data_5GTR
#
_model_server_result.job_id            tlnZ0O8IF42u2VNwEEvKDQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-05 01:44:30' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5gtr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    5GTR 
#
_exptl.entry_id    5GTR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              272.382 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            ESTRADIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5GTR 
_cell.length_a            54.787 
_cell.length_b            60.219 
_cell.length_c            66.457 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5GTR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 2 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B C ARG 1 C ARG 1 1_555 B N IAS 2 C IAS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale2 B CG IAS 2 C IAS 2 1_555 B N ILE 3 C ILE 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale3 B C IAS 2 C IAS 2 1_555 B NG DPP 5 C DPP 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale4 B C ILE 3 C ILE 3 1_555 B N 0JY 4 C 0JY 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? 
covale ? covale5 B C 0JY 4 C 0JY 4 1_555 B N DPP 5 C DPP 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? 
covale ? covale6 B C DPP 5 C DPP 5 1_555 B N ARG 6 C ARG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale7 B C ARG 6 C ARG 6 1_555 B N 0JY 7 C 0JY 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale8 B C 0JY 7 C 0JY 7 1_555 B N 0JY 8 C 0JY 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.301 ? 
covale ? covale9 B C 0JY 8 C 0JY 8 1_555 B N GLN 9 C GLN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale10 B C GLN 9 C GLN 9 1_555 B N NH2 10 C NH2 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? 
#
_chem_comp.formula           'C18 H24 O2' 
_chem_comp.formula_weight    272.382 
_chem_comp.id                EST 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              ESTRADIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 EST doub 121 n y 
C1 C10 EST sing 122 n y 
C1 H1 EST sing 123 n n 
C2 C3 EST sing 124 n y 
C2 H2 EST sing 125 n n 
C3 O3 EST sing 126 n n 
C3 C4 EST doub 127 n y 
O3 HO3 EST sing 128 n n 
C4 C5 EST sing 129 n y 
C4 H4 EST sing 130 n n 
C5 C6 EST sing 131 n n 
C5 C10 EST doub 132 n y 
C6 C7 EST sing 133 n n 
C6 H61 EST sing 134 n n 
C6 H62 EST sing 135 n n 
C7 C8 EST sing 136 n n 
C7 H71 EST sing 137 n n 
C7 H72 EST sing 138 n n 
C8 C9 EST sing 139 n n 
C8 C14 EST sing 140 n n 
C8 H8 EST sing 141 n n 
C9 C10 EST sing 142 n n 
C9 C11 EST sing 143 n n 
C9 H9 EST sing 144 n n 
C11 C12 EST sing 145 n n 
C11 H111 EST sing 146 n n 
C11 H112 EST sing 147 n n 
C12 C13 EST sing 148 n n 
C12 H121 EST sing 149 n n 
C12 H122 EST sing 150 n n 
C13 C14 EST sing 151 n n 
C13 C17 EST sing 152 n n 
C13 C18 EST sing 153 n n 
C14 C15 EST sing 154 n n 
C14 H14 EST sing 155 n n 
C15 C16 EST sing 156 n n 
C15 H151 EST sing 157 n n 
C15 H152 EST sing 158 n n 
C16 C17 EST sing 159 n n 
C16 H161 EST sing 160 n n 
C16 H162 EST sing 161 n n 
C17 O17 EST sing 162 n n 
C17 H17 EST sing 163 n n 
O17 HO7 EST sing 164 n n 
C18 H181 EST sing 165 n n 
C18 H182 EST sing 166 n n 
C18 H183 EST sing 167 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5GTR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018253 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.016606 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015047 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id          C 
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id        3 
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id           EST 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id    A 
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num      1 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num      601 
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num     1 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id       EST 
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id      EST 
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code     . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 EST . . . C 3 7.617 13.161 71.638 1 16.25 ? C1 EST 601 A 1 
HETATM 2 C C2 EST . . . C 3 8.783 12.604 72.227 1 11.67 ? C2 EST 601 A 1 
HETATM 3 C C3 EST . . . C 3 10.08 13.079 71.819 1 15.71 ? C3 EST 601 A 1 
HETATM 4 O O3 EST . . . C 3 11.27 12.537 72.387 1 18.11 ? O3 EST 601 A 1 
HETATM 5 C C4 EST . . . C 3 10.179 14.107 70.843 1 12.49 ? C4 EST 601 A 1 
HETATM 6 C C5 EST . . . C 3 9.031 14.662 70.278 1 11.02 ? C5 EST 601 A 1 
HETATM 7 C C6 EST . . . C 3 9.196 15.871 69.104 1 16.28 ? C6 EST 601 A 1 
HETATM 8 C C7 EST . . . C 3 7.849 15.973 68.228 1 9.87 ? C7 EST 601 A 1 
HETATM 9 C C8 EST . . . C 3 6.743 16.117 69.175 1 10.58 ? C8 EST 601 A 1 
HETATM 10 C C9 EST . . . C 3 6.491 14.801 70.04 1 12.97 ? C9 EST 601 A 1 
HETATM 11 C C10 EST . . . C 3 7.712 14.201 70.664 1 14.66 ? C10 EST 601 A 1 
HETATM 12 C C11 EST . . . C 3 5.448 15.133 71.078 1 11.42 ? C11 EST 601 A 1 
HETATM 13 C C12 EST . . . C 3 4.104 15.588 70.286 1 12.07 ? C12 EST 601 A 1 
HETATM 14 C C13 EST . . . C 3 4.307 16.764 69.386 1 13.49 ? C13 EST 601 A 1 
HETATM 15 C C14 EST . . . C 3 5.488 16.538 68.433 1 14.08 ? C14 EST 601 A 1 
HETATM 16 C C15 EST . . . C 3 5.437 17.804 67.403 1 14.09 ? C15 EST 601 A 1 
HETATM 17 C C16 EST . . . C 3 3.807 18.188 67.319 1 15.33 ? C16 EST 601 A 1 
HETATM 18 C C17 EST . . . C 3 3.122 17.39 68.466 1 16.85 ? C17 EST 601 A 1 
HETATM 19 O O17 EST . . . C 3 2.366 18.166 69.184 1 13.53 ? O17 EST 601 A 1 
HETATM 20 C C18 EST . . . C 3 4.632 17.959 70.285 1 10.18 ? C18 EST 601 A 1 
HETATM 21 H H1 EST . . . C 3 6.737 12.844 71.919 1 19.49 ? H1 EST 601 A 1 
HETATM 22 H H2 EST . . . C 3 8.707 11.899 72.898 1 14.01 ? H2 EST 601 A 1 
HETATM 23 H HO3 EST . . . C 3 11.97 13.015 72.121 1 21.74 ? HO3 EST 601 A 1 
HETATM 24 H H4 EST . . . C 3 11.058 14.428 70.567 1 14.99 ? H4 EST 601 A 1 
HETATM 25 H H61 EST . . . C 3 9.947 15.653 68.519 1 19.53 ? H61 EST 601 A 1 
HETATM 26 H H62 EST . . . C 3 9.364 16.727 69.542 1 19.53 ? H62 EST 601 A 1 
HETATM 27 H H71 EST . . . C 3 7.733 15.161 67.699 1 11.84 ? H71 EST 601 A 1 
HETATM 28 H H72 EST . . . C 3 7.891 16.752 67.642 1 11.84 ? H72 EST 601 A 1 
HETATM 29 H H8 EST . . . C 3 6.975 16.835 69.793 1 12.69 ? H8 EST 601 A 1 
HETATM 30 H H9 EST . . . C 3 6.107 14.13 69.444 1 15.56 ? H9 EST 601 A 1 
HETATM 31 H H111 EST . . . C 3 5.763 15.863 71.644 1 13.71 ? H111 EST 601 A 1 
HETATM 32 H H112 EST . . . C 3 5.261 14.346 71.624 1 13.71 ? H112 EST 601 A 1 
HETATM 33 H H121 EST . . . C 3 3.789 14.836 69.749 1 14.48 ? H121 EST 601 A 1 
HETATM 34 H H122 EST . . . C 3 3.417 15.812 70.941 1 14.48 ? H122 EST 601 A 1 
HETATM 35 H H14 EST . . . C 3 5.246 15.762 67.893 1 16.89 ? H14 EST 601 A 1 
HETATM 36 H H151 EST . . . C 3 5.774 17.544 66.524 1 16.9 ? H151 EST 601 A 1 
HETATM 37 H H152 EST . . . C 3 5.948 18.556 67.758 1 16.9 ? H152 EST 601 A 1 
HETATM 38 H H161 EST . . . C 3 3.442 17.917 66.456 1 18.39 ? H161 EST 601 A 1 
HETATM 39 H H162 EST . . . C 3 3.68 19.146 67.453 1 18.39 ? H162 EST 601 A 1 
HETATM 40 H H17 EST . . . C 3 2.585 16.668 68.088 1 20.22 ? H17 EST 601 A 1 
HETATM 41 H HO7 EST . . . C 3 1.515 18.035 68.965 1 16.24 ? HO7 EST 601 A 1 
HETATM 42 H H181 EST . . . C 3 3.903 18.096 70.92 1 12.21 ? H181 EST 601 A 1 
HETATM 43 H H182 EST . . . C 3 5.459 17.784 70.772 1 12.21 ? H182 EST 601 A 1 
HETATM 44 H H183 EST . . . C 3 4.74 18.759 69.737 1 12.21 ? H183 EST 601 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           19 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           310 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           44 
#