data_5HLF # _model_server_result.job_id f0SiGyE5snP5EU7CviQA5g _model_server_result.datetime_utc '2025-01-25 07:45:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5hlf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":602}' # _entry.id 5HLF # _exptl.entry_id 5HLF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 312.275 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}propanedioic acid' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 101.46 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5HLF _cell.length_a 90.06 _cell.length_b 128.56 _cell.length_c 132.41 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5HLF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,F,G,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,Z 1 1 C,D,E,H,S,T,U,V,W,X,Y,AA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id J _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 GLC _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 FRU _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n G GLC 1 G 1 GLC G 2001 SUC 4 n G FRU 2 G 2 FRU G 2001 SUC 4 n H GLC 1 H 1 GLC G 2002 SUC 4 n H FRU 2 H 2 FRU G 2002 SUC # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 E O3' DC 6 E DC 1 1_555 E P OMC 7 E OMC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 E O3' OMC 7 E OMC 2 1_555 E P DC 8 E DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale3 E O3' DC 8 E DC 3 1_555 E P OMC 9 E OMC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale ? covale4 E O3' OMC 9 E OMC 4 1_555 E P DC 10 E DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale ? covale5 F O3' DC 6 F DC 1 1_555 F P OMC 7 F OMC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale ? covale6 F O3' OMC 7 F OMC 2 1_555 F P DC 8 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale7 F O3' DC 8 F DC 3 1_555 F P OMC 9 F OMC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? covale ? covale8 F O3' OMC 9 F OMC 4 1_555 F P DC 10 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? covale ? covale9 G C1 GLC . G GLC 1 1_555 G O2 FRU . G FRU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 sing covale ? covale10 H C1 GLC . H GLC 1 1_555 H O2 FRU . H FRU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.418 sing metalc ? metalc1 A O VAL 111 A VAL 111 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 185 A ASP 185 1_555 I MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 K MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 443 A ASP 443 1_555 K MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.89 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 549 A ASP 549 1_555 K MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc6 I MG MG . A MG 601 1_555 J O17 64A . A 64A 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc7 I MG MG . A MG 601 1_555 J O15 64A . A 64A 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc8 K MG MG . A MG 603 1_555 Z O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc9 C OD1 ASP 443 C ASP 443 1_555 S MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc10 C OD2 ASP 443 C ASP 443 1_555 S MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc11 C OD1 ASP 549 C ASP 549 1_555 S MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc12 S MG MG . C MG 601 1_555 AA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? metalc ? metalc13 S MG MG . C MG 601 1_555 AA O HOH . C HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc14 S MG MG . C MG 601 1_555 AA O HOH . C HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N3 DC 6 E DC 1 1_555 E N1 DG 38 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N4 DC 6 E DC 1 1_555 E O6 DG 38 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O2 DC 6 E DC 1 1_555 E N2 DG 38 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OMC-DG MISPAIR' hydrog4 E O2 OMC 7 E OMC 2 1_555 E N1 DG 37 E DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N3 DC 8 E DC 3 1_555 E N1 DG 36 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E N4 DC 8 E DC 3 1_555 E O6 DG 36 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E O2 DC 8 E DC 3 1_555 E N2 DG 36 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N3 OMC 9 E OMC 4 1_555 E N1 DG 35 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N4 OMC 9 E OMC 4 1_555 E O6 DG 35 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E O2 OMC 9 E OMC 4 1_555 E N2 DG 35 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N3 DC 10 E DC 5 1_555 E N1 DG 34 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N4 DC 10 E DC 5 1_555 E O6 DG 34 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E O2 DC 10 E DC 5 1_555 E N2 DG 34 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N3 DC 11 E DC 6 1_555 E N1 DG 33 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N4 DC 11 E DC 6 1_555 E O6 DG 33 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E O2 DC 11 E DC 6 1_555 E N2 DG 33 