data_5JRK # _model_server_result.job_id j68Q8ZZ79BMLMTnOYNkBcQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 23:17:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5jrk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":801}' # _entry.id 5JRK # _exptl.entry_id 5JRK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 180.156 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5JRK _cell.length_a 111.105 _cell.length_b 133.501 _cell.length_c 169.07 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5JRK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 395 A CYS 375 1_555 A SG CYS 406 A CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 647 A CYS 627 1_555 A SG CYS 742 A CYS 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 395 B CYS 375 1_555 B SG CYS 406 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 647 B CYS 627 1_555 B SG CYS 742 B CYS 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? covale ? covale1 A C ASP 163 A ASP 143 1_555 A N MSE 164 A MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 164 A MSE 144 1_555 A N SER 165 A SER 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 A C ILE 240 A ILE 220 1_555 A N MSE 241 A MSE 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 A C MSE 241 A MSE 221 1_555 A N ALA 242 A ALA 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale5 A C SER 302 A SER 282 1_555 A N MSE 303 A MSE 283 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 A C MSE 303 A MSE 283 1_555 A N SER 304 A SER 284 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C GLY 399 A GLY 379 1_555 A N MSE 400 A MSE 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 400 A MSE 380 1_555 A N LEU 401 A LEU 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale9 A C GLY 410 A GLY 390 1_555 A N MSE 411 A MSE 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale10 A C MSE 411 A MSE 391 1_555 A N SER 412 A SER 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale11 A C LEU 524 A LEU 504 1_555 A N MSE 525 A MSE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale12 A C MSE 525 A MSE 505 1_555 A N ASP 526 A ASP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale13 A C ALA 527 A ALA 507 1_555 A N MSE 528 A MSE 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale14 A C MSE 528 A MSE 508 1_555 A N HIS 529 A HIS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale15 A C GLN 583 A GLN 563 1_555 A N MSE 584 A MSE 564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale16 A C MSE 584 A MSE 564 1_555 A N VAL 585 A VAL 565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale17 A C LYS 593 A LYS 573 1_555 A N MSE 594 A MSE 574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale18 A C MSE 594 A MSE 574 1_555 A N PHE 595 A PHE 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale19 A C ALA 702 A ALA 682 1_555 A N MSE 703 A MSE 683 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 A C MSE 703 A MSE 683 1_555 A N ARG 704 A ARG 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale21 B C ASP 163 B ASP 143 1_555 B N MSE 164 B MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale22 B C MSE 164 B MSE 144 1_555 B N SER 165 B SER 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale23 B C ILE 240 B ILE 220 1_555 B N MSE 241 B MSE 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale24 B C MSE 241 B MSE 221 1_555 B N ALA 242 B ALA 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale25 B C GLY 399 B GLY 379 1_555 B N MSE 400 B MSE 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale26 B C MSE 400 B MSE 380 1_555 B N LEU 401 B LEU 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale27 B C GLY 410 B GLY 390 1_555 B N MSE 411 B MSE 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale28 B C MSE 411 B MSE 391 1_555 B N SER 412 B SER 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale29 B C LEU 524 B LEU 504 1_555 B N MSE 525 B MSE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 B C MSE 525 B MSE 505 1_555 B N ASP 526 B ASP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale31 B C ALA 527 B ALA 507 1_555 B N MSE 528 B MSE 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 B C MSE 528 B MSE 508 1_555 B N HIS 529 B HIS 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale33 B C GLN 583 B GLN 563 1_555 B N MSE 584 B MSE 564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale34 B C MSE 584 B MSE 564 1_555 B N VAL 585 B VAL 565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale35 B C LYS 593 B LYS 573 1_555 B N MSE 594 B MSE 574 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale36 B C MSE 594 B MSE 574 1_555 B N PHE 595 B PHE 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale37 B C ALA 702 B ALA 682 1_555 B N MSE 703 B MSE 683 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale38 B C MSE 703 B MSE 683 1_555 B N ARG 704 B ARG 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? # _chem_comp.formula 'C6 H12 O6' _chem_comp.formula_weight 180.156 _chem_comp.id BGC _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms beta-D-glucose;D-glucose;glucose # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C2 C3 BGC sing 70 n n C2 C1 BGC sing 71 n n C2 O2 BGC sing 72 n n C2 H2 BGC sing 73 n n C3 C4 BGC sing 74 n n C3 O3 BGC sing 75 n n C3 H3 BGC sing 76 n n C4 C5 BGC sing 77 n n C4 O4 BGC sing 78 n n C4 H4 BGC sing 79 n n C5 C6 BGC sing 80 n n C5 O5 BGC sing 81 n n C5 H5 BGC sing 82 n n C6 O6 BGC sing 83 n n C6 H61 BGC sing 84 n n C6 H62 BGC sing 85 n n C1 O1 BGC sing 86 n n C1 O5 BGC sing 87 n n C1 H1 BGC sing 88 n n O1 HO1 BGC sing 89 n n O2 HO2 BGC sing 90 n n O3 HO3 BGC sing 91 n n O4 HO4 BGC sing 92 n n O6 HO6 BGC sing 93 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version BGC DGlcpb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 BGC b-D-glucopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 BGC b-D-Glcp 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 BGC Glc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 5JRK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007491 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005915 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 BGC A 1 801 1 BGC GLC . D 2 BGC B 1 801 1 BGC GLC . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C2 BGC . . . D 2 43.658 69.862 76.64 1 95.53 ? C2 BGC 801 B 1 HETATM 2 C C3 BGC . . . D 2 43.826 69.576 78.127 1 100.41 ? C3 BGC 801 B 1 HETATM 3 C C4 BGC . . . D 2 44.478 70.754 78.842 1 102.04 ? C4 BGC 801 B 1 HETATM 4 C C5 BGC . . . D 2 43.791 72.063 78.47 1 104.17 ? C5 BGC 801 B 1 HETATM 5 C C6 BGC . . . D 2 44.488 73.255 79.115 1 101.86 ? C6 BGC 801 B 1 HETATM 6 C C1 BGC . . . D 2 43.029 71.231 76.413 1 95.5 ? C1 BGC 801 B 1 HETATM 7 O O1 BGC . . . D 2 42.997 71.502 75.03 1 100.71 ? O1 BGC 801 B 1 HETATM 8 O O2 BGC . . . D 2 42.835 68.874 76.063 1 95.87 ? O2 BGC 801 B 1 HETATM 9 O O3 BGC . . . D 2 44.617 68.421 78.298 1 93.44 ? O3 BGC 801 B 1 HETATM 10 O O4 BGC . . . D 2 44.404 70.558 80.237 1 97.55 ? O4 BGC 801 B 1 HETATM 11 O O5 BGC . . . D 2 43.789 72.223 77.068 1 95.4 ? O5 BGC 801 B 1 HETATM 12 O O6 BGC . . . D 2 44.395 73.147 80.517 1 103.41 ? O6 BGC 801 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 66 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 285 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 12 #