data_5JI3 # _model_server_result.job_id pLhFW3InERCpS1O1gI_oug _model_server_result.datetime_utc '2025-04-13 19:14:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5ji3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":501}' # _entry.id 5JI3 # _exptl.entry_id 5JI3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 5JI3 _cell.length_a 169.995 _cell.length_b 169.995 _cell.length_c 161.317 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5JI3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 150 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 3 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H 1 2 A,B,C,D,E,F,G,H 1 3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_665 -y+1,x-y+1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 84.9975 147.219989 0 3 'crystal symmetry operation' 3_565 -x+y,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -84.9975 147.219989 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 83 n n PB O2B DAT sing 84 n n PB O3B DAT sing 85 n n PB O3A DAT sing 86 n n O2B HOB2 DAT sing 87 n n O3B HOB3 DAT sing 88 n n PA O1A DAT doub 89 n n PA O2A DAT sing 90 n n PA O3A DAT sing 91 n n PA O5' DAT sing 92 n n O2A HOA2 DAT sing 93 n n O5' C5' DAT sing 94 n n C5' C4' DAT sing 95 n n C5' "H5'1" DAT sing 96 n n C5' "H5'2" DAT sing 97 n n C4' O4' DAT sing 98 n n C4' C3' DAT sing 99 n n C4' H4' DAT sing 100 n n O4' C1' DAT sing 101 n n C3' O3' DAT sing 102 n n C3' C2' DAT sing 103 n n C3' H3' DAT sing 104 n n O3' HO3' DAT sing 105 n n C2' C1' DAT sing 106 n n C2' "H2'1" DAT sing 107 n n C2' "H2'2" DAT sing 108 n n C1' N9 DAT sing 109 n n C1' H1' DAT sing 110 n n N9 C8 DAT sing 111 n y N9 C4 DAT sing 112 n y C8 N7 DAT doub 113 n y C8 H8 DAT sing 114 n n N7 C5 DAT sing 115 n y C5 C6 DAT sing 116 n y C5 C4 DAT doub 117 n y C6 N6 DAT sing 118 n n C6 N1 DAT doub 119 n y N6 HN61 DAT sing 120 n n N6 HN62 DAT sing 121 n n N1 C2 DAT sing 122 n y C2 N3 DAT doub 123 n y C2 H2 DAT sing 124 n n N3 C4 DAT sing 125 n y # _atom_sites.entry_id 5JI3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005883 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003396 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006793 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006199 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 DAT E 1 501 905 DAT DAT . H 3 DAT F 1 501 906 DAT DAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . G 3 17.227 69.966 37.758 1 50.5 ? PB DAT 501 E 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . G 3 16.34 69.638 36.586 1 68.72 ? O1B DAT 501 E 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . G 3 16.99 69.108 38.977 1 59.92 ? O2B DAT 501 E 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . G 3 17.35 71.444 38.035 1 61.02 ? O3B DAT 501 E 1 HETATM 5 P PA DAT . . . G 3 19.186 69.899 35.788 1 52.66 ? PA DAT 501 E 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . G 3 18.758 68.798 34.85 1 63.13 ? O1A DAT 501 E 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . G 3 18.764 71.325 35.53 1 68.35 ? O2A DAT 501 E 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . G 3 18.695 69.521 37.27 1 61.03 ? O3A DAT 501 E 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . G 3 20.792 69.868 35.92 1 68.98 ? O5' DAT 501 E 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . G 3 21.574 70.962 35.437 1 73.13 ? C5' DAT 501 E 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . G 3 22.98 70.506 35.062 1 66.79 ? C4' DAT 501 E 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . G 3 23.443 69.525 35.991 1 64.69 ? O4' DAT 501 E 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . G 3 23.026 69.878 33.679 1 67.45 ? C3' DAT 501 E 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . G 3 23.659 70.749 32.739 1 70.44 ? O3' DAT 501 E 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . G 3 23.829 68.601 33.826 1 73.05 ? C2' DAT 501 E 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . G 3 24.015 68.398 35.322 1 72.8 ? C1' DAT 501 E 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . G 3 23.315 67.174 35.783 1 70.2 ? N9 DAT 501 E 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . G 3 22.355 67.15 36.727 1 65.81 ? C8 DAT 501 E 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . G 3 21.917 65.883 36.934 1 63.27 ? N7 DAT 501 E 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . G 3 22.607 65.075 36.112 1 62.49 ? C5 DAT 501 E 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . G 3 22.639 63.626 35.824 1 61.45 ? C6 DAT 501 E 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . G 3 21.817 62.779 36.484 1 61.24 ? N6 DAT 501 E 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . G 3 23.509 63.183 34.891 1 59.84 ? N1 DAT 501 E 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . G 3 24.332 64.02 34.231 1 63.94 ? C2 DAT 501 E 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . G 3 24.353 65.349 34.446 1 66.15 ? N3 DAT 501 E 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . G 3 23.533 65.926 35.357 1 65.96 ? C4 DAT 501 E 1 HETATM 27 H "H5'1" DAT . . . G 3 21.634 71.734 36.207 1 87.76 ? "H5'1" DAT 501 E 1 HETATM 28 H "H5'2" DAT . . . G 3 21.088 71.398 34.562 1 87.76 ? "H5'2" DAT 501 E 1 HETATM 29 H H4' DAT . . . G 3 23.649 71.378 35.076 1 80.15 ? H4' DAT 501 E 1 HETATM 30 H H3' DAT . . . G 3 22.005 69.633 33.354 1 80.94 ? H3' DAT 501 E 1 HETATM 31 H HO3' DAT . . . G 3 23.757 70.293 31.892 1 84.53 ? HO3' DAT 501 E 1 HETATM 32 H "H2'1" DAT . . . G 3 24.796 68.698 33.33 1 87.66 ? "H2'1" DAT 501 E 1 HETATM 33 H "H2'2" DAT . . . G 3 23.289 67.757 33.391 1 87.66 ? "H2'2" DAT 501 E 1 HETATM 34 H H1' DAT . . . G 3 25.089 68.329 35.544 1 87.36 ? H1' DAT 501 E 1 HETATM 35 H H8 DAT . . . G 3 21.982 68.023 37.249 1 78.98 ? H8 DAT 501 E 1 HETATM 36 H HN61 DAT . . . G 3 21.175 63.136 37.177 1 73.49 ? HN61 DAT 501 E 1 HETATM 37 H HN62 DAT . . . G 3 21.843 61.79 36.282 1 73.49 ? HN62 DAT 501 E 1 HETATM 38 H H2 DAT . . . G 3 25.008 63.605 33.494 1 76.72 ? H2 DAT 501 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 267 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 38 #