data_5JY7 # _model_server_result.job_id 8A8hi7Cs42F2-pYqto3lpw _model_server_result.datetime_utc '2025-01-02 19:14:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 5jy7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":601}' # _entry.id 5JY7 # _exptl.entry_id 5JY7 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 5JY7 _cell.length_a 315.68 _cell.length_b 315.68 _cell.length_c 124.95 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 5JY7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 78 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? octameric 8 author_defined_assembly 1 ? octameric 8 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,Q,R,S,T 1 1 E,F,G,H,M,N,O,P,U,V,W,X 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASN 132 A ASN 132 1_555 Q CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 200 A ASP 200 1_555 Q CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc3 A O TYR 234 A TYR 234 1_555 Q CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc4 A O LEU 235 A LEU 235 1_555 Q CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 237 A GLU 237 1_555 Q CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASN 132 B ASN 132 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc7 B OD2 ASP 200 B ASP 200 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc8 B O TYR 234 B TYR 234 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc9 B O LEU 235 B LEU 235 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 237 B GLU 237 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.066 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 237 B GLU 237 1_555 R CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASN 132 C ASN 132 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 200 C ASP 200 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc14 C O TYR 234 C TYR 234 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc15 C O LEU 235 C LEU 235 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc16 C OE1 GLU 237 C GLU 237 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc17 C OE2 GLU 237 C GLU 237 1_555 S CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASN 132 D ASN 132 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc19 D OD2 ASP 200 D ASP 200 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc20 D O TYR 234 D TYR 234 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc21 D O LEU 235 D LEU 235 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc22 D OE1 GLU 237 D GLU 237 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? metalc ? metalc23 D OE2 GLU 237 D GLU 237 1_555 T CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASN 132 E ASN 132 1_555 U CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc25 E O LEU 201 E LEU 201 1_555 U CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc26 E O LEU 235 E LEU 235 1_555 U CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc27 G OD1 ASN 132 G ASN 132 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.054 ? metalc ? metalc28 G OD2 ASP 200 G ASP 200 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc29 G O LEU 201 G LEU 201 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.189 ? metalc ? metalc30 G O LEU 235 G LEU 235 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc31 G OE1 GLU 237 G GLU 237 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc32 G OE2 GLU 237 G GLU 237 1_555 W CA CA . G CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc33 H O ASN 132 H ASN 132 1_555 X CA CA . H CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc34 H OD1 ASN 132 H ASN 132 1_555 X CA CA . H CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc35 H O LEU 201 H LEU 201 1_555 X CA CA . H CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc36 H O LEU 235 H LEU 235 1_555 X CA CA . H CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.035 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 5JY7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003168 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003168 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008003 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 3 CA A 1 601 1589 CA CA . R 3 CA B 1 601 1590 CA CA . S 3 CA C 1 601 1589 CA CA . T 3 CA D 1 601 1590 CA CA . U 3 CA E 1 601 1589 CA CA . V 3 CA F 1 601 1590 CA CA . W 3 CA G 1 601 1590 CA CA . X 3 CA H 1 601 1589 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -25.465 _atom_site.Cartn_y 65.803 _atom_site.Cartn_z 42.619 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 20.01 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 125 _model_server_stats.parse_time_ms 43 _model_server_stats.create_model_time_ms 290 _model_server_stats.query_time_ms 362 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #