data_5GUP # _model_server_result.job_id X1R8XIBZ_gMnjA-99SKg-w _model_server_result.datetime_utc '2024-10-28 02:22:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5gup # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"IC","auth_seq_id":301}' # _entry.id 5GUP # _exptl.entry_id 5GUP _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 68 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5GUP _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5GUP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 80-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 80 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 68 CC N N ? 68 FC N N ? 68 GC N N ? 68 IC N N ? 68 JC N N ? 68 LC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 V SG CYS 95 V CYS 95 1_555 V SG CYS 115 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 DA SG CYS 77 d CYS 77 1_555 DA SG CYS 84 d CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf3 DA SG CYS 113 d CYS 113 1_555 DA SG CYS 125 d CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 DA SG CYS 155 d CYS 155 1_555 EA SG CYS 141 e CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 HA SG CYS 33 h CYS 33 1_555 HA SG CYS 66 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 HA SG CYS 43 h CYS 43 1_555 HA SG CYS 56 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf7 SA SG CYS 78 s CYS 78 1_555 SA SG CYS 110 s CYS 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf8 TA SG CYS 59 t CYS 59 1_555 TA SG CYS 90 t CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 TA SG CYS 69 t CYS 69 1_555 TA SG CYS 80 t CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 CB SG CYS 222 2 CYS 222 1_555 CB SG CYS 238 2 CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 EB SG CYS 222 4 CYS 222 1_555 EB SG CYS 238 4 CYS 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 BC SG CYS 29 Ar CYS 29 1_555 BC SG CYS 64 Ar CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? disulf ? disulf13 BC SG CYS 39 Ar CYS 39 1_555 BC SG CYS 53 Ar CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc1 B O SER 378 B SER 378 1_555 CC FE3 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc2 B OG1 THR 423 B THR 423 1_555 CC FE1 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc3 G SG CYS 64 G CYS 64 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? metalc ? metalc4 G O ASN 74 G ASN 74 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc5 G O CYS 75 G CYS 75 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc6 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 FC FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc7 G NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 FC FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc8 G O ILE 177 G ILE 177 1_555 GC FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc9 H SG CYS 113 H CYS 113 1_555 IC FE1 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc10 H N CYS 155 H CYS 155 1_555 JC FE4 SF4 . H SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? metalc ? metalc11 H N GLY 156 H GLY 156 1_555 JC FE4 SF4 . H SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc12 I SG CYS 92 I CYS 92 1_555 LC FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc13 I SG CYS 186 I CYS 186 1_555 LC FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc14 WA NE2 HIS 97 w HIS 97 1_555 CD FE HEM . w HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc15 WA NE2 HIS 182 w HIS 182 1_555 BD FE HEM . w HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc16 WA NE2 HIS 196 w HIS 196 1_555 CD FE HEM . w HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc17 XA NE2 HIS 126 x HIS 126 1_555 ED FE HEC . x HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc18 EB N HIS 239 4 HIS 239 1_555 LD FE2 FES . 4 FES 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc19 EB ND1 HIS 239 4 HIS 239 1_555 LD FE2 FES . 4 FES 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc20 HB NE2 HIS 83 7 HIS 83 1_555 QD FE HEM . 7 HEM 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc21 IB NE2 HIS 126 8 HIS 126 1_555 TD FE HEC . 8 HEC 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc22 UB NE2 HIS 61 Ak HIS 61 1_555 VD FE HEA . Ak HEA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.836 ? metalc ? metalc23 UB ND1 HIS 240 Ak HIS 240 1_555 XD CU CU . Ak CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.849 ? metalc ? metalc24 UB NE2 HIS 290 Ak HIS 290 1_555 XD CU CU . Ak CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc25 UB NE2 HIS 291 Ak HIS 291 1_555 XD CU CU . Ak CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc26 UB OD2 ASP 369 Ak ASP 369 1_555 YD MG MG . Ak MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc27 UB NE2 HIS 376 Ak HIS 376 1_555 WD FE HEA . Ak HEA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc28 UB NE2 HIS 378 Ak HIS 378 1_555 VD FE HEA . Ak HEA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? metalc ? metalc29 VB ND1 HIS 161 Al HIS 161 1_555 ZD CU CU . Al CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? metalc ? metalc30 VB SG CYS 196 Al CYS 196 1_555 ZD CU CU . Al CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc31 VB SG CYS 196 Al CYS 196 1_555 AE CU CU . Al CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc32 VB O GLU 198 Al GLU 198 1_555 AE CU CU . Al CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc33 VB OE1 GLU 198 Al GLU 198 1_555 YD MG MG . Ak MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc34 VB SG CYS 200 Al CYS 200 1_555 ZD CU CU . Al CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc35 VB SG CYS 200 Al CYS 200 1_555 AE CU CU . Al CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc36 VB ND1 HIS 204 Al HIS 204 1_555 AE CU CU . Al CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? metalc ? metalc37 VB SD MET 207 Al MET 207 1_555 ZD CU CU . Al CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc38 ZB SG CYS 60 Ap CYS 60 1_555 BE ZN ZN . Ap ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc39 ZB SG CYS 62 Ap CYS 62 1_555 BE ZN ZN . Ap ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc40 ZB SG CYS 82 Ap CYS 82 1_555 BE ZN ZN . Ap ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc41 ZB SG CYS 85 Ap CYS 85 1_555 BE ZN ZN . Ap ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc42 ZD CU CU . Al CU 301 1_555 AE CU CU . Al CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5GUP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CC 68 SF4 B 1 501 501 SF4 SF4 . DC 69 FMN B 1 502 502 FMN FMN . EC 70 FES E 1 301 301 FES FES . FC 68 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . GC 68 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . HC 70 FES G 1 803 803 FES FES . IC 68 SF4 H 1 301 301 SF4 SF4 . JC 68 SF4 H 1 302 302 SF4 SF4 . KC 71 PLX H 1 303 303 PLX PLX . LC 68 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . MC 72 NDP L 1 401 401 NDP NDP . NC 73 ZMP Q 1 201 201 ZMP ZMP . OC 74 CDL V 1 201 201 CDL CDL . PC 71 PLX V 1 202 202 PLX PLX . QC 75 PEE W 1 401 401 PEE PEE . RC 73 ZMP X 1 201 201 ZMP ZMP . SC 75 PEE i 1 501 501 PEE PEE . TC 71 PLX i 1 502 401 PLX PLX . UC 74 CDL i 1 503 402 CDL CDL . VC 75 PEE l 1 701 701 PEE PEE . WC 74 CDL l 1 702 702 CDL CDL . XC 75 PEE q 1 501 501 PEE PEE . YC 74 CDL s 1 201 201 CDL CDL . ZC 74 CDL u 1 501 501 CDL CDL . AD 75 PEE u 1 502 502 PEE PEE . BD 76 HEM w 1 401 401 HEM HEM . CD 76 HEM w 1 402 402 HEM HEM . DD 75 PEE w 1 403 403 PEE PEE . ED 77 HEC x 1 401 401 HEC HEC . FD 74 CDL x 1 402 101 CDL CDL . GD 74 CDL z 1 101 102 CDL CDL . HD 71 PLX 2 1 301 301 PLX PLX . ID 75 PEE 2 1 302 302 PEE PEE . JD 70 FES 2 1 303 303 FES FES . KD 71 PLX 4 1 301 301 PLX PLX . LD 70 FES 4 1 302 303 FES FES . MD 74 CDL 5 1 501 501 CDL CDL . ND 75 PEE 5 1 502 502 PEE PEE . OD 75 PEE 7 1 401 302 PEE PEE . PD 75 PEE 7 1 402 401 PEE PEE . QD 76 HEM 7 1 403 402 HEM HEM . RD 76 HEM 7 1 404 403 HEM HEM . SD 74 CDL 8 1 401 401 CDL CDL . TD 77 HEC 8 1 402 402 HEC HEC . UD 74 CDL Aa 1 101 101 CDL CDL . VD 78 HEA Ak 1 601 601 HEA HEA . WD 78 HEA Ak 1 602 602 HEA HEA . XD 79 CU Ak 1 603 603 CU CU . YD 80 MG Ak 1 604 604 MG MG . ZD 79 CU Al 1 301 301 CU CU . AE 79 CU Al 1 302 302 CU CU . BE 81 ZN Ap 1 101 101 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . IC 68 196.014 163.274 316.365 1 30 ? FE1 SF4 301 H 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . IC 68 197.377 161.048 317.962 1 30 ? FE2 SF4 301 H 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . IC 68 199.064 163.154 316.381 1 30 ? FE3 SF4 301 H 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . IC 68 197.465 161.023 314.888 1 30 ? FE4 SF4 301 H 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . IC 68 198.948 160.981 316.472 1 30 ? S1 SF4 301 H 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . IC 68 197.543 163.2 314.831 1 30 ? S2 SF4 301 H 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . IC 68 195.887 161.104 316.383 1 30 ? S3 SF4 301 H 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . IC 68 197.532 163.221 317.919 1 30 ? S4 SF4 301 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 196 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 336 _model_server_stats.query_time_ms 222 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 8 #