data_5J7Y # _model_server_result.job_id xxAMXYfhZqvgEdU6ZZP2Fg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:41:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5j7y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"CD","auth_seq_id":602}' # _entry.id 5J7Y # _exptl.entry_id 5J7Y _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 852.837 _entity.id 79 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description HEME-A _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5J7Y _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5J7Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 89-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 89 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name ? _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 79 CD N N ? 79 DD N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 29 B CYS 54 1_555 LC FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 30 B CYS 55 1_555 LC FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 94 B CYS 119 1_555 LC FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 124 B CYS 149 1_555 LC FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 97 E CYS 103 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 102 E CYS 108 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 138 E CYS 144 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 142 E CYS 148 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 347 F CYS 359 1_555 NC FE4 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 350 F CYS 362 1_555 NC FE1 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 353 F CYS 365 1_555 NC FE2 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 393 F CYS 405 1_555 NC FE3 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 48 G CYS 55 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 62 G CYS 69 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 94 G HIS 101 1_555 OC FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 98 G CYS 105 1_555 OC FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 101 G CYS 108 1_555 OC FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 107 G CYS 114 1_555 OC FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 146 G CYS 153 1_555 PC FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 149 G CYS 156 1_555 PC FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 152 G CYS 159 1_555 PC FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 196 G CYS 203 1_555 PC FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 72 I CYS 77 1_555 SC FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc26 I O CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 78 I CYS 83 1_555 SC FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 82 I CYS 87 1_555 RC FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 111 I CYS 116 1_555 RC FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 114 I CYS 119 1_555 RC FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc32 I N UNK 118 I UNK 123 1_555 RC FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 121 I CYS 126 1_555 SC FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? covale ? covale1 SA CB UNK 33 7 UNK 33 1_555 CB CB ASP 226 AA ASP 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? metalc ? metalc34 ZB O CYS 196 BO CYS 196 1_555 ED CU1 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc35 ZB N GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc36 ZB O GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? # _chem_comp.formula 'C49 H56 Fe N4 O6' _chem_comp.formula_weight 852.837 _chem_comp.id HEA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name HEME-A _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5J7Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code LC 75 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . MC 76 FES E 1 201 201 FES FES . NC 75 SF4 F 1 500 500 SF4 SF4 . OC 75 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . PC 75 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . QC 76 FES G 1 803 803 FES FES . RC 75 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . SC 75 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . TC 77 HEM AC 1 401 401 HEM HEM . UC 77 HEM AC 1 402 402 HEM HEM . VC 77 HEM AD 1 301 301 HEM HEM . WC 76 FES AE 1 201 201 FES FES . XC 77 HEM AN 1 401 401 HEM HEM . YC 77 HEM AN 1 402 402 HEM HEM . ZC 77 HEM AO 1 301 301 HEM HEM . AD 76 FES AP 1 201 201 FES FES . BD 78 CU BN 1 601 601 CU CU . CD 79 HEA BN 1 602 602 HEA HEA . DD 79 HEA BN 1 603 603 HEA HEA . ED 80 CUA BO 1 301 301 CUA CUA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE HEA . . . CD 79 540.413 397.699 414.064 1 130 ? FE HEA 602 BN 1 HETATM 2 C CHA HEA . . . CD 79 540.517 397.145 410.619 1 130 ? CHA HEA 602 BN 1 HETATM 3 C CHB HEA . . . CD 79 542.364 394.926 414.553 1 130 ? CHB HEA 602 BN 1 HETATM 4 C CHC HEA . . . CD 79 540.441 398.345 417.402 1 130 ? CHC HEA 602 BN 1 HETATM 5 C CHD HEA . . . CD 79 538.555 400.559 413.512 1 130 ? CHD HEA 602 BN 1 HETATM 6 N NA HEA . . . CD 79 541.239 396.306 412.856 1 130 ? NA HEA 602 BN 1 HETATM 7 C C1A HEA . . . CD 79 541.239 396.269 411.454 1 130 ? C1A HEA 602 BN 1 HETATM 8 C C2A HEA . . . CD 79 542.202 395.301 410.971 1 130 ? C2A HEA 602 BN 1 HETATM 9 C C3A HEA . . . CD 79 542.762 394.697 412.075 1 130 ? C3A HEA 602 BN 1 HETATM 10 C C4A HEA . . . CD 79 542.116 395.29 413.238 1 130 ? C4A HEA 602 BN 1 HETATM 11 C CMA HEA . . . CD 79 543.744 393.709 412.051 1 130 ? CMA HEA 602 BN 1 HETATM 12 O OMA HEA . . . CD 79 544.411 393.387 413 1 130 ? OMA HEA 602 BN 1 HETATM 13 C CAA HEA . . . CD 79 542.608 395.104 409.528 1 130 ? CAA HEA 602 BN 1 HETATM 14 C CBA HEA . . . CD 79 541.722 394.055 408.865 1 130 ? CBA HEA 602 BN 1 HETATM 15 C CGA HEA . . . CD 79 542.167 393.727 407.439 1 130 ? CGA HEA 602 BN 1 HETATM 16 O O1A HEA . . . CD 79 542.036 392.554 407.029 1 130 ? O1A HEA 602 BN 1 HETATM 17 O O2A HEA . . . CD 79 542.646 394.643 406.735 1 130 ? O2A HEA 602 BN 1 HETATM 18 N NB HEA . . . CD 79 541.122 396.774 415.638 1 130 ? NB HEA 602 BN 1 HETATM 19 C C1B HEA . . . CD 79 541.863 395.608 415.679 1 130 ? C1B HEA 602 BN 1 HETATM 20 C C2B HEA . . . CD 79 542.184 395.253 417.032 1 130 ? C2B HEA 602 BN 1 HETATM 21 C C3B HEA . . . CD 79 541.711 396.213 417.847 1 130 ? C3B HEA 602 BN 1 HETATM 22 C C4B HEA . . . CD 79 541.059 397.169 416.978 1 130 ? C4B HEA 602 BN 1 HETATM 23 C CMB HEA . . . CD 79 542.937 393.979 417.447 1 130 ? CMB HEA 602 BN 1 HETATM 24 N NC HEA . . . CD 79 539.719 399.15 415.208 1 130 ? NC HEA 602 BN 1 HETATM 25 C C1C HEA . . . CD 79 539.812 399.263 416.591 1 130 ? C1C HEA 602 BN 1 HETATM 26 C C2C HEA . . . CD 79 539.112 400.438 417.097 1 130 ? C2C HEA 602 BN 1 HETATM 27 C C3C HEA . . . CD 79 538.557 401.046 415.974 1 130 ? C3C HEA 602 BN 1 HETATM 28 C C4C HEA . . . CD 79 538.944 400.231 414.821 1 130 ? C4C HEA 602 BN 1 HETATM 29 C CMC HEA . . . CD 79 539.073 400.887 418.552 1 130 ? CMC HEA 602 BN 1 HETATM 30 C CAC HEA . . . CD 79 537.809 402.358 415.791 1 130 ? CAC HEA 602 BN 1 HETATM 31 C CBC HEA . . . CD 79 537.415 403.244 416.729 1 130 ? CBC HEA 602 BN 1 HETATM 32 N ND HEA . . . CD 79 539.669 398.605 412.46 1 130 ? ND HEA 602 BN 1 HETATM 33 C C1D HEA . . . CD 79 538.905 399.808 412.4 1 130 ? C1D HEA 602 BN 1 HETATM 34 C C2D HEA . . . CD 79 538.536 400.157 411.041 1 130 ? C2D HEA 602 BN 1 HETATM 35 C C3D HEA . . . CD 79 539.039 399.131 410.238 1 130 ? C3D HEA 602 BN 1 HETATM 36 C C4D HEA . . . CD 79 539.753 398.206 411.099 1 130 ? C4D HEA 602 BN 1 HETATM 37 C CMD HEA . . . CD 79 537.895 401.46 410.646 1 130 ? CMD HEA 602 BN 1 HETATM 38 C CAD HEA . . . CD 79 539.037 398.969 408.716 1 130 ? CAD HEA 602 BN 1 HETATM 39 C CBD HEA . . . CD 79 537.842 398.182 408.214 1 130 ? CBD HEA 602 BN 1 HETATM 40 C CGD HEA . . . CD 79 537.9 397.944 406.719 1 130 ? CGD HEA 602 BN 1 HETATM 41 O O1D HEA . . . CD 79 536.854 398.072 406.053 1 130 ? O1D HEA 602 BN 1 HETATM 42 O O2D HEA . . . CD 79 539.004 397.633 406.215 1 130 ? O2D HEA 602 BN 1 HETATM 43 C C11 HEA . . . CD 79 541.864 396.213 419.336 1 130 ? C11 HEA 602 BN 1 HETATM 44 O O11 HEA . . . CD 79 542.799 397.231 419.724 1 130 ? O11 HEA 602 BN 1 HETATM 45 C C12 HEA . . . CD 79 540.56 396.381 420.116 1 130 ? C12 HEA 602 BN 1 HETATM 46 C C13 HEA . . . CD 79 540.727 396.305 421.646 1 130 ? C13 HEA 602 BN 1 HETATM 47 C C14 HEA . . . CD 79 539.449 396.701 422.405 1 130 ? C14 HEA 602 BN 1 HETATM 48 C C15 HEA . . . CD 79 539.066 397.991 422.56 1 130 ? C15 HEA 602 BN 1 HETATM 49 C C16 HEA . . . CD 79 537.612 398.441 422.797 1 130 ? C16 HEA 602 BN 1 HETATM 50 C C17 HEA . . . CD 79 537.502 399.013 424.182 1 130 ? C17 HEA 602 BN 1 HETATM 51 C C18 HEA . . . CD 79 536.373 400.044 424.398 1 130 ? C18 HEA 602 BN 1 HETATM 52 C C19 HEA . . . CD 79 535.249 399.724 425.042 1 130 ? C19 HEA 602 BN 1 HETATM 53 C C20 HEA . . . CD 79 534.289 400.691 425.664 1 130 ? C20 HEA 602 BN 1 HETATM 54 C C21 HEA . . . CD 79 534.404 400.478 427.156 1 130 ? C21 HEA 602 BN 1 HETATM 55 C C22 HEA . . . CD 79 533.279 401.116 427.904 1 130 ? C22 HEA 602 BN 1 HETATM 56 C C23 HEA . . . CD 79 533.346 402.307 428.513 1 130 ? C23 HEA 602 BN 1 HETATM 57 C C24 HEA . . . CD 79 534.67 402.992 428.864 1 130 ? C24 HEA 602 BN 1 HETATM 58 C C25 HEA . . . CD 79 532.052 403.048 428.787 1 130 ? C25 HEA 602 BN 1 HETATM 59 C C26 HEA . . . CD 79 540.115 399.094 422.418 1 130 ? C26 HEA 602 BN 1 HETATM 60 C C27 HEA . . . CD 79 534.934 398.274 425.136 1 130 ? C27 HEA 602 BN 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 100 _model_server_stats.query_time_ms 279 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 60 #