data_5FMA # _model_server_result.job_id Hprg-q5NbGhemeWsqG3Hrg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:32:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5fma # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1298}' # _entry.id 5FMA # _exptl.entry_id 5FMA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.58 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5FMA _cell.length_a 40.94 _cell.length_b 86.83 _cell.length_c 53.45 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5FMA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,K 1 1 B,F,G,H,I,J,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id I _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 144 1_555 A SG CYS 15 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 9 A CYS 149 1_555 A SG CYS 24 A CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 26 A CYS 166 1_555 A SG CYS 35 A CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 42 A CYS 182 1_555 A SG CYS 55 A CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 49 A CYS 189 1_555 A SG CYS 64 A CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 66 A CYS 206 1_555 A SG CYS 75 A CYS 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 82 A CYS 222 1_555 A SG CYS 93 A CYS 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 87 A CYS 227 1_555 A SG CYS 103 A CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 105 A CYS 245 1_555 A SG CYS 114 A CYS 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 121 A CYS 261 1_555 A SG CYS 132 A CYS 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 126 A CYS 266 1_555 A SG CYS 141 A CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 143 A CYS 283 1_555 A SG CYS 152 A CYS 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 4 B CYS 144 1_555 B SG CYS 15 B CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 9 B CYS 149 1_555 B SG CYS 24 B CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 26 B CYS 166 1_555 B SG CYS 35 B CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 42 B CYS 182 1_555 B SG CYS 55 B CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 49 B CYS 189 1_555 B SG CYS 64 B CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 66 B CYS 206 1_555 B SG CYS 75 B CYS 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 105 B CYS 245 1_555 B SG CYS 114 B CYS 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 121 B CYS 261 1_555 B SG CYS 132 B CYS 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 126 B CYS 266 1_555 B SG CYS 141 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 143 B CYS 283 1_555 B SG CYS 152 B CYS 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 38 A ASP 178 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 38 A ASP 178 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc ? metalc3 A O VAL 39 A VAL 179 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 41 A GLU 181 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 57 A ASN 197 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc6 A O GLU 58 A GLU 198 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc7 A O SER 61 A SER 201 1_555 C CA CA . A CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 117 A ASN 257 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc9 A O ILE 118 A ILE 258 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 120 A ASP 260 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 134 A ASP 274 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 134 A ASP 274 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc13 A O GLY 135 A GLY 275 1_555 D CA CA . A CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 38 B ASP 178 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 38 B ASP 178 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc16 B O VAL 39 B VAL 179 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 41 B GLU 181 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASN 57 B ASN 197 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc19 B O GLU 58 B GLU 198 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc20 B O SER 61 B SER 201 1_555 F CA CA . B CA 1295 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASN 117 B ASN 257 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc22 B O ILE 118 B ILE 258 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 120 B ASP 260 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc24 B OD2 ASP 134 B ASP 274 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 134 B ASP 274 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc26 B O GLY 135 B GLY 275 1_555 G CA CA . B CA 1296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 83 n n C1 C2 EDO sing 84 n n C1 H11 EDO sing 85 n n C1 H12 EDO sing 86 n n O1 HO1 EDO sing 87 n n C2 O2 EDO sing 88 n n C2 H21 EDO sing 89 n n C2 H22 EDO sing 90 n n O2 HO2 EDO sing 91 n n # _atom_sites.entry_id 5FMA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.024426 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.007739 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011517 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.019626 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 1295 1295 CA CA . D 2 CA A 1 1296 1296 CA CA . E 2 CA A 1 1297 1297 CA CA . F 2 CA B 1 1295 1295 CA CA . G 2 CA B 1 1296 1296 CA CA . H 3 CL B 1 1297 1297 CL CL . I 4 EDO B 1 1298 1298 EDO EDO . J 3 CL B 1 1299 1299 CL CL . K 5 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . K 5 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . K 5 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . K 5 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . K 5 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . K 5 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . K 5 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . K 5 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . K 5 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . K 5 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . L 5 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . L 5 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . L 5 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . L 5 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . L 5 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . L 5 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . L 5 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . L 5 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . I 4 17.74 41.762 77.241 1 56.04 ? C1 EDO 1298 B 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . I 4 17.275 40.743 78.122 1 55.54 ? O1 EDO 1298 B 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . I 4 19.21 42.159 77.562 1 56.53 ? C2 EDO 1298 B 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . I 4 19.736 42.952 76.501 1 55.41 ? O2 EDO 1298 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 276 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 4 #