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E N3 DC 12 E DC 7 1_555 E N1 DG 32 E DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N4 DC 12 E DC 7 1_555 E O6 DG 32 E DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E O2 DC 12 E DC 7 1_555 E N2 DG 32 E DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog20 E N3 DT 13 E DT 8 1_555 E N1 DA 31 E DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N3 DT 14 E DT 9 1_555 E N1 DA 30 E DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E O4 DT 14 E DT 9 1_555 E N6 DA 30 E DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N3 DC 15 E DC 10 1_555 E N1 DG 29 E DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N4 DC 15 E DC 10 1_555 E O6 DG 29 E DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O2 DC 15 E DC 10 1_555 E N2 DG 29 E DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N1 DG 16 E DG 11 1_555 E N3 DC 28 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N2 DG 16 E DG 11 1_555 E O2 DC 28 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O6 DG 16 E DG 11 1_555 E N4 DC 28 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N1 DG 17 E DG 12 1_555 E N3 DC 27 E DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N2 DG 17 E DG 12 1_555 E O2 DC 27 E DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E O6 DG 17 E DG 12 1_555 E N4 DC 27 E DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N3 DT 18 E DT 13 1_555 E N1 DA 26 E DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E O4 DT 18 E DT 13 1_555 E N6 DA 26 E DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N1 DG 19 E DG 14 1_555 E N3 DC 25 E DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N2 DG 19 E DG 14 1_555 E O2 DC 25 E DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O6 DG 19 E DG 14 1_555 E N4 DC 25 E DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N3 DC 20 E DC 15 1_555 E N1 DG 24 E DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N4 DC 20 E DC 15 1_555 E O6 DG 24 E DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E O2 DC 20 E DC 15 1_555 E N2 DG 24 E DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 F N3 DC 6 F DC 1 1_555 F N1 DG 38 F DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 F N4 DC 6 F DC 1 1_555 F O6 DG 38 F DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 F O2 DC 6 F DC 1 1_555 F N2 DG 38 F DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 F N3 OMC 7 F OMC 2 1_555 F N1 DG 37 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 F N4 OMC 7 F OMC 2 1_555 F O6 DG 37 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 F O2 OMC 7 F OMC 2 1_555 F N2 DG 37 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 F N3 DC 8 F DC 3 1_555 F N1 DG 36 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 F N4 DC 8 F DC 3 1_555 F O6 DG 36 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 F O2 DC 8 F DC 3 1_555 F N2 DG 36 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 F N3 OMC 9 F OMC 4 1_555 F N1 DG 35 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 F N4 OMC 9 F OMC 4 1_555 F O6 DG 35 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 F O2 OMC 9 F OMC 4 1_555 F N2 DG 35 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 F N3 DC 10 F DC 5 1_555 F N1 DG 34 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 F N4 DC 10 F DC 5 1_555 F O6 DG 34 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 F O2 DC 10 F DC 5 1_555 F N2 DG 34 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 F N3 DC 11 F DC 6 1_555 F N1 DG 33 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 F N4 DC 11 F DC 6 1_555 F O6 DG 33 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 F O2 DC 11 F DC 6 1_555 F N2 DG 33 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 F N3 DC 12 F DC 7 1_555 F N1 DG 32 F DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 F N4 DC 12 F DC 7 1_555 F O6 DG 32 F DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 F O2 DC 12 F DC 7 1_555 F N2 DG 32 F DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 F N3 DT 13 F DT 8 1_555 F N1 DA 31 F DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 F O4 DT 13 F DT 8 1_555 F N6 DA 31 F DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 F N3 DT 14 F DT 9 1_555 F N1 DA 30 F DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 F O4 DT 14 F DT 9 1_555 F N6 DA 30 F DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 F N3 DC 15 F DC 10 1_555 F N1 DG 29 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 F N4 DC 15 F DC 10 1_555 F O6 DG 29 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 F O2 DC 15 F DC 10 1_555 F N2 DG 29 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 F N1 DG 16 F DG 11 1_555 F N3 DC 28 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 F N2 DG 16 F DG 11 1_555 F O2 DC 28 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 F O6 DG 16 F DG 11 1_555 F N4 DC 28 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 F N1 