data_5FRN # _model_server_result.job_id mLa1T_XblhCy-Enq6ahyqw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 09:51:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5frn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":394}' # _entry.id 5FRN # _exptl.entry_id 5FRN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5FRN _cell.length_a 159.89 _cell.length_b 159.89 _cell.length_c 123.8 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5FRN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_554 -y,-x,-z-1/2 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 0 0 -61.9 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 65 A HIS 62 1_555 E ZN ZN . A ZN 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc2 A ND1 HIS 69 A HIS 66 1_555 E ZN ZN . A ZN 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 99 A CYS 96 1_555 E ZN ZN . A ZN 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 102 A CYS 99 1_555 E ZN ZN . A ZN 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 131 A ASP 128 1_555 F MG MG . A MG 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 131 A ASP 128 1_555 G MG MG . A MG 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 188 A ASP 185 1_555 F MG MG . A MG 394 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 224 A GLU 221 1_555 G MG MG . A MG 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 224 A GLU 221 1_555 G MG MG . A MG 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 394 1_555 T O HOH . A HOH 3016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 394 1_555 T O HOH . A HOH 3017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc12 F MG MG . A MG 394 1_555 S NAS QUW . D QUW 1018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc13 F MG MG . A MG 394 1_555 S OAE QUW . D QUW 1018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? metalc ? metalc14 G MG MG . A MG 395 1_555 T O HOH . A HOH 3018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc15 G MG MG . A MG 395 1_555 S OAE QUW . D QUW 1018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? metalc ? metalc16 G MG MG . A MG 395 1_555 S OAC QUW . D QUW 1018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 4 C DG 4 1_555 D N3 DC 16 D DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 4 C DG 4 1_555 D O2 DC 16 D DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 4 C DG 4 1_555 D N4 DC 16 D DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DT 5 C DT 5 1_555 D N1 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C O4 DT 5 C DT 5 1_555 D N6 DA 15 D DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N3 DC 6 C DC 6 1_555 D N1 DG 14 D DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N4 DC 6 C DC 6 1_555 D O6 DG 14 D DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O2 DC 6 C DC 6 1_555 D N2 DG 14 D DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N1 DA 7 C DA 7 1_555 D N3 DT 13 D DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N6 DA 7 C DA 7 1_555 D O4 DT 13 D DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N3 DT 8 C DT 8 1_555 D N1 DA 12 D DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O4 DT 8 C DT 8 1_555 D N6 DA 12 D DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N1 DG 9 C DG 9 1_555 D N3 DC 11 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N2 DG 9 C DG 9 1_555 D O2 DC 11 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C O6 DG 9 C DG 9 1_555 D N4 DC 11 D DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N1 DG 10 C DG 10 1_555 D N3 DC 10 D DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N2 DG 10 C DG 10 1_555 D O2 DC 10 D DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C O6 DG 10 C DG 10 1_555 D N4 DC 10 D DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N1 DA 11 C DA 11 1_555 D N3 DT 9 D DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N6 DA 11 C DA 11 1_555 D O4 DT 9 D DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N1 DA 12 C DA 12 1_555 D N3 DT 8 D DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N6 DA 12 C DA 12 1_555 D O4 DT 8 D DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N3 DT 13 C DT 13 1_555 D N1 DA 7 D DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C O4 DT 13 C DT 13 1_555 D N6 DA 7 D DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N3 DT 14 C DT 14 1_555 D N1 DA 6 D DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C O4 DT 14 C DT 14 1_555 D N6 DA 6 D DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N3 DT 15 C DT 15 1_555 D N1 DA 5 D DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C O4 DT 15 C DT 15 1_555 D N6 DA 5 D DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N3 DC 16 C DC 16 1_555 D N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N4 DC 16 C DC 16 1_555 D O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O2 