data_5K7X
#
_model_server_result.job_id            AeS8TFBEvS27fm49C2FZVA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 14:28:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          5k7x 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":400}' 
#
_entry.id    5K7X 
#
_exptl.entry_id    5K7X 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            5K7X 
_cell.length_a            105.348 
_cell.length_b            130.549 
_cell.length_c            168.673 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 5K7X 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,K,L,M,N,EA,FA 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,GA,HA 2 1 
E,F,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,IA,JA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 K N N 
? 2 O N N 
? 2 S N N 
? 2 W N N 
? 2 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 14 A ASP 13 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc2 A O GLY 43 A GLY 42 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc3 G O1G GTP . A GTP 400 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc4 G O3B GTP . A GTP 400 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc5 G O2A GTP . A GTP 400 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc6 I O HDA . A HDA 402 1_555 J MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 14 B ASP 13 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc8 B O GLY 43 B GLY 42 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc9 K O1G GTP . B GTP 400 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc10 K O3B GTP . B GTP 400 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc11 K O2A GTP . B GTP 400 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc12 M O HDA . B HDA 402 1_555 N MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 14 C ASP 13 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc14 C O GLY 43 C GLY 42 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc15 O O1G GTP . C GTP 400 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc16 O O3B GTP . C GTP 400 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc17 O O2A GTP . C GTP 400 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc18 Q O HDA . C HDA 402 1_555 R MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc19 D OD1 ASP 14 D ASP 13 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc20 D O GLY 43 D GLY 42 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc21 S O1G GTP . D GTP 400 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc22 S O3B GTP . D GTP 400 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc23 S O2A GTP . D GTP 400 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? 
metalc ? metalc24 U O HDA . D HDA 402 1_555 V MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc25 E OD1 ASP 14 E ASP 13 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc26 E O GLY 43 E GLY 42 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc27 W O1G GTP . E GTP 400 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc28 W O3B GTP . E GTP 400 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc29 W O2A GTP . E GTP 400 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc30 Y O HDA . E HDA 402 1_555 Z MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc31 F OD1 ASP 14 F ASP 13 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc32 F O GLY 43 F GLY 42 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc33 AA O1G GTP . F GTP 400 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc34 AA O3B GTP . F GTP 400 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc35 AA O2A GTP . F GTP 400 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? 
metalc ? metalc36 CA O HDA . F HDA 402 1_555 DA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 129 n n 
PG O2G GTP sing 130 n n 
PG O3G GTP sing 131 n n 
PG O3B GTP sing 132 n n 
O2G HOG2 GTP sing 133 n n 
O3G HOG3 GTP sing 134 n n 
O3B PB GTP sing 135 n n 
PB O1B GTP doub 136 n n 
PB O2B GTP sing 137 n n 
PB O3A GTP sing 138 n n 
O2B HOB2 GTP sing 139 n n 
O3A PA GTP sing 140 n n 
PA O1A GTP doub 141 n n 
PA O2A GTP sing 142 n n 
PA O5' GTP sing 143 n n 
O2A HOA2 GTP sing 144 n n 
O5' C5' GTP sing 145 n n 
C5' C4' GTP sing 146 n n 
C5' H5' GTP sing 147 n n 
C5' "H5''" GTP sing 148 n n 
C4' O4' GTP sing 149 n n 
C4' C3' GTP sing 150 n n 
C4' H4' GTP sing 151 n n 
O4' C1' GTP sing 152 n n 
C3' O3' GTP sing 153 n n 
C3' C2' GTP sing 154 n n 
C3' H3' GTP sing 155 n n 
O3' HO3' GTP sing 156 n n 
C2' O2' GTP sing 157 n n 
C2' C1' GTP sing 158 n n 
C2' H2' GTP sing 159 n n 
O2' HO2' GTP sing 160 n n 
C1' N9 GTP sing 161 n n 
C1' H1' GTP sing 162 n n 
N9 C8 GTP sing 163 n y 
N9 C4 GTP sing 164 n y 
C8 N7 GTP doub 165 n y 
C8 H8 GTP sing 166 n n 
N7 C5 GTP sing 167 n y 
C5 C6 GTP sing 168 n n 
C5 C4 GTP doub 169 n y 
C6 O6 GTP doub 170 n n 
C6 N1 GTP sing 171 n n 
N1 C2 GTP sing 172 n n 
N1 HN1 GTP sing 173 n n 
C2 N2 GTP sing 174 n n 
C2 N3 GTP doub 175 n n 
N2 HN21 GTP sing 176 n n 
N2 HN22 GTP sing 177 n n 
N3 C4 GTP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     5K7X 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009492 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00766 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005929 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 GTP A 1 400 400 GTP GTP . 
H 3 IMP A 1 401 401 IMP IMP . 
I 4 HDA A 1 402 402 HDA HDA . 
J 5 MG A 1 403 403 MG MG . 
K 2 GTP B 1 400 400 GTP GTP . 
L 3 IMP B 1 401 401 IMP IMP . 
M 4 HDA B 1 402 402 HDA HDA . 
N 5 MG B 1 403 403 MG MG . 
O 2 GTP C 1 400 400 GTP GTP . 
P 3 IMP C 1 401 401 IMP IMP . 
Q 4 HDA C 1 402 402 HDA HDA . 
R 5 MG C 1 403 403 MG MG . 
S 2 GTP D 1 400 400 GTP GTP . 
T 3 IMP D 1 401 401 IMP IMP . 
U 4 HDA D 1 402 402 HDA HDA . 
V 5 MG D 1 403 403 MG MG . 
W 2 GTP E 1 400 400 GTP GTP . 
X 3 IMP E 1 401 401 IMP IMP . 
Y 4 HDA E 1 402 402 HDA HDA . 
Z 5 MG E 1 403 403 MG MG . 
AA 2 GTP F 1 400 400 GTP GTP . 
BA 3 IMP F 1 401 401 IMP IMP . 
CA 4 HDA F 1 402 402 HDA HDA . 
DA 5 MG F 1 403 403 MG MG . 
EA 6 HOH A 1 501 6 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 2 502 55 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 3 503 19 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 4 504 2 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 5 505 4 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 6 506 53 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 7 507 1 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 8 508 58 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 9 509 29 HOH HOH . 
EA 6 HOH A 10 510 52 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 1 501 28 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 2 502 47 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 3 503 35 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 4 504 57 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 5 505 32 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 6 506 10 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 7 507 22 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 8 508 39 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 9 509 33 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 10 510 54 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 11 511 20 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 12 512 51 HOH HOH . 
FA 6 HOH B 13 513 48 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 1 501 25 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 2 502 12 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 3 503 7 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 4 504 37 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 5 505 41 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 6 506 17 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 7 507 46 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 8 508 11 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 9 509 56 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 10 510 18 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 11 511 13 HOH HOH . 
GA 6 HOH C 12 512 26 HOH HOH . 
HA 6 HOH D 1 501 31 HOH HOH . 
HA 6 HOH D 2 502 45 HOH HOH . 
HA 6 HOH D 3 503 9 HOH HOH . 
HA 6 HOH D 4 504 16 HOH HOH . 
HA 6 HOH D 5 505 43 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 1 501 34 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 2 502 44 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 3 503 42 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 4 504 49 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 5 505 30 HOH HOH . 
IA 6 HOH E 6 506 38 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 1 501 50 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 2 502 15 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 3 503 40 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 4 504 36 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 5 505 21 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 6 506 24 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 7 507 14 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 8 508 27 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 9 509 5 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 10 510 3 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 11 511 23 HOH HOH . 
JA 6 HOH F 12 512 8 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
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