data_5I42 # _model_server_result.job_id t8-eMPC5OtaRibNldNBqlA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 17:41:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5i42 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":602}' # _entry.id 5I42 # _exptl.entry_id 5I42 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.15 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5I42 _cell.length_a 90.151 _cell.length_b 132.192 _cell.length_c 139.658 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5I42 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,G,H 1 1 C,D,F,I,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 H N N ? 5 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 E O3' DC 6 E DC 2 1_555 E P OMC 7 E OMC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 E O3' OMC 7 E OMC 3 1_555 E P DC 8 E DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale ? covale3 E O3' DC 8 E DC 4 1_555 E P OMC 9 E OMC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale4 E O3' OMC 9 E OMC 5 1_555 E P DC 10 E DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale5 F O3' DC 6 F DC 2 1_555 F P OMC 7 F OMC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale6 F O3' OMC 7 F OMC 3 1_555 F P DC 8 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale7 F O3' DC 8 F DC 4 1_555 F P OMC 9 F OMC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale ? covale8 F O3' OMC 9 F OMC 5 1_555 F P DC 10 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 110 A ASP 110 1_555 G CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc2 A O VAL 111 A VAL 111 1_555 G CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 185 A ASP 185 1_555 G CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc4 G CA CA . A CA 601 1_555 H O2B AZT . A AZT 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc5 G CA CA . A CA 601 1_555 H O1A AZT . A AZT 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc6 G CA CA . A CA 601 1_555 H O2G AZT . A AZT 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc7 C OD2 ASP 110 C ASP 110 1_555 I CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc8 C O VAL 111 C VAL 111 1_555 I CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc9 C OD2 ASP 185 C ASP 185 1_555 I CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc10 I CA CA . C CA 601 1_555 J O1A AZT . C AZT 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc11 I CA CA . C CA 601 1_555 J O2B AZT . C AZT 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N3 DC 6 E DC 2 1_555 E N1 DG 38 E DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N4 DC 6 E DC 2 1_555 E O6 DG 38 E DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O2 DC 6 E DC 2 1_555 E N2 DG 38 E DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N3 OMC 7 E OMC 3 1_555 E N1 DG 37 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N4 OMC 7 E OMC 3 1_555 E O6 DG 37 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E O2 OMC 7 E OMC 3 1_555 E N2 DG 37 E DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E N3 DC 8 E DC 4 1_555 E N1 DG 36 E DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N4 DC 8 E DC 4 1_555 E O6 DG 36 E DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E O2 DC 8 E DC 4 1_555 E N2 DG 36 E DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E N3 OMC 9 E OMC 5 1_555 E N1 DG 35 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N4 OMC 9 E OMC 5 1_555 E O6 DG 35 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E O2 OMC 9 E OMC 5 1_555 E N2 DG 35 E DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N3 DC 10 E DC 6 1_555 E N1 DG 34 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N4 DC 10 E DC 6 1_555 E O6 DG 34 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E O2 DC 10 E DC 6 1_555 E N2 DG 34 E DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N3 DC 11 E DC 7 1_555 E N1 DG 33 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E N4 DC 11 E DC 7 1_555 E O6 DG 33 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E O2 DC 11 E DC 7 1_555 E N2 DG 33 E DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N3 DC 12 E DC 8 1_555 E N1 DG 32 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E N4 DC 12 E DC 8 1_555 E O6 DG 32 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E O2 DC 12 E DC 8 1_555 E N2 DG 32 E DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N3 DT 13 E DT 9 1_555 E N1 DA 31 E DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E O4 DT 13 E DT 9 1_555 E N6 DA 31 E DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N3 DT 14 E DT 10 1_555 E N1 DA 30 E DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E O4 DT 14 E DT 10 1_555 E N6 DA 30 E DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N3 DC 