data_5IP0
#
_model_server_result.job_id            X74Xfh-tAuRI91aGEbOW-A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 14:24:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5ip0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    5IP0 
#
_exptl.entry_id    5IP0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              112.411 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CADMIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    29 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5IP0 
_cell.length_a            131.785 
_cell.length_b            174.141 
_cell.length_c            198.82 
_cell.Z_PDB               128 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5IP0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 1 1 
E,F,G,H,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA 2 1 
I,J,K,L,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA 3 1 
M,N,O,P,PA,QA,RA,SA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
? 2 EA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 HA N N 
? 2 IA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 LA N N 
? 2 MA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 32 A GLU 32 1_555 Q CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 99 A GLU 99 1_555 R CD CD . A CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 100 A GLU 100 1_555 S CD CD . A CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 100 A GLU 100 1_555 S CD CD . A CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc5 R CD CD . A CD 202 1_555 L OE2 GLU 99 L GLU 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc6 D OE1 GLU 32 D GLU 32 1_555 W CD CD . D CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
metalc ? metalc7 D OE1 GLU 99 D GLU 99 1_555 X CD CD . D CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? 
metalc ? metalc8 D OE2 GLU 99 D GLU 99 1_555 X CD CD . D CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc9 D OE1 GLU 100 D GLU 100 1_555 Y CD CD . D CD 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc10 D OE2 GLU 100 D GLU 100 1_555 Y CD CD . D CD 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? 
metalc ? metalc11 D OD2 ASP 107 D ASP 107 1_555 Z CD CD . D CD 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc12 Z CD CD . D CD 205 1_555 H OE1 GLU 32 H GLU 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc13 E OD2 ASP 4 E ASP 4 1_555 BA CD CD . E CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? 
metalc ? metalc14 E OE2 GLU 11 E GLU 11 1_555 AA CD CD . E CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc15 E OE1 GLU 32 E GLU 32 1_555 CA CD CD . E CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc16 E OD2 ASP 107 E ASP 107 1_555 FA CD CD . E CD 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc17 AA CD CD . E CD 201 5_555 P OD2 ASP 4 P ASP 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc18 BA CD CD . E CD 202 5_555 O OE2 GLU 47 O GLU 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc19 BA CD CD . E CD 202 5_555 P OE1 GLU 11 P GLU 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc20 CA CD CD . E CD 203 5_555 P OD1 ASP 107 P ASP 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? 
metalc ? metalc21 CA CD CD . E CD 203 5_555 P OD2 ASP 107 P ASP 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc22 FA CD CD . E CD 206 5_555 O NH2 ARG 36 O ARG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? 
metalc ? metalc23 FA CD CD . E CD 206 5_555 P OE2 GLU 32 P GLU 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc24 H OE2 GLU 100 H GLU 100 1_555 GA CD CD . H CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc25 I OE1 GLU 32 I GLU 32 1_555 JA CD CD . I CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc26 I OE2 GLU 100 I GLU 100 1_555 KA CD CD . I CD 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc27 JA CD CD . I CD 203 1_555 J NH2 ARG 36 J ARG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc28 JA CD CD . I CD 203 1_555 M OD2 ASP 107 M ASP 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc29 L OE2 GLU 32 L GLU 32 1_555 MA CD CD . L CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
metalc ? metalc30 L OE1 GLU 100 L GLU 100 1_555 OA CD CD . L CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? 
metalc ? metalc31 L OE2 GLU 100 L GLU 100 1_555 OA CD CD . L CD 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc32 M OE2 GLU 100 M GLU 100 1_555 QA CD CD . M CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
metalc ? metalc33 P OE2 GLU 100 P GLU 100 1_555 SA CD CD . P CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
#
_chem_comp.formula           'Cd 2' 
_chem_comp.formula_weight    112.411 
_chem_comp.id                CD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CADMIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5IP0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007588 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005742 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00503 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 2 CD A 1 201 3 CD CD . 
R 2 CD A 1 202 4 CD CD . 
S 2 CD A 1 203 5 CD CD . 
T 2 CD B 1 201 2 CD CD . 
U 2 CD C 1 201 7 CD CD . 
V 2 CD D 1 201 8 CD CD . 
W 2 CD D 1 202 9 CD CD . 
X 2 CD D 1 203 10 CD CD . 
Y 2 CD D 1 204 11 CD CD . 
Z 2 CD D 1 205 12 CD CD . 
AA 2 CD E 1 201 15 CD CD . 
BA 2 CD E 1 202 16 CD CD . 
CA 2 CD E 1 203 17 CD CD . 
DA 2 CD E 1 204 18 CD CD . 
EA 2 CD E 1 205 19 CD CD . 
FA 2 CD E 1 206 20 CD CD . 
GA 2 CD H 1 201 14 CD CD . 
HA 2 CD I 1 201 13 CD CD . 
IA 2 CD I 1 202 22 CD CD . 
JA 2 CD I 1 203 23 CD CD . 
KA 2 CD I 1 204 24 CD CD . 
LA 2 CD I 1 205 25 CD CD . 
MA 2 CD L 1 201 6 CD CD . 
NA 2 CD L 1 202 1 CD CD . 
OA 2 CD L 1 203 26 CD CD . 
PA 2 CD M 1 201 21 CD CD . 
QA 2 CD M 1 202 29 CD CD . 
RA 2 CD P 1 201 27 CD CD . 
SA 2 CD P 1 202 28 CD CD . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CD 
_atom_site.label_atom_id         CD 
_atom_site.label_comp_id         CD 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         U 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -59.588 
_atom_site.Cartn_y               -35.744 
_atom_site.Cartn_z               132.884 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        330.21 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CD 
_atom_site.auth_comp_id          CD 
_atom_site.auth_seq_id           201 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              117 
_model_server_stats.parse_time_ms           45 
_model_server_stats.create_model_time_ms    44 
_model_server_stats.query_time_ms           1204 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#