data_5F15
#
_model_server_result.job_id            iQXG84My0EKovC-7qOhhaQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 14:33:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5f15 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":621}' 
#
_entry.id    5F15 
#
_exptl.entry_id    5F15 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              356.54 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    76 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            5F15 
_cell.length_a            59.648 
_cell.length_b            80.322 
_cell.length_c            150.161 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5F15 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 LA N N 
? 2 MA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
? 2 TA N N 
? 2 UA N N 
? 2 VA N N 
? 2 WA N N 
? 2 XA N N 
? 2 YA N N 
? 2 ZA N N 
? 2 AB N N 
? 2 BB N N 
? 2 CB N N 
? 2 DB N N 
? 2 EB N N 
? 2 FB N N 
? 2 GB N N 
? 2 HB N N 
? 2 IB N N 
? 2 JB N N 
? 2 KB N N 
? 2 LB N N 
? 2 MB N N 
? 2 NB N N 
? 2 OB N N 
? 2 PB N N 
? 2 QB N N 
? 2 RB N N 
? 2 SB N N 
? 2 TB N N 
? 2 UB N N 
? 2 VB N N 
? 2 WB N N 
? 2 XB N N 
? 2 YB N N 
#
_chem_comp.formula           'C21 H40 O4' 
_chem_comp.formula_weight    356.54 
_chem_comp.id                MPG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C2 C3 MPG sing 420 n n 
C2 C1 MPG sing 421 n n 
C3 C4 MPG sing 422 n n 
C4 C5 MPG sing 423 n n 
C5 C6 MPG sing 424 n n 
C6 C7 MPG sing 425 n n 
C7 C8 MPG sing 426 n n 
C8 C9 MPG sing 427 n n 
C9 C10 MPG doub 428 z n 
C10 C11 MPG sing 429 n n 
C11 C12 MPG sing 430 n n 
C12 C13 MPG sing 431 n n 
C13 C14 MPG sing 432 n n 
C14 C15 MPG sing 433 n n 
C15 C16 MPG sing 434 n n 
C16 C17 MPG sing 435 n n 
C17 C18 MPG sing 436 n n 
O1 C1 MPG sing 437 n n 
O1 CX3 MPG sing 438 n n 
CXD O2 MPG sing 439 n n 
CXD C21 MPG sing 440 n n 
CXD CX3 MPG sing 441 n n 
C21 O3 MPG sing 442 n n 
C2 H21C MPG sing 443 n n 
C2 H22C MPG sing 444 n n 
C3 H31C MPG sing 445 n n 
C3 H32C MPG sing 446 n n 
CX3 O4 MPG doub 447 n n 
C4 H41C MPG sing 448 n n 
C4 H42C MPG sing 449 n n 
C5 H51C MPG sing 450 n n 
C5 H52C MPG sing 451 n n 
C6 H61C MPG sing 452 n n 
C6 H62C MPG sing 453 n n 
C7 H71C MPG sing 454 n n 
C7 H72C MPG sing 455 n n 
C8 H81C MPG sing 456 n n 
C8 H82C MPG sing 457 n n 
C9 H9 MPG sing 458 n n 
C10 H10 MPG sing 459 n n 
C11 H111 MPG sing 460 n n 
C11 H112 MPG sing 461 n n 
C12 H121 MPG sing 462 n n 
C12 H122 MPG sing 463 n n 
C13 H131 MPG sing 464 n n 
C13 H132 MPG sing 465 n n 
C14 H141 MPG sing 466 n n 
C14 H142 MPG sing 467 n n 
C15 H151 MPG sing 468 n n 
C15 H152 MPG sing 469 n n 
C16 H161 MPG sing 470 n n 
C16 H162 MPG sing 471 n n 
C17 H171 MPG sing 472 n n 
C17 H172 MPG sing 473 n n 
C18 H181 MPG sing 474 n n 
C18 H182 MPG sing 475 n n 
C18 H183 MPG sing 476 n n 
C1 HX31 MPG sing 477 n n 
C1 HX32 MPG sing 478 n n 
CXD HXD MPG sing 479 n n 
O2 H2 MPG sing 480 n n 
C21 H211 MPG sing 481 n n 
C21 H212 MPG sing 482 n n 
O3 H3 MPG sing 483 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5F15 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016765 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01245 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00666 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 MPG A 1 601 1 MPG UNL . 
C 2 MPG A 1 602 3 MPG UNL . 
D 2 MPG A 1 603 4 MPG UNL . 
E 2 MPG A 1 604 5 MPG UNL . 
F 2 MPG A 1 605 11 MPG UNL . 
G 2 MPG A 1 606 12 MPG UNL . 
H 2 MPG A 1 607 13 MPG UNL . 
I 2 MPG A 1 608 15 MPG UNL . 
J 2 MPG A 1 609 16 MPG UNL . 
K 2 MPG A 1 610 18 MPG UNL . 
L 2 MPG A 1 611 19 MPG UNL . 
M 2 MPG A 1 612 23 MPG UNL . 
N 2 MPG A 1 613 24 MPG UNL . 
O 2 MPG A 1 614 25 MPG UNL . 
P 2 MPG A 1 615 26 MPG UNL . 
Q 2 MPG A 1 616 28 MPG UNL . 