15 E DC 11 1_555 E N1 DG 29 E DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N4 DC 15 E DC 11 1_555 E O6 DG 29 E DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O2 DC 15 E DC 11 1_555 E N2 DG 29 E DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N1 DG 16 E DG 12 1_555 E N3 DC 28 E DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N2 DG 16 E DG 12 1_555 E O2 DC 28 E DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E O6 DG 16 E DG 12 1_555 E N4 DC 28 E DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N1 DG 17 E DG 13 1_555 E N3 DC 27 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N2 DG 17 E DG 13 1_555 E O2 DC 27 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E O6 DG 17 E DG 13 1_555 E N4 DC 27 E DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N3 DT 18 E DT 14 1_555 E N1 DA 26 E DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E O4 DT 18 E DT 14 1_555 E N6 DA 26 E DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N1 DG 19 E DG 15 1_555 E N3 DC 25 E DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N2 DG 19 E DG 15 1_555 E O2 DC 25 E DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E O6 DG 19 E DG 15 1_555 E N4 DC 25 E DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E N3 DC 20 E DC 16 1_555 E N1 DG 24 E DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E N4 DC 20 E DC 16 1_555 E O6 DG 24 E DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E O2 DC 20 E DC 16 1_555 E N2 DG 24 E DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 F N3 DC 6 F DC 2 1_555 F N1 DG 38 F DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 F N4 DC 6 F DC 2 1_555 F O6 DG 38 F DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 F O2 DC 6 F DC 2 1_555 F N2 DG 38 F DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OMC-DG MISPAIR' hydrog46 F O2 OMC 7 F OMC 3 1_555 F N2 DG 37 F DG 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 F N3 DC 8 F DC 4 1_555 F N1 DG 36 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 F N4 DC 8 F DC 4 1_555 F O6 DG 36 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 F O2 DC 8 F DC 4 1_555 F N2 DG 36 F DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 F N3 OMC 9 F OMC 5 1_555 F N1 DG 35 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 F N4 OMC 9 F OMC 5 1_555 F O6 DG 35 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 F O2 OMC 9 F OMC 5 1_555 F N2 DG 35 F DG 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 F N3 DC 10 F DC 6 1_555 F N1 DG 34 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 F N4 DC 10 F DC 6 1_555 F O6 DG 34 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 F O2 DC 10 F DC 6 1_555 F N2 DG 34 F DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 F N3 DC 11 F DC 7 1_555 F N1 DG 33 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 F N4 DC 11 F DC 7 1_555 F O6 DG 33 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 F O2 DC 11 F DC 7 1_555 F N2 DG 33 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 F N3 DC 12 F DC 8 1_555 F N1 DG 32 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 F N4 DC 12 F DC 8 1_555 F O6 DG 32 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 F O2 DC 12 F DC 8 1_555 F N2 DG 32 F DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 F N3 DT 13 F DT 9 1_555 F N1 DA 31 F DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 F O4 DT 13 F DT 9 1_555 F N6 DA 31 F DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 F N3 DT 14 F DT 10 1_555 F N1 DA 30 F DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 F O4 DT 14 F DT 10 1_555 F N6 DA 30 F DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 F N3 DC 15 F DC 11 1_555 F N1 DG 29 F DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 F N4 DC 15 F DC 11 1_555 F O6 DG 29 F DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 F O2 DC 15 F DC 11 1_555 F N2 DG 29 F DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 F N1 DG 16 F DG 12 1_555 F N3 DC 28 F DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 F N2 DG 16 F DG 12 1_555 F O2 DC 28 F DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 F O6 DG 16 F DG 12 1_555 F N4 DC 28 F DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 F N1 DG 17 F DG 13 1_555 F N3 DC 27 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 F N2 DG 17 F DG 13 1_555 F O2 DC 27 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 F O6 DG 17 F DG 13 1_555 F N4 DC 27 F DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 F N3 DT 18 F DT 14 1_555 F N1 DA 26 F DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 F O4 DT 18 F DT 14 1_555 F N6 DA 26 F DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 F N1 DG 19 F DG 15 1_555 F N3 DC 25 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 F N2 DG 19 F DG 15 1_555 F O2 DC 25 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 F O6 DG 19 F DG 15 1_555 F N4 DC 25 F DC 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 F N3 DC 20 F DC 16 1_555 F N1 DG 24 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 F N4 DC 20 F DC 16 1_555 F O6 DG 24 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 F O2 DC 20 F DC 16 1_555 F N2 DG 24 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id AZT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A AZT doub 70 n n PA O2A AZT sing 71 n n PA O3A AZT sing 72 n n PA O5' AZT sing 73 n n O2A HOA2 AZT sing 74 n n O3A PB AZT sing 75 n n PB O1B AZT doub 76 n n PB O2B AZT sing 77 n n PB O3B AZT sing 78 n n O2B HOB2 AZT sing 79 n n O3B PG AZT sing 80 n n PG O1G AZT doub 81 n n PG O2G AZT sing 82 n n PG O3G AZT sing 83 n n O2G HOG2 AZT sing 84 n n O3G HOG3 AZT sing 85 n n O5' C5' AZT sing 86 n n C5' C4' AZT sing 87 n n C5' "H5'1" AZT sing 88 n n C5' "H5'2" AZT sing 89 n n C4' O4' AZT sing 90 n n C4' C3' AZT sing 91 n n C4' H4' AZT sing 92 n n O4' C1' AZT sing 93 n n C3' N3' AZT sing 94 n n C3' C2' AZT sing 95 n n C3' H3' AZT sing 96 n n N3' N4' AZT doub 97 n n N4' N5' AZT doub 98 n n C2' C1' AZT sing 99 n n C2' "H2'1" AZT sing 100 n n C2' "H2'2" AZT sing 101 n n C1' N1 AZT sing 102 n n C1' H1' AZT sing 103 n n N1 C2 AZT sing 104 n n N1 C6 AZT sing 105 n n C2 O2 AZT doub 106 n n C2 N3 AZT sing 107 n n N3 C4 AZT sing 108 n n N3 HN3 AZT sing 109 n n C4 O4 AZT doub 110 n n C4 C5 AZT sing 111 n n C5 C5A AZT sing 112 n n C5 C6 AZT doub 113 n n C5A H51 AZT sing 114 n n C5A H52 AZT sing 115 n n C5A H53 AZT sing 116 n n C6 H6 AZT sing 117 n n # _atom_sites.entry_id 5I42 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011093 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001391 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007565 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007216 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 CA A 1 601 600 CA CA . H 5 AZT A 1 602 823 AZT AZT . I 4 CA C 1 601 600 CA CA . J 5 AZT C 1 602 823 AZT AZT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA AZT . . . J 5 -26.186 -41.739 -7.559 1 159.26 ? PA AZT 602 C 1 HETATM 2 O O1A AZT . . . J 5 -25.156 -40.797 -7.033 1 157.3 ? O1A AZT 602 C 1 HETATM 3 O O2A AZT . . . J 5 -27.33 -41.41 -6.69 1 154.82 ? O2A AZT 602 C 1 HETATM 4 O O3A AZT . . . J 5 -26.534 -41.454 -9.094 1 160.14 ? O3A AZT 602 C 1 HETATM 5 P PB AZT . . . J 5 -25.651 -42.013 -10.289 1 157.32 ? PB AZT 602 C 1 HETATM 6 O O1B AZT . . . J 5 -26.066 -43.397 -10.647 1 152.14 ? O1B AZT 602 C 1 HETATM 7 O O2B AZT . . . J 5 -24.224 -42.222 -9.893 1 153.07 ? O2B AZT 602 C 1 HETATM 8 O O3B AZT . . . J 5 -25.75 -41.064 -11.543 1 161.09 ? O3B AZT 602 C 1 HETATM 9 P PG AZT . . . J 5 -25.893 -39.483 -11.366 1 167.79 ? PG AZT 602 C 1 HETATM 10 O O1G AZT . . . J 5 -25.577 -38.699 -12.613 1 163.32 ? O1G AZT 602 C 1 HETATM 11 O O2G AZT . . . J 5 -24.987 -38.892 -10.315 1 157.67 ? O2G AZT 602 C 1 HETATM 12 O O3G AZT . . . J 5 -27.267 -39.028 -10.984 1 160.98 ? O3G AZT 602 C 1 HETATM 13 O O5' AZT . . . J 5 -25.738 -43.213 -7.326 1 150.94 ? O5' AZT 602 C 1 HETATM 14 C C5' AZT . . . J 5 -24.396 -43.494 -7.047 1 148.93 ? C5' AZT 602 C 1 HETATM 15 C C4' AZT . . . J 5 -24.22 -44.991 -6.934 1 146.62 ? C4' AZT 602 C 1 HETATM 16 O O4' AZT . . . J 5 -24.907 -45.577 -5.807 1 145.48 ? O4' AZT 602 C 1 HETATM 17 C C3' AZT . . . J 5 -24.725 -45.685 -8.173 1 153.91 ? C3' AZT 602 C 1 HETATM 18 N N3' AZT . . . J 5 -23.641 -45.848 -9.073 1 158.55 ? N3' AZT 602 C 1 HETATM 19 N N4' AZT . . . J 5 -23.989 -45.776 -10.263 1 160.02 ? N4' AZT 602 C 1 HETATM 20 N N5' AZT . . . J 5 -24.278 -45.71 -11.475 1 157.62 ? N5' AZT 602 C 1 HETATM 21 C C2' AZT . . . J 5 -25.156 -47.033 -7.661 1 149.73 ? C2' AZT 602 C 1 HETATM 22 C C1' AZT . . . J 5 -25.476 -46.822 -6.199 1 141.69 ? C1' AZT 602 C 1 HETATM 23 N N1 AZT . . . J 5 -26.917 -46.917 -5.884 1 134.5 ? N1 AZT 602 C 1 HETATM 24 C C2 AZT . . . J 5 -27.553 -48.193 -5.9 1 138.13 ? C2 AZT 602 C 1 HETATM 25 O O2 AZT . . . J 5 -26.828 -49.325 -6.229 1 137.05 ? O2 AZT 602 C 1 HETATM 26 N N3 AZT . . . J 5 -28.94 -48.305 -5.58 1 140.53 ? N3 AZT 602 C 1 HETATM 27 C C4 AZT . . . J 5 -29.703 -47.132 -5.235 1 139.81 ? C4 AZT 602 C 1 HETATM 28 O O4 AZT . . . J 5 -31.078 -47.239 -4.917 1 134.71 ? O4 AZT 602 C 1 HETATM 29 C C5 AZT . . . J 5 -29.052 -45.86 -5.218 1 138.79 ? C5 AZT 602 C 1 HETATM 30 C C5A AZT . . . J 5 -29.826 -44.63 -4.863 1 136.46 ? C5A AZT 602 C 1 HETATM 31 C C6 AZT . . . J 5 -27.669 -45.756 -5.538 1 134.27 ? C6 AZT 602 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 211 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #