data_5J6Y
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_model_server_result.job_id            uifYzXFO129BacNoPsDe-Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-12 22:18:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5j6y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":310}' 
#
_entry.id    5J6Y 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              180.156 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  man 
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_entity.pdbx_description            beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            5J6Y 
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_cell.length_c            79.42 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5J6Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             K 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 2 A GLN 5 1_555 F CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 4 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 6 A THR 9 1_555 F CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 8 A ASP 11 1_555 F CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 8 A ASP 11 1_555 F CA CA . A CA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc6 A OH TYR 19 A TYR 22 1_555 G CA CA . A CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLN 24 A GLN 27 1_555 C CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc8 A O VAL 35 A VAL 38 1_555 G CA CA . A CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc9 A O LYS 38 A LYS 41 1_555 G CA CA . A CA 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc10 A O GLY 61 A GLY 64 1_555 E CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc11 A O SER 70 A SER 73 1_555 D CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc12 A OG SER 73 A SER 76 1_555 D CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 78 A ASP 81 1_555 E CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? 
metalc ? metalc14 A O PRO 79 A PRO 82 1_555 E CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc15 A OD1 ASP 84 A ASP 87 1_555 C CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc16 A OD2 ASP 84 A ASP 87 1_555 C CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASP 107 A ASP 110 1_555 B CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc18 A OD2 ASP 108 A ASP 111 1_555 B CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 152 A ASP 155 1_555 B CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc20 A O GLN 153 A GLN 156 1_555 C CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc21 A O GLY 154 A GLY 157 1_555 B CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc22 A O ASP 156 A ASP 159 1_555 B CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc23 A O SER 169 A SER 172 1_555 I CA CA . A CA 308 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? 
metalc ? metalc24 A O SER 169 A SER 172 1_555 I CA CA . A CA 308 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc25 B CA CA . A CA 301 1_555 J O3 GLC . A GLC 309 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? 
metalc ? metalc26 B CA CA . A CA 301 1_555 J O4 GLC . A GLC 309 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc27 B CA CA . A CA 301 1_555 K O3 BGC . A BGC 310 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc28 B CA CA . A CA 301 1_555 K O4 BGC . A BGC 310 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc29 C CA CA . A CA 302 1_555 L O HOH . A HOH 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc30 C CA CA . A CA 302 1_555 L O HOH . A HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc31 C CA CA . A CA 302 1_555 L O HOH . A HOH 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc32 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 502 4_445 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc33 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc34 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? 
metalc ? metalc35 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc36 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc37 D CA CA . A CA 303 1_555 L O HOH . A HOH 645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc38 E CA CA . A CA 304 1_555 L O HOH . A HOH 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc39 E CA CA . A CA 304 1_555 L O HOH . A HOH 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc40 E CA CA . A CA 304 1_555 L O HOH . A HOH 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc41 E CA CA . A CA 304 1_555 L O HOH . A HOH 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc42 F CA CA . A CA 305 1_555 L O HOH . A HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc43 F CA CA . A CA 305 1_555 L O HOH . A HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc44 G CA CA . A CA 306 1_555 L O HOH . A HOH 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc45 G CA CA . A CA 306 1_555 L O HOH . A HOH 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc46 G CA CA . A CA 306 1_555 L O HOH . A HOH 640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc47 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 467 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc48 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc49 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 534 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc50 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc51 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc52 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc53 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 656 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc54 H CA CA . A CA 307 1_555 L O HOH . A HOH 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc55 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 464 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc56 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 486 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc57 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc58 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc59 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 659 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc60 I CA CA . A CA 308 1_555 L O HOH . A HOH 668 3_554 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H12 O6' 
_chem_comp.formula_weight    180.156 
_chem_comp.id                BGC 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     beta-D-glucose;D-glucose;glucose 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C2 C3 BGC sing 70 n n 
C2 C1 BGC sing 71 n n 
C2 O2 BGC sing 72 n n 
C2 H2 BGC sing 73 n n 
C3 C4 BGC sing 74 n n 
C3 O3 BGC sing 75 n n 
C3 H3 BGC sing 76 n n 
C4 C5 BGC sing 77 n n 
C4 O4 BGC sing 78 n n 
C4 H4 BGC sing 79 n n 
C5 C6 BGC sing 80 n n 
C5 O5 BGC sing 81 n n 
C5 H5 BGC sing 82 n n 
C6 O6 BGC sing 83 n n 
C6 H61 BGC sing 84 n n 
C6 H62 BGC sing 85 n n 
C1 O1 BGC sing 86 n n 
C1 O5 BGC sing 87 n n 
C1 H1 BGC sing 88 n n 
O1 HO1 BGC sing 89 n n 
O2 HO2 BGC sing 90 n n 
O3 HO3 BGC sing 91 n n 
O4 HO4 BGC sing 92 n n 
O6 HO6 BGC sing 93 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
BGC DGlcpb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
BGC b-D-glucopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 
BGC b-D-Glcp 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
BGC Glc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     5J6Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022114 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.019782 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012591 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 CA A 1 301 301 CA CA . 
C 2 CA A 1 302 302 CA CA . 
D 2 CA A 1 303 303 CA CA . 
E 2 CA A 1 304 304 CA CA . 
F 2 CA A 1 305 305 CA CA . 
G 2 CA A 1 306 306 CA CA . 
H 2 CA A 1 307 307 CA CA . 
I 2 CA A 1 308 308 CA CA . 
J 3 GLC A 1 309 309 GLC GLC . 
K 4 BGC A 1 310 310 BGC BGC . 
L 5 HOH A 1 401 401 HOH HOH . 
L 5 HOH A 2 402 402 HOH HOH . 
L 5 HOH A 3 403 403 HOH HOH . 
L 5 HOH A 4 404 404 HOH HOH . 
L 5 HOH A 5 405 405 HOH HOH . 
L 5 HOH A 6 406 406 HOH HOH . 
L 5 HOH A 7 407 407 HOH HOH . 
L 5 HOH A 8 408 408 HOH HOH . 
L 5 HOH A 9 409 409 HOH HOH . 
L 5 HOH A 10 410 410 HOH HOH . 
L 5 HOH A 11 411 411 HOH HOH . 
L 5 HOH A 12 412 412 HOH HOH . 
L 5 HOH A 13 413 413 HOH HOH . 
L 5 HOH A 14 414 414 HOH HOH . 
L 5 HOH A 15 415 415 HOH HOH . 
L 5 HOH A 16 416 416 HOH HOH . 
L 5 HOH A 17 417 417 HOH HOH . 
L 5 HOH A 18 418 418 HOH HOH . 
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HETATM 11 O O5 BGC . B . K 4 23.78 1.508 -9.74 0.25 20 ? O5 BGC 310 A 1 
HETATM 12 O O6 BGC . B . K 4 25.946 -0.09 -10.583 0.25 20 ? O6 BGC 310 A 1 
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