R 2 MPG A 1 617 29 MPG UNL . 
S 2 MPG A 1 618 30 MPG UNL . 
T 2 MPG A 1 619 31 MPG UNL . 
U 2 MPG A 1 620 32 MPG UNL . 
V 2 MPG A 1 621 33 MPG UNL . 
W 2 MPG A 1 622 34 MPG UNL . 
X 2 MPG A 1 623 35 MPG UNL . 
Y 2 MPG A 1 624 36 MPG UNL . 
Z 2 MPG A 1 625 38 MPG UNL . 
AA 2 MPG A 1 626 39 MPG UNL . 
BA 2 MPG A 1 627 40 MPG UNL . 
CA 2 MPG A 1 628 41 MPG UNL . 
DA 2 MPG A 1 629 42 MPG UNL . 
EA 2 MPG A 1 630 43 MPG UNL . 
FA 2 MPG A 1 631 44 MPG UNL . 
GA 2 MPG A 1 632 46 MPG UNL . 
HA 2 MPG A 1 633 48 MPG UNL . 
IA 2 MPG A 1 634 49 MPG UNL . 
JA 2 MPG A 1 635 50 MPG UNL . 
KA 2 MPG A 1 636 51 MPG UNL . 
LA 2 MPG A 1 637 52 MPG UNL . 
MA 2 MPG A 1 638 53 MPG UNL . 
NA 2 MPG A 1 639 54 MPG UNL . 
OA 2 MPG A 1 640 56 MPG UNL . 
PA 2 MPG A 1 641 57 MPG UNL . 
QA 2 MPG A 1 642 58 MPG UNL . 
RA 2 MPG A 1 643 59 MPG UNL . 
SA 2 MPG A 1 644 60 MPG UNL . 
TA 2 MPG A 1 645 62 MPG UNL . 
UA 2 MPG A 1 646 63 MPG UNL . 
VA 2 MPG A 1 647 64 MPG UNL . 
WA 2 MPG A 1 648 65 MPG UNL . 
XA 2 MPG A 1 649 68 MPG UNL . 
YA 2 MPG A 1 650 69 MPG UNL . 
ZA 2 MPG A 1 651 70 MPG UNL . 
AB 2 MPG A 1 652 71 MPG UNL . 
BB 2 MPG A 1 653 72 MPG UNL . 
CB 2 MPG A 1 654 73 MPG UNL . 
DB 2 MPG A 1 655 74 MPG UNL . 
EB 2 MPG A 1 656 76 MPG UNL . 
FB 2 MPG A 1 657 79 MPG UNL . 
GB 2 MPG A 1 658 81 MPG UNL . 
HB 2 MPG A 1 659 82 MPG UNL . 
IB 2 MPG A 1 660 83 MPG UNL . 
JB 2 MPG A 1 661 84 MPG UNL . 
KB 2 MPG A 1 662 85 MPG UNL . 
LB 2 MPG A 1 663 86 MPG UNL . 
MB 2 MPG A 1 664 87 MPG UNL . 
NB 2 MPG A 1 665 89 MPG UNL . 
OB 2 MPG A 1 666 91 MPG UNL . 
PB 2 MPG A 1 667 94 MPG UNL . 
QB 2 MPG A 1 668 96 MPG UNL . 
RB 2 MPG A 1 669 98 MPG UNL . 
SB 2 MPG A 1 670 99 MPG UNL . 
TB 2 MPG A 1 671 101 MPG UNL . 
UB 2 MPG A 1 672 102 MPG UNL . 
VB 2 MPG A 1 673 103 MPG UNL . 
WB 2 MPG A 1 674 106 MPG UNL . 
XB 2 MPG A 1 675 107 MPG UNL . 
YB 2 MPG A 1 676 109 MPG UNL . 
ZB 3 EPE A 1 677 1 EPE EPE . 
AC 4 PO4 A 1 678 1 PO4 PO4 . 
BC 5 CL A 1 679 1 CL CL . 
CC 5 CL A 1 680 2 CL CL . 
DC 6 5TR A 1 681 1 5TR UNP . 
EC 7 HOH A 1 701 5 HOH HOH . 
EC 7 HOH A 2 702 3 HOH HOH . 
EC 7 HOH A 3 703 6 HOH HOH . 
EC 7 HOH A 4 704 4 HOH HOH . 
EC 7 HOH A 5 705 2 HOH HOH . 
EC 7 HOH A 6 706 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C2 MPG . . . V 2 36.644 33.741 44.438 1 67.28 ? C2 MPG 621 A 1 
HETATM 2 C C3 MPG . . . V 2 37.112 33.061 45.717 1 66.49 ? C3 MPG 621 A 1 
HETATM 3 C C4 MPG . . . V 2 38.19 33.848 46.445 1 66.79 ? C4 MPG 621 A 1 
HETATM 4 C C5 MPG . . . V 2 38.159 35.352 46.128 1 67.15 ? C5 MPG 621 A 1 
HETATM 5 C C1 MPG . . . V 2 35.356 33.124 43.887 1 68.19 ? C1 MPG 621 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    6 
_model_server_stats.query_time_ms           354 
_model_server_stats.encode_time_ms          14 
_model_server_stats.element_count           5 
#