data_5J7Y # _model_server_result.job_id -orYeukADxrNcfgV-CfQSQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:39:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5j7y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"TC","auth_seq_id":401}' # _entry.id 5J7Y # _exptl.entry_id 5J7Y _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 616.487 _entity.id 77 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5J7Y _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5J7Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 89-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 89 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name ? _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 77 TC N N ? 77 UC N N ? 77 VC N N ? 77 XC N N ? 77 YC N N ? 77 ZC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 29 B CYS 54 1_555 LC FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 30 B CYS 55 1_555 LC FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 94 B CYS 119 1_555 LC FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 124 B CYS 149 1_555 LC FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 97 E CYS 103 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 102 E CYS 108 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 138 E CYS 144 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 142 E CYS 148 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 347 F CYS 359 1_555 NC FE4 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 350 F CYS 362 1_555 NC FE1 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 353 F CYS 365 1_555 NC FE2 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 393 F CYS 405 1_555 NC FE3 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 48 G CYS 55 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 62 G CYS 69 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 94 G HIS 101 1_555 OC FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 98 G CYS 105 1_555 OC FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 101 G CYS 108 1_555 OC FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 107 G CYS 114 1_555 OC FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 146 G CYS 153 1_555 PC FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 149 G CYS 156 1_555 PC FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 152 G CYS 159 1_555 PC FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 196 G CYS 203 1_555 PC FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 72 I CYS 77 1_555 SC FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc26 I O CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 78 I CYS 83 1_555 SC FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 82 I CYS 87 1_555 RC FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 111 I CYS 116 1_555 RC FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 114 I CYS 119 1_555 RC FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc32 I N UNK 118 I UNK 123 1_555 RC FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 121 I CYS 126 1_555 SC FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? covale ? covale1 SA CB UNK 33 7 UNK 33 1_555 CB CB ASP 226 AA ASP 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? metalc ? metalc34 ZB O CYS 196 BO CYS 196 1_555 ED CU1 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc35 ZB N GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc36 ZB O GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? # _chem_comp.formula 'C34 H32 Fe N4 O4' _chem_comp.formula_weight 616.487 _chem_comp.id HEM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms HEME # _atom_sites.entry_id 5J7Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code LC 75 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . MC 76 FES E 1 201 201 FES FES . NC 75 SF4 F 1 500 500 SF4 SF4 . OC 75 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . PC 75 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . QC 76 FES G 1 803 803 FES FES . RC 75 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . SC 75 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . TC 77 HEM AC 1 401 401 HEM HEM . UC 77 HEM AC 1 402 402 HEM HEM . VC 77 HEM AD 1 301 301 HEM HEM . WC 76 FES AE 1 201 201 FES FES . XC 77 HEM AN 1 401 401 HEM HEM . YC 77 HEM AN 1 402 402 HEM HEM . ZC 77 HEM AO 1 301 301 HEM HEM . AD 76 FES AP 1 201 201 FES FES . BD 78 CU BN 1 601 601 CU CU . CD 79 HEA BN 1 602 602 HEA HEA . DD 79 HEA BN 1 603 603 HEA HEA . ED 80 CUA BO 1 301 301 CUA CUA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CHA HEM . . . TC 77 437.113 426.231 369.132 1 130 ? CHA HEM 401 AC 1 HETATM 2 C CHB HEM . . . TC 77 440.185 430.225 368.251 1 130 ? CHB HEM 401 AC 1 HETATM 3 C CHC HEM . . . TC 77 438.474 432.452 372.525 1 130 ? CHC HEM 401 AC 1 HETATM 4 C CHD HEM . . . TC 77 435.127 428.655 373.105 1 130 ? CHD HEM 401 AC 1 HETATM 5 C C1A HEM . . . TC 77 438.09 427.184 368.546 1 130 ? C1A HEM 401 AC 1 HETATM 6 C C2A HEM . . . TC 77 438.857 426.857 367.3 1 130 ? C2A HEM 401 AC 1 HETATM 7 C C3A HEM . . . TC 77 439.732 428.01 367.087 1 130 ? C3A HEM 401 AC 1 HETATM 8 C C4A HEM . . . TC 77 439.461 428.937 368.209 1 130 ? C4A HEM 401 AC 1 HETATM 9 C CMA HEM . . . TC 77 440.721 428.203 365.995 1 130 ? CMA HEM 401 AC 1 HETATM 10 C CAA HEM . . . TC 77 438.765 425.635 366.413 1 130 ? CAA HEM 401 AC 1 HETATM 11 C CBA HEM . . . TC 77 439.808 424.616 366.828 1 130 ? CBA HEM 401 AC 1 HETATM 12 C CGA HEM . . . TC 77 439.231 423.687 367.868 1 130 ? CGA HEM 401 AC 1 HETATM 13 O O1A HEM . . . TC 77 438.022 423.455 367.91 1 130 ? O1A HEM 401 AC 1 HETATM 14 O O2A HEM . . . TC 77 439.974 423.154 368.673 1 130 ? O2A HEM 401 AC 1 HETATM 15 C C1B HEM . . . TC 77 439.938 431.016 369.474 1 130 ? C1B HEM 401 AC 1 HETATM 16 C C2B HEM . . . TC 77 440.752 432.039 369.78 1 130 ? C2B HEM 401 AC 1 HETATM 17 C C3B HEM . . . TC 77 440.294 432.6 370.877 1 130 ? C3B HEM 401 AC 1 HETATM 18 C C4B HEM . . . TC 77 439.193 431.971 371.301 1 130 ? C4B HEM 401 AC 1 HETATM 19 C CMB HEM . . . TC 77 442.006 432.489 369.031 1 130 ? CMB HEM 401 AC 1 HETATM 20 C CAB HEM . . . TC 77 440.945 433.759 371.562 1 130 ? CAB HEM 401 AC 1 HETATM 21 C CBB HEM . . . TC 77 440.547 435.026 370.824 1 130 ? CBB HEM 401 AC 1 HETATM 22 C C1C HEM . . . TC 77 437.339 431.567 372.864 1 130 ? C1C HEM 401 AC 1 HETATM 23 C C2C HEM . . . TC 77 436.402 431.951 373.716 1 130 ? C2C HEM 401 AC 1 HETATM 24 C C3C HEM . . . TC 77 435.548 430.972 373.862 1 130 ? C3C HEM 401 AC 1 HETATM 25 C C4C HEM . . . TC 77 435.906 429.934 373.111 1 130 ? C4C HEM 401 AC 1 HETATM 26 C CMC HEM . . . TC 77 436.283 433.29 374.391 1 130 ? CMC HEM 401 AC 1 HETATM 27 C CAC HEM . . . TC 77 434.312 431.027 374.715 1 130 ? CAC HEM 401 AC 1 HETATM 28 C CBC HEM . . . TC 77 434.586 430.323 376.033 1 130 ? CBC HEM 401 AC 1 HETATM 29 C C1D HEM . . . TC 77 435.414 427.817 371.911 1 130 ? C1D HEM 401 AC 1 HETATM 30 C C2D HEM . . . TC 77 434.554 426.887 371.481 1 130 ? C2D HEM 401 AC 1 HETATM 31 C C3D HEM . . . TC 77 435.113 426.265 370.46 1 130 ? C3D HEM 401 AC 1 HETATM 32 C C4D HEM . . . TC 77 436.293 426.797 370.229 1 130 ? C4D HEM 401 AC 1 HETATM 33 C CMD HEM . . . TC 77 433.167 426.614 372.039 1 130 ? CMD HEM 401 AC 1 HETATM 34 C CAD HEM . . . TC 77 434.576 425.107 369.638 1 130 ? CAD HEM 401 AC 1 HETATM 35 C CBD HEM . . . TC 77 434.486 423.775 370.409 1 130 ? CBD HEM 401 AC 1 HETATM 36 C CGD HEM . . . TC 77 435.715 422.868 370.313 1 130 ? CGD HEM 401 AC 1 HETATM 37 O O1D HEM . . . TC 77 435.724 421.863 369.586 1 130 ? O1D HEM 401 AC 1 HETATM 38 O O2D HEM . . . TC 77 436.7 423.109 371.004 1 130 ? O2D HEM 401 AC 1 HETATM 39 N NA HEM . . . TC 77 438.49 428.403 368.989 1 130 ? NA HEM 401 AC 1 HETATM 40 N NB HEM . . . TC 77 438.816 430.955 370.359 1 130 ? NB HEM 401 AC 1 HETATM 41 N NC HEM . . . TC 77 437.155 430.192 372.48 1 130 ? NC HEM 401 AC 1 HETATM 42 N ND HEM . . . TC 77 436.652 427.754 371.213 1 130 ? ND HEM 401 AC 1 HETATM 43 FE FE HEM . . . TC 77 437.735 429.336 370.771 1 130 ? FE HEM 401 AC 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 465 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 43 #