data_5J33 # _model_server_result.job_id rYtIdDIrNRtMLcNfDL1s_Q _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 19:22:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5j33 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":506}' # _entry.id 5J33 # _exptl.entry_id 5J33 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5J33 _cell.length_a 77.2 _cell.length_b 132.868 _cell.length_c 349.426 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5J33 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,I,J,K,L,M,N 1 1 C,H,O,P,Q,R,S,EA,FA,GA 2 1 D,F,T,U,V,W,X,Y 3 1 E,G,Z,AA,BA,CA,DA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 K N N ? 4 N N N ? 4 R N N ? 4 S N N ? 4 X N N ? 4 Y N N ? 4 BA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 I C4N NAD . A NAD 501 1_555 J O4 SO4 . A SO4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.386 ? covale ? covale2 L N7N NAD . A NAD 504 1_555 M O1 SO4 . A SO4 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.307 ? covale ? covale3 T C4N NAD . D NAD 501 1_555 U O2 SO4 . D SO4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.389 ? covale ? covale4 V N7N NAD . D NAD 503 1_555 W O3 SO4 . D SO4 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? covale ? covale5 Z C5N NAD . E NAD 501 1_555 AA O3 SO4 . E SO4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.384 ? covale ? covale6 H NH1 ARG 186 H ARG 186 1_555 H CG ASN 200 H ASN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.283 ? covale ? covale7 H NH2 ARG 186 H ARG 186 1_555 H OD1 ASN 200 H ASN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? covale ? covale8 EA C4N NAD . H NAD 501 1_555 GA O1 SO4 . H SO4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.389 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 264 A ASP 264 1_555 N MG MG . A MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 288 A ASP 288 1_555 K MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc3 K MG MG . A MG 503 1_555 B OD2 ASP 264 B ASP 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc4 M O2 SO4 . A SO4 505 1_555 N MG MG . A MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc5 N MG MG . A MG 506 1_555 B OD1 ASP 288 B ASP 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc6 C OD2 ASP 264 C ASP 264 1_555 R MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? metalc ? metalc7 C OD1 ASP 288 C ASP 288 1_555 S MG MG . C MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc8 P O1 SO4 . C SO4 502 1_555 S MG MG . C MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc9 R MG MG . C MG 504 1_555 H OD1 ASP 288 H ASP 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc10 R MG MG . C MG 504 1_555 H OD2 ASP 292 H ASP 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc11 S MG MG . C MG 505 1_555 H OD2 ASP 264 H ASP 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? metalc ? metalc12 D OD2 ASP 264 D ASP 264 1_555 X MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc13 D OD1 ASP 288 D ASP 288 1_555 Y MG MG . D MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc14 U O3 SO4 . D SO4 502 1_555 Y MG MG . D MG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? metalc ? metalc15 W O2 SO4 . D SO4 504 1_555 X MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? metalc ? metalc16 X MG MG . D MG 505 1_555 F OD1 ASP 288 F ASP 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? metalc ? metalc17 X MG MG . D MG 505 1_555 F OD2 ASP 288 F ASP 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc18 Y MG MG . D MG 506 1_555 F OD2 ASP 264 F ASP 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc19 E OD1 ASP 288 E ASP 288 1_555 BA MG MG . E MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc20 E OD2 ASP 292 E ASP 292 1_555 BA MG MG . E MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? metalc ? metalc21 AA O1 SO4 . E SO4 502 1_555 BA MG MG . E MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5J33 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012953 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007526 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002862 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 NAD A 1 501 900 NAD NAD . J 3 SO4 A 1 502 801 SO4 SO4 . K 4 MG A 1 503 702 MG MG . L 2 NAD A 1 504 900 NAD NAD . M 3 SO4 A 1 505 802 SO4 SO4 . N 4 MG A 1 506 703 MG MG . O 2 NAD C 1 501 900 NAD NAD . P 3 SO4 C 1 502 804 SO4 SO4 . Q 3 SO4 C 1 503 806 SO4 SO4 . R 4 MG C 1 504 701 MG MG . S 4 MG C 1 505 705 MG MG . T 2 NAD D 1 501 900 NAD NAD . U 3 SO4 D 1 502 810 SO4 SO4 . V 2 NAD D 1 503 900 NAD NAD . W 3 SO4 D 1 504 803 SO4 SO4 . X 4 MG D 1 505 704 MG MG . Y 4 MG D 1 506 707 MG MG . Z 2 NAD E 1 501 900 NAD NAD . AA 3 SO4 E 1 502 812 SO4 SO4 . BA 4 MG E 1 503 706 MG MG . CA 2 NAD G 1 501 900 NAD NAD . DA 3 SO4 G 1 502 813 SO4 SO4 . EA 2 NAD H 1 501 900 NAD NAD . FA 3 SO4 H 1 502 809 SO4 SO4 . GA 3 SO4 H 1 503 811 SO4 SO4 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 22.391 _atom_site.Cartn_y 16.159 _atom_site.Cartn_z 16.192 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 47.21 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 506 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 47 _model_server_stats.parse_time_ms 25 _model_server_stats.create_model_time_ms 94 _model_server_stats.query_time_ms 324 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #