data_5J5J # _model_server_result.job_id Q4aCtaTO-3XoDWKjuFKapQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 00:06:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5j5j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":620}' # _entry.id 5J5J # _exptl.entry_id 5J5J _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5J5J _cell.length_a 63.494 _cell.length_b 87.489 _cell.length_c 218.536 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5J5J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 2 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 H N N ? 6 I N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 2 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 2 4 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 4 ? 2 5 4 NAG MAN C1 O1 . O3 HO3 . sing 5 ? 2 6 5 GAL NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 6 ? 2 7 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 7 ? 2 8 7 NAG MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 8 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 9 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 10 ? 3 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 11 ? 3 5 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 12 ? 3 6 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing 13 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n B NAG 1 B 1 NAG A 553 NAG 2 n B NAG 2 B 2 NAG A 808 NAG 2 n B BMA 3 B 3 BMA A 809 BMA 2 n B MAN 4 B 4 MAN A 811 MAN 2 n B NAG 5 B 5 NAG A 821 NAG 2 n B GAL 6 B 6 GAL A 823 GAL 2 n B MAN 7 B 7 MAN A 810 MAN 2 n B NAG 8 B 8 NAG A 822 NAG 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 804 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 805 NAG 3 n C BMA 3 C 3 BMA A 812 BMA 3 n C MAN 4 C 4 MAN A 814 MAN 3 n C MAN 5 C 5 MAN A 813 MAN 3 n C FUC 6 C 6 FUC A 807 FUC 4 n D NAG 1 D 1 NAG A 816 NAG 4 n D NAG 2 D 2 NAG A 817 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 445 A CYS 445 1_555 A SG CYS 529 A CYS 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 456 A CYS 456 1_555 A SG CYS 542 A CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 540 A CYS 540 1_555 A SG CYS 548 A CYS 548 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 31 A ASN 31 1_555 B C1 NAG . B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 131 A ASN 131 1_555 I C1 NAG . A NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 258 A ASN 258 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 411 A ASN 411 1_555 H C1 NAG . A NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? covale ? covale5 A OG1 THR 429 A THR 429 1_555 E C1 MAN . A MAN 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? covale ? covale6 A OG1 THR 431 A THR 431 1_555 F C1 MAN . A MAN 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale7 A OG1 THR 433 A THR 433 1_555 G C1 MAN . A MAN 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 463 A ASN 463 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale9 B O4 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 NAG . B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale10 B O4 NAG . B NAG 2 1_555 B C1 BMA . B BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? covale ? covale11 B O6 BMA . B BMA 3 1_555 B C1 MAN . B MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale12 B O3 BMA . B BMA 3 1_555 B C1 MAN . B MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale13 B O3 MAN . B MAN 4 1_555 B C1 NAG . B NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale14 B O4 NAG . B NAG 5 1_555 B C1 GAL . B GAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale15 B O2 MAN . B MAN 7 1_555 B C1 NAG . B NAG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale16 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale17 C O6 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 FUC . C FUC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale18 C O4 NAG . C NAG 2 1_555 C C1 BMA . C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale19 C O3 BMA . C BMA 3 1_555 C C1 MAN . C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale20 C O6 BMA . C BMA 3 1_555 C C1 MAN . C MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale21 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 11 A GLU 11 1_555 J CA CA . A CA 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 67 A ASP 67 1_555 J CA CA . A CA 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 67 A ASP 67 1_555 J CA CA . A CA 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 J CA CA . A CA 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 69 A GLU 69 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 69 A GLU 69 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 100 A ASP 100 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 100 A ASP 100 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.03 ? metalc ? metalc9 A O ILE 101 A ILE 101 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 102 A ASN 102 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 103 A ASP 103 1_555 J CA CA . A CA 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 103 A ASP 103 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc14 A O ASN 104 A ASN 104 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 119 A GLU 119 1_555 M CA CA . A CA 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 119 A GLU 119 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 134 A ASP 134 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 134 A ASP 134 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 136 A ASP 136 1_555 K CA CA . A CA 623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 136 A ASP 136 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc21 A O ASN 142 A ASN 142 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc22 A OD2 ASP 177 A ASP 177 1_555 M CA CA . A CA 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc23 A OE1 GLU 179 A GLU 179 1_555 M CA CA . A CA 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 179 A GLU 179 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc25 A OE2 GLU 179 A GLU 179 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc26 A OD2 ASP 192 A ASP 192 1_555 L CA CA . A CA 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 213 A ASP 213 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc28 A O VAL 214 A VAL 214 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASN 215 A ASN 215 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc30 A OD2 ASP 216 A ASP 216 1_555 M CA CA . A CA 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc31 A OD1 ASP 216 A ASP 216 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc32 A O ASN 217 A ASN 217 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc33 A OE1 GLU 232 A GLU 232 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc34 A OE2 GLU 232 A GLU 232 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc35 A OE2 GLU 232 A GLU 232 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc36 A OD1 ASP 246 A ASP 246 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc37 A OD2 ASP 246 A ASP 246 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc38 A OD1 ASP 248 A ASP 248 1_555 N CA CA . A CA 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc39 A OD2 ASP 248 A ASP 248 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc40 A O ASN 254 A ASN 254 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc41 A OD1 ASP 290 A ASP 290 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc42 A OD2 ASP 290 A ASP 290 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc43 A OE1 GLU 292 A GLU 292 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc44 A OE2 GLU 292 A GLU 292 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc45 A OE1 GLU 292 A GLU 292 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc46 A OD1 ASN 305 A ASN 305 1_555 O CA CA . A CA 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASN 330 A ASN 330 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? metalc ? metalc48 A O VAL 331 A VAL 331 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc49 A OE2 GLU 333 A GLU 333 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc50 A OE1 GLU 333 A GLU 333 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc51 A OE2 GLU 333 A GLU 333 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc52 A OE1 GLU 348 A GLU 348 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc53 A OE2 GLU 348 A GLU 348 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc54 A OE2 GLU 348 A GLU 348 1_555 S CA CA . A CA 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc55 A OE2 GLU 367 A GLU 367 1_555 Q CA CA . A CA 629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc56 A OD1 ASP 368 A ASP 368 1_555 P CA CA . A CA 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc57 A OD1 ASP 403 A ASP 403 1_555 S CA CA . A CA 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc58 A OE1 GLU 405 A GLU 405 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc59 A OE2 GLU 405 A GLU 405 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc60 A OE1 GLU 405 A GLU 405 1_555 S CA CA . A CA 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc61 A OD1 ASP 440 A ASP 440 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc62 A O ILE 441 A ILE 441 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc63 A OD1 ASN 442 A ASN 442 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc64 A OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc65 A OD2 ASP 443 A ASP 443 1_555 S CA CA . A CA 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc66 A O ASN 444 A ASN 444 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc67 A OD1 ASP 468 A ASP 468 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc68 A OD2 ASP 468 A ASP 468 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc69 A OD1 ASP 470 A ASP 470 1_555 R CA CA . A CA 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc70 A OD2 ASP 470 A ASP 470 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc71 A O ASN 474 A ASN 474 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc72 A OD1 ASP 523 A ASP 523 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc73 A OD2 ASP 523 A ASP 523 1_555 T CA CA . A CA 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 332 n n C1 O1 NAG sing 333 n n C1 O5 NAG sing 334 n n C1 H1 NAG sing 335 n n C2 C3 NAG sing 336 n n C2 N2 NAG sing 337 n n C2 H2 NAG sing 338 n n C3 C4 NAG sing 339 n n C3 O3 NAG sing 340 n n C3 H3 NAG sing 341 n n C4 C5 NAG sing 342 n n C4 O4 NAG sing 343 n n C4 H4 NAG sing 344 n n C5 C6 NAG sing 345 n n C5 O5 NAG sing 346 n n C5 H5 NAG sing 347 n n C6 O6 NAG sing 348 n n C6 H61 NAG sing 349 n n C6 H62 NAG sing 350 n n C7 C8 NAG sing 351 n n C7 N2 NAG sing 352 n n C7 O7 NAG doub 353 n n C8 H81 NAG sing 354 n n C8 H82 NAG sing 355 n n C8 H83 NAG sing 356 n n N2 HN2 NAG sing 357 n n O1 HO1 NAG sing 358 n n O3 HO3 NAG sing 359 n n O4 HO4 NAG sing 360 n n O6 HO6 NAG sing 361 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5J5J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01575 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01143 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004576 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MAN A 1 609 801 MAN MAN . F 5 MAN A 1 610 802 MAN MAN . G 5 MAN A 1 611 803 MAN MAN . H 6 NAG A 1 620 818 NAG NAG . I 6 NAG A 1 621 824 NAG NAG . J 7 CA A 1 622 1 CA CA . K 7 CA A 1 623 2 CA CA . L 7 CA A 1 624 3 CA CA . M 7 CA A 1 625 4 CA CA . N 7 CA A 1 626 5 CA CA . O 7 CA A 1 627 6 CA CA . P 7 CA A 1 628 7 CA CA . Q 7 CA A 1 629 8 CA CA . R 7 CA A 1 630 9 CA CA . S 7 CA A 1 631 10 CA CA . T 7 CA A 1 632 11 CA CA . U 8 CL A 1 633 1 CL CL . V 8 CL A 1 634 2 CL CL . W 9 HOH A 1 701 7 HOH HOH . W 9 HOH A 2 702 10 HOH HOH . W 9 HOH A 3 703 6 HOH HOH . W 9 HOH A 4 704 4 HOH HOH . W 9 HOH A 5 705 14 HOH HOH . W 9 HOH A 6 706 15 HOH HOH . W 9 HOH A 7 707 3 HOH HOH . W 9 HOH A 8 708 8 HOH HOH . W 9 HOH A 9 709 5 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . H 6 -34.858 -29.961 119.416 1 207.76 ? C1 NAG 620 A 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . H 6 -34.954 -28.847 118.379 1 212.93 ? C2 NAG 620 A 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . H 6 -34.656 -29.412 116.991 1 220.52 ? C3 NAG 620 A 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . H 6 -33.311 -30.126 117.011 1 215.22 ? C4 NAG 620 A 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . H 6 -33.233 -31.127 118.171 1 206.05 ? C5 NAG 620 A 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . H 6 -31.871 -31.77 118.277 1 191.11 ? C6 NAG 620 A 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . H 6 -36.575 -26.982 118.648 1 215.66 ? C7 NAG 620 A 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . H 6 -35.401 -26.068 118.882 1 197.8 ? C8 NAG 620 A 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . H 6 -36.292 -28.269 118.409 1 221.29 ? N2 NAG 620 A 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . H 6 -34.642 -28.35 116.036 1 204.15 ? O3 NAG 620 A 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . H 6 -33.103 -30.846 115.806 1 205.4 ? O4 NAG 620 A 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . H 6 -33.523 -30.494 119.43 1 217.94 ? O5 NAG 620 A 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . H 6 -30.827 -30.805 118.196 1 185.43 ? O6 NAG 620 A 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . H 6 -37.743 -26.566 118.667 1 214.93 ? O7 NAG 620 A 1 HETATM 15 H H1 NAG . . . H 6 -35.486 -30.671 119.185 1 249.31 ? H1 NAG 620 A 1 HETATM 16 H H2 NAG . . . H 6 -34.297 -28.157 118.588 1 255.52 ? H2 NAG 620 A 1 HETATM 17 H H3 NAG . . . H 6 -35.354 -30.051 116.749 1 264.63 ? H3 NAG 620 A 1 HETATM 18 H H4 NAG . . . H 6 -32.601 -29.464 117.113 1 258.27 ? H4 NAG 620 A 1 HETATM 19 H H5 NAG . . . H 6 -33.895 -31.828 118.018 1 247.26 ? H5 NAG 620 A 1 HETATM 20 H H61 NAG . . . H 6 -31.766 -32.414 117.551 1 229.33 ? H61 NAG 620 A 1 HETATM 21 H H62 NAG . . . H 6 -31.806 -32.238 119.13 1 229.33 ? H62 NAG 620 A 1 HETATM 22 H H81 NAG . . . H 6 -35.721 -25.161 119.045 1 237.36 ? H81 NAG 620 A 1 HETATM 23 H H82 NAG . . . H 6 -34.896 -26.379 119.658 1 237.36 ? H82 NAG 620 A 1 HETATM 24 H H83 NAG . . . H 6 -34.823 -26.073 118.095 1 237.36 ? H83 NAG 620 A 1 HETATM 25 H HN2 NAG . . . H 6 -36.995 -28.833 118.269 1 265.55 ? HN2 NAG 620 A 1 HETATM 26 H HO3 NAG . . . H 6 -35.173 -28.557 115.355 1 244.98 ? HO3 NAG 620 A 1 HETATM 27 H HO4 NAG . . . H 6 -32.373 -30.542 115.401 1 246.48 ? HO4 NAG 620 A 1 HETATM 28 H HO6 NAG . . . H 6 -30.042 -31.22 118.179 1 222.51 ? HO6 NAG 620 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 28 #