DC 16 C DC 16 1_555 D N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N1 DG 17 C DG 17 1_555 D N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N2 DG 17 C DG 17 1_555 D O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O6 DG 17 C DG 17 1_555 D N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N3 DC 18 C DC 18 1_555 D N1 DG 2 D DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N4 DC 18 C DC 18 1_555 D O6 DG 2 D DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C O2 DC 18 C DC 18 1_555 D N2 DG 2 D DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C N1 DA 19 C DA 19 1_555 D N3 DT 1 D DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N6 DA 19 C DA 19 1_555 D O4 DT 1 D DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5FRN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006254 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006254 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008078 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 ZN A 1 393 393 ZN ZN . F 5 MG A 1 394 394 MG MG . G 5 MG A 1 395 395 MG MG . H 6 GOL A 1 1376 1376 GOL GOL . I 6 GOL A 1 1377 1377 GOL GOL . J 6 GOL A 1 1378 1378 GOL GOL . K 7 SO4 A 1 2001 2001 SO4 SO4 . L 7 SO4 A 1 2002 2002 SO4 SO4 . M 7 SO4 A 1 2003 2003 SO4 SO4 . N 7 SO4 A 1 2004 2004 SO4 SO4 . O 7 SO4 B 1 393 393 SO4 SO4 . P 6 GOL B 1 1299 1299 GOL GOL . Q 6 GOL B 1 1300 1300 GOL GOL . R 6 GOL C 1 1020 1020 GOL GOL . S 8 QUW D 1 1018 1018 QUW QUW . T 9 HOH A 1 3001 3001 HOH HOH . T 9 HOH A 2 3002 3002 HOH HOH . T 9 HOH A 3 3003 3003 HOH HOH . T 9 HOH A 4 3004 3004 HOH HOH . T 9 HOH A 5 3005 3005 HOH HOH . T 9 HOH A 6 3006 3006 HOH HOH . T 9 HOH A 7 3007 3007 HOH HOH . T 9 HOH A 8 3008 3008 HOH HOH . T 9 HOH A 9 3009 3009 HOH HOH . T 9 HOH A 10 3010 3010 HOH HOH . T 9 HOH A 11 3011 3011 HOH HOH . T 9 HOH A 12 3012 3012 HOH HOH . T 9 HOH A 13 3013 3013 HOH HOH . T 9 HOH A 14 3014 3014 HOH HOH . T 9 HOH A 15 3015 3015 HOH HOH . T 9 HOH A 16 3016 3016 HOH HOH . T 9 HOH A 17 3017 3017 HOH HOH . T 9 HOH A 18 3018 3018 HOH HOH . T 9 HOH A 19 3019 3019 HOH HOH . T 9 HOH A 20 3020 3020 HOH HOH . T 9 HOH A 21 3021 3021 HOH HOH . T 9 HOH A 22 3022 3022 HOH HOH . T 9 HOH A 23 3023 3023 HOH HOH . T 9 HOH A 24 3024 3024 HOH HOH . T 9 HOH A 25 3025 3025 HOH HOH . T 9 HOH A 26 3026 3026 HOH HOH . T 9 HOH A 27 3027 3027 HOH HOH . T 9 HOH A 28 3028 3028 HOH HOH . T 9 HOH A 29 3029 3029 HOH HOH . T 9 HOH A 30 3030 3030 HOH HOH . T 9 HOH A 31 3031 3031 HOH HOH . T 9 HOH A 32 3032 3032 HOH HOH . T 9 HOH A 33 3033 3033 HOH HOH . T 9 HOH A 34 3034 3034 HOH HOH . T 9 HOH A 35 3035 3035 HOH HOH . T 9 HOH A 36 3036 3036 HOH HOH . T 9 HOH A 37 3037 3037 HOH HOH . T 9 HOH A 38 3038 3038 HOH HOH . T 9 HOH A 39 3039 3039 HOH HOH . T 9 HOH A 40 3040 3040 HOH HOH . T 9 HOH A 41 3041 3041 HOH HOH . T 9 HOH A 42 3042 3042 HOH HOH . T 9 HOH A 43 3043 3043 HOH HOH . T 9 HOH A 44 3044 3044 HOH HOH . T 9 HOH A 45 3045 3045 HOH HOH . T 9 HOH A 46 3046 3046 HOH HOH . T 9 HOH A 47 3047 3047 HOH HOH . T 9 HOH A 48 3048 3048 HOH HOH . T 9 HOH A 49 3049 3049 HOH HOH . T 9 HOH A 50 3050 3050 HOH HOH . T 9 HOH A 51 3051 3051 HOH HOH . T 9 HOH A 52 3052 3052 HOH HOH . T 9 HOH A 53 3053 3053 HOH HOH . T 9 HOH A 54 3054 3054 HOH HOH . T 9 HOH A 55 3055 3055 HOH HOH . T 9 HOH A 56 3056 3056 HOH HOH . T 9 HOH A 57 3057 3057 HOH HOH . T 9 HOH A 58 3058 3058 HOH HOH . T 9 HOH A 59 3059 3059 HOH HOH . T 9 HOH A 60 3060 3060 HOH HOH . T 9 HOH A 61 3061 3061 HOH HOH . T 9 HOH A 62 3062 3062 HOH HOH . T 9 HOH A 63 3063 3063 HOH HOH . T 9 HOH A 64 3064 3064 HOH HOH . T 9 HOH A 65 3065 3065 HOH HOH . T 9 HOH A 66 3066 3066 HOH HOH . U 9 HOH B 1 3001 3001 HOH HOH . U 9 HOH B 2 3002 3002 HOH HOH . U 9 HOH B 3 3003 3003 HOH HOH . U 9 HOH B 4 3004 3004 HOH HOH . U 9 HOH B 5 3005 3005 HOH HOH . U 9 HOH B 6 3006 3006 HOH HOH . U 9 HOH B 7 3007 3007 HOH HOH . U 9 HOH B 8 3008 3008 HOH HOH . U 9 HOH B 9 3009 3009 HOH HOH . U 9 HOH B 10 3010 3010 HOH HOH . U 9 HOH B 11 3011 3011 HOH HOH . U 9 HOH B 12 3012 3012 HOH HOH . U 9 HOH B 13 3013 3013 HOH HOH . U 9 HOH B 14 3014 3014 HOH HOH . U 9 HOH B 15 3015 3015 HOH HOH . V 9 HOH C 1 3001 3001 HOH HOH . V 9 HOH C 2 3002 3002 HOH HOH . V 9 HOH C 3 3003 3003 HOH HOH . V 9 HOH C 4 3004 3004 HOH HOH . V 9 HOH C 5 3005 3005 HOH HOH . V 9 HOH C 6 3006 3006 HOH HOH . V 9 HOH C 7 3007 3007 HOH HOH . W 9 HOH D 1 3001 3001 HOH HOH . W 9 HOH D 2 3002 3002 HOH HOH . W 9 HOH D 3 3003 3003 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -36.227 _atom_site.Cartn_y 30.251 _atom_site.Cartn_z -16.184 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 54.22 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 394 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 232 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #