G 2 1_555 F O2 DC 5 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O6 G 2 E G 2 1_555 F N4 DC 5 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N3 C 3 E C 3 1_555 F N1 DG 4 F DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N4 C 3 E C 3 1_555 F O6 DG 4 F DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O2 C 3 E C 3 1_555 F N2 DG 4 F DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N1 G 4 E G 4 1_555 F N3 DC 3 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N2 G 4 E G 4 1_555 F O2 DC 3 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E O6 G 4 E G 4 1_555 F N4 DC 3 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N1 G 5 E G 5 1_555 F N3 DC 2 F DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N2 G 5 E G 5 1_555 F O2 DC 2 F DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E O6 G 5 E G 5 1_555 F N4 DC 2 F DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N3 C 6 E C 6 1_555 F N1 DG 1 F DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N4 C 6 E C 6 1_555 F O6 DG 1 F DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E O2 C 6 E C 6 1_555 F N2 DG 1 F DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5F0S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008146 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007961 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011949 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 SF4 A 1 501 1 SF4 SF4 . H 4 SF4 B 1 501 1 SF4 SF4 . I 5 MN C 1 101 1 MN MN2 . J 5 MN E 1 101 1 MN MN2 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 9.513 _atom_site.Cartn_y -42.139 _atom_site.Cartn_z 33.659 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 56.42 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 101 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 277 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #