data_5HAY # _model_server_result.job_id 8VppRlNFd5-7cGmoxzyWHQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 19:29:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5hay # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1501}' # _entry.id 5HAY # _exptl.entry_id 5HAY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5HAY _cell.length_a 61.79 _cell.length_b 101.7 _cell.length_c 193.8 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5HAY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D 1 1 B,E 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C GLN 74 A GLN 904 1_555 A N MSE 75 A MSE 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale2 A C MSE 75 A MSE 905 1_555 A N ILE 76 A ILE 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale3 A C ARG 158 A ARG 988 1_555 A N MSE 159 A MSE 989 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 A C MSE 159 A MSE 989 1_555 A N GLU 160 A GLU 990 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale5 A C ASP 176 A ASP 1006 1_555 A N MSE 177 A MSE 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale6 A C MSE 177 A MSE 1007 1_555 A N TYR 178 A TYR 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale7 A C ILE 352 A ILE 1182 1_555 A N MSE 353 A MSE 1183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 353 A MSE 1183 1_555 A N ASP 354 A ASP 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale9 A C LEU 461 A LEU 1291 1_555 A N MSE 462 A MSE 1292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 A C MSE 462 A MSE 1292 1_555 A N VAL 463 A VAL 1293 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale11 A C ALA 490 A ALA 1320 1_555 A N MSE 491 A MSE 1321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale12 A C MSE 491 A MSE 1321 1_555 A N ALA 492 A ALA 1322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale13 A C ASP 494 A ASP 1324 1_555 A N MSE 495 A MSE 1325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale14 A C MSE 495 A MSE 1325 1_555 A N TRP 496 A TRP 1326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale15 A C ALA 505 A ALA 1335 1_555 A N MSE 506 A MSE 1336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale16 A C MSE 506 A MSE 1336 1_555 A N ALA 507 A ALA 1337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale17 A C VAL 520 A VAL 1350 1_555 A N MSE 521 A MSE 1351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale18 A C MSE 521 A MSE 1351 1_555 A N GLY 522 A GLY 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 A C ASP 572 A ASP 1402 1_555 A N MSE 573 A MSE 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale20 A C MSE 573 A MSE 1403 1_555 A N LEU 574 A LEU 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale21 A C GLU 578 A GLU 1408 1_555 A N MSE 579 A MSE 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale22 A C MSE 579 A MSE 1409 1_555 A N ALA 580 A ALA 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale23 A C ARG 581 A ARG 1411 1_555 A N MSE 582 A MSE 1412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale24 A C MSE 582 A MSE 1412 1_555 A N SER 583 A SER 1413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale25 B C GLN 74 B GLN 904 1_555 B N MSE 75 B MSE 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale26 B C MSE 75 B MSE 905 1_555 B N ILE 76 B ILE 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale27 B C ARG 158 B ARG 988 1_555 B N MSE 159 B MSE 989 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale28 B C MSE 159 B MSE 989 1_555 B N GLU 160 B GLU 990 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale29 B C ASP 176 B ASP 1006 1_555 B N MSE 177 B MSE 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale30 B C MSE 177 B MSE 1007 1_555 B N TYR 178 B TYR 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale31 B C ILE 352 B ILE 1182 1_555 B N MSE 353 B MSE 1183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 B C MSE 353 B MSE 1183 1_555 B N ASP 354 B ASP 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale33 B C LEU 461 B LEU 1291 1_555 B N MSE 462 B MSE 1292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale34 B C MSE 462 B MSE 1292 1_555 B N VAL 463 B VAL 1293 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale35 B C ALA 490 B ALA 1320 1_555 B N MSE 491 B MSE 1321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale36 B C MSE 491 B MSE 1321 1_555 B N ALA 492 B ALA 1322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale37 B C ASP 494 B ASP 1324 1_555 B N MSE 495 B MSE 1325 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale38 B C MSE 495 B MSE 1325 1_555 B N TRP 496 B TRP 1326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale39 B C ALA 505 B ALA 1335 1_555 B N MSE 506 B MSE 1336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale40 B C MSE 506 B MSE 1336 1_555 B N ALA 507 B ALA 1337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale41 B C MSE 521 B MSE 1351 1_555 B N GLY 522 B GLY 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale42 B C ASP 572 B ASP 1402 1_555 B N MSE 573 B MSE 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale43 B C MSE 573 B MSE 1403 1_555 B N LEU 574 B LEU 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 262 A ASN 1092 1_555 C NA NA . A NA 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc2 A O THR 263 A THR 1093 1_555 C NA NA . A NA 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? metalc ? metalc3 A O ILE 266 A ILE 1096 1_555 C NA NA . A NA 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLN 271 A GLN 1101 1_555 C NA NA . A NA 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc5 C NA NA . A NA 1501 1_555 D O HOH . A HOH 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5HAY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016184 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009833 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00516 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NA A 1 1501 1 NA NA . D 3 HOH A 1 1601 23 HOH HOH . D 3 HOH A 2 1602 25 HOH HOH . D 3 HOH A 3 1603 19 HOH HOH . D 3 HOH A 4 1604 32 HOH HOH . D 3 HOH A 5 1605 9 HOH HOH . D 3 HOH A 6 1606 52 HOH HOH . D 3 HOH A 7 1607 30 HOH HOH . D 3 HOH A 8 1608 55 HOH HOH . D 3 HOH A 9 1609 45 HOH HOH . D 3 HOH A 10 1610 44 HOH HOH . D 3 HOH A 11 1611 24 HOH HOH . D 3 HOH A 12 1612 29 HOH HOH . D 3 HOH A 13 1613 16 HOH HOH . D 3 HOH A 14 1614 17 HOH HOH . D 3 HOH A 15 1615 28 HOH HOH . D 3 HOH A 16 1616 51 HOH HOH . D 3 HOH A 17 1617 21 HOH HOH . D 3 HOH A 18 1618 12 HOH HOH . D 3 HOH A 19 1619 43 HOH HOH . D 3 HOH A 20 1620 15 HOH HOH . D 3 HOH A 21 1621 47 HOH HOH . D 3 HOH A 22 1622 54 HOH HOH . D 3 HOH A 23 1623 11 HOH HOH . D 3 HOH A 24 1624 48 HOH HOH . D 3 HOH A 25 1625 31 HOH HOH . D 3 HOH A 26 1626 18 HOH HOH . D 3 HOH A 27 1627 42 HOH HOH . D 3 HOH A 28 1628 49 HOH HOH . D 3 HOH A 29 1629 22 HOH HOH . D 3 HOH A 30 1630 58 HOH HOH . D 3 HOH A 31 1631 20 HOH HOH . D 3 HOH A 32 1632 14 HOH HOH . D 3 HOH A 33 1633 10 HOH HOH . D 3 HOH A 34 1634 57 HOH HOH . D 3 HOH A 35 1635 53 HOH HOH . D 3 HOH A 36 1636 50 HOH HOH . D 3 HOH A 37 1637 26 HOH HOH . D 3 HOH A 38 1638 27 HOH HOH . E 3 HOH B 1 1501 41 HOH HOH . E 3 HOH B 2 1502 39 HOH HOH . E 3 HOH B 3 1503 35 HOH HOH . E 3 HOH B 4 1504 33 HOH HOH . E 3 HOH B 5 1505 46 HOH HOH . E 3 HOH B 6 1506 34 HOH HOH . E 3 HOH B 7 1507 56 HOH HOH . E 3 HOH B 8 1508 38 HOH HOH . E 3 HOH B 9 1509 40 HOH HOH . E 3 HOH B 10 1510 37 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 94.075 _atom_site.Cartn_y -79.13 _atom_site.Cartn_z 327.758 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 62.39 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1501 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 27 _model_server_stats.element_count 1 #