data_5IPN # _model_server_result.job_id yFJiOfrPUIFCDIzVTEgQow _model_server_result.datetime_utc '2024-10-12 16:33:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ipn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1503}' # _entry.id 5IPN # _exptl.entry_id 5IPN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 10 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5IPN _cell.length_a 132.874 _cell.length_b 152.17 _cell.length_c 229.12 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5IPN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 10 _struct_asym.id L _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D SG CYS 70 D CYS 70 1_555 J ZN ZN . D ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc2 D SG CYS 72 D CYS 72 1_555 J ZN ZN . D ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc3 D SG CYS 85 D CYS 85 1_555 J ZN ZN . D ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc4 D SG CYS 88 D CYS 88 1_555 J ZN ZN . D ZN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc5 D OD1 ASP 460 D ASP 460 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc6 D OD2 ASP 460 D ASP 460 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc7 D OD1 ASP 462 D ASP 462 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc8 D OD1 ASP 464 D ASP 464 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? covale ? covale1 D NE2 GLN 739 D GLN 739 1_555 D O ARG 744 D ARG 744 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 814 D CYS 814 1_555 K ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 888 D CYS 888 1_555 K ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 895 D CYS 895 1_555 K ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? covale ? covale2 D C THR 1131 D THR 1131 1_555 D CA LYS 1132 D LYS 1132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.094 ? covale ? covale3 D O THR 1131 D THR 1131 1_555 D CA LYS 1132 D LYS 1132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? covale ? covale4 D O THR 1131 D THR 1131 1_555 D C LYS 1132 D LYS 1132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.538 ? covale ? covale5 D O THR 1131 D THR 1131 1_555 D CB LYS 1132 D LYS 1132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.539 ? covale ? covale6 D CB THR 1131 D THR 1131 1_555 D N LYS 1132 D LYS 1132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.219 ? covale ? covale7 I O3' GTP 1 3 GTP 14 1_555 I P A 2 3 A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.584 ? metalc ? metalc12 I O3' G 3 3 G 16 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? metalc ? metalc13 I O2' G 3 3 G 16 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc14 I OP1 U 4 3 U 17 1_555 L MG MG . D MG 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog1 G O2 DC 18 1 DC 27 1_555 H N2 DG 33 2 DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog2 G N1 DA 19 1 DA 28 1_555 H N3 DT 32 2 DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog3 G O2 DC 20 1 DC 29 1_555 H N2 DG 31 2 DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog4 G N1 DG 21 1 DG 30 1_555 H N3 DC 30 2 DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog5 G N3 DT 22 1 DT 31 1_555 H N1 DA 29 2 DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G N1 DA 23 1 DA 32 1_555 H N3 DT 28 2 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G N6 DA 23 1 DA 32 1_555 H O4 DT 28 2 DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N1 DG 25 1 DG 34 1_555 H N3 DC 26 2 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G N2 DG 25 1 DG 34 1_555 H O2 DC 26 2 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G O6 DG 25 1 DG 34 1_555 H N4 DC 26 2 DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N3 DC 26 1 DC 35 1_555 H N1 DG 25 2 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G N4 DC 26 1 DC 35 1_555 H O6 DG 25 2 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G O2 DC 26 1 DC 35 1_555 H N2 DG 25 2 DG 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G N3 DT 27 1 DT 36 1_555 H N1 DA 24 2 DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G O4 DT 27 1 DT 36 1_555 H N6 DA 24 2 DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog16 G N3 DC 42 1 DC 51 1_555 H N2 DG 9 2 DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G N3 DT 43 1 DT 52 1_555 H N1 DA 8 2 DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G O4 DT 43 1 DT 52 1_555 H N6 DA 8 2 DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog19 G N2 DG 44 1 DG 53 1_555 H O2 DC 7 2 DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G N1 DA 45 1 DA 54 1_555 H N3 DT 6 2 DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N6 DA 45 1 DA 54 1_555 H O4 DT 6 2 DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N3 DC 46 1 DC 55 1_555 H N1 DG 5 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G N4 DC 46 1 DC 55 1_555 H O6 DG 5 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G O2 DC 46 1 DC 55 1_555 H N2 DG 5 2 DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N1 DG 47 1 DG 56 1_555 H N3 DC 4 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G N2 DG 47 1 DG 56 1_555 H O2 DC 4 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G O6 DG 47 1 DG 56 1_555 H N4 DC 4 2 DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog28 G O2 DC 48 1 DC 57 1_555 H N2 DG 3 2 DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog29 G O6 DG 49 1 DG 58 1_555 H N4 DC 1 2 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog30 G N2 DG 49 1 DG 58 1_555 H O2 DC 2 2 DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog31 G O6 DG 50 1 DG 59 1_555 H N4 DC 1 2 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 H N1 DA 10 2 DA 13 1_555 I N3 U 4 3 U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 H N6 DA 10 2 DA 13 1_555 I O4 U 4 3 U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-G PAIR' hydrog34 H O2 DC 11 2 DC 14 1_555 I N2 G 3 3 G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 H N3 DT 12 2 DT 15 1_555 I N1 A 2 3 A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 H O4 DT 12 2 DT 15 1_555 I N6 A 2 3 A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-GTP MISPAIR' hydrog37 H O2 DC 13 2 DC 16 1_555 I N2 GTP 1 3 GTP 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5IPN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007526 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006572 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004365 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 9 ZN D 1 1501 1501 ZN ZN . K 9 ZN D 1 1502 1502 ZN ZN . L 10 MG D 1 1503 1503 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 10 _atom_site.Cartn_x -27.154 _atom_site.Cartn_y 3.212 _atom_site.Cartn_z -18.077 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 251.06 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1503 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 60 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 275 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #