data_5G58 # _model_server_result.job_id tjaHmxQpgm2J_rCK8k26xQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-22 21:38:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5g58 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":202}' # _entry.id 5G58 # _exptl.entry_id 5G58 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5G58 _cell.length_a 50.66 _cell.length_b 50.66 _cell.length_c 283.46 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5G58 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,I 1 1 B,F,G,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 73 A ASP 73 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 75 A ASN 75 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 77 A ASP 77 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc4 A O THR 79 A THR 79 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 84 A GLU 84 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 84 A GLU 84 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.037 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 111 A ASP 111 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 113 A ASN 113 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc10 A O TYR 115 A TYR 115 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 120 A GLU 120 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 120 A GLU 120 1_555 E CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASN 159 A ASN 159 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.035 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 161 A ASP 161 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc16 A O LYS 163 A LYS 163 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 168 A GLU 168 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc18 A OE2 GLU 168 A GLU 168 1_555 D CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc19 C CA CA . A CA 201 1_555 J O HOH . E HOH 311 5_664 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 73 E ASP 73 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASN 75 E ASN 75 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 77 E ASP 77 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc23 B O THR 79 E THR 79 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLU 84 E GLU 84 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 84 E GLU 84 1_555 F CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.03 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 109 E ASP 109 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 111 E ASP 111 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASN 113 E ASN 113 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc29 B O TYR 115 E TYR 115 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc30 B OE1 GLU 120 E GLU 120 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 120 E GLU 120 1_555 H CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 157 E ASP 157 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASN 159 E ASN 159 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.145 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASP 161 E ASP 161 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc35 B O LYS 163 E LYS 163 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc36 B OE1 GLU 168 E GLU 168 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc37 B OE2 GLU 168 E GLU 168 1_555 G CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5G58 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019739 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.011397 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.022793 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003528 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 201 251 CA CA . D 2 CA A 1 202 252 CA CA . E 2 CA A 1 203 253 CA CA . F 2 CA E 1 201 254 CA CA . G 2 CA E 1 202 255 CA CA . H 2 CA E 1 203 256 CA CA . I 3 HOH A 1 301 2002 HOH HOH . I 3 HOH A 2 302 2012 HOH HOH . I 3 HOH A 3 303 2010 HOH HOH . I 3 HOH A 4 304 2001 HOH HOH . I 3 HOH A 5 305 2018 HOH HOH . I 3 HOH A 6 306 2020 HOH HOH . I 3 HOH A 7 307 2013 HOH HOH . I 3 HOH A 8 308 2009 HOH HOH . I 3 HOH A 9 309 2019 HOH HOH . I 3 HOH A 10 310 2007 HOH HOH . I 3 HOH A 11 311 2016 HOH HOH . I 3 HOH A 12 312 2006 HOH HOH . I 3 HOH A 13 313 2021 HOH HOH . I 3 HOH A 14 314 2008 HOH HOH . I 3 HOH A 15 315 2017 HOH HOH . I 3 HOH A 16 316 2003 HOH HOH . I 3 HOH A 17 317 2015 HOH HOH . I 3 HOH A 18 318 2004 HOH HOH . I 3 HOH A 19 319 2005 HOH HOH . J 3 HOH E 1 301 2003 HOH HOH . J 3 HOH E 2 302 2004 HOH HOH . J 3 HOH E 3 303 2012 HOH HOH . J 3 HOH E 4 304 2005 HOH HOH . J 3 HOH E 5 305 2011 HOH HOH . J 3 HOH E 6 306 2009 HOH HOH . J 3 HOH E 7 307 2002 HOH HOH . J 3 HOH E 8 308 2007 HOH HOH . J 3 HOH E 9 309 2006 HOH HOH . J 3 HOH E 10 310 2001 HOH HOH . J 3 HOH E 11 311 2011 HOH HOH . J 3 HOH E 12 312 2010 HOH HOH . J 3 HOH E 13 313 2008 HOH HOH . J 3 HOH E 14 314 2014 HOH HOH . J 3 HOH E 15 315 2013 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 20.586 _atom_site.Cartn_y -16.04 _atom_site.Cartn_z 39.368 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 68.24 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 202 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 277 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #