data_5J7Y
#
_model_server_result.job_id            EC4owX79SnNQtSpX8LP1hA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 23:38:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          5j7y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OC","auth_seq_id":801}' 
#
_entry.id    5J7Y 
#
_exptl.entry_id    5J7Y 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          75 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5J7Y 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5J7Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    89-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      89 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  ? 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 75 LC N N 
? 75 NC N N 
? 75 OC N N 
? 75 PC N N 
? 75 RC N N 
? 75 SC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 29 B CYS 54 1_555 LC FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 30 B CYS 55 1_555 LC FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 94 B CYS 119 1_555 LC FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 124 B CYS 149 1_555 LC FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc5 E SG CYS 97 E CYS 103 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc6 E SG CYS 102 E CYS 108 1_555 MC FE1 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc7 E SG CYS 138 E CYS 144 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc8 E SG CYS 142 E CYS 148 1_555 MC FE2 FES . E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc9 F SG CYS 347 F CYS 359 1_555 NC FE4 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc10 F SG CYS 350 F CYS 362 1_555 NC FE1 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc11 F SG CYS 353 F CYS 365 1_555 NC FE2 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc12 F SG CYS 393 F CYS 405 1_555 NC FE3 SF4 . F SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc13 G SG CYS 34 G CYS 41 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc14 G SG CYS 45 G CYS 52 1_555 QC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc15 G SG CYS 48 G CYS 55 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc16 G SG CYS 62 G CYS 69 1_555 QC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc17 G NE2 HIS 94 G HIS 101 1_555 OC FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? 
metalc ? metalc18 G SG CYS 98 G CYS 105 1_555 OC FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 101 G CYS 108 1_555 OC FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 107 G CYS 114 1_555 OC FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 146 G CYS 153 1_555 PC FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 149 G CYS 156 1_555 PC FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 152 G CYS 159 1_555 PC FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 196 G CYS 203 1_555 PC FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc25 I SG CYS 72 I CYS 77 1_555 SC FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc26 I O CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc27 I SG CYS 75 I CYS 80 1_555 SC FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc28 I SG CYS 78 I CYS 83 1_555 SC FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc29 I SG CYS 82 I CYS 87 1_555 RC FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc30 I SG CYS 111 I CYS 116 1_555 RC FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc31 I SG CYS 114 I CYS 119 1_555 RC FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc32 I N UNK 118 I UNK 123 1_555 RC FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? 
metalc ? metalc33 I SG CYS 121 I CYS 126 1_555 SC FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
covale ? covale1 SA CB UNK 33 7 UNK 33 1_555 CB CB ASP 226 AA ASP 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? 
metalc ? metalc34 ZB O CYS 196 BO CYS 196 1_555 ED CU1 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc35 ZB N GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc36 ZB O GLU 198 BO GLU 198 1_555 ED CU2 CUA . BO CUA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     5J7Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
LC 75 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . 
MC 76 FES E 1 201 201 FES FES . 
NC 75 SF4 F 1 500 500 SF4 SF4 . 
OC 75 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . 
PC 75 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . 
QC 76 FES G 1 803 803 FES FES . 
RC 75 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . 
SC 75 SF4 I 1 202 202 SF4 SF4 . 
TC 77 HEM AC 1 401 401 HEM HEM . 
UC 77 HEM AC 1 402 402 HEM HEM . 
VC 77 HEM AD 1 301 301 HEM HEM . 
WC 76 FES AE 1 201 201 FES FES . 
XC 77 HEM AN 1 401 401 HEM HEM . 
YC 77 HEM AN 1 402 402 HEM HEM . 
ZC 77 HEM AO 1 301 301 HEM HEM . 
AD 76 FES AP 1 201 201 FES FES . 
BD 78 CU BN 1 601 601 CU CU . 
CD 79 HEA BN 1 602 602 HEA HEA . 
DD 79 HEA BN 1 603 603 HEA HEA . 
ED 80 CUA BO 1 301 301 CUA CUA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . OC 75 324.813 474.069 491.918 1 130 ? FE1 SF4 801 G 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . OC 75 322.99 472.326 490.899 1 130 ? FE2 SF4 801 G 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . OC 75 322.246 474.642 492.159 1 130 ? FE3 SF4 801 G 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . OC 75 323.36 474.592 489.665 1 130 ? FE4 SF4 801 G 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . OC 75 321.314 473.746 490.251 1 130 ? S1 SF4 801 G 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . OC 75 323.839 476.082 491.358 1 130 ? S2 SF4 801 G 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . OC 75 324.959 472.961 489.916 1 130 ? S3 SF4 801 G 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . OC 75 323.3 472.833 493.126 1 130 ? S4 SF4 801 G 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              30 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    375 
_model_server_stats.query_time_ms           286 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           8 
#