DG 17 F DG 12 1_555 F N3 DC 27 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 F N2 DG 17 F DG 12 1_555 F O2 DC 27 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 F O6 DG 17 F DG 12 1_555 F N4 DC 27 F DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 F N3 DT 18 F DT 13 1_555 F N1 DA 26 F DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 F O4 DT 18 F DT 13 1_555 F N6 DA 26 F DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 F N1 DG 19 F DG 14 1_555 F N3 DC 25 F DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 F N2 DG 19 F DG 14 1_555 F O2 DC 25 F DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 F O6 DG 19 F DG 14 1_555 F N4 DC 25 F DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 F N3 DC 20 F DC 15 1_555 F N1 DG 24 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 F N4 DC 20 F DC 15 1_555 F O6 DG 24 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 F O2 DC 20 F DC 15 1_555 F N2 DG 24 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C13 H16 N2 O7' _chem_comp.formula_weight 312.275 _chem_comp.id 64A _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}propanedioic acid' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O18 C16 64A doub 1 n n O23 C22 64A doub 2 n n C16 O17 64A sing 3 n n C16 C12 64A sing 4 n n C20 C10 64A sing 5 n n C20 C7 64A sing 6 n n C22 N21 64A sing 7 n n C22 N6 64A sing 8 n n C10 O11 64A sing 9 n n C10 C9 64A sing 10 n n C7 N6 64A sing 11 n n C7 C8 64A sing 12 n n N21 C2 64A sing 13 n n N6 C5 64A sing 14 n n O11 C12 64A sing 15 n n C12 C13 64A sing 16 n n C9 C8 64A sing 17 n n C2 O1 64A doub 18 n n C2 C3 64A sing 19 n n C5 C3 64A doub 20 n n C3 C4 64A sing 21 n n C13 O15 64A doub 22 n n C13 O14 64A sing 23 n n C4 H1 64A sing 24 n n C4 H2 64A sing 25 n n C4 H3 64A sing 26 n n C5 H4 64A sing 27 n n C12 H5 64A sing 28 n n C10 H6 64A sing 29 n n N21 H7 64A sing 30 n n C7 H8 64A sing 31 n n C20 H9 64A sing 32 n n C20 H10 64A sing 33 n n C9 H11 64A sing 34 n n C9 H12 64A sing 35 n n C8 H13 64A sing 36 n n C8 H14 64A sing 37 n n O17 H15 64A sing 38 n n O14 H16 64A sing 39 n n # _atom_sites.entry_id 5HLF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011104 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002251 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007778 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007706 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 MG A 1 601 601 MG MG . J 6 64A A 1 602 602 64A C56 . K 5 MG A 1 603 603 MG MG . L 7 SO4 A 1 604 1 SO4 SO4 . M 8 GOL A 1 605 1007 GOL GOL . N 8 GOL B 1 2002 1001 GOL GOL . O 8 GOL B 1 2003 1004 GOL GOL . P 8 GOL B 1 2004 1005 GOL GOL . Q 8 GOL B 1 2005 1006 GOL GOL . R 8 GOL B 1 2006 1008 GOL GOL . S 5 MG C 1 601 603 MG MG . T 7 SO4 C 1 602 2 SO4 SO4 . U 8 GOL C 1 603 1010 GOL GOL . V 8 GOL D 1 502 1000 GOL GOL . W 8 GOL D 1 503 1002 GOL GOL . X 8 GOL D 1 504 1003 GOL GOL . Y 8 GOL D 1 505 1009 GOL GOL . Z 9 HOH A 1 701 2 HOH HOH . Z 9 HOH A 2 702 1 HOH HOH . AA 9 HOH C 1 701 3 HOH HOH . AA 9 HOH C 2 702 4 HOH HOH . AA 9 HOH C 3 703 5 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C2 64A . . . J 6 -1.556 22.323 159.057 1 99.22 ? C2 64A 602 A 1 HETATM 2 C C3 64A . . . J 6 -0.432 22.81 159.703 1 99.23 ? C3 64A 602 A 1 HETATM 3 C C4 64A . . . J 6 -0.572 23.813 160.817 1 93.46 ? C4 64A 602 A 1 HETATM 4 C C5 64A . . . J 6 0.814 22.34 159.288 1 104.43 ? C5 64A 602 A 1 HETATM 5 C C12 64A . . . J 6 4.97 23.936 158.459 1 115.99 ? C12 64A 602 A 1 HETATM 6 C C10 64A . . . J 6 4.516 21.651 157.736 1 115.18 ? C10 64A 602 A 1 HETATM 7 C C13 64A . . . J 6 5.249 24.495 159.78 1 114.23 ? C13 64A 602 A 1 HETATM 8 N N21 64A . . . J 6 -1.413 21.427 158.069 1 103.22 ? N21 64A 602 A 1 HETATM 9 N N6 64A . . . J 6 0.892 21.439 158.292 1 103.06 ? N6 64A 602 A 1 HETATM 10 C C22 64A . . . J 6 -0.213 20.997 157.693 1 107.06 ? C22 64A 602 A 1 HETATM 11 C C7 64A . . . J 6 2.211 20.933 157.83 1 110.04 ? C7 64A 602 A 1 HETATM 12 C C20 64A . . . J 6 3.104 22.078 157.471 1 119.23 ? C20 64A 602 A 1 HETATM 13 C C9 64A . . . J 6 4.456 20.353 158.502 1 110.59 ? C9 64A 602 A 1 HETATM 14 C C8 64A . . . J 6 3.017 20.075 158.819 1 107.84 ? C8 64A 602 A 1 HETATM 15 O O1 64A . . . J 6 -2.775 22.743 159.418 1 102.17 ? O1 64A 602 A 1 HETATM 16 O O11 64A . . . J 6 5.191 22.569 158.433 1 116.71 ? O11 64A 602 A 1 HETATM 17 O O18 64A . . . J 6 5.31 24.76 156.328 1 118.87 ? O18 64A 602 A 1 HETATM 18 O O17 64A . . . J 6 6.777 25.196 157.741 1 116.78 ? O17 64A 602 A 1 HETATM 19 O O14 64A . . . J 6 4.339 24.804 160.493 1 108.83 ? O14 64A 602 A 1 HETATM 20 O O15 64A . . . J 6 6.385 24.652 160.154 1 112.09 ? O15 64A 602 A 1 HETATM 21 O O23 64A . . . J 6 -0.132 20.21 156.82 1 111.13 ? O23 64A 602 A 1 HETATM 22 C C16 64A . . . J 6 5.733 24.67 157.45 1 118.74 ? C16 64A 602 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 343 _model_server_stats.encode_time_ms 25 _model_server_stats.element_count